ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48451

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 9, 8, 5, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.011, 0.032, 0.053, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.032 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.010, 0.041, 0.072, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.041 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.005, 0.037, 0.069, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.037 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.023, 0.058, 0.094, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.058 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.057, 0.107, 0.157, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.107 std_dev=0.050
O2' A 0, 0.038, 0.094, 0.150, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.094 std_dev=0.056
C3' A 0, 0.029, 0.085, 0.141, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.085 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.027, 0.085, 0.143, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.085 std_dev=0.058
O3' A 0, 0.048, 0.112, 0.176, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.112 std_dev=0.064
C5' A 0, 0.046, 0.135, 0.224, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.135 std_dev=0.089
O5' A 0, 0.051, 0.158, 0.265, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.158 std_dev=0.107
C5' B 0, 0.214, 0.321, 0.428, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.321 std_dev=0.107
OP2 B 0, 0.194, 0.311, 0.428, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.311 std_dev=0.117
O5' B 0, 0.231, 0.350, 0.468, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.350 std_dev=0.118
C4' B 0, 0.215, 0.340, 0.466, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.340 std_dev=0.126
P B 0, 0.185, 0.318, 0.451, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.318 std_dev=0.133
O4' B 0, 0.186, 0.319, 0.453, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.319 std_dev=0.134
P A 0, 0.044, 0.180, 0.315, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.180 std_dev=0.136
OP2 A 0, 0.071, 0.210, 0.349, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.210 std_dev=0.139
C3' B 0, 0.250, 0.412, 0.575, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.412 std_dev=0.162
C1' B 0, 0.216, 0.384, 0.552, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.384 std_dev=0.168
OP1 A 0, 0.099, 0.271, 0.442, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.271 std_dev=0.171
OP1 B 0, 0.141, 0.321, 0.500, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.321 std_dev=0.180
N9 B 0, 0.255, 0.449, 0.643, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.449 std_dev=0.194
C8 B 0, 0.258, 0.452, 0.646, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.452 std_dev=0.194
C2' B 0, 0.256, 0.452, 0.649, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.452 std_dev=0.196
O3' B 0, 0.255, 0.466, 0.677, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.466 std_dev=0.211
O2' B 0, 0.265, 0.480, 0.695, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.480 std_dev=0.215
N7 B 0, 0.297, 0.523, 0.749, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.523 std_dev=0.226
C4 B 0, 0.301, 0.533, 0.764, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.533 std_dev=0.232
N3 B 0, 0.321, 0.571, 0.822, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.571 std_dev=0.250
C5 B 0, 0.327, 0.579, 0.831, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.579 std_dev=0.252
C2 B 0, 0.369, 0.659, 0.949, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.659 std_dev=0.290
C6 B 0, 0.379, 0.675, 0.972, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.675 std_dev=0.297
N1 B 0, 0.402, 0.715, 1.027, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.715 std_dev=0.313
N6 B 0, 0.406, 0.734, 1.062, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.734 std_dev=0.328

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.05 0.05 0.00 0.06 0.10 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.08 0.06 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.04 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.05 0.00 0.05 0.10 0.06
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.05 0.00 0.06 0.12 0.07
C5' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.05 0.00 0.06 0.12 0.07
C8 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.11 0.06
N1 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.04 0.05 0.00 0.05 0.11 0.07
N2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.06 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.05 0.05 0.00 0.06 0.09 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.12 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.09 0.05
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.07 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.09 0.08 0.07
O3' 0.03 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.09 0.05 0.04
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.05 0.09 0.05
