ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48445

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 15, 13, 7, 5, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.015, 0.021, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.017, 0.026, 0.035, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.026 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.024, 0.035, 0.045, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.035 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.037, 0.053, 0.068, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.053 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.033, 0.049, 0.064, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.049 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.051, 0.070, 0.090, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.070 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.059, 0.084, 0.109, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.084 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.005, 0.031, 0.058, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.031 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.079, 0.118, 0.157, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.118 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.091, 0.134, 0.177, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.134 std_dev=0.043
O3' A 0, 0.343, 0.470, 0.596, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.470 std_dev=0.126
O4' A 0, 0.088, 0.238, 0.388, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.238 std_dev=0.150
OP2 B 0, 0.486, 0.644, 0.803, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.644 std_dev=0.158
C3' A 0, 0.226, 0.386, 0.547, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.386 std_dev=0.160
OP1 B 0, 0.204, 0.375, 0.546, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.375 std_dev=0.171
P B 0, 0.403, 0.579, 0.756, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.579 std_dev=0.177
C2' A 0, 0.024, 0.216, 0.408, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.216 std_dev=0.192
C4' A 0, 0.189, 0.419, 0.649, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.419 std_dev=0.230
O5' B 0, 0.513, 0.792, 1.070, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.792 std_dev=0.278
O2' A 0, 0.142, 0.420, 0.699, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.420 std_dev=0.279
O5' A 0, 0.304, 0.590, 0.877, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.590 std_dev=0.287
C3' B 0, 0.749, 1.040, 1.331, 1.965 max_d=1.965 avg_d=1.040 std_dev=0.291
C1' B 0, 0.784, 1.098, 1.413, 1.891 max_d=1.891 avg_d=1.098 std_dev=0.314
C4' B 0, 0.592, 0.921, 1.250, 2.053 max_d=2.053 avg_d=0.921 std_dev=0.329
N3 B 0, 0.729, 1.070, 1.411, 2.378 max_d=2.378 avg_d=1.070 std_dev=0.341
O4' B 0, 0.561, 0.904, 1.247, 2.063 max_d=2.063 avg_d=0.904 std_dev=0.343
C5' B 0, 0.464, 0.837, 1.210, 2.059 max_d=2.059 avg_d=0.837 std_dev=0.373
N9 B 0, 0.738, 1.116, 1.493, 2.279 max_d=2.279 avg_d=1.116 std_dev=0.377
C4 B 0, 0.719, 1.109, 1.499, 2.467 max_d=2.467 avg_d=1.109 std_dev=0.390
C2 B 0, 0.747, 1.146, 1.544, 2.755 max_d=2.755 avg_d=1.146 std_dev=0.398
C2' B 0, 0.886, 1.309, 1.732, 2.293 max_d=2.293 avg_d=1.309 std_dev=0.423
C8 B 0, 0.733, 1.181, 1.629, 2.535 max_d=2.535 avg_d=1.181 std_dev=0.448
C5' A 0, 0.251, 0.732, 1.214, 2.291 max_d=2.291 avg_d=0.732 std_dev=0.481
C5 B 0, 0.704, 1.195, 1.686, 2.851 max_d=2.851 avg_d=1.195 std_dev=0.491
N1 B 0, 0.766, 1.260, 1.754, 3.151 max_d=3.151 avg_d=1.260 std_dev=0.494
N7 B 0, 0.700, 1.226, 1.753, 2.870 max_d=2.870 avg_d=1.226 std_dev=0.526
O3' B 0, 0.617, 1.153, 1.689, 2.889 max_d=2.889 avg_d=1.153 std_dev=0.536
C6 B 0, 0.731, 1.276, 1.820, 3.181 max_d=3.181 avg_d=1.276 std_dev=0.545
N6 B 0, 0.744, 1.394, 2.044, 3.522 max_d=3.522 avg_d=1.394 std_dev=0.650
P A 0, 0.077, 0.738, 1.399, 2.626 max_d=2.626 avg_d=0.738 std_dev=0.661
OP2 A 0, 0.108, 0.791, 1.473, 2.607 max_d=2.607 avg_d=0.791 std_dev=0.683
