ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48439

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.016, 0.029, 0.042, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.029 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.019, 0.036, 0.052, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.036 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.023, 0.042, 0.061, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.042 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.023, 0.043, 0.062, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.043 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.049, 0.090, 0.130, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.090 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.134, 0.285, 0.436, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.285 std_dev=0.151
O4' A 0, 0.162, 0.340, 0.518, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.340 std_dev=0.178
C4' A 0, 0.258, 0.467, 0.676, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.467 std_dev=0.209
C3' A 0, 0.390, 0.710, 1.029, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.710 std_dev=0.320
O2' A 0, 0.473, 0.867, 1.260, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.867 std_dev=0.394
C5' A 0, 0.498, 0.923, 1.347, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.923 std_dev=0.425
O4 B 0, 0.527, 0.961, 1.395, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.961 std_dev=0.434
C4 B 0, 0.564, 1.033, 1.503, 1.338 max_d=1.338 avg_d=1.033 std_dev=0.470
C5 B 0, 0.614, 1.126, 1.638, 1.552 max_d=1.552 avg_d=1.126 std_dev=0.512
N3 B 0, 0.607, 1.143, 1.678, 1.585 max_d=1.585 avg_d=1.143 std_dev=0.535
O3' A 0, 0.658, 1.198, 1.737, 1.510 max_d=1.510 avg_d=1.198 std_dev=0.539
C6 B 0, 0.674, 1.235, 1.796, 1.682 max_d=1.682 avg_d=1.235 std_dev=0.561
N1 B 0, 0.697, 1.284, 1.872, 1.692 max_d=1.692 avg_d=1.284 std_dev=0.588
C2 B 0, 0.690, 1.292, 1.895, 1.788 max_d=1.788 avg_d=1.292 std_dev=0.602
C2' B 0, 0.441, 1.074, 1.707, 2.193 max_d=2.193 avg_d=1.074 std_dev=0.633
C1' B 0, 0.773, 1.425, 2.077, 1.870 max_d=1.870 avg_d=1.425 std_dev=0.652
O2 B 0, 0.778, 1.479, 2.180, 2.049 max_d=2.049 avg_d=1.479 std_dev=0.701
O2' B 0, 0.855, 1.706, 2.558, 2.447 max_d=2.447 avg_d=1.706 std_dev=0.852
O4' B 0, 1.035, 1.911, 2.788, 2.466 max_d=2.466 avg_d=1.911 std_dev=0.876
C3' B 0, 1.164, 2.169, 3.175, 2.941 max_d=2.941 avg_d=2.169 std_dev=1.005
C4' B 0, 1.220, 2.266, 3.312, 3.077 max_d=3.077 avg_d=2.266 std_dev=1.046
O5' B 0, 1.334, 2.475, 3.615, 3.349 max_d=3.349 avg_d=2.475 std_dev=1.140
O5' A 0, 0.880, 2.032, 3.184, 3.161 max_d=3.161 avg_d=2.032 std_dev=1.152
C5' B 0, 1.484, 2.791, 4.098, 3.867 max_d=3.867 avg_d=2.791 std_dev=1.307
O3' B 0, 1.580, 2.931, 4.282, 3.966 max_d=3.966 avg_d=2.931 std_dev=1.351
OP1 A 0, 1.155, 2.639, 4.123, 4.177 max_d=4.177 avg_d=2.639 std_dev=1.484
P A 0, 1.126, 2.644, 4.162, 4.133 max_d=4.133 avg_d=2.644 std_dev=1.518
P B 0, 1.737, 3.260, 4.783, 4.346 max_d=4.346 avg_d=3.260 std_dev=1.523
OP2 B 0, 1.727, 3.286, 4.846, 4.301 max_d=4.301 avg_d=3.286 std_dev=1.559
OP2 A 0, 1.278, 3.129, 4.980, 4.845 max_d=4.845 avg_d=3.129 std_dev=1.851
OP1 B 0, 2.111, 4.072, 6.032, 5.507 max_d=5.507 avg_d=4.072 std_dev=1.960

