ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48434

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 3, 4, 6, 2, 3, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.003, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.025 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.012, 0.045, 0.079, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.045 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.026, 0.062, 0.099, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.062 std_dev=0.037
C4' A 0, 0.031, 0.080, 0.128, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.080 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.040, 0.095, 0.150, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.095 std_dev=0.055
O2' A 0, 0.051, 0.107, 0.163, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.107 std_dev=0.056
O3' A 0, 0.059, 0.140, 0.221, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.140 std_dev=0.081
C5' A 0, 0.051, 0.135, 0.218, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.135 std_dev=0.084
O5' A 0, 0.052, 0.149, 0.245, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.149 std_dev=0.097
P A 0, 0.087, 0.219, 0.351, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.219 std_dev=0.132
OP2 A 0, 0.100, 0.245, 0.390, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.245 std_dev=0.145
OP1 A 0, 0.096, 0.260, 0.423, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.260 std_dev=0.164
O4 B 0, 0.067, 0.258, 0.449, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.258 std_dev=0.191
C4 B 0, 0.063, 0.269, 0.474, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.269 std_dev=0.205
C5 B 0, 0.089, 0.316, 0.543, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.316 std_dev=0.227
N3 B 0, 0.057, 0.287, 0.518, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.287 std_dev=0.231
C2 B 0, 0.095, 0.347, 0.599, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.347 std_dev=0.252
C6 B 0, 0.110, 0.367, 0.623, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.367 std_dev=0.256
N1 B 0, 0.118, 0.380, 0.642, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.380 std_dev=0.262
OP2 B 0, 0.193, 0.462, 0.731, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.462 std_dev=0.269
O2 B 0, 0.105, 0.390, 0.676, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.390 std_dev=0.286
P B 0, 0.181, 0.477, 0.772, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.477 std_dev=0.295
C5' B 0, 0.178, 0.474, 0.769, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.474 std_dev=0.296
O4' B 0, 0.172, 0.477, 0.782, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.477 std_dev=0.305
C1' B 0, 0.145, 0.456, 0.767, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.456 std_dev=0.311
O5' B 0, 0.191, 0.511, 0.831, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.511 std_dev=0.320
C4' B 0, 0.176, 0.506, 0.836, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.506 std_dev=0.330
OP1 B 0, 0.185, 0.533, 0.882, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.533 std_dev=0.348
C3' B 0, 0.146, 0.503, 0.860, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.503 std_dev=0.357
C2' B 0, 0.129, 0.493, 0.856, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.493 std_dev=0.363
O2' B 0, 0.159, 0.570, 0.981, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.570 std_dev=0.411
O3' B 0, 0.152, 0.579, 1.005, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.579 std_dev=0.426

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.08 0.09 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.08 0.09 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.07 0.08 0.06
N4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.07 0.09 0.10 0.09
O2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.04 0.05 0.06 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
O5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.07 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.05 0.06 0.08 0.03 0.08 0.03 0.06 0.05 0.07 0.09 0.05 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.06 0.04 0.04 0.09 0.01 0.09 0.01 0.06 0.05 0.08 0.10 0.06 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.03 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.06 0.09 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.13 0.11 0.13 0.16 0.13 0.15 0.14 0.14 0.13 0.14 0.13 0.10 0.13 0.17 0.12 0.13 0.15 0.15 0.13
C2 0.10 0.12 0.09 0.12 0.16 0.12 0.15 0.14 0.13 0.11 0.14 0.11 0.08 0.12 0.19 0.11 0.13 0.15 0.16 0.13
C2' 0.14 0.13 0.14 0.15 0.15 0.14 0.16 0.14 0.15 0.14 0.13 0.13 0.13 0.15 0.15 0.13 0.13 0.14 0.15 0.13
C3' 0.14 0.13 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.14 0.14 0.13 0.12 0.12 0.13 0.14 0.14 0.14 0.13 0.12 0.13 0.11
C4 0.07 0.08 0.07 0.08 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.13 0.08 0.10 0.13 0.14 0.11
C4' 0.12 0.12 0.12 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.12 0.11 0.13 0.15 0.12 0.12 0.13 0.14 0.12
C5 0.08 0.09 0.07 0.08 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.08 0.09 0.10 0.07 0.08 0.11 0.09 0.10 0.12 0.13 0.11
C5' 0.11 0.11 0.10 0.11 0.13 0.12 0.14 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.10 0.11 0.14 0.12 0.11 0.11 0.11 0.10
C6 0.09 0.10 0.08 0.09 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.10 0.10 0.11 0.08 0.09 0.13 0.10 0.11 0.13 0.14 0.11
N1 0.10 0.11 0.09 0.11 0.14 0.12 0.14 0.13 0.13 0.11 0.13 0.11 0.09 0.11 0.17 0.11 0.12 0.14 0.15 0.12
N3 0.08 0.09 0.07 0.10 0.14 0.10 0.14 0.13 0.11 0.09 0.11 0.09 0.07 0.09 0.18 0.09 0.12 0.14 0.15 0.12
N4 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.07 0.09 0.11 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.12 0.13 0.10
O2 0.12 0.15 0.12 0.14 0.19 0.14 0.18 0.16 0.15 0.14 0.18 0.14 0.10 0.14 0.21 0.13 0.15 0.16 0.17 0.15
O2' 0.14 0.14 0.15 0.16 0.16 0.15 0.16 0.14 0.15 0.15 0.15 0.14 0.15 0.17 0.17 0.14 0.14 0.16 0.17 0.14
O3' 0.15 0.13 0.15 0.15 0.13 0.14 0.15 0.14 0.15 0.14 0.12 0.13 0.15 0.15 0.13 0.14 0.13 0.12 0.13 0.11
O4' 0.11 0.12 0.10 0.12 0.15 0.12 0.14 0.14 0.13 0.12 0.14 0.12 0.09 0.12 0.17 0.12 0.13 0.14 0.15 0.13
O5' 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.12 0.13 0.14 0.12 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.13 0.12 0.11 0.10 0.10 0.09
OP1 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.12 0.14 0.14 0.13 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.12 0.12 0.11 0.09 0.09 0.09
OP2 0.12 0.11 0.10 0.11 0.12 0.13 0.14 0.14 0.13 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.13 0.12 0.10 0.09 0.09
P 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.12 0.13 0.14 0.12 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.12 0.11 0.09 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.10 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.03 0.06 0.12 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.11 0.05
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.10 0.06
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.09 0.13 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.05 0.10 0.14 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.05 0.08 0.13 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.12 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.07 0.13 0.07
O2 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.04 0.03 0.06 0.12 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.09 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.10 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.06 0.10 0.06
O4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.10 0.13 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02
O5' 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.05 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.08 0.05 0.07 0.06 0.04 0.06 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.12 0.11 0.10 0.13 0.05 0.14 0.03 0.13 0.12 0.13 0.12 0.09 0.10 0.13 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.05 0.06 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.06 0.07 0.05 0.03 0.06 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00