ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48450

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 12, 9, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.025 std_dev=0.017
OP2 B 0, 0.039, 0.262, 0.485, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.262 std_dev=0.223
P B 0, 0.031, 0.283, 0.534, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.283 std_dev=0.252
C2' A 0, -0.127, 0.127, 0.381, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.127 std_dev=0.254
O4' A 0, -0.138, 0.118, 0.373, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.118 std_dev=0.255
O2' A 0, -0.139, 0.193, 0.525, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.193 std_dev=0.332
C4' A 0, -0.191, 0.198, 0.586, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.198 std_dev=0.388
C3' A 0, -0.195, 0.204, 0.603, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.204 std_dev=0.399
OP1 B 0, -0.033, 0.369, 0.772, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.369 std_dev=0.403
O3' A 0, -0.240, 0.282, 0.804, 2.330 max_d=2.330 avg_d=0.282 std_dev=0.522
C5' A 0, -0.258, 0.314, 0.885, 2.462 max_d=2.462 avg_d=0.314 std_dev=0.572
O5' A 0, -0.374, 0.536, 1.446, 3.818 max_d=3.818 avg_d=0.536 std_dev=0.910
O5' B 0, -0.452, 0.544, 1.539, 3.837 max_d=3.837 avg_d=0.544 std_dev=0.996
P A 0, -0.520, 0.672, 1.864, 5.679 max_d=5.679 avg_d=0.672 std_dev=1.192
C5' B 0, -0.637, 0.730, 2.097, 5.365 max_d=5.365 avg_d=0.730 std_dev=1.367
OP2 A 0, -0.607, 0.761, 2.128, 6.526 max_d=6.526 avg_d=0.761 std_dev=1.368
OP1 A 0, -0.742, 0.942, 2.627, 6.466 max_d=6.466 avg_d=0.942 std_dev=1.685
C4' B 0, -1.224, 0.987, 3.198, 8.138 max_d=8.138 avg_d=0.987 std_dev=2.211
C8 B 0, -1.360, 1.053, 3.465, 8.519 max_d=8.519 avg_d=1.053 std_dev=2.412
N7 B 0, -1.458, 1.044, 3.546, 9.010 max_d=9.010 avg_d=1.044 std_dev=2.502
C3' B 0, -1.433, 1.110, 3.652, 9.124 max_d=9.124 avg_d=1.110 std_dev=2.542
O4' B 0, -1.451, 1.139, 3.729, 9.162 max_d=9.162 avg_d=1.139 std_dev=2.590
O3' B 0, -1.540, 1.265, 4.070, 10.224 max_d=10.224 avg_d=1.265 std_dev=2.805
N9 B 0, -1.765, 1.254, 4.273, 10.513 max_d=10.513 avg_d=1.254 std_dev=3.019
C1' B 0, -1.814, 1.346, 4.506, 10.949 max_d=10.949 avg_d=1.346 std_dev=3.160
C5 B 0, -1.927, 1.253, 4.433, 11.514 max_d=11.514 avg_d=1.253 std_dev=3.180
C2' B 0, -1.853, 1.412, 4.677, 11.397 max_d=11.397 avg_d=1.412 std_dev=3.265
N6 B 0, -1.990, 1.356, 4.703, 12.526 max_d=12.526 avg_d=1.356 std_dev=3.346
C4 B 0, -2.141, 1.383, 4.908, 12.494 max_d=12.494 avg_d=1.383 std_dev=3.524
C6 B 0, -2.155, 1.419, 4.994, 13.193 max_d=13.193 avg_d=1.419 std_dev=3.574
O2' B 0, -2.117, 1.718, 5.553, 13.491 max_d=13.491 avg_d=1.718 std_dev=3.835
N3 B 0, -2.574, 1.648, 5.869, 14.921 max_d=14.921 avg_d=1.648 std_dev=4.222
N1 B 0, -2.558, 1.691, 5.939, 15.649 max_d=15.649 avg_d=1.691 std_dev=4.248
C2 B 0, -2.739, 1.786, 6.311, 16.343 max_d=16.343 avg_d=1.786 std_dev=4.525

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.02 0.18 0.17 0.13
C2 0.01 0.00 0.17 0.16 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.17 0.10 0.34 0.01 0.40 0.50 0.31
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.08 0.02 0.04 0.05 0.07 0.08 0.13 0.20 0.16 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.15 0.05 0.19 0.09 0.13
C3' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.13 0.00 0.14 0.02 0.16 0.12 0.17 0.16 0.14 0.14 0.09 0.02 0.01 0.01 0.20 0.17 0.27 0.16 0.16
C4 0.01 0.01 0.08 0.13 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.12 0.05 0.38 0.01 0.43 0.50 0.36
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.08 0.02 0.05 0.03 0.08 0.04 0.12 0.03 0.00 0.01 0.05 0.11 0.21 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.15 0.02 0.50 0.01 0.58 0.70 0.52
