ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48449

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 2, 1, 0, 5, 17, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.015, 0.024, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.031, 0.046, 0.061, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.046 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.020, 0.035, 0.050, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.035 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.026, 0.042, 0.057, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.042 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.020, 0.038, 0.055, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.038 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.034, 0.053, 0.071, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.053 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.027, 0.049, 0.070, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.049 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.036, 0.062, 0.088, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.062 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.055, 0.085, 0.116, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.085 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.049, 0.082, 0.116, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.082 std_dev=0.034
N2 A 0, 0.035, 0.070, 0.106, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.070 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.049, 0.090, 0.131, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.090 std_dev=0.041
OP1 B 0, 0.230, 0.346, 0.462, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.346 std_dev=0.116
P B 0, 0.215, 0.411, 0.606, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.411 std_dev=0.195
O4' A 0, 0.260, 0.473, 0.686, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.473 std_dev=0.213
C4' A 0, 0.345, 0.587, 0.829, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.587 std_dev=0.242
C2' A 0, 0.314, 0.571, 0.828, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.571 std_dev=0.257
OP2 B 0, 0.735, 1.214, 1.693, 2.001 max_d=2.001 avg_d=1.214 std_dev=0.479
O5' A 0, 0.692, 1.173, 1.654, 1.824 max_d=1.824 avg_d=1.173 std_dev=0.481
O2' A 0, 0.662, 1.242, 1.822, 1.727 max_d=1.727 avg_d=1.242 std_dev=0.580
C3' A 0, 0.729, 1.412, 2.094, 1.973 max_d=1.973 avg_d=1.412 std_dev=0.682
C5' A 0, 0.998, 1.833, 2.667, 2.430 max_d=2.430 avg_d=1.833 std_dev=0.835
O5' B 0, 1.208, 2.280, 3.351, 3.227 max_d=3.227 avg_d=2.280 std_dev=1.072
P A 0, 1.199, 2.322, 3.444, 3.088 max_d=3.088 avg_d=2.322 std_dev=1.123
O3' A 0, 1.310, 2.606, 3.902, 3.502 max_d=3.502 avg_d=2.606 std_dev=1.296
OP2 A 0, 1.447, 2.827, 4.207, 3.768 max_d=3.768 avg_d=2.827 std_dev=1.380
OP1 A 0, 1.458, 2.891, 4.324, 3.994 max_d=3.994 avg_d=2.891 std_dev=1.433
C5' B 0, 1.882, 3.632, 5.381, 5.001 max_d=5.001 avg_d=3.632 std_dev=1.750
C2 B 0, 2.244, 4.405, 6.565, 5.883 max_d=5.883 avg_d=4.405 std_dev=2.161
N3 B 0, 2.315, 4.606, 6.896, 6.289 max_d=6.289 avg_d=4.606 std_dev=2.291
N1 B 0, 2.637, 5.181, 7.725, 6.773 max_d=6.773 avg_d=5.181 std_dev=2.544
