ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48452

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 1, 3, 2, 1, 2, 1, 5, 1, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.008, 0.023, 0.039, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.014, 0.040, 0.066, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.040 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.017, 0.046, 0.075, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.046 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.007, 0.042, 0.076, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.042 std_dev=0.034
P B 0, 0.260, 0.527, 0.793, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.527 std_dev=0.266
C2' A 0, -0.094, 0.235, 0.563, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.235 std_dev=0.328
O4' A 0, -0.101, 0.240, 0.580, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.240 std_dev=0.341
O2' A 0, -0.091, 0.258, 0.608, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.258 std_dev=0.350
OP2 B 0, 0.205, 0.563, 0.920, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.563 std_dev=0.358
C4' A 0, -0.121, 0.391, 0.903, 2.558 max_d=2.558 avg_d=0.391 std_dev=0.512
OP1 B 0, 0.280, 0.807, 1.334, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.807 std_dev=0.527
C3' A 0, -0.133, 0.404, 0.942, 2.731 max_d=2.731 avg_d=0.404 std_dev=0.537
O3' A 0, -0.206, 0.570, 1.345, 3.932 max_d=3.932 avg_d=0.570 std_dev=0.775
C5' A 0, -0.216, 0.643, 1.502, 4.297 max_d=4.297 avg_d=0.643 std_dev=0.859
O5' A 0, -0.307, 0.592, 1.491, 4.699 max_d=4.699 avg_d=0.592 std_dev=0.899
OP2 A 0, -0.525, 0.669, 1.864, 6.235 max_d=6.235 avg_d=0.669 std_dev=1.194
P A 0, -0.531, 0.675, 1.881, 6.317 max_d=6.317 avg_d=0.675 std_dev=1.206
OP1 A 0, -0.600, 0.781, 2.162, 7.274 max_d=7.274 avg_d=0.781 std_dev=1.381
O5' B 0, 0.398, 1.784, 3.170, 3.432 max_d=3.432 avg_d=1.784 std_dev=1.386
C5' B 0, 0.339, 2.663, 4.986, 5.328 max_d=5.328 avg_d=2.663 std_dev=2.324
C4' B 0, 0.356, 4.006, 7.655, 7.969 max_d=7.969 avg_d=4.006 std_dev=3.650
C3' B 0, 0.360, 4.501, 8.642, 9.268 max_d=9.268 avg_d=4.501 std_dev=4.141
O4' B 0, 0.345, 4.543, 8.741, 8.925 max_d=8.925 avg_d=4.543 std_dev=4.198
C2' B 0, 0.326, 5.087, 9.848, 10.631 max_d=10.631 avg_d=5.087 std_dev=4.761
O3' B 0, 0.399, 5.435, 10.472, 11.205 max_d=11.205 avg_d=5.435 std_dev=5.037
C1' B 0, 0.362, 5.478, 10.593, 11.083 max_d=11.083 avg_d=5.478 std_dev=5.116
C8 B 0, 0.381, 5.714, 11.047, 13.299 max_d=13.299 avg_d=5.714 std_dev=5.333
N9 B 0, 0.353, 5.874, 11.395, 12.116 max_d=12.116 avg_d=5.874 std_dev=5.521
O2' B 0, 0.363, 6.019, 11.675, 12.304 max_d=12.304 avg_d=6.019 std_dev=5.656
N7 B 0, 0.434, 6.613, 12.791, 15.148 max_d=15.148 avg_d=6.613 std_dev=6.179
