ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48446

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 10, 8, 11, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C2 A 0, -0.002, 0.008, 0.018, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.008 std_dev=0.010
C1' A 0, -0.001, 0.009, 0.020, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.009 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.013 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N2 A 0, -0.001, 0.025, 0.051, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.025 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.007, 0.075, 0.144, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.075 std_dev=0.069
C2' A 0, 0.019, 0.089, 0.158, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.089 std_dev=0.069
O2' A 0, 0.036, 0.121, 0.205, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.121 std_dev=0.084
C4' A 0, 0.022, 0.134, 0.246, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.134 std_dev=0.112
C3' A 0, 0.031, 0.144, 0.257, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.144 std_dev=0.113
O3' A 0, 0.056, 0.225, 0.394, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.225 std_dev=0.169
O5' A 0, 0.041, 0.221, 0.401, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.221 std_dev=0.180
C5' A 0, 0.022, 0.206, 0.391, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.206 std_dev=0.184
OP1 B 0, 0.086, 0.277, 0.468, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.277 std_dev=0.191
OP2 B 0, 0.106, 0.301, 0.496, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.301 std_dev=0.195
P B 0, 0.066, 0.264, 0.461, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.264 std_dev=0.198
O5' B 0, 0.060, 0.264, 0.467, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.264 std_dev=0.204
N7 B 0, 0.053, 0.258, 0.464, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.258 std_dev=0.206
C5' B 0, 0.099, 0.317, 0.534, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.317 std_dev=0.218
C8 B 0, 0.038, 0.257, 0.477, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.257 std_dev=0.220
N9 B 0, 0.041, 0.264, 0.487, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.264 std_dev=0.223
C5 B 0, 0.054, 0.280, 0.505, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.280 std_dev=0.226
O4' B 0, 0.067, 0.303, 0.539, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.303 std_dev=0.236
C4 B 0, 0.039, 0.279, 0.519, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.279 std_dev=0.240
P A 0, 0.053, 0.293, 0.533, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.293 std_dev=0.240
C1' B 0, 0.050, 0.295, 0.539, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.295 std_dev=0.244
C2' B 0, 0.061, 0.306, 0.551, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.306 std_dev=0.245
C4' B 0, 0.086, 0.332, 0.578, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.332 std_dev=0.246
OP2 A 0, 0.075, 0.337, 0.598, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.337 std_dev=0.262
C6 B 0, 0.077, 0.339, 0.601, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.339 std_dev=0.262
C3' B 0, 0.083, 0.350, 0.617, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.350 std_dev=0.267
N6 B 0, 0.099, 0.367, 0.635, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.367 std_dev=0.268
O2' B 0, 0.067, 0.343, 0.620, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.343 std_dev=0.277
N3 B 0, 0.048, 0.328, 0.607, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.328 std_dev=0.279
OP1 A 0, 0.066, 0.367, 0.669, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.367 std_dev=0.301
N1 B 0, 0.080, 0.395, 0.710, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.395 std_dev=0.315
C2 B 0, 0.067, 0.383, 0.699, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.383 std_dev=0.316
O3' B 0, 0.092, 0.408, 0.724, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.408 std_dev=0.316

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.08 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.12 0.02 0.08 0.01 0.12 0.13 0.09
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.07 0.04
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.06 0.09 0.11 0.08 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.12 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.12 0.12 0.09
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.11 0.01 0.14 0.16 0.13
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.07 0.05 0.10 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.11 0.00 0.15 0.17 0.13
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.13 0.01 0.13 0.14 0.12
N1 0.02 0.00 0.06 0.09 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.10 0.01 0.14 0.15 0.12
N2 0.04 0.00 0.09 0.11 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.14 0.04 0.08 0.01 0.13 0.12 0.09
N3 0.02 0.00 0.07 0.08 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.07 0.01 0.11 0.11 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02 0.13 0.01 0.16 0.18 0.15
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.10 0.11 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.10 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.10 0.06 0.03