C4 B 0, 2.561, 5.115, 7.669, 6.875 max_d=6.875 avg_d=5.115 std_dev=2.554
C4' B 0, 2.459, 5.034, 7.609, 6.871 max_d=6.871 avg_d=5.034 std_dev=2.575
C3' B 0, 2.555, 5.236, 7.916, 7.157 max_d=7.157 avg_d=5.236 std_dev=2.681
O4' B 0, 2.685, 5.461, 8.237, 7.401 max_d=7.401 avg_d=5.461 std_dev=2.776
N9 B 0, 2.765, 5.591, 8.417, 7.523 max_d=7.523 avg_d=5.591 std_dev=2.826
C2' B 0, 2.741, 5.603, 8.465, 7.707 max_d=7.707 avg_d=5.603 std_dev=2.862
C5 B 0, 2.939, 5.846, 8.753, 7.726 max_d=7.726 avg_d=5.846 std_dev=2.907
C6 B 0, 3.063, 6.067, 9.071, 7.922 max_d=7.922 avg_d=6.067 std_dev=3.004
C1' B 0, 2.938, 6.039, 9.141, 8.206 max_d=8.206 avg_d=6.039 std_dev=3.102
C8 B 0, 3.122, 6.275, 9.427, 8.343 max_d=8.343 avg_d=6.275 std_dev=3.153
N7 B 0, 3.327, 6.652, 9.977, 8.753 max_d=8.753 avg_d=6.652 std_dev=3.325
O3' B 0, 3.157, 6.551, 9.945, 8.791 max_d=8.791 avg_d=6.551 std_dev=3.394
N6 B 0, 3.746, 7.445, 11.144, 9.759 max_d=9.759 avg_d=7.445 std_dev=3.699
O2' B 0, 3.612, 7.468, 11.324, 10.119 max_d=10.119 avg_d=7.468 std_dev=3.856

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.27 0.00 0.07 0.02 0.15 0.50 0.19
C2 0.03 0.00 0.15 0.06 0.01 0.06 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.55 0.24 0.03 0.13 0.02 0.39 0.68 0.35
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.22 0.04 0.12 0.09 0.20 0.16 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01 0.10 0.05 0.19 0.53 0.21
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.14 0.00 0.29 0.02 0.26 0.43 0.13 0.15 0.07 0.43 0.21 0.02 0.01 0.01 0.31 0.33 0.26 0.12 0.22
C4 0.01 0.01 0.06 0.14 0.00 0.03 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.09 0.02 0.13 0.02 0.30 0.61 0.29
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.13 0.03 0.09 0.06 0.12 0.05 0.26 0.02 0.00 0.02 0.08 0.08 0.28 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.29 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.11 0.02 0.18 0.01 0.29 0.53 0.27
C5' 0.12 0.29 0.22 0.02 0.21 0.01 0.17 0.00 0.19 0.12 0.25 0.33 0.28 0.13 0.14 0.05 0.22 0.02 0.01 0.17 0.09 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.26 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.36 0.09 0.03 0.18 0.01 0.34 0.53 0.29
C8 0.01 0.01 0.12 0.43 0.01 0.13 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.23 0.03 0.21 0.02 0.16 0.40 0.18
N1 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.03 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.47 0.09 0.03 0.15 0.01 0.39 0.62 0.33
N2 0.04 0.01 0.20 0.15 0.01 0.09 0.01 0.33 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.62 0.36 0.04 0.14 0.03 0.43 0.72 0.37
N3 0.03 0.01 0.16 0.07 0.00 0.06 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.51 0.28 0.04 0.12 0.02 0.35 0.67 0.33
N7 0.01 0.01 0.09 0.43 0.01 0.12 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.26 0.03 0.22 0.02 0.21 0.39 0.21
N9 0.00 0.01 0.03 0.21 0.01 0.05 0.01 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.04 0.01 0.13 0.02 0.21 0.53 0.23
O2' 0.01 0.55 0.00 0.02 0.33 0.26 0.27 0.05 0.36 0.04 0.47 0.62 0.51 0.13 0.14 0.00 0.05 0.17 0.18 0.33 0.13 0.49 0.09