C4 B 0, 0.370, 6.872, 13.374, 14.339 max_d=14.339 avg_d=6.872 std_dev=6.502
C5 B 0, 0.428, 7.308, 14.187, 15.188 max_d=15.188 avg_d=7.308 std_dev=6.880
N3 B 0, 0.367, 7.525, 14.683, 15.725 max_d=15.725 avg_d=7.525 std_dev=7.158
C6 B 0, 0.499, 8.511, 16.522, 17.687 max_d=17.687 avg_d=8.511 std_dev=8.011
C2 B 0, 0.430, 8.566, 16.702, 17.884 max_d=17.884 avg_d=8.566 std_dev=8.136
N1 B 0, 0.501, 9.087, 17.672, 18.919 max_d=18.919 avg_d=9.087 std_dev=8.585
N6 B 0, 0.588, 9.247, 17.906, 19.081 max_d=19.081 avg_d=9.247 std_dev=8.659

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.02 0.17 0.16 0.12
C2 0.03 0.00 0.21 0.17 0.01 0.16 0.02 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.24 0.24 0.22 0.48 0.02 0.50 0.59 0.55
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.11 0.02 0.06 0.02 0.10 0.11 0.17 0.26 0.21 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.09 0.24 0.13 0.13
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.11 0.01 0.09 0.02 0.12 0.09 0.15 0.21 0.16 0.08 0.05 0.03 0.01 0.02 0.19 0.12 0.28 0.11 0.16
C4 0.01 0.01 0.11 0.11 0.00 0.10 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.12 0.37 0.01 0.38 0.43 0.39
C4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.10 0.00 0.09 0.01 0.12 0.07 0.15 0.19 0.15 0.07 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.11 0.11 0.15 0.02
C5 0.02 0.02 0.06 0.09 0.01 0.09 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.06 0.37 0.01 0.40 0.46 0.40
C5' 0.04 0.34 0.02 0.02 0.24 0.01 0.23 0.00 0.29 0.14 0.33 0.38 0.30 0.18 0.13 0.05 0.05 0.01 0.01 0.28 0.12 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.12 0.01 0.12 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.10 0.42 0.01 0.48 0.56 0.49
C8 0.01 0.01 0.11 0.09 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.11 0.11 0.22 0.02 0.22 0.17 0.15
N1 0.03 0.01 0.17 0.15 0.01 0.15 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.21 0.18 0.48 0.02 0.52 0.62 0.56
N2 0.03 0.00 0.26 0.21 0.01 0.19 0.02 0.38 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.30 0.29 0.27 0.51 0.04 0.53 0.62 0.59
N3 0.03 0.01 0.21 0.16 0.01 0.15 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.21 0.22 0.43 0.02 0.43 0.49 0.46
N7 0.01 0.02 0.06 0.08 0.01 0.07 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.05 0.27 0.02 0.31 0.30 0.26
N9 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.26 0.02 0.26 0.26 0.23
O2' 0.01 0.24 0.00 0.03 0.12 0.05 0.08 0.05 0.12 0.10 0.19 0.30 0.22 0.06 0.03 0.00 0.05 0.04 0.05 0.11 0.18 0.12 0.06
O3' 0.02 0.24 0.02 0.01 0.13 0.02 0.12 0.05 0.16 0.11 0.21 0.29 0.21 0.09 0.05 0.05 0.00 0.02 0.17 0.16 0.33 0.17 0.19
O4' 0.00 0.22 0.01 0.02 0.12 0.00 0.06 0.01 0.10 0.11 0.18 0.27 0.22 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.11 0.08 0.11 0.18 0.11