O2' B 0, 0.861, 1.596, 2.332, 3.640 max_d=3.640 avg_d=1.596 std_dev=0.736
OP1 A 0, 0.078, 0.877, 1.676, 3.326 max_d=3.326 avg_d=0.877 std_dev=0.799

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.25 0.02 0.42 0.34 0.39
C2 0.03 0.00 0.11 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.07 0.08 0.27 0.01 0.50 0.43 0.46
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.08 0.06 0.06 0.08 0.14 0.11 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.35 0.05 0.37 0.41 0.40
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.21 0.05 0.24 0.19 0.20
C4 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.05 0.27 0.01 0.47 0.45 0.47
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.11 0.04 0.10 0.07 0.10 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.07 0.21 0.06 0.09
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.04 0.27 0.01 0.44 0.50 0.49
C5' 0.07 0.09 0.08 0.02 0.14 0.01 0.22 0.00 0.22 0.28 0.15 0.05 0.07 0.29 0.16 0.07 0.06 0.02 0.01 0.27 0.09 0.10 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.05 0.27 0.01 0.44 0.51 0.49
C8 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.11 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.07 0.05 0.27 0.03 0.41 0.51 0.50
N1 0.02 0.01 0.08 0.04 0.01 0.04 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.07 0.28 0.01 0.48 0.48 0.49
N2 0.04 0.01 0.14 0.07 0.01 0.10 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.08 0.10 0.27 0.02 0.52 0.41 0.45
N3 0.03 0.00 0.11 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.06 0.08 0.27 0.01 0.50 0.41 0.45
N7 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.10 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.06 0.04 0.27 0.03 0.39 0.54 0.50
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.27 0.02 0.45 0.44 0.46
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.07 0.02 0.07 0.07 0.07 0.13 0.10 0.22 0.17 0.13 0.05 0.00 0.06 0.02 0.34 0.09 0.37 0.42 0.41
O3' 0.06 0.07 0.02 0.01 0.06 0.03 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.05 0.06 0.00 0.07 0.11 0.07 0.20 0.08 0.11
O4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.10 0.08 0.04 0.02 0.02 0.07 0.00 0.19 0.05 0.45 0.28 0.35
O5' 0.25 0.27 0.35 0.21 0.27 0.03 0.27 0.01 0.27 0.27 0.28 0.27 0.27 0.27 0.27 0.34 0.11 0.19 0.00 0.26 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.07 0.01 0.27 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.09 0.07 0.05 0.26 0.00 0.39 0.52 0.48
OP1 0.42 0.50 0.37 0.24 0.47 0.21 0.44 0.09 0.44 0.41 0.48 0.52 0.50 0.39 0.45 0.37 0.20 0.45 0.02 0.39 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.43 0.41 0.19 0.45 0.06 0.50 0.10 0.51 0.51 0.48 0.41 0.41 0.54 0.44 0.42 0.08 0.28 0.02 0.52 0.02 0.00 0.01
P 0.39 0.46 0.40 0.20 0.47 0.09 0.49 0.01 0.49 0.50 0.49 0.45 0.45 0.50 0.46 0.41 0.11 0.35 0.01 0.48 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.20 0.13 0.17 0.16 0.21 0.13 0.23 0.14 0.13 0.17 0.20 0.12 0.12 0.14 0.12 0.47 0.25 0.21 0.16 0.20 0.16
C2 0.09 0.18 0.25 0.13 0.11 0.14 0.08 0.14 0.09 0.10 0.15 0.17 0.08 0.10 0.08 0.20 0.33 0.19 0.16 0.17 0.17 0.14
C2' 0.11 0.16 0.23 0.13 0.12 0.14 0.13 0.17 0.13 0.13 0.15 0.15 0.14 0.13 0.11 0.15 0.40 0.16 0.14 0.10 0.12 0.09
C3' 0.16 0.20 0.10 0.16 0.16 0.23 0.14 0.25 0.15 0.13 0.18 0.20 0.13 0.13 0.15 0.14 0.51 0.25 0.18 0.10 0.14 0.11
C4 0.10 0.18 0.21 0.14 0.12 0.16 0.09 0.17 0.10 0.10 0.15 0.17 0.08 0.09 0.10 0.14 0.40 0.21 0.18 0.17 0.18 0.15
C4' 0.29 0.33 0.13 0.27 0.29 0.36 0.25 0.37 0.25 0.23 0.29 0.33 0.21 0.22 0.27 0.30 0.62 0.39 0.30 0.24 0.24 0.23
C5 0.10 0.18 0.23 0.14 0.11 0.16 0.08 0.16 0.09 0.10 0.14 0.16 0.08 0.10 0.09 0.18 0.39 0.20 0.18 0.17 0.19 0.15
C5' 0.25 0.31 0.10 0.24 0.24 0.34 0.18 0.34 0.19 0.15 0.25 0.31 0.14 0.14 0.21 0.25 0.61 0.36 0.24 0.17 0.15 0.16
C6 0.09 0.17 0.26 0.14 0.10 0.15 0.08 0.14 0.09 0.12 0.14 0.16 0.08 0.11 0.09 0.24 0.36 0.19 0.17 0.17 0.19 0.15