O3' 0.27 0.24 0.02 0.01 0.09 0.02 0.11 0.22 0.09 0.23 0.09 0.36 0.28 0.26 0.04 0.05 0.00 0.25 0.37 0.18 0.57 0.21 0.38
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.17 0.25 0.00 0.09 0.03 0.09 0.41 0.15
O5' 0.07 0.13 0.10 0.31 0.13 0.02 0.18 0.01 0.18 0.21 0.15 0.14 0.12 0.22 0.13 0.18 0.37 0.09 0.00 0.20 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.05 0.33 0.02 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.33 0.18 0.03 0.20 0.00 0.33 0.44 0.27
OP1 0.15 0.39 0.19 0.26 0.30 0.08 0.29 0.09 0.34 0.16 0.39 0.43 0.35 0.21 0.21 0.13 0.57 0.09 0.02 0.33 0.00 0.01 0.01
OP2 0.50 0.68 0.53 0.12 0.61 0.28 0.53 0.28 0.53 0.40 0.62 0.72 0.67 0.39 0.53 0.49 0.21 0.41 0.01 0.44 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.35 0.21 0.22 0.29 0.05 0.27 0.02 0.29 0.18 0.33 0.37 0.33 0.21 0.23 0.09 0.38 0.15 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 1.20 0.28 0.53 0.59 0.26 0.46 0.53 0.73 0.29 1.09 0.99 0.65 0.22 0.22 0.61 0.78 0.19 0.16 0.14 0.20 0.14
C2 1.01 1.59 0.40 0.09 1.22 0.56 1.03 0.17 1.18 0.61 1.45 1.52 1.04 0.66 0.97 0.23 0.30 1.12 0.50 0.14 0.30 0.11
C2' 0.44 0.91 0.77 1.04 0.23 0.80 0.21 1.02 0.47 0.70 0.84 0.63 0.44 0.49 0.33 1.16 1.33 0.43 0.35 0.24 0.23 0.34
C3' 0.70 0.70 1.01 1.26 0.16 1.08 0.22 1.29 0.35 0.87 0.68 0.40 0.36 0.63 0.55 1.44 1.51 0.73 0.56 0.35 0.37 0.52
C4 0.64 1.47 0.11 0.32 1.01 0.17 0.90 0.27 1.12 0.40 1.39 1.31 1.04 0.53 0.69 0.24 0.63 0.69 0.31 0.13 0.22 0.13
C4' 0.48 0.81 0.81 1.02 0.19 0.82 0.19 1.02 0.44 0.68 0.77 0.53 0.42 0.47 0.36 1.25 1.28 0.49 0.28 0.18 0.19 0.28
C5 0.84 1.61 0.17 0.28 1.23 0.25 1.18 0.22 1.38 0.74 1.58 1.45 1.35 0.89 0.94 0.14 0.62 0.88 0.35 0.13 0.25 0.12
C5' 0.90 0.41 1.31 1.51 0.29 1.29 0.32 1.46 0.23 0.94 0.44 0.15 0.28 0.69 0.70 1.80 1.81 0.89 0.63 0.47 0.36 0.57
C6 1.15 1.74 0.38 0.13 1.46 0.48 1.43 0.13 1.58 1.08 1.73 1.62 1.56 1.20 1.24 0.18 0.46 1.19 0.44 0.14 0.30 0.11
C8 0.47 1.43 0.18 0.50 0.95 0.16 0.92 0.46 1.18 0.40 1.42 1.22 1.16 0.59 0.61 0.49 0.83 0.50 0.22 0.14 0.20 0.14
N1 1.25 1.74 0.51 0.11 1.47 0.65 1.36 0.21 1.48 1.04 1.67 1.66 1.40 1.10 1.27 0.35 0.29 1.32 0.51 0.15 0.33 0.11
N2 1.16 1.59 0.60 0.24 1.23 0.82 0.95 0.41 1.06 0.56 1.37 1.57 0.86 0.54 1.01 0.47 0.10 1.31 0.63 0.18 0.36 0.13
N3 0.67 1.44 0.17 0.22 0.96 0.28 0.77 0.17 0.98 0.29 1.30 1.32 0.85 0.38 0.65 0.12 0.48 0.75 0.37 0.12 0.23 0.12
N7 0.71 1.57 0.11 0.40 1.16 0.14 1.16 0.34 1.39 0.70 1.58 1.37 1.40 0.88 0.86 0.31 0.75 0.73 0.28 0.14 0.22 0.13
N9 0.40 1.36 0.17 0.46 0.83 0.14 0.74 0.44 1.00 0.23 1.29 1.16 0.93 0.37 0.48 0.46 0.76 0.43 0.22 0.13 0.19 0.14
O2' 0.81 0.56 1.05 1.28 0.31 1.07 0.50 1.26 0.24 1.26 0.43 0.30 0.33 1.07 0.78 1.39 1.53 0.78 0.67 0.52 0.44 0.64
O3' 0.83 0.69 1.06 1.31 0.23 1.16 0.33 1.35 0.28 1.10 0.64 0.36 0.29 0.85 0.70 1.45 1.54 0.86 0.71 0.44 0.52 0.67
O4' 0.11 1.10 0.37 0.59 0.50 0.35 0.39 0.61 0.67 0.33 1.02 0.88 0.61 0.23 0.16 0.74 0.83 0.13 0.14 0.15 0.22 0.14
O5' 0.43 0.86 0.90 1.14 0.32 0.88 0.36 1.09 0.66 0.42 0.91 0.57 0.72 0.26 0.26 1.38 1.46 0.44 0.32 0.26 0.24 0.32
O6 1.31 1.84 0.47 0.10 1.64 0.56 1.67 0.15 1.80 1.39 1.88 1.72 1.82 1.52 1.46 0.30 0.42 1.33 0.46 0.15 0.33 0.12
