ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48437

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.018, 0.032, 0.047, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.032 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.017, 0.032, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.032 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.018, 0.032, 0.047, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.032 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.030 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.032, 0.072, 0.112, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.072 std_dev=0.040
N4 A 0, 0.061, 0.104, 0.146, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.104 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.093, 0.180, 0.267, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.180 std_dev=0.087
O4' A 0, 0.019, 0.135, 0.251, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.135 std_dev=0.116
O2' A 0, 0.187, 0.333, 0.479, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.333 std_dev=0.146
C3' A 0, 0.083, 0.246, 0.409, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.246 std_dev=0.163
C4' A 0, 0.055, 0.233, 0.412, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.233 std_dev=0.179
O5' A 0, 0.135, 0.374, 0.612, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.374 std_dev=0.238
O3' A 0, 0.137, 0.376, 0.615, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.376 std_dev=0.239
O4 B 0, 0.211, 0.506, 0.802, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.506 std_dev=0.295
C5 B 0, 0.327, 0.636, 0.944, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.636 std_dev=0.309
C5' A 0, 0.078, 0.390, 0.702, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.390 std_dev=0.312
C4 B 0, 0.257, 0.570, 0.883, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.570 std_dev=0.313
C6 B 0, 0.362, 0.704, 1.046, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.704 std_dev=0.342
P A 0, 0.115, 0.461, 0.806, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.461 std_dev=0.346
OP2 A 0, 0.199, 0.577, 0.956, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.577 std_dev=0.378
N3 B 0, 0.211, 0.611, 1.012, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.611 std_dev=0.400
N1 B 0, 0.330, 0.739, 1.149, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.739 std_dev=0.410
OP1 A 0, 0.167, 0.588, 1.009, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.588 std_dev=0.421
C1' B 0, 0.382, 0.838, 1.294, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.838 std_dev=0.456
C2 B 0, 0.236, 0.707, 1.178, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.707 std_dev=0.471
O2 B 0, 0.183, 0.789, 1.394, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.789 std_dev=0.606
O4' B 0, 0.358, 0.991, 1.624, 2.242 max_d=2.242 avg_d=0.991 std_dev=0.633
C4' B 0, 0.349, 1.389, 2.429, 3.450 max_d=3.450 avg_d=1.389 std_dev=1.040
O3' B 0, 0.365, 1.417, 2.470, 3.693 max_d=3.693 avg_d=1.417 std_dev=1.052
C3' B 0, 0.394, 1.501, 2.607, 3.534 max_d=3.534 avg_d=1.501 std_dev=1.107
C2' B 0, 0.344, 1.499, 2.654, 3.171 max_d=3.171 avg_d=1.499 std_dev=1.155
O2' B 0, 0.274, 1.747, 3.220, 3.960 max_d=3.960 avg_d=1.747 std_dev=1.473
O5' B 0, 0.118, 1.795, 3.473, 4.912 max_d=4.912 avg_d=1.795 std_dev=1.677
C5' B 0, 0.220, 1.982, 3.744, 4.799 max_d=4.799 avg_d=1.982 std_dev=1.762
P B 0, -0.131, 2.181, 4.493, 6.568 max_d=6.568 avg_d=2.181 std_dev=2.312