C8 0.11 0.18 0.18 0.15 0.12 0.18 0.10 0.19 0.10 0.10 0.15 0.17 0.09 0.10 0.10 0.12 0.44 0.22 0.19 0.17 0.19 0.15
N1 0.09 0.18 0.28 0.14 0.10 0.14 0.08 0.13 0.09 0.12 0.14 0.16 0.08 0.12 0.09 0.25 0.33 0.19 0.16 0.17 0.17 0.14
N2 0.09 0.19 0.28 0.12 0.10 0.13 0.07 0.12 0.09 0.12 0.15 0.17 0.08 0.11 0.08 0.23 0.28 0.18 0.13 0.16 0.15 0.13
N3 0.10 0.19 0.22 0.13 0.12 0.16 0.09 0.16 0.10 0.10 0.15 0.17 0.08 0.09 0.09 0.14 0.37 0.21 0.17 0.17 0.17 0.14
N7 0.10 0.18 0.21 0.15 0.11 0.17 0.09 0.17 0.10 0.10 0.14 0.17 0.08 0.10 0.09 0.16 0.42 0.21 0.19 0.17 0.19 0.15
N9 0.12 0.19 0.17 0.15 0.13 0.18 0.11 0.20 0.11 0.10 0.15 0.18 0.09 0.10 0.11 0.11 0.44 0.22 0.20 0.17 0.19 0.15
O2' 0.21 0.22 0.35 0.20 0.20 0.19 0.20 0.20 0.20 0.19 0.21 0.21 0.20 0.19 0.20 0.30 0.34 0.19 0.19 0.22 0.15 0.18
O3' 0.20 0.22 0.09 0.20 0.20 0.26 0.19 0.28 0.19 0.19 0.20 0.22 0.17 0.19 0.20 0.23 0.56 0.28 0.22 0.13 0.18 0.14
O4' 0.22 0.26 0.12 0.21 0.22 0.27 0.19 0.29 0.19 0.18 0.23 0.26 0.16 0.17 0.20 0.21 0.51 0.31 0.26 0.23 0.24 0.22
O5' 0.36 0.40 0.20 0.34 0.37 0.41 0.35 0.44 0.35 0.33 0.38 0.39 0.33 0.33 0.35 0.33 0.68 0.45 0.40 0.36 0.40 0.36
O6 0.10 0.18 0.27 0.15 0.11 0.15 0.09 0.14 0.10 0.13 0.14 0.16 0.09 0.13 0.10 0.27 0.36 0.19 0.17 0.18 0.20 0.16
OP1 0.58 0.70 0.35 0.53 0.61 0.65 0.57 0.67 0.59 0.50 0.66 0.68 0.55 0.51 0.57 0.49 0.85 0.70 0.61 0.59 0.58 0.59
OP2 0.34 0.43 0.17 0.31 0.39 0.39 0.39 0.44 0.40 0.36 0.42 0.41 0.39 0.37 0.36 0.28 0.62 0.45 0.41 0.40 0.47 0.41
P 0.43 0.53 0.23 0.39 0.48 0.49 0.46 0.53 0.48 0.41 0.52 0.51 0.45 0.42 0.44 0.34 0.71 0.55 0.49 0.48 0.51 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.20 0.00 0.10 0.08 0.16 0.09
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.32 0.11 0.14 0.14 0.12 0.12
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.14 0.03 0.09 0.03 0.05 0.05 0.07 0.03 0.00 0.02 0.02 0.33 0.31 0.45 0.36
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.06 0.15 0.03 0.05 0.08 0.14 0.07 0.01 0.01 0.03 0.08 0.09 0.10 0.08
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.22 0.06 0.11 0.08 0.11 0.07
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.08 0.10 0.04 0.05 0.02 0.20 0.03 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.18 0.15 0.03 0.13 0.09 0.12 0.08
C5' 0.05 0.14 0.14 0.02 0.10 0.01 0.09 0.00 0.11 0.08 0.13 0.13 0.11 0.08 0.07 0.06 0.16 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.19 0.06 0.14 0.10 0.11 0.09
C8 0.02 0.01 0.09 0.15 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.34 0.06 0.05 0.12 0.12 0.19 0.13
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.27 0.09 0.14 0.12 0.12 0.11
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.32 0.11 0.13 0.12 0.11 0.10
N6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.21 0.16 0.05 0.14 0.10 0.13 0.10
N7 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.32 0.07 0.03 0.13 0.12 0.17 0.12
N9 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.14 0.01 0.10 0.07 0.15 0.08
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.07 0.20 0.18 0.06 0.14 0.34 0.05 0.11 0.21 0.32 0.14 0.00 0.05 0.11 0.25 0.22 0.51 0.31
O3' 0.20 0.32 0.02 0.01 0.22 0.03 0.15 0.16 0.19 0.06 0.27 0.32 0.16 0.07 0.14 0.05 0.00 0.11 0.13 0.18 0.14 0.13
O4' 0.00 0.11 0.02 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.05 0.09 0.11 0.05 0.03 0.01 0.11 0.11 0.00 0.09 0.11 0.10 0.10
O5' 0.10 0.14 0.33 0.08 0.11 0.02 0.13 0.01 0.14 0.12 0.14 0.13 0.14 0.13 0.10 0.25 0.13 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.14 0.31 0.09 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.12 0.12 0.12 0.10 0.12 0.07 0.22 0.18 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.12 0.45 0.10 0.11 0.05 0.12 0.02 0.11 0.19 0.12 0.11 0.13 0.17 0.15 0.51 0.14 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.12 0.36 0.08 0.07 0.03 0.08 0.02 0.09 0.13 0.11 0.10 0.10 0.12 0.08 0.31 0.13 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00