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.17 0.07 0.24 0.18
C2 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.10 0.02 0.33 0.27 0.56 0.42
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.02 0.01 0.29 0.10 0.34 0.25
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.02 0.09 0.07 0.10 0.11 0.09 0.03 0.00 0.01 0.38 0.19 0.32 0.31
C4 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.13 0.03 0.51 0.54 0.84 0.69
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.03 0.09 0.03 0.01 0.01 0.09 0.08 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.13 0.04 0.54 0.59 0.83 0.73
C5' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.12 0.00 0.13 0.00 0.11 0.07 0.09 0.13 0.05 0.08 0.05 0.01 0.00 0.09 0.21 0.03
C6 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.04 0.47 0.46 0.63 0.59
N1 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.34 0.27 0.49 0.40
N3 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.12 0.03 0.42 0.41 0.72 0.56
N4 0.01 0.00 0.02 0.11 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.14 0.04 0.54 0.63 0.94 0.77
O2 0.03 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.10 0.04 0.24 0.14 0.46 0.30
O2' 0.02 0.09 0.00 0.03 0.06 0.09 0.03 0.08 0.02 0.03 0.09 0.07 0.11 0.00 0.04 0.09 0.06 0.22 0.10 0.07
O3' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.13 0.03 0.13 0.05 0.11 0.07 0.12 0.14 0.10 0.04 0.00 0.02 0.34 0.15 0.26 0.25
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.09 0.02 0.00 0.03 0.06 0.03 0.06
O5' 0.17 0.33 0.29 0.38 0.51 0.01 0.54 0.00 0.47 0.34 0.42 0.54 0.24 0.06 0.34 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.07 0.27 0.10 0.19 0.54 0.09 0.59 0.09 0.46 0.27 0.41 0.63 0.14 0.22 0.15 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.24 0.56 0.34 0.32 0.84 0.08 0.83 0.21 0.63 0.49 0.72 0.94 0.46 0.10 0.26 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.18 0.42 0.25 0.31 0.69 0.02 0.73 0.03 0.59 0.40 0.56 0.77 0.30 0.07 0.25 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.18 0.60 0.45 0.17 0.18 0.16 0.21 0.16 0.17 0.18 0.19 0.48 0.22 0.17 0.34 0.15 0.10 0.42 0.21
C2 0.12 0.16 0.53 0.43 0.14 0.14 0.14 0.19 0.13 0.14 0.16 0.19 0.38 0.17 0.14 0.30 0.11 0.09 0.41 0.21
C2' 0.17 0.19 0.67 0.42 0.15 0.19 0.14 0.27 0.14 0.17 0.17 0.25 0.68 0.19 0.15 0.35 0.09 0.09 0.33 0.12
C3' 0.19 0.22 0.64 0.42 0.22 0.23 0.20 0.32 0.19 0.20 0.22 0.26 0.63 0.20 0.24 0.38 0.11 0.12 0.32 0.12
C4 0.08 0.11 0.34 0.38 0.12 0.11 0.12 0.19 0.10 0.09 0.12 0.15 0.12 0.15 0.14 0.25 0.08 0.16 0.49 0.24
C4' 0.16 0.18 0.62 0.46 0.20 0.19 0.18 0.23 0.17 0.17 0.19 0.19 0.51 0.23 0.22 0.35 0.15 0.10 0.43 0.21
C5 0.09 0.12 0.37 0.41 0.15 0.11 0.14 0.18 0.12 0.11 0.14 0.14 0.15 0.17 0.18 0.26 0.09 0.19 0.51 0.26
C5' 0.18 0.20 0.57 0.47 0.24 0.20 0.23 0.25 0.21 0.20 0.22 0.20 0.43 0.24 0.27 0.35 0.16 0.14 0.45 0.23
C6 0.11 0.14 0.46 0.43 0.16 0.12 0.14 0.17 0.13 0.13 0.16 0.16 0.26 0.18 0.18 0.28 0.11 0.15 0.49 0.25
N1 0.13 0.16 0.53 0.44 0.16 0.14 0.14 0.19 0.14 0.14 0.16 0.18 0.37 0.19 0.16 0.31 0.12 0.11 0.45 0.22
N3 0.09 0.13 0.41 0.39 0.12 0.12 0.12 0.19 0.11 0.11 0.14 0.17 0.22 0.13 0.12 0.27 0.07 0.10 0.43 0.21
N4 0.08 0.11 0.23 0.36 0.10 0.11 0.11 0.20 0.09 0.09 0.12 0.15 0.07 0.16 0.11 0.20 0.09 0.21 0.51 0.27
