ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48447

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 10, 7, 8, 4, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.007 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.024 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.021 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.024, 0.051, 0.079, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.051 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.021, 0.056, 0.092, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.056 std_dev=0.036
C4' A 0, 0.051, 0.105, 0.159, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.105 std_dev=0.054
C3' A 0, 0.034, 0.102, 0.170, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.102 std_dev=0.068
O2' A 0, 0.035, 0.108, 0.180, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.108 std_dev=0.072
C5' A 0, 0.077, 0.159, 0.241, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.159 std_dev=0.082
O3' A 0, 0.042, 0.147, 0.253, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.147 std_dev=0.105
O5' A 0, 0.124, 0.230, 0.336, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.230 std_dev=0.106
OP2 A 0, 0.125, 0.283, 0.441, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.283 std_dev=0.158
P A 0, 0.099, 0.262, 0.426, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.262 std_dev=0.164
OP1 B 0, 0.118, 0.294, 0.470, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.294 std_dev=0.176
P B 0, 0.180, 0.360, 0.539, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.360 std_dev=0.180
C5' B 0, 0.187, 0.375, 0.564, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.375 std_dev=0.188
O5' B 0, 0.184, 0.391, 0.598, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.391 std_dev=0.207
OP2 B 0, 0.211, 0.421, 0.630, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.421 std_dev=0.210
C4' B 0, 0.198, 0.410, 0.622, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.410 std_dev=0.212
C3' B 0, 0.180, 0.409, 0.638, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.409 std_dev=0.229
O3' B 0, 0.193, 0.438, 0.683, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.438 std_dev=0.245
C2' B 0, 0.230, 0.484, 0.738, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.484 std_dev=0.254
O4' B 0, 0.244, 0.511, 0.777, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.511 std_dev=0.266
C1' B 0, 0.268, 0.554, 0.840, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.554 std_dev=0.286
N9 B 0, 0.272, 0.582, 0.891, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.582 std_dev=0.309
O2' B 0, 0.296, 0.608, 0.919, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.608 std_dev=0.311
C8 B 0, 0.249, 0.562, 0.876, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.562 std_dev=0.313
C4 B 0, 0.295, 0.636, 0.976, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.636 std_dev=0.340
N7 B 0, 0.250, 0.598, 0.946, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.598 std_dev=0.348
OP1 A 0, 0.199, 0.550, 0.902, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.550 std_dev=0.352
N3 B 0, 0.326, 0.679, 1.032, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.679 std_dev=0.353
C5 B 0, 0.279, 0.643, 1.007, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.643 std_dev=0.364
C2 B 0, 0.341, 0.727, 1.113, 2.042 max_d=2.042 avg_d=0.727 std_dev=0.386
C6 B 0, 0.292, 0.697, 1.102, 2.009 max_d=2.009 avg_d=0.697 std_dev=0.405
N1 B 0, 0.327, 0.739, 1.152, 2.108 max_d=2.108 avg_d=0.739 std_dev=0.412
N6 B 0, 0.270, 0.714, 1.157, 2.132 max_d=2.132 avg_d=0.714 std_dev=0.443

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.13 0.09 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.16 0.13 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.09 0.05 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.07 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.16 0.13 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.01 0.18 0.16 0.11
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.04 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.08 0.00 0.19 0.16 0.12
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.18 0.14 0.10
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.07 0.01 0.18 0.15 0.11
N2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.03 0.05 0.01 0.16 0.13 0.08
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.05 0.01 0.15 0.12 0.08
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.19 0.17 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.15 0.12 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.08 0.06 0.04
O3' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.06 0.06 0.09 0.06 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.15 0.08 0.06
O5' 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.06 0.07 0.05 0.05 0.08 0.05 0.04 0.06 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.02 0.09 0.00 0.20 0.18 0.13
