ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48436

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 0, 4, 3, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.013, 0.025, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.032 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.012, 0.027, 0.043, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.008, 0.028, 0.047, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.016, 0.038, 0.059, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.038 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.022, 0.044, 0.066, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.044 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.054, 0.097, 0.140, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.097 std_dev=0.043
N4 A 0, 0.049, 0.097, 0.144, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.097 std_dev=0.048
C4 B 0, 0.145, 0.357, 0.570, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.357 std_dev=0.212
O4' A 0, 0.369, 0.633, 0.896, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.633 std_dev=0.264
C2' A 0, 0.361, 0.648, 0.935, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.648 std_dev=0.287
O2' A 0, 0.364, 0.730, 1.097, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.730 std_dev=0.366
O4 B 0, 0.466, 0.839, 1.211, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.839 std_dev=0.372
C4' A 0, 0.553, 0.954, 1.356, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.954 std_dev=0.401
C3' A 0, 0.595, 1.040, 1.485, 1.439 max_d=1.439 avg_d=1.040 std_dev=0.445
N3 B 0, 0.500, 0.950, 1.400, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.950 std_dev=0.450
C5 B 0, 0.343, 0.800, 1.256, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.800 std_dev=0.456
OP2 A 0, 0.625, 1.084, 1.543, 1.489 max_d=1.489 avg_d=1.084 std_dev=0.459
P A 0, 0.569, 1.060, 1.551, 1.676 max_d=1.676 avg_d=1.060 std_dev=0.491
C2 B 0, 0.760, 1.324, 1.889, 1.938 max_d=1.938 avg_d=1.324 std_dev=0.565
N1 B 0, 0.791, 1.377, 1.963, 2.010 max_d=2.010 avg_d=1.377 std_dev=0.586
OP1 A 0, 0.713, 1.306, 1.900, 2.003 max_d=2.003 avg_d=1.306 std_dev=0.594
C6 B 0, 0.673, 1.281, 1.889, 1.976 max_d=1.976 avg_d=1.281 std_dev=0.608
O3' A 0, 0.834, 1.466, 2.098, 2.037 max_d=2.037 avg_d=1.466 std_dev=0.632
C5' A 0, 0.908, 1.576, 2.244, 2.193 max_d=2.193 avg_d=1.576 std_dev=0.668
O5' A 0, 0.959, 1.670, 2.382, 2.229 max_d=2.229 avg_d=1.670 std_dev=0.711
C2' B 0, 0.893, 1.637, 2.381, 2.587 max_d=2.587 avg_d=1.637 std_dev=0.744
O2 B 0, 1.138, 1.977, 2.815, 2.901 max_d=2.901 avg_d=1.977 std_dev=0.838
C1' B 0, 1.192, 2.077, 2.962, 3.030 max_d=3.030 avg_d=2.077 std_dev=0.885
O2' B 0, 1.288, 2.237, 3.187, 3.406 max_d=3.406 avg_d=2.237 std_dev=0.949
C3' B 0, 1.154, 2.218, 3.282, 3.378 max_d=3.378 avg_d=2.218 std_dev=1.064
O4' B 0, 1.625, 2.834, 4.042, 3.970 max_d=3.970 avg_d=2.834 std_dev=1.209
O3' B 0, 1.223, 2.432, 3.642, 3.875 max_d=3.875 avg_d=2.432 std_dev=1.209
C4' B 0, 1.791, 3.182, 4.573, 4.524 max_d=4.524 avg_d=3.182 std_dev=1.391
O5' B 0, 1.980, 3.528, 5.077, 4.907 max_d=4.907 avg_d=3.528 std_dev=1.548
C5' B 0, 2.248, 3.948, 5.648, 5.414 max_d=5.414 avg_d=3.948 std_dev=1.700
OP2 B 0, 2.353, 4.129, 5.905, 5.688 max_d=5.688 avg_d=4.129 std_dev=1.776
P B 0, 2.467, 4.322, 6.178, 5.944 max_d=5.944 avg_d=4.322 std_dev=1.855
OP1 B 0, 3.207, 5.573, 7.939, 7.426 max_d=7.426 avg_d=5.573 std_dev=2.366