O5' 0.15 0.48 0.16 0.19 0.37 0.02 0.37 0.01 0.42 0.22 0.48 0.51 0.43 0.27 0.26 0.05 0.17 0.11 0.00 0.41 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.09 0.12 0.01 0.11 0.01 0.28 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.11 0.16 0.08 0.41 0.00 0.49 0.56 0.49
OP1 0.17 0.50 0.24 0.28 0.38 0.11 0.40 0.12 0.48 0.22 0.52 0.53 0.43 0.31 0.26 0.18 0.33 0.11 0.01 0.49 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.59 0.13 0.11 0.43 0.15 0.46 0.21 0.56 0.17 0.62 0.62 0.49 0.30 0.26 0.12 0.17 0.18 0.02 0.56 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.55 0.13 0.16 0.39 0.02 0.40 0.02 0.49 0.15 0.56 0.59 0.46 0.26 0.23 0.06 0.19 0.11 0.01 0.49 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 3.41 5.94 2.87 2.46 4.56 2.56 4.22 1.83 4.78 2.93 5.58 5.51 4.50 3.28 3.65 2.51 2.40 3.23 0.99 0.46 0.29 0.11
C2 1.03 2.96 0.89 0.86 1.97 0.85 1.82 0.90 2.29 0.80 2.83 2.59 2.18 1.14 1.27 0.29 0.75 1.07 0.22 0.17 0.16 0.20
C2' 3.55 5.50 3.11 2.80 4.31 2.89 3.83 2.02 4.27 2.74 5.04 5.25 3.91 2.94 3.55 2.85 2.93 3.36 1.07 0.61 0.42 0.30
C3' 3.73 5.98 3.28 2.96 4.58 2.94 4.12 2.00 4.65 2.92 5.52 5.61 4.28 3.15 3.75 3.11 3.20 3.41 1.04 0.62 0.43 0.23
C4 2.10 4.47 1.75 1.55 3.21 1.64 3.00 1.35 3.57 1.79 4.27 4.00 3.40 2.16 2.37 1.18 1.41 2.08 0.55 0.29 0.21 0.15
C4' 4.04 6.84 3.49 3.00 5.23 2.95 4.87 1.97 5.52 3.48 6.44 6.29 5.20 3.83 4.26 3.34 3.13 3.63 1.14 0.60 0.45 0.23
C5 1.74 4.27 1.41 1.30 2.93 1.36 2.78 1.19 3.42 1.51 4.13 3.72 3.30 1.93 2.06 0.78 1.20 1.74 0.39 0.22 0.19 0.17
C5' 4.05 7.11 3.52 3.04 5.35 2.94 5.07 1.97 5.83 3.57 6.81 6.40 5.58 3.99 4.32 3.40 3.21 3.59 1.17 0.69 0.58 0.41
C6 1.10 3.47 0.87 0.91 2.22 0.91 2.12 0.93 2.73 0.93 3.37 2.93 2.66 1.35 1.41 0.29 0.87 1.14 0.22 0.17 0.16 0.21
C8 2.66 5.49 2.19 1.93 3.94 2.01 3.74 1.54 4.44 2.35 5.28 4.86 4.28 2.79 2.97 1.69 1.88 2.54 0.69 0.33 0.24 0.13
N1 0.80 2.86 0.66 0.75 1.78 0.72 1.67 0.81 2.20 0.61 2.77 2.41 2.13 0.97 1.05 0.39 0.77 0.84 0.21 0.16 0.15 0.22
N2 0.56 2.13 0.57 0.65 1.30 0.56 1.16 0.69 1.57 0.33 2.01 1.83 1.47 0.59 0.71 0.39 0.70 0.58 0.24 0.17 0.15 0.23
N3 1.81 3.83 1.55 1.36 2.78 1.44 2.56 1.25 3.04 1.49 3.63 3.47 2.87 1.81 2.04 0.97 1.17 1.83 0.49 0.28 0.21 0.15
N7 2.12 4.90 1.72 1.56 3.40 1.63 3.25 1.33 3.96 1.88 4.75 4.26 3.84 2.34 2.46 1.13 1.49 2.07 0.51 0.26 0.21 0.16
N9 2.76 5.36 2.30 2.00 3.94 2.10 3.69 1.60 4.31 2.39 5.09 4.84 4.10 2.77 3.03 1.83 1.91 2.66 0.76 0.37 0.25 0.12
O2' 4.04 5.47 3.56 3.18 4.56 3.24 4.02 2.18 4.32 3.10 4.99 5.41 3.93 3.21 3.93 3.40 3.34 3.78 1.29 0.69 0.48 0.38
O3' 3.94 5.81 3.57 3.27 4.56 3.17 4.03 2.11 4.47 2.96 5.31 5.54 4.06 3.10 3.83 3.55 3.68 3.53 1.13 0.70 0.53 0.35
O4' 3.75 6.80 3.16 2.67 5.13 2.68 4.86 1.85 5.56 3.40 6.46 6.15 5.30 3.83 4.09 2.88 2.64 3.43 1.10 0.60 0.52 0.37