OP2 B 0, -0.057, 2.305, 4.667, 6.887 max_d=6.887 avg_d=2.305 std_dev=2.362
OP1 B 0, -0.446, 2.614, 5.674, 8.341 max_d=8.341 avg_d=2.614 std_dev=3.060

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.07 0.08 0.23 0.08
C2 0.02 0.00 0.07 0.11 0.01 0.04 0.02 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.03 0.16 0.16 0.28 0.14
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.04 0.11 0.00 0.02 0.01 0.13 0.15 0.15 0.07
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.11 0.01 0.09 0.02 0.07 0.06 0.13 0.13 0.13 0.03 0.01 0.01 0.21 0.20 0.12 0.12
C4 0.02 0.01 0.03 0.11 0.00 0.09 0.01 0.16 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.14 0.05 0.20 0.21 0.32 0.20
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.01 0.07 0.04 0.07 0.10 0.04 0.07 0.03 0.01 0.01 0.08 0.20 0.03
C5 0.02 0.02 0.04 0.09 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.06 0.20 0.20 0.30 0.19
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.16 0.01 0.16 0.00 0.13 0.08 0.12 0.18 0.06 0.08 0.05 0.02 0.01 0.08 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.02 0.07 0.01 0.13 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.08 0.05 0.17 0.16 0.27 0.15
N1 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.14 0.13 0.26 0.12
N3 0.03 0.00 0.06 0.13 0.00 0.07 0.01 0.12 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.16 0.04 0.18 0.19 0.31 0.17
N4 0.02 0.01 0.04 0.13 0.00 0.10 0.01 0.18 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.17 0.05 0.21 0.24 0.35 0.23
O2 0.05 0.01 0.11 0.13 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.15 0.06 0.15 0.15 0.26 0.13
O2' 0.02 0.05 0.00 0.03 0.04 0.07 0.04 0.08 0.04 0.03 0.05 0.04 0.09 0.00 0.04 0.07 0.06 0.11 0.19 0.08
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.14 0.03 0.11 0.05 0.08 0.06 0.16 0.17 0.15 0.04 0.00 0.02 0.22 0.27 0.12 0.16
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.06 0.07 0.02 0.00 0.11 0.09 0.27 0.13
O5' 0.07 0.16 0.13 0.21 0.20 0.01 0.20 0.01 0.17 0.14 0.18 0.21 0.15 0.06 0.22 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.08 0.16 0.15 0.20 0.21 0.08 0.20 0.08 0.16 0.13 0.19 0.24 0.15 0.11 0.27 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.28 0.15 0.12 0.32 0.20 0.30 0.21 0.27 0.26 0.31 0.35 0.26 0.19 0.12 0.27 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.14 0.07 0.12 0.20 0.03 0.19 0.02 0.15 0.12 0.17 0.23 0.13 0.08 0.16 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.14 0.50 0.37 0.13 0.17 0.13 0.18 0.13 0.14 0.13 0.18 0.74 0.21 0.14 0.32 0.30 0.35 0.84 0.40
C2 0.14 0.15 0.49 0.36 0.15 0.15 0.16 0.15 0.15 0.15 0.15 0.18 0.72 0.22 0.16 0.29 0.31 0.34 0.81 0.39
C2' 0.17 0.19 0.50 0.31 0.15 0.25 0.15 0.31 0.16 0.17 0.18 0.23 0.80 0.32 0.15 0.35 0.16 0.19 0.65 0.24
C3' 0.20 0.22 0.49 0.35 0.18 0.18 0.17 0.22 0.18 0.20 0.21 0.26 0.76 0.30 0.17 0.29 0.22 0.23 0.72 0.29
C4 0.11 0.12 0.29 0.33 0.13 0.12 0.13 0.14 0.13 0.12 0.12 0.14 0.50 0.11 0.14 0.25 0.41 0.50 0.92 0.52
C4' 0.14 0.16 0.48 0.38 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.19 0.70 0.21 0.12 0.28 0.33 0.39 0.88 0.43
C5 0.11 0.12 0.28 0.35 0.12 0.13 0.13 0.14 0.12 0.12 0.12 0.14 0.50 0.11 0.13 0.25 0.43 0.54 0.96 0.56
C5' 0.15 0.17 0.47 0.45 0.14 0.08 0.14 0.08 0.14 0.15 0.16 0.20 0.64 0.19 0.13 0.19 0.46 0.55 1.03 0.59
C6 0.10 0.11 0.35 0.36 0.11 0.13 0.12 0.12 0.11 0.10 0.11 0.13 0.56 0.12 0.12 0.27 0.39 0.49 0.93 0.51
