ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48433

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 2, 3, 1, 1, 5, 4, 11, 8, 7, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.005, 0.021, 0.036, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.005, 0.020, 0.036, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.008, 0.026, 0.043, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.006, 0.025, 0.045, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.025 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.011, 0.046, 0.082, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.046 std_dev=0.035
N4 A 0, 0.012, 0.053, 0.094, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.053 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.012, 0.248, 0.485, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.248 std_dev=0.237
C2 B 0, 0.419, 0.663, 0.908, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.663 std_dev=0.244
C2' A 0, 0.011, 0.268, 0.524, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.268 std_dev=0.257
C6 B 0, 0.438, 0.727, 1.016, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.727 std_dev=0.289
N1 B 0, 0.483, 0.777, 1.070, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.777 std_dev=0.294
N3 B 0, 0.289, 0.599, 0.909, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.599 std_dev=0.310
O2 B 0, 0.495, 0.820, 1.145, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.820 std_dev=0.325
O2' A 0, -0.024, 0.342, 0.708, 2.001 max_d=2.001 avg_d=0.342 std_dev=0.366
C5 B 0, 0.343, 0.713, 1.082, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.713 std_dev=0.370
C4' A 0, 0.046, 0.419, 0.792, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.419 std_dev=0.373
C3' A 0, 0.070, 0.449, 0.828, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.449 std_dev=0.379
C4 B 0, 0.297, 0.704, 1.111, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.704 std_dev=0.407
C1' B 0, 0.667, 1.162, 1.658, 2.157 max_d=2.157 avg_d=1.162 std_dev=0.495
C5' A 0, 0.126, 0.658, 1.189, 2.330 max_d=2.330 avg_d=0.658 std_dev=0.532
O3' A 0, 0.119, 0.669, 1.219, 2.725 max_d=2.725 avg_d=0.669 std_dev=0.550
O4 B 0, 0.316, 0.882, 1.447, 2.338 max_d=2.338 avg_d=0.882 std_dev=0.566
C2' B 0, 0.833, 1.495, 2.157, 2.503 max_d=2.503 avg_d=1.495 std_dev=0.662
O4' B 0, 0.629, 1.338, 2.047, 3.254 max_d=3.254 avg_d=1.338 std_dev=0.709
O2' B 0, 0.943, 1.700, 2.457, 2.845 max_d=2.845 avg_d=1.700 std_dev=0.757
C4' B 0, 1.089, 1.877, 2.666, 3.042 max_d=3.042 avg_d=1.877 std_dev=0.788
O5' A 0, -0.028, 0.850, 1.727, 4.251 max_d=4.251 avg_d=0.850 std_dev=0.878
C5' B 0, 0.808, 1.726, 2.644, 4.673 max_d=4.673 avg_d=1.726 std_dev=0.918
P A 0, -0.038, 1.044, 2.126, 5.154 max_d=5.154 avg_d=1.044 std_dev=1.082
OP2 A 0, -0.009, 1.117, 2.242, 5.329 max_d=5.329 avg_d=1.117 std_dev=1.125
OP1 A 0, 0.061, 1.276, 2.491, 5.746 max_d=5.746 avg_d=1.276 std_dev=1.215
O5' B 0, 0.859, 2.076, 3.293, 5.827 max_d=5.827 avg_d=2.076 std_dev=1.217
C3' B 0, 1.278, 2.564, 3.850, 4.136 max_d=4.136 avg_d=2.564 std_dev=1.286
P B 0, 1.044, 2.760, 4.475, 8.968 max_d=8.968 avg_d=2.760 std_dev=1.715
O3' B 0, 2.084, 4.048, 6.012, 6.372 max_d=6.372 avg_d=4.048 std_dev=1.964
OP2 B 0, 0.416, 2.429, 4.441, 10.278 max_d=10.278 avg_d=2.429 std_dev=2.013
OP1 B 0, 1.757, 3.804, 5.850, 10.110 max_d=10.110 avg_d=3.804 std_dev=2.047