OP1 1.08 0.32 1.63 1.83 0.40 1.55 0.32 1.66 0.31 0.86 0.43 0.24 0.41 0.57 0.77 2.20 2.22 1.05 0.79 0.61 0.50 0.67
OP2 0.91 0.26 1.56 1.85 0.28 1.50 0.22 1.73 0.27 0.71 0.38 0.13 0.39 0.44 0.63 2.03 2.24 0.90 0.93 0.92 0.87 0.95
P 0.71 0.51 1.28 1.52 0.17 1.21 0.20 1.41 0.42 0.59 0.60 0.23 0.52 0.34 0.46 1.78 1.89 0.70 0.59 0.53 0.45 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.25 0.01 0.18 0.09 0.22 0.10
C2 0.02 0.00 0.17 0.24 0.01 0.49 0.01 0.94 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.17 0.43 0.55 1.00 0.61 0.92
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.08 0.02 0.05 0.13 0.08 0.09 0.13 0.17 0.07 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.20 0.28 0.10 0.09
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.04 0.01 0.23 0.02 0.14 0.51 0.08 0.27 0.24 0.47 0.21 0.02 0.01 0.02 0.32 0.55 0.15 0.27
C4 0.01 0.01 0.08 0.04 0.00 0.17 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.08 0.22 0.11 0.27 0.25 0.14
C4' 0.02 0.49 0.02 0.01 0.17 0.00 0.04 0.01 0.12 0.41 0.33 0.49 0.06 0.31 0.09 0.28 0.02 0.00 0.02 0.19 0.18 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.23 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.09 0.09 0.46 0.13 0.84 0.33
C5' 0.05 0.94 0.13 0.02 0.36 0.01 0.12 0.00 0.30 0.63 0.68 0.89 0.17 0.49 0.11 0.16 0.16 0.02 0.01 0.33 0.31 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.12 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.08 0.19 0.25 0.24 0.58 0.10
C8 0.02 0.01 0.09 0.51 0.01 0.41 0.01 0.63 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.34 0.17 0.25 1.12 0.83 1.55 1.10
N1 0.02 0.00 0.13 0.08 0.01 0.33 0.01 0.68 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.07 0.33 0.24 0.72 0.15 0.55
N3 0.02 0.00 0.17 0.27 0.01 0.49 0.01 0.89 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.22 0.43 0.51 0.86 0.57 0.82
N6 0.02 0.02 0.07 0.24 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.36 0.15 0.13 0.47 0.15 0.97 0.34
N7 0.01 0.01 0.06 0.47 0.01 0.31 0.00 0.49 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.38 0.21 0.13 1.03 0.72 1.62 1.03
N9 0.01 0.01 0.02 0.21 0.00 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.21 0.05 0.01 0.46 0.21 0.65 0.35
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.19 0.28 0.31 0.16 0.30 0.34 0.21 0.09 0.36 0.38 0.21 0.00 0.06 0.19 0.33 0.50 0.14 0.24
O3' 0.25 0.17 0.02 0.01 0.08 0.02 0.09 0.16 0.08 0.17 0.07 0.22 0.15 0.21 0.05 0.06 0.00 0.14 0.32 0.78 0.23 0.39
O4' 0.01 0.43 0.02 0.02 0.22 0.00 0.09 0.02 0.19 0.25 0.33 0.43 0.13 0.13 0.01 0.19 0.14 0.00 0.07 0.08 0.11 0.07
O5' 0.18 0.55 0.20 0.32 0.11 0.02 0.46 0.01 0.25 1.12 0.24 0.51 0.47 1.03 0.46 0.33 0.32 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 1.00 0.28 0.55 0.27 0.19 0.13 0.33 0.24 0.83 0.72 0.86 0.15 0.72 0.21 0.50 0.78 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.61 0.10 0.15 0.25 0.18 0.84 0.31 0.58 1.55 0.15 0.57 0.97 1.62 0.65 0.14 0.23 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.92 0.09 0.27 0.14 0.03 0.33 0.01 0.10 1.10 0.55 0.82 0.34 1.03 0.35 0.24 0.39 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00