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.10 0.07 0.11 0.14 0.10 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.11 0.15 0.11 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05
O5' 0.04 0.08 0.02 0.03 0.08 0.01 0.11 0.01 0.11 0.13 0.10 0.08 0.07 0.13 0.08 0.02 0.06 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.02 0.12 0.00 0.18 0.19 0.15
OP1 0.08 0.12 0.10 0.12 0.12 0.07 0.14 0.05 0.15 0.13 0.14 0.13 0.11 0.16 0.10 0.10 0.15 0.06 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.13 0.07 0.07 0.12 0.03 0.16 0.01 0.17 0.14 0.15 0.12 0.11 0.18 0.11 0.06 0.11 0.06 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.04 0.05 0.09 0.01 0.13 0.01 0.13 0.12 0.12 0.09 0.08 0.15 0.08 0.03 0.08 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.13 0.11 0.15 0.13 0.14 0.10 0.19 0.15 0.10 0.12 0.10 0.13 0.10 0.18 0.11 0.09
C2 0.08 0.12 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.13 0.15 0.08 0.15 0.10 0.17 0.10 0.08 0.13 0.11 0.11 0.13 0.10 0.23 0.14
C2' 0.09 0.12 0.09 0.07 0.11 0.08 0.14 0.09 0.16 0.14 0.15 0.10 0.19 0.17 0.10 0.11 0.08 0.11 0.09 0.17 0.09 0.08
C3' 0.10 0.11 0.09 0.07 0.10 0.08 0.13 0.08 0.14 0.15 0.13 0.09 0.18 0.16 0.10 0.10 0.08 0.12 0.09 0.17 0.09 0.09
C4 0.09 0.12 0.09 0.09 0.10 0.09 0.12 0.10 0.15 0.09 0.14 0.10 0.18 0.11 0.09 0.12 0.08 0.11 0.10 0.11 0.18 0.09
C4' 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.14 0.16 0.13 0.10 0.18 0.16 0.12 0.12 0.12 0.14 0.09 0.18 0.07 0.09
C5 0.10 0.14 0.10 0.10 0.12 0.09 0.13 0.10 0.16 0.11 0.16 0.12 0.19 0.12 0.10 0.12 0.09 0.12 0.11 0.10 0.18 0.10
C5' 0.14 0.14 0.12 0.12 0.13 0.12 0.14 0.11 0.16 0.17 0.15 0.13 0.19 0.17 0.14 0.13 0.14 0.15 0.10 0.18 0.07 0.09
C6 0.10 0.15 0.10 0.11 0.12 0.10 0.13 0.12 0.17 0.10 0.17 0.13 0.19 0.12 0.10 0.13 0.10 0.12 0.12 0.10 0.21 0.12
C8 0.12 0.15 0.10 0.10 0.13 0.10 0.14 0.11 0.17 0.12 0.17 0.13 0.20 0.14 0.12 0.12 0.10 0.13 0.10 0.14 0.13 0.08
N1 0.09 0.14 0.10 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.16 0.09 0.16 0.12 0.18 0.11 0.09 0.13 0.11 0.12 0.13 0.11 0.23 0.15
N2 0.10 0.13 0.12 0.14 0.10 0.14 0.12 0.16 0.15 0.09 0.15 0.11 0.17 0.11 0.09 0.15 0.14 0.13 0.15 0.15 0.26 0.19
N3 0.08 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.11 0.14 0.08 0.13 0.09 0.17 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.21 0.11
N7 0.11 0.16 0.11 0.10 0.13 0.10 0.15 0.10 0.17 0.12 0.18 0.14 0.20 0.13 0.12 0.13 0.10 0.13 0.10 0.11 0.16 0.08
N9 0.10 0.13 0.10 0.09 0.11 0.10 0.13 0.11 0.15 0.11 0.15 0.11 0.19 0.13 0.10 0.12 0.09 0.12 0.10 0.14 0.14 0.08
O2' 0.10 0.15 0.09 0.07 0.13 0.08 0.17 0.09 0.19 0.17 0.17 0.13 0.21 0.20 0.12 0.11 0.08 0.11 0.08 0.19 0.07 0.09
O3' 0.11 0.11 0.10 0.08 0.10 0.09 0.13 0.08 0.14 0.16 0.13 0.09 0.17 0.17 0.11 0.10 0.10 0.13 0.10 0.17 0.10 0.11
O4' 0.15 0.12 0.14 0.13 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.17 0.14 0.12 0.18 0.17 0.14 0.14 0.15 0.16 0.12 0.19 0.09 0.10
O5' 0.14 0.16 0.13 0.12 0.15 0.12 0.16 0.11 0.18 0.16 0.18 0.15 0.21 0.17 0.14 0.15 0.13 0.15 0.10 0.18 0.08 0.09
O6 0.11 0.17 0.11 0.11 0.13 0.10 0.15 0.12 0.18 0.11 0.19 0.14 0.21 0.13 0.11 0.14 0.11 0.12 0.12 0.10 0.21 0.13
OP1 0.17 0.16 0.16 0.16 0.15 0.16 0.16 0.16 0.17 0.18 0.17 0.16 0.20 0.18 0.16 0.16 0.17 0.18 0.14 0.22 0.11 0.14
OP2 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.11 0.16 0.14 0.12 0.14 0.12 0.14 0.13 0.20 0.09 0.11
P 0.13 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.15 0.15 0.14 0.12 0.18 0.15 0.13 0.13 0.12 0.14 0.11 0.18 0.08 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.08 0.08 0.06
C2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.07 0.08 0.09 0.11 0.11 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.08 0.09
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.07 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.04 0.09 0.11 0.10 0.09
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.11 0.13 0.13 0.11
C5' 0.02 0.08 0.04 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.05 0.11 0.14 0.14 0.12
C8 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.04 0.10 0.12 0.13 0.10
N1 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.06 0.07 0.10 0.13 0.13 0.11
N3 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.13 0.15 0.17 0.14
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.12 0.14 0.16 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.10 0.09 0.07
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.04 0.07 0.07 0.11 0.13 0.05 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.15 0.09 0.12
O3' 0.03 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.08 0.07 0.06
O4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.10 0.06
O5' 0.05 0.09 0.07 0.06 0.09 0.01 0.11 0.01 0.11 0.10 0.10 0.08 0.13 0.12 0.08 0.09 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.11 0.11 0.08 0.11 0.02 0.13 0.01 0.14 0.12 0.13 0.10 0.15 0.14 0.10 0.15 0.08 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.11 0.08 0.07 0.10 0.07 0.13 0.07 0.14 0.13 0.13 0.09 0.17 0.16 0.09 0.09 0.07 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.09 0.07 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.10 0.11 0.08 0.14 0.12 0.07 0.12 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00