C5' 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.04 0.06 0.04 0.08 0.03 0.07 0.04 0.01 0.01 0.06 0.19 0.33 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.17 0.04 0.51 0.00 0.62 0.76 0.54
C8 0.01 0.01 0.08 0.12 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.12 0.07 0.53 0.01 0.57 0.62 0.53
N1 0.01 0.00 0.13 0.17 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.18 0.08 0.43 0.01 0.52 0.65 0.44
N2 0.02 0.00 0.20 0.16 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.19 0.12 0.28 0.02 0.35 0.44 0.25
N3 0.01 0.00 0.16 0.14 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.09 0.29 0.01 0.34 0.40 0.26
N7 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.14 0.04 0.58 0.01 0.67 0.80 0.62
N9 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.37 0.01 0.39 0.42 0.34
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.07 0.12 0.10 0.07 0.10 0.13 0.08 0.12 0.09 0.14 0.07 0.00 0.05 0.08 0.04 0.11 0.13 0.15 0.04
O3' 0.02 0.17 0.04 0.01 0.12 0.03 0.15 0.04 0.17 0.12 0.18 0.19 0.14 0.14 0.08 0.05 0.00 0.02 0.20 0.19 0.39 0.27 0.19
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.08 0.12 0.09 0.04 0.01 0.08 0.02 0.00 0.16 0.03 0.16 0.16 0.11
O5' 0.17 0.34 0.15 0.20 0.38 0.01 0.50 0.01 0.51 0.53 0.43 0.28 0.29 0.58 0.37 0.04 0.20 0.16 0.00 0.57 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.17 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.19 0.03 0.57 0.00 0.71 0.88 0.62
OP1 0.18 0.40 0.19 0.27 0.43 0.11 0.58 0.19 0.62 0.57 0.52 0.35 0.34 0.67 0.39 0.13 0.39 0.16 0.01 0.71 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.50 0.09 0.16 0.50 0.21 0.70 0.33 0.76 0.62 0.65 0.44 0.40 0.80 0.42 0.15 0.27 0.16 0.01 0.88 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.31 0.13 0.16 0.36 0.05 0.52 0.02 0.54 0.53 0.44 0.25 0.26 0.62 0.34 0.04 0.19 0.11 0.01 0.62 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.70 0.43 0.31 0.55 0.21 0.62 0.13 0.76 0.40 0.78 0.59 0.86 0.52 0.42 0.65 0.37 0.25 0.13 0.09 0.09 0.08
C2 0.90 0.88 1.13 1.04 0.85 0.78 0.75 0.55 0.72 0.72 0.79 0.92 0.61 0.67 0.84 1.19 1.15 0.73 0.46 0.17 0.15 0.09
C2' 0.94 1.38 0.84 0.66 1.23 0.66 1.34 0.53 1.48 1.04 1.47 1.27 1.59 1.23 1.07 0.94 0.57 0.83 0.52 0.20 0.34 0.36
C3' 0.95 1.52 0.83 0.62 1.29 0.61 1.40 0.46 1.62 1.02 1.64 1.36 1.78 1.23 1.08 0.92 0.51 0.81 0.44 0.13 0.25 0.28
C4 0.49 0.39 0.72 0.66 0.38 0.45 0.28 0.31 0.25 0.32 0.31 0.43 0.21 0.25 0.40 0.86 0.79 0.37 0.24 0.14 0.13 0.08
C4' 0.68 1.28 0.67 0.49 0.99 0.40 1.06 0.25 1.31 0.68 1.39 1.10 1.45 0.84 0.77 0.82 0.46 0.52 0.22 0.12 0.10 0.12
C5 0.77 0.78 1.05 0.94 0.71 0.68 0.60 0.46 0.60 0.53 0.69 0.81 0.51 0.48 0.68 1.17 1.11 0.59 0.36 0.16 0.14 0.08
C5' 0.55 1.12 0.56 0.41 0.83 0.30 0.88 0.18 1.12 0.54 1.22 0.95 1.25 0.68 0.63 0.74 0.40 0.40 0.15 0.12 0.09 0.10
C6 1.13 1.26 1.44 1.30 1.13 0.96 0.99 0.65 1.03 0.83 1.16 1.27 0.92 0.80 1.05 1.56 1.48 0.88 0.51 0.19 0.15 0.09
C8 0.34 0.20 0.59 0.54 0.18 0.34 0.09 0.24 0.11 0.17 0.14 0.24 0.22 0.11 0.23 0.78 0.70 0.23 0.17 0.12 0.13 0.08
N1 1.21 1.30 1.50 1.37 1.20 1.03 1.07 0.70 1.08 0.93 1.20 1.32 0.96 0.90 1.13 1.59 1.52 0.96 0.57 0.20 0.16 0.10
N2 1.01 0.96 1.21 1.13 0.95 0.89 0.84 0.65 0.79 0.84 0.86 1.00 0.66 0.77 0.96 1.23 1.19 0.85 0.58 0.19 0.15 0.11
N3 0.49 0.38 0.70 0.62 0.39 0.45 0.30 0.31 0.27 0.35 0.31 0.42 0.21 0.28 0.42 0.81 0.74 0.38 0.26 0.14 0.13 0.07
N7 0.63 0.61 0.91 0.83 0.54 0.58 0.42 0.39 0.42 0.40 0.51 0.64 0.35 0.34 0.53 1.07 1.01 0.47 0.29 0.15 0.14 0.08
N9 0.23 0.18 0.46 0.41 0.12 0.24 0.14 0.17 0.22 0.14 0.22 0.15 0.34 0.15 0.15 0.66 0.55 0.14 0.13 0.11 0.12 0.08