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.06 0.16 0.33 0.13
C2 0.03 0.00 0.11 0.07 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.13 0.09 0.04 0.08 0.15 0.31 0.15
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.09 0.05 0.17 0.01 0.02 0.01 0.05 0.26 0.45 0.22
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.08 0.01 0.14 0.02 0.14 0.04 0.07 0.10 0.13 0.03 0.01 0.02 0.05 0.29 0.45 0.24
C4 0.03 0.02 0.05 0.08 0.00 0.10 0.01 0.16 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.08 0.07 0.19 0.21 0.30 0.23
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.13 0.04 0.05 0.12 0.08 0.04 0.03 0.01 0.03 0.14 0.24 0.09
C5 0.05 0.03 0.06 0.14 0.01 0.15 0.00 0.20 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.14 0.09 0.22 0.23 0.30 0.24
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.16 0.01 0.20 0.00 0.16 0.05 0.09 0.20 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.06 0.08 0.02
C6 0.05 0.03 0.08 0.14 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.14 0.10 0.15 0.18 0.32 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.08 0.16 0.33 0.15
N3 0.02 0.01 0.09 0.07 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.13 0.08 0.05 0.13 0.17 0.29 0.18
N4 0.03 0.03 0.05 0.10 0.01 0.12 0.02 0.20 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.07 0.10 0.08 0.24 0.27 0.32 0.29
O2 0.06 0.01 0.17 0.13 0.03 0.08 0.04 0.07 0.04 0.03 0.03 0.05 0.00 0.22 0.17 0.08 0.08 0.16 0.32 0.15
O2' 0.02 0.13 0.01 0.03 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.13 0.07 0.22 0.00 0.04 0.04 0.03 0.24 0.43 0.18
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.08 0.03 0.14 0.04 0.14 0.04 0.08 0.10 0.17 0.04 0.00 0.02 0.06 0.35 0.47 0.27
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.01 0.09 0.02 0.10 0.02 0.05 0.08 0.08 0.04 0.02 0.00 0.08 0.09 0.22 0.09
O5' 0.06 0.08 0.05 0.05 0.19 0.03 0.22 0.01 0.15 0.08 0.13 0.24 0.08 0.03 0.06 0.08 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.16 0.15 0.26 0.29 0.21 0.14 0.23 0.06 0.18 0.16 0.17 0.27 0.16 0.24 0.35 0.09 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.33 0.31 0.45 0.45 0.30 0.24 0.30 0.08 0.32 0.33 0.29 0.32 0.32 0.43 0.47 0.22 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.13 0.15 0.22 0.24 0.23 0.09 0.24 0.02 0.17 0.15 0.18 0.29 0.15 0.18 0.27 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.55 0.34 0.40 0.38 0.12 0.57 0.15 0.55 0.30 0.40 0.15 0.45 0.51 0.35 0.28 0.64 0.39 0.38 0.19 0.29
C2 0.43 0.34 0.30 0.26 0.09 0.40 0.12 0.37 0.24 0.34 0.18 0.43 0.38 0.22 0.26 0.47 0.25 0.21 0.23 0.17
C2' 0.38 0.15 0.24 0.27 0.22 0.47 0.12 0.49 0.18 0.23 0.18 0.20 0.33 0.24 0.39 0.52 0.34 0.37 0.22 0.27
C3' 0.36 0.17 0.25 0.27 0.20 0.45 0.13 0.46 0.18 0.23 0.15 0.22 0.34 0.25 0.35 0.49 0.31 0.33 0.23 0.24
C4 0.32 0.31 0.24 0.22 0.15 0.27 0.14 0.26 0.18 0.27 0.25 0.39 0.31 0.20 0.19 0.33 0.24 0.27 0.45 0.28
C4' 0.53 0.31 0.41 0.39 0.12 0.58 0.14 0.56 0.27 0.37 0.14 0.42 0.54 0.37 0.27 0.62 0.38 0.38 0.20 0.28
C5 0.36 0.32 0.26 0.23 0.12 0.33 0.13 0.31 0.20 0.29 0.22 0.41 0.34 0.20 0.19 0.39 0.24 0.24 0.40 0.24
C5' 0.53 0.35 0.43 0.40 0.11 0.56 0.14 0.52 0.27 0.38 0.18 0.47 0.57 0.38 0.22 0.60 0.35 0.32 0.21 0.23
C6 0.43 0.34 0.31 0.27 0.10 0.42 0.12 0.39 0.23 0.34 0.19 0.43 0.41 0.24 0.21 0.49 0.27 0.23 0.29 0.20