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.14 0.01 0.14 0.16 0.13 0.11
C2 0.03 0.00 0.12 0.18 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.16 0.05 0.29 0.28 0.30 0.28
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.09 0.09 0.03 0.11 0.07 0.20 0.01 0.03 0.01 0.15 0.26 0.16 0.14
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.21 0.01 0.19 0.02 0.15 0.13 0.21 0.23 0.18 0.02 0.01 0.02 0.24 0.35 0.23 0.25
C4 0.03 0.02 0.06 0.21 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.19 0.04 0.46 0.46 0.50 0.48
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.08 0.11 0.08 0.15 0.03 0.01 0.02 0.15 0.15 0.04
C5 0.03 0.02 0.08 0.19 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.18 0.17 0.07 0.50 0.47 0.49 0.50
C5' 0.04 0.09 0.09 0.02 0.16 0.01 0.17 0.00 0.14 0.09 0.12 0.17 0.09 0.08 0.11 0.02 0.01 0.14 0.22 0.02
C6 0.03 0.02 0.09 0.15 0.01 0.10 0.01 0.14 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.16 0.13 0.08 0.43 0.37 0.33 0.39
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.09 0.09 0.02 0.29 0.26 0.24 0.26
N3 0.03 0.01 0.11 0.21 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.11 0.18 0.04 0.38 0.38 0.41 0.39
N4 0.03 0.02 0.07 0.23 0.01 0.11 0.02 0.17 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.17 0.22 0.05 0.50 0.53 0.58 0.54
O2 0.06 0.01 0.20 0.18 0.02 0.08 0.03 0.09 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.13 0.20 0.09 0.21 0.22 0.25 0.21
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.15 0.15 0.18 0.08 0.16 0.09 0.11 0.17 0.13 0.00 0.07 0.10 0.15 0.25 0.15 0.14
O3' 0.14 0.16 0.03 0.01 0.19 0.03 0.17 0.11 0.13 0.09 0.18 0.22 0.20 0.07 0.00 0.10 0.23 0.49 0.33 0.33
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.04 0.05 0.09 0.10 0.10 0.00 0.10 0.12 0.19 0.11
O5' 0.14 0.29 0.15 0.24 0.46 0.02 0.50 0.01 0.43 0.29 0.38 0.50 0.21 0.15 0.23 0.10 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.16 0.28 0.26 0.35 0.46 0.15 0.47 0.14 0.37 0.26 0.38 0.53 0.22 0.25 0.49 0.12 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.30 0.16 0.23 0.50 0.15 0.49 0.22 0.33 0.24 0.41 0.58 0.25 0.15 0.33 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.28 0.14 0.25 0.48 0.04 0.50 0.02 0.39 0.26 0.39 0.54 0.21 0.14 0.33 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 0.29 0.45 0.48 0.20 0.49 0.19 0.50 0.23 0.31 0.19 0.41 0.66 0.59 0.30 0.57 0.43 1.37 0.78 0.63
C2 0.32 0.25 0.39 0.46 0.20 0.37 0.17 0.37 0.19 0.24 0.17 0.37 0.53 0.49 0.30 0.43 0.35 1.25 0.81 0.52
C2' 0.50 0.37 0.44 0.44 0.27 0.61 0.29 0.70 0.34 0.39 0.28 0.45 0.78 0.68 0.31 0.72 0.58 1.47 0.87 0.77
C3' 0.50 0.38 0.43 0.42 0.31 0.61 0.32 0.73 0.36 0.41 0.31 0.46 0.79 0.70 0.35 0.74 0.55 1.45 0.90 0.74
C4 0.23 0.23 0.34 0.48 0.17 0.27 0.17 0.30 0.15 0.19 0.18 0.34 0.42 0.39 0.27 0.27 0.40 1.24 0.97 0.51
C4' 0.45 0.31 0.47 0.49 0.19 0.54 0.19 0.59 0.25 0.33 0.20 0.42 0.73 0.65 0.27 0.64 0.45 1.41 0.78 0.64
C5 0.25 0.23 0.35 0.47 0.17 0.29 0.17 0.31 0.14 0.19 0.16 0.35 0.46 0.42 0.27 0.32 0.36 1.26 0.94 0.49
C5' 0.43 0.32 0.46 0.47 0.21 0.51 0.21 0.56 0.25 0.32 0.22 0.43 0.72 0.64 0.28 0.61 0.40 1.38 0.81 0.58
C6 0.29 0.24 0.38 0.46 0.16 0.34 0.15 0.35 0.14 0.21 0.14 0.37 0.53 0.47 0.28 0.40 0.31 1.28 0.85 0.47
N1 0.34 0.25 0.40 0.46 0.18 0.39 0.16 0.40 0.18 0.25 0.16 0.38 0.57 0.51 0.29 0.46 0.34 1.29 0.80 0.52