O2' 1.30 1.87 1.20 0.95 1.68 0.91 1.79 0.68 1.96 1.38 1.96 1.74 2.02 1.61 1.45 1.27 0.81 1.11 0.65 0.14 0.27 0.34
O3' 1.36 2.11 1.18 0.89 1.80 0.90 1.91 0.68 2.19 1.41 2.24 1.91 2.36 1.65 1.52 1.25 0.72 1.17 0.62 0.16 0.29 0.36
O4' 0.28 0.69 0.39 0.27 0.47 0.11 0.52 0.05 0.71 0.28 0.77 0.56 0.81 0.37 0.33 0.64 0.34 0.15 0.05 0.15 0.12 0.13
O5' 0.51 0.96 0.61 0.45 0.74 0.29 0.79 0.17 0.99 0.50 1.06 0.82 1.11 0.64 0.57 0.86 0.50 0.34 0.18 0.13 0.15 0.11
O6 1.34 1.59 1.70 1.51 1.37 1.13 1.21 0.75 1.29 0.97 1.47 1.56 1.18 0.95 1.24 1.85 1.73 1.04 0.58 0.20 0.16 0.10
OP1 0.49 1.04 0.65 0.51 0.75 0.29 0.80 0.17 1.02 0.46 1.13 0.87 1.14 0.60 0.56 0.87 0.59 0.27 0.17 0.25 0.17 0.18
OP2 0.42 0.75 0.52 0.36 0.59 0.24 0.64 0.19 0.78 0.45 0.82 0.64 0.89 0.55 0.47 0.78 0.43 0.30 0.22 0.19 0.27 0.23
P 0.39 0.84 0.55 0.40 0.60 0.19 0.66 0.08 0.85 0.38 0.93 0.69 0.98 0.51 0.45 0.82 0.49 0.20 0.09 0.15 0.12 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.18 0.00 0.10 0.11 0.12 0.10
C2 0.04 0.00 0.25 0.25 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.10 0.10 0.08 0.09 0.13 0.08
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.12 0.01 0.05 0.13 0.10 0.13 0.19 0.25 0.05 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.27 0.31 0.33 0.30
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.20 0.00 0.22 0.01 0.25 0.15 0.27 0.21 0.25 0.20 0.14 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.05 0.04
C4 0.02 0.00 0.12 0.20 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.10 0.07
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.09 0.05 0.03 0.06 0.09 0.05 0.18 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.22 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.15 0.10 0.04 0.10 0.11 0.14 0.10
C5' 0.05 0.05 0.13 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.07 0.07 0.04 0.10 0.08 0.04 0.06 0.13 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.10 0.25 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.13 0.06 0.11 0.13 0.17 0.12
C8 0.02 0.01 0.13 0.15 0.00 0.09 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.25 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07
N1 0.03 0.00 0.19 0.27 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.12 0.09 0.10 0.13 0.17 0.11
N3 0.04 0.00 0.25 0.21 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.08 0.09 0.06 0.06 0.10 0.06
N6 0.02 0.01 0.05 0.25 0.01 0.06 0.02 0.10 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.18 0.15 0.07 0.12 0.16 0.19 0.14
N7 0.02 0.01 0.08 0.20 0.01 0.09 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.25 0.12 0.03 0.11 0.11 0.13 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.14 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.05 0.01 0.05 0.05 0.08 0.05
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.06 0.18 0.15 0.06 0.12 0.25 0.06 0.12 0.18 0.25 0.12 0.00 0.04 0.13 0.21 0.27 0.40 0.27
O3' 0.18 0.10 0.02 0.01 0.06 0.01 0.10 0.13 0.13 0.08 0.12 0.08 0.15 0.12 0.05 0.04 0.00 0.13 0.15 0.22 0.21 0.18
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.06 0.09 0.09 0.07 0.03 0.01 0.13 0.13 0.00 0.03 0.06 0.06 0.06
O5' 0.10 0.08 0.27 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.11 0.07 0.10 0.06 0.12 0.11 0.05 0.21 0.15 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.09 0.31 0.09 0.07 0.05 0.11 0.06 0.13 0.07 0.13 0.06 0.16 0.11 0.05 0.27 0.22 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.13 0.33 0.05 0.10 0.02 0.14 0.01 0.17 0.09 0.17 0.10 0.19 0.13 0.08 0.40 0.21 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.08 0.30 0.04 0.07 0.01 0.10 0.01 0.12 0.07 0.11 0.06 0.14 0.11 0.05 0.27 0.18 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00