N1 0.47 0.34 0.33 0.30 0.10 0.46 0.12 0.44 0.26 0.36 0.17 0.45 0.44 0.26 0.25 0.54 0.29 0.26 0.22 0.20
N3 0.34 0.32 0.24 0.21 0.11 0.28 0.11 0.26 0.18 0.28 0.24 0.39 0.31 0.19 0.21 0.35 0.20 0.20 0.35 0.20
N4 0.29 0.32 0.27 0.28 0.22 0.28 0.23 0.31 0.23 0.27 0.29 0.37 0.30 0.29 0.22 0.28 0.35 0.43 0.60 0.44
O2 0.48 0.36 0.33 0.31 0.13 0.46 0.16 0.44 0.29 0.39 0.16 0.45 0.41 0.27 0.29 0.54 0.32 0.30 0.19 0.23
O2' 0.41 0.13 0.25 0.31 0.23 0.55 0.11 0.59 0.20 0.24 0.22 0.16 0.34 0.27 0.40 0.59 0.42 0.49 0.24 0.37
O3' 0.30 0.14 0.21 0.24 0.25 0.43 0.16 0.47 0.16 0.18 0.22 0.16 0.28 0.22 0.40 0.45 0.32 0.36 0.25 0.26
O4' 0.62 0.43 0.49 0.45 0.12 0.63 0.18 0.59 0.34 0.46 0.23 0.57 0.63 0.42 0.21 0.68 0.41 0.38 0.18 0.29
O5' 0.49 0.36 0.40 0.36 0.10 0.49 0.13 0.44 0.25 0.36 0.20 0.48 0.53 0.34 0.19 0.53 0.29 0.24 0.25 0.18
OP1 0.59 0.43 0.48 0.46 0.14 0.62 0.20 0.59 0.34 0.45 0.26 0.53 0.61 0.43 0.11 0.67 0.41 0.36 0.19 0.28
OP2 0.70 0.57 0.59 0.55 0.27 0.71 0.33 0.67 0.47 0.58 0.41 0.66 0.70 0.53 0.13 0.76 0.47 0.39 0.15 0.32
P 0.56 0.43 0.45 0.42 0.15 0.57 0.20 0.53 0.33 0.44 0.28 0.54 0.58 0.39 0.10 0.63 0.35 0.29 0.18 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.02 0.04 0.01 0.08 0.13 0.15 0.11
C2 0.04 0.00 0.07 0.08 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.03 0.04 0.14 0.18 0.25 0.18
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.06 0.14 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.18 0.15 0.09
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.12 0.05 0.08 0.14 0.02 0.01 0.09 0.01 0.07 0.20 0.17 0.11
C4 0.03 0.02 0.04 0.08 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.02 0.17 0.22 0.31 0.21
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.05 0.09 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.12 0.05 0.03
C5 0.01 0.02 0.06 0.11 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.13 0.02 0.02 0.18 0.22 0.30 0.21
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.07 0.08 0.10 0.04 0.04 0.11 0.02 0.01 0.10 0.02 0.02
C6 0.01 0.02 0.08 0.12 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.13 0.02 0.03 0.16 0.19 0.25 0.18
N1 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.13 0.17 0.22 0.16
N3 0.03 0.01 0.06 0.08 0.01 0.05 0.02 0.08 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.09 0.02 0.03 0.15 0.20 0.28 0.19
O2 0.08 0.01 0.14 0.14 0.02 0.09 0.03 0.10 0.03 0.04 0.02 0.00 0.12 0.15 0.03 0.08 0.15 0.19 0.24 0.18
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.05 0.12 0.00 0.05 0.04 0.04 0.05 0.18 0.13 0.08
O3' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.09 0.01 0.13 0.04 0.13 0.05 0.09 0.15 0.05 0.00 0.10 0.01 0.12 0.26 0.26 0.17
O4 0.04 0.03 0.05 0.09 0.01 0.06 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.10 0.00 0.03 0.18 0.24 0.33 0.23
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.08 0.04 0.01 0.03 0.00 0.09 0.10 0.16 0.12
O5' 0.08 0.14 0.05 0.07 0.17 0.02 0.18 0.01 0.16 0.13 0.15 0.15 0.05 0.12 0.18 0.09 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.13 0.18 0.18 0.20 0.22 0.12 0.22 0.10 0.19 0.17 0.20 0.19 0.18 0.26 0.24 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.25 0.15 0.17 0.31 0.05 0.30 0.02 0.25 0.22 0.28 0.24 0.13 0.26 0.33 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.18 0.09 0.11 0.21 0.03 0.21 0.02 0.18 0.16 0.19 0.18 0.08 0.17 0.23 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00