O5' 0.03 0.05 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.03 0.05 0.00 0.05 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.05 0.00 0.07 0.13 0.08
OP1 0.05 0.06 0.08 0.08 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.09 0.09 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.10 0.06 0.04 0.10 0.03 0.12 0.02 0.12 0.11 0.11 0.09 0.09 0.12 0.09 0.08 0.05 0.09 0.02 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.05 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.04 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.13 0.08 0.13 0.13 0.13 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13 0.14 0.12 0.06 0.05 0.12 0.06
C2 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.09 0.12 0.12 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07
C2' 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.11 0.13 0.07 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.13 0.14 0.12 0.06 0.05 0.11 0.06
C3' 0.12 0.14 0.13 0.11 0.13 0.10 0.13 0.06 0.13 0.12 0.13 0.14 0.13 0.12 0.12 0.14 0.13 0.12 0.06 0.06 0.11 0.06
C4 0.09 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.13 0.10 0.09 0.10 0.09 0.07 0.06 0.10 0.06
C4' 0.13 0.15 0.13 0.10 0.14 0.10 0.14 0.08 0.14 0.14 0.14 0.15 0.14 0.14 0.14 0.15 0.11 0.13 0.08 0.08 0.14 0.09
C5 0.11 0.12 0.10 0.09 0.12 0.09 0.14 0.09 0.14 0.14 0.13 0.12 0.15 0.15 0.12 0.11 0.10 0.10 0.08 0.07 0.10 0.06
C5' 0.16 0.17 0.15 0.12 0.17 0.12 0.16 0.10 0.16 0.16 0.17 0.17 0.16 0.16 0.16 0.17 0.11 0.15 0.10 0.09 0.15 0.11
C6 0.11 0.13 0.09 0.08 0.12 0.08 0.14 0.10 0.15 0.14 0.14 0.12 0.16 0.15 0.12 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.07
C8 0.15 0.15 0.14 0.12 0.15 0.12 0.15 0.09 0.16 0.16 0.15 0.15 0.16 0.16 0.15 0.15 0.13 0.14 0.08 0.06 0.12 0.06
N1 0.09 0.11 0.08 0.08 0.11 0.08 0.13 0.10 0.13 0.13 0.13 0.11 0.15 0.14 0.11 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08
N2 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.09 0.09
N3 0.08 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.09 0.10 0.08 0.08 0.06 0.10 0.06
N7 0.14 0.15 0.13 0.11 0.15 0.11 0.16 0.10 0.16 0.16 0.16 0.15 0.17 0.16 0.15 0.14 0.12 0.13 0.08 0.07 0.11 0.06
N9 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.10 0.13 0.09 0.13 0.14 0.13 0.12 0.14 0.14 0.12 0.12 0.13 0.12 0.07 0.06 0.12 0.06
O2' 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.13 0.11 0.14 0.13 0.13 0.13 0.14 0.14 0.12 0.14 0.16 0.12 0.10 0.09 0.12 0.09
O3' 0.13 0.15 0.14 0.13 0.14 0.12 0.13 0.08 0.13 0.12 0.14 0.15 0.13 0.12 0.13 0.15 0.15 0.13 0.07 0.07 0.09 0.07
O4' 0.14 0.15 0.13 0.12 0.15 0.11 0.15 0.10 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.14 0.12 0.14 0.10 0.11 0.16 0.11
O5' 0.15 0.16 0.14 0.11 0.15 0.10 0.15 0.07 0.15 0.14 0.16 0.16 0.15 0.14 0.15 0.17 0.11 0.14 0.08 0.08 0.13 0.09
O6 0.12 0.15 0.10 0.09 0.14 0.09 0.16 0.10 0.17 0.16 0.17 0.14 0.19 0.17 0.14 0.11 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08
OP1 0.17 0.19 0.18 0.15 0.18 0.14 0.17 0.12 0.18 0.16 0.19 0.19 0.17 0.16 0.17 0.19 0.14 0.16 0.13 0.13 0.15 0.13
OP2 0.10 0.12 0.11 0.09 0.11 0.07 0.10 0.06 0.10 0.10 0.11 0.12 0.10 0.10 0.10 0.14 0.10 0.09 0.05 0.06 0.12 0.07
P 0.13 0.15 0.14 0.11 0.14 0.09 0.13 0.07 0.13 0.12 0.14 0.15 0.13 0.12 0.13 0.16 0.10 0.12 0.07 0.08 0.13 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.09 0.04
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.11 0.13 0.09 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.08 0.03
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.07 0.07 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.07 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.10 0.11 0.09 0.09
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.12 0.14 0.10 0.11
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.09 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.12 0.16 0.11 0.12
C8 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.12 0.10 0.08 0.08
N1 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.12 0.15 0.11 0.12
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.10 0.11 0.09 0.09
N6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.13 0.18 0.13 0.14
N7 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.13 0.14 0.11 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.07 0.08 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.01 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.10 0.05
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.08 0.08 0.06 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04 0.06 0.06 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.11 0.06
O5' 0.04 0.11 0.02 0.03 0.10 0.01 0.12 0.01 0.12 0.12 0.12 0.10 0.13 0.13 0.09 0.04 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.13 0.04 0.04 0.11 0.03 0.14 0.03 0.16 0.10 0.15 0.11 0.18 0.14 0.07 0.05 0.06 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.10 0.05 0.11 0.08 0.11 0.09 0.13 0.11 0.08 0.10 0.06 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.03 0.03 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.08 0.12 0.09 0.14 0.11 0.06 0.05 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00