N1 0.12 0.13 0.45 0.36 0.12 0.15 0.13 0.14 0.12 0.12 0.12 0.15 0.66 0.17 0.13 0.29 0.34 0.40 0.86 0.44
N3 0.13 0.14 0.41 0.34 0.15 0.13 0.16 0.13 0.15 0.14 0.14 0.16 0.62 0.17 0.16 0.27 0.35 0.40 0.84 0.44
N4 0.13 0.14 0.19 0.32 0.13 0.13 0.14 0.17 0.13 0.13 0.14 0.15 0.44 0.12 0.14 0.23 0.46 0.57 0.95 0.58
O2 0.19 0.20 0.59 0.38 0.19 0.18 0.19 0.19 0.19 0.20 0.19 0.23 0.86 0.31 0.18 0.30 0.26 0.25 0.73 0.32
O2' 0.16 0.18 0.49 0.27 0.15 0.37 0.15 0.44 0.15 0.16 0.16 0.22 0.82 0.36 0.15 0.47 0.16 0.24 0.59 0.23
O3' 0.26 0.28 0.52 0.34 0.24 0.22 0.23 0.29 0.24 0.26 0.27 0.32 0.82 0.39 0.22 0.30 0.16 0.15 0.63 0.21
O4' 0.11 0.12 0.47 0.41 0.11 0.14 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.15 0.67 0.16 0.11 0.28 0.38 0.47 0.95 0.51
O5' 0.19 0.19 0.39 0.48 0.23 0.25 0.24 0.26 0.23 0.20 0.20 0.18 0.48 0.19 0.24 0.29 0.54 0.66 1.09 0.68
OP1 0.19 0.18 0.41 0.53 0.19 0.19 0.20 0.25 0.20 0.19 0.18 0.19 0.49 0.23 0.19 0.14 0.61 0.74 1.18 0.76
OP2 0.26 0.26 0.44 0.60 0.24 0.27 0.24 0.36 0.24 0.25 0.26 0.29 0.53 0.32 0.23 0.11 0.72 0.85 1.25 0.86
P 0.17 0.17 0.41 0.54 0.17 0.19 0.18 0.27 0.18 0.17 0.17 0.19 0.51 0.24 0.17 0.13 0.64 0.78 1.21 0.79

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.30 0.03 0.00 0.05 0.09 0.17 0.06
C2 0.02 0.00 0.27 0.22 0.01 0.15 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.14 0.02 0.28 0.17 0.17 0.42 0.19
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.07 0.01 0.13 0.16 0.20 0.04 0.21 0.43 0.01 0.04 0.08 0.03 0.42 0.27 0.62 0.43
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.37 0.01 0.38 0.01 0.33 0.23 0.30 0.14 0.02 0.01 0.40 0.02 0.34 0.21 0.50 0.29
C4 0.02 0.01 0.07 0.37 0.00 0.17 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.11 0.01 0.03 0.54 0.60 0.84 0.60
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.17 0.00 0.35 0.01 0.37 0.11 0.10 0.36 0.29 0.02 0.18 0.01 0.02 0.16 0.04 0.09
C5 0.02 0.01 0.13 0.38 0.01 0.35 0.00 0.53 0.01 0.01 0.01 0.02 0.52 0.18 0.02 0.24 0.71 0.77 0.90 0.77
C5' 0.05 0.12 0.16 0.01 0.28 0.01 0.53 0.00 0.52 0.15 0.06 0.38 0.12 0.20 0.30 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01
C6 0.02 0.01 0.20 0.33 0.01 0.37 0.01 0.52 0.00 0.01 0.01 0.02 0.54 0.13 0.02 0.32 0.63 0.64 0.65 0.62
N1 0.01 0.01 0.04 0.23 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.10 0.02 0.01 0.26 0.28 0.38 0.26
N3 0.02 0.00 0.21 0.30 0.01 0.10 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.06 0.02 0.20 0.31 0.34 0.62 0.36
O2 0.04 0.01 0.43 0.14 0.02 0.36 0.02 0.38 0.02 0.02 0.01 0.00 0.62 0.27 0.02 0.51 0.19 0.18 0.35 0.20
O2' 0.02 0.33 0.01 0.02 0.32 0.29 0.52 0.12 0.54 0.19 0.29 0.62 0.00 0.06 0.33 0.21 0.41 0.30 0.79 0.46
O3' 0.30 0.14 0.04 0.01 0.11 0.02 0.18 0.20 0.13 0.10 0.06 0.27 0.06 0.00 0.14 0.18 0.35 0.49 0.56 0.39
O4 0.03 0.02 0.08 0.40 0.01 0.18 0.02 0.30 0.02 0.02 0.02 0.02 0.33 0.14 0.00 0.03 0.58 0.67 0.96 0.68
O4' 0.00 0.28 0.03 0.02 0.03 0.01 0.24 0.02 0.32 0.01 0.20 0.51 0.21 0.18 0.03 0.00 0.16 0.23 0.15 0.21
O5' 0.05 0.17 0.42 0.34 0.54 0.02 0.71 0.01 0.63 0.26 0.31 0.19 0.41 0.35 0.58 0.16 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.09 0.17 0.27 0.21 0.60 0.16 0.77 0.05 0.64 0.28 0.34 0.18 0.30 0.49 0.67 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.42 0.62 0.50 0.84 0.04 0.90 0.06 0.65 0.38 0.62 0.35 0.79 0.56 0.96 0.15 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.19 0.43 0.29 0.60 0.09 0.77 0.01 0.62 0.26 0.36 0.20 0.46 0.39 0.68 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00