OP1 0.13 0.16 0.09 0.07 0.16 0.07 0.18 0.04 0.19 0.18 0.18 0.16 0.15 0.19 0.15 0.08 0.09 0.15 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.13 0.05 0.04 0.13 0.04 0.16 0.04 0.16 0.14 0.15 0.13 0.12 0.17 0.12 0.06 0.06 0.08 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.05 0.04 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.10 0.11 0.08 0.08 0.12 0.08 0.04 0.05 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.07 0.12 0.08 0.07 0.06 0.10 0.11 0.11 0.10 0.09 0.07 0.15 0.12 0.07 0.18 0.07 0.08 0.08 0.07 0.12 0.07
C2 0.11 0.10 0.12 0.11 0.10 0.12 0.10 0.12 0.10 0.09 0.10 0.11 0.12 0.10 0.10 0.14 0.11 0.16 0.12 0.13 0.13 0.12
C2' 0.08 0.09 0.12 0.08 0.08 0.10 0.11 0.15 0.12 0.11 0.10 0.08 0.16 0.13 0.08 0.17 0.07 0.11 0.11 0.07 0.12 0.08
C3' 0.08 0.09 0.11 0.07 0.09 0.10 0.11 0.15 0.13 0.11 0.11 0.09 0.16 0.13 0.08 0.17 0.06 0.11 0.11 0.07 0.12 0.08
C4 0.07 0.08 0.11 0.09 0.07 0.08 0.09 0.10 0.10 0.08 0.08 0.08 0.13 0.10 0.07 0.15 0.07 0.11 0.08 0.09 0.12 0.09
C4' 0.07 0.09 0.13 0.08 0.09 0.08 0.12 0.13 0.13 0.12 0.11 0.08 0.17 0.14 0.09 0.19 0.07 0.08 0.09 0.07 0.13 0.08
C5 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.12 0.09 0.07 0.15 0.08 0.12 0.09 0.10 0.12 0.10
C5' 0.08 0.09 0.13 0.09 0.09 0.07 0.12 0.13 0.13 0.12 0.11 0.09 0.17 0.14 0.09 0.20 0.08 0.08 0.09 0.07 0.12 0.07
C6 0.10 0.10 0.12 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10 0.14 0.09 0.14 0.11 0.12 0.13 0.12
C8 0.06 0.07 0.12 0.09 0.07 0.06 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.07 0.13 0.10 0.07 0.17 0.08 0.09 0.08 0.08 0.11 0.08
N1 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.14 0.10 0.16 0.13 0.13 0.14 0.13
N2 0.15 0.12 0.14 0.13 0.12 0.15 0.11 0.15 0.11 0.11 0.11 0.13 0.12 0.11 0.13 0.15 0.13 0.19 0.14 0.15 0.15 0.14
N3 0.09 0.08 0.12 0.10 0.08 0.09 0.09 0.11 0.10 0.08 0.09 0.09 0.13 0.10 0.08 0.15 0.09 0.13 0.09 0.10 0.12 0.09
N7 0.07 0.07 0.12 0.09 0.07 0.07 0.09 0.09 0.10 0.08 0.08 0.07 0.12 0.10 0.07 0.16 0.08 0.10 0.08 0.09 0.12 0.09
N9 0.06 0.07 0.12 0.09 0.07 0.06 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.07 0.13 0.11 0.07 0.17 0.07 0.09 0.08 0.07 0.12 0.08
O2' 0.09 0.09 0.12 0.09 0.09 0.12 0.12 0.18 0.13 0.12 0.11 0.09 0.17 0.15 0.09 0.18 0.08 0.12 0.12 0.11 0.15 0.11
O3' 0.10 0.11 0.12 0.09 0.10 0.14 0.12 0.19 0.14 0.12 0.12 0.11 0.17 0.14 0.10 0.16 0.10 0.14 0.13 0.09 0.13 0.10
O4' 0.07 0.08 0.13 0.09 0.08 0.06 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.07 0.15 0.13 0.08 0.19 0.08 0.07 0.08 0.08 0.13 0.08
O5' 0.06 0.08 0.12 0.08 0.08 0.06 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.07 0.16 0.13 0.08 0.19 0.08 0.07 0.07 0.05 0.11 0.06
O6 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.14 0.10 0.15 0.12 0.12 0.14 0.12
OP1 0.17 0.17 0.23 0.22 0.17 0.17 0.19 0.13 0.20 0.19 0.18 0.16 0.23 0.21 0.17 0.28 0.21 0.14 0.16 0.14 0.15 0.14
OP2 0.12 0.13 0.18 0.15 0.13 0.11 0.15 0.12 0.16 0.15 0.15 0.13 0.19 0.16 0.13 0.24 0.15 0.11 0.10 0.09 0.12 0.09
P 0.09 0.11 0.15 0.12 0.11 0.08 0.13 0.09 0.14 0.13 0.12 0.10 0.18 0.15 0.10 0.21 0.12 0.07 0.09 0.07 0.12 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.06 0.06 0.05
C2 0.02 0.00 0.08 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.07 0.04 0.06 0.08 0.10 0.08
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.05 0.08 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.13 0.11 0.11
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.11 0.07 0.07
C4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.06 0.08 0.09 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.09 0.10 0.13 0.10
C5' 0.02 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.03 0.11 0.10 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03 0.09 0.11 0.14 0.11
C8 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.09 0.09 0.10 0.09
N1 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.03 0.08 0.10 0.13 0.10
N3 0.02 0.00 0.08 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.07 0.04 0.05 0.07 0.09 0.07
N6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.03 0.11 0.14 0.17 0.14
N7 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.10 0.12 0.14 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.07 0.08 0.06
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.07 0.01 0.05 0.04 0.06 0.07 0.10 0.13 0.06 0.06 0.03 0.00 0.04 0.02 0.13 0.17 0.16 0.14
O3' 0.05 0.07 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.04 0.04 0.00 0.05 0.06 0.10 0.07 0.06
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.08 0.07 0.09 0.08
O5' 0.04 0.06 0.11 0.08 0.06 0.01 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.05 0.11 0.10 0.06 0.13 0.06 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.08 0.13 0.11 0.08 0.04 0.10 0.05 0.11 0.09 0.10 0.07 0.14 0.12 0.07 0.17 0.10 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.10 0.11 0.07 0.09 0.04 0.13 0.04 0.14 0.10 0.13 0.09 0.17 0.14 0.08 0.16 0.07 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.11 0.07 0.07 0.02 0.10 0.01 0.11 0.09 0.10 0.07 0.14 0.12 0.06 0.14 0.06 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00