N3 0.25 0.22 0.35 0.46 0.17 0.29 0.15 0.30 0.14 0.19 0.14 0.34 0.45 0.41 0.28 0.31 0.34 1.20 0.89 0.49
N4 0.24 0.27 0.33 0.50 0.23 0.28 0.24 0.33 0.21 0.22 0.25 0.34 0.38 0.36 0.28 0.24 0.54 1.29 1.10 0.63
O2 0.39 0.29 0.43 0.47 0.27 0.43 0.24 0.45 0.26 0.31 0.25 0.39 0.58 0.55 0.34 0.51 0.44 1.29 0.78 0.62
O2' 0.54 0.38 0.53 0.54 0.28 0.67 0.30 0.76 0.37 0.42 0.29 0.45 0.83 0.76 0.32 0.76 0.71 1.56 0.89 0.91
O3' 0.61 0.45 0.55 0.58 0.35 0.76 0.40 0.89 0.46 0.50 0.36 0.52 0.90 0.89 0.36 0.86 0.73 1.54 1.05 0.92
O4' 0.44 0.30 0.51 0.57 0.20 0.51 0.19 0.49 0.23 0.31 0.19 0.42 0.67 0.66 0.30 0.56 0.42 1.36 0.77 0.60
O5' 0.36 0.35 0.44 0.41 0.44 0.35 0.41 0.42 0.36 0.34 0.36 0.40 0.74 0.63 0.55 0.47 0.38 1.29 0.91 0.50
OP1 0.37 0.36 0.46 0.41 0.47 0.36 0.45 0.43 0.40 0.36 0.38 0.38 0.77 0.70 0.56 0.48 0.39 1.27 0.97 0.49
OP2 0.42 0.42 0.47 0.42 0.52 0.39 0.53 0.47 0.49 0.43 0.44 0.44 0.77 0.66 0.61 0.50 0.48 1.22 1.17 0.55
P 0.39 0.38 0.45 0.42 0.47 0.37 0.46 0.43 0.41 0.38 0.39 0.42 0.75 0.64 0.57 0.48 0.41 1.25 1.03 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.13 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.32 0.05 0.01 0.31 0.49 0.49 0.33
C2 0.04 0.00 0.19 0.26 0.03 0.10 0.04 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.36 0.25 0.03 0.10 0.42 0.97 0.78 0.52
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.09 0.02 0.12 0.25 0.15 0.03 0.16 0.31 0.01 0.03 0.10 0.01 0.51 0.67 0.53 0.52
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.40 0.01 0.43 0.02 0.38 0.23 0.33 0.27 0.03 0.01 0.43 0.02 0.19 0.32 0.27 0.17
C4 0.04 0.03 0.09 0.40 0.00 0.16 0.01 0.23 0.03 0.03 0.01 0.04 0.29 0.23 0.01 0.06 0.57 1.25 1.15 0.70
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.16 0.00 0.18 0.01 0.17 0.09 0.12 0.13 0.30 0.03 0.17 0.01 0.02 0.27 0.29 0.04
C5 0.03 0.04 0.12 0.43 0.01 0.18 0.00 0.28 0.01 0.03 0.02 0.05 0.22 0.25 0.02 0.10 0.63 1.19 1.18 0.74
C5' 0.13 0.16 0.25 0.02 0.23 0.01 0.28 0.00 0.25 0.15 0.19 0.20 0.10 0.21 0.25 0.02 0.01 0.39 0.41 0.02
C6 0.03 0.02 0.15 0.38 0.03 0.17 0.01 0.25 0.00 0.01 0.03 0.03 0.18 0.19 0.03 0.13 0.55 0.92 0.96 0.61
N1 0.02 0.01 0.03 0.23 0.03 0.09 0.03 0.15 0.01 0.00 0.03 0.03 0.17 0.11 0.04 0.03 0.40 0.79 0.74 0.47
N3 0.04 0.01 0.16 0.33 0.01 0.12 0.02 0.19 0.03 0.03 0.00 0.03 0.36 0.24 0.03 0.07 0.48 1.15 0.97 0.61
O2 0.06 0.01 0.31 0.27 0.04 0.13 0.05 0.20 0.03 0.03 0.03 0.00 0.51 0.43 0.05 0.18 0.42 0.98 0.66 0.52
O2' 0.02 0.36 0.01 0.03 0.29 0.30 0.22 0.10 0.18 0.17 0.36 0.51 0.00 0.06 0.31 0.21 0.36 0.66 0.34 0.42
O3' 0.32 0.25 0.03 0.01 0.23 0.03 0.25 0.21 0.19 0.11 0.24 0.43 0.06 0.00 0.28 0.27 0.29 0.71 0.38 0.39
O4 0.05 0.03 0.10 0.43 0.01 0.17 0.02 0.25 0.03 0.04 0.03 0.05 0.31 0.28 0.00 0.06 0.60 1.35 1.25 0.75
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.06 0.01 0.10 0.02 0.13 0.03 0.07 0.18 0.21 0.27 0.06 0.00 0.25 0.26 0.42 0.21
O5' 0.31 0.42 0.51 0.19 0.57 0.02 0.63 0.01 0.55 0.40 0.48 0.42 0.36 0.29 0.60 0.25 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.49 0.97 0.67 0.32 1.25 0.27 1.19 0.39 0.92 0.79 1.15 0.98 0.66 0.71 1.35 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.49 0.78 0.53 0.27 1.15 0.29 1.18 0.41 0.96 0.74 0.97 0.66 0.34 0.38 1.25 0.42 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.33 0.52 0.52 0.17 0.70 0.04 0.74 0.02 0.61 0.47 0.61 0.52 0.42 0.39 0.75 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00