O2 0.15 0.17 0.62 0.44 0.14 0.17 0.14 0.21 0.15 0.16 0.15 0.20 0.52 0.18 0.13 0.33 0.14 0.08 0.36 0.19
O2' 0.19 0.19 0.80 0.48 0.11 0.08 0.11 0.13 0.14 0.18 0.15 0.24 0.86 0.20 0.10 0.23 0.14 0.02 0.40 0.19
O3' 0.18 0.21 0.66 0.38 0.22 0.25 0.20 0.38 0.18 0.19 0.22 0.26 0.72 0.17 0.25 0.41 0.13 0.18 0.25 0.09
O4' 0.15 0.17 0.57 0.47 0.17 0.17 0.16 0.19 0.16 0.16 0.17 0.17 0.39 0.25 0.18 0.33 0.19 0.16 0.49 0.27
O5' 0.34 0.38 0.73 0.65 0.43 0.28 0.42 0.25 0.40 0.38 0.41 0.37 0.50 0.33 0.44 0.18 0.44 0.43 0.79 0.57
OP1 0.28 0.36 0.67 0.56 0.47 0.21 0.45 0.20 0.40 0.35 0.42 0.32 0.44 0.23 0.52 0.18 0.39 0.39 0.81 0.55
OP2 0.66 0.70 0.98 0.95 0.77 0.59 0.77 0.56 0.75 0.71 0.74 0.67 0.69 0.59 0.78 0.46 0.81 0.85 1.23 0.99
P 0.42 0.49 0.79 0.73 0.59 0.36 0.58 0.35 0.53 0.49 0.54 0.45 0.51 0.39 0.62 0.23 0.58 0.60 0.99 0.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.24 0.02 0.00 0.08 0.20 0.14 0.09
C2 0.02 0.00 0.18 0.26 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 0.01 0.13 0.13 0.12 0.33 0.21
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.16 0.19 0.00 0.12 0.31 0.00 0.01 0.01 0.00 0.35 0.61 0.59 0.49
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.34 0.00 0.30 0.00 0.24 0.21 0.32 0.20 0.02 0.01 0.36 0.04 0.04 0.40 0.18 0.19
C4 0.01 0.00 0.01 0.34 0.00 0.10 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.18 0.00 0.03 0.25 0.37 0.61 0.43
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.14 0.05 0.05 0.07 0.29 0.01 0.10 0.01 0.02 0.16 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.15 0.30 0.00 0.15 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.42 0.20 0.00 0.10 0.27 0.40 0.59 0.45
C5' 0.06 0.05 0.16 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.09 0.03 0.01 0.11 0.11 0.19 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.19 0.24 0.01 0.14 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.38 0.12 0.01 0.14 0.21 0.25 0.39 0.33
N1 0.01 0.00 0.00 0.21 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.12 0.12 0.27 0.19
N3 0.01 0.00 0.12 0.32 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.09 0.01 0.09 0.19 0.23 0.49 0.33
O2 0.03 0.00 0.31 0.20 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.14 0.01 0.22 0.08 0.11 0.26 0.13
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.34 0.29 0.42 0.11 0.38 0.19 0.20 0.12 0.00 0.03 0.36 0.19 0.24 0.55 0.70 0.45
O3' 0.24 0.03 0.01 0.01 0.18 0.01 0.20 0.19 0.12 0.02 0.09 0.14 0.03 0.00 0.22 0.16 0.19 0.16 0.09 0.08
O4 0.02 0.01 0.01 0.36 0.00 0.10 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.22 0.00 0.03 0.28 0.45 0.71 0.50
O4' 0.00 0.13 0.00 0.04 0.03 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.09 0.22 0.19 0.16 0.03 0.00 0.12 0.05 0.20 0.18
O5' 0.08 0.13 0.35 0.04 0.25 0.02 0.27 0.00 0.21 0.12 0.19 0.08 0.24 0.19 0.28 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.20 0.12 0.61 0.40 0.37 0.16 0.40 0.02 0.25 0.12 0.23 0.11 0.55 0.16 0.45 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.33 0.59 0.18 0.61 0.03 0.59 0.02 0.39 0.27 0.49 0.26 0.70 0.09 0.71 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.21 0.49 0.19 0.43 0.03 0.45 0.02 0.33 0.19 0.33 0.13 0.45 0.08 0.50 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00