O5' 3.71 6.71 3.23 2.88 4.96 2.78 4.70 1.91 5.47 3.23 6.45 6.00 5.25 3.65 3.95 3.03 3.05 3.32 1.11 0.73 0.64 0.52
O6 0.89 3.26 0.68 0.80 2.00 0.78 1.93 0.85 2.57 0.76 3.21 2.69 2.54 1.18 1.19 0.45 0.85 0.93 0.21 0.17 0.15 0.23
OP1 3.97 6.93 3.53 3.16 5.18 2.98 4.92 2.03 5.72 3.45 6.71 6.20 5.53 3.86 4.18 3.43 3.44 3.49 1.20 0.72 0.64 0.52
OP2 3.31 6.34 2.90 2.67 4.58 2.56 4.36 1.83 5.18 2.87 6.16 5.58 5.03 3.31 3.56 2.61 2.85 2.99 1.01 0.78 0.70 0.61
P 3.69 6.80 3.23 2.89 5.00 2.76 4.78 1.91 5.62 3.27 6.61 6.02 5.46 3.72 3.96 3.03 3.09 3.29 1.12 0.78 0.70 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.34 0.01 0.24 0.34 0.19 0.12
C2 0.04 0.00 0.53 0.29 0.01 0.41 0.02 0.57 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.65 0.23 0.62 0.66 1.15 0.41 0.58
C2' 0.01 0.53 0.00 0.01 0.29 0.03 0.16 0.19 0.28 0.23 0.43 0.52 0.21 0.10 0.03 0.00 0.02 0.03 0.60 0.60 0.52 0.59
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.31 0.01 0.43 0.01 0.43 0.44 0.37 0.24 0.49 0.49 0.28 0.02 0.01 0.03 0.38 0.46 0.29 0.34
C4 0.02 0.01 0.29 0.31 0.00 0.12 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.12 0.32 0.44 0.68 0.52 0.30
C4' 0.01 0.41 0.03 0.01 0.12 0.00 0.09 0.01 0.07 0.45 0.26 0.41 0.09 0.36 0.12 0.36 0.03 0.01 0.03 0.22 0.22 0.04
C5 0.02 0.02 0.16 0.43 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.13 0.13 0.43 0.54 0.90 0.36
C5' 0.06 0.57 0.19 0.01 0.18 0.01 0.18 0.00 0.15 0.62 0.37 0.55 0.20 0.54 0.16 0.17 0.22 0.02 0.01 0.33 0.33 0.02
C6 0.03 0.01 0.28 0.43 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.28 0.15 0.26 0.48 0.72 0.87 0.37
C8 0.02 0.02 0.23 0.44 0.01 0.45 0.01 0.62 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.72 0.15 0.35 0.54 0.45 1.14 0.62
N1 0.03 0.00 0.43 0.37 0.01 0.26 0.01 0.37 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.45 0.16 0.47 0.57 1.00 0.61 0.46
N3 0.04 0.00 0.52 0.24 0.01 0.41 0.01 0.55 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.65 0.26 0.62 0.62 1.04 0.31 0.53
N6 0.03 0.01 0.21 0.49 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.32 0.22 0.17 0.49 0.64 1.12 0.44
N7 0.02 0.02 0.10 0.49 0.01 0.36 0.00 0.54 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.61 0.21 0.20 0.55 0.47 1.28 0.63
N9 0.01 0.02 0.03 0.28 0.01 0.12 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.26 0.09 0.02 0.33 0.38 0.58 0.23
O2' 0.02 0.65 0.00 0.02 0.26 0.36 0.29 0.17 0.28 0.72 0.45 0.65 0.32 0.61 0.26 0.00 0.04 0.24 0.27 0.21 0.49 0.34
O3' 0.34 0.23 0.02 0.01 0.12 0.03 0.13 0.22 0.15 0.15 0.16 0.26 0.22 0.21 0.09 0.04 0.00 0.21 0.22 0.45 0.16 0.23
O4' 0.01 0.62 0.03 0.03 0.32 0.01 0.13 0.02 0.26 0.35 0.47 0.62 0.17 0.20 0.02 0.24 0.21 0.00 0.15 0.26 0.43 0.19
O5' 0.24 0.66 0.60 0.38 0.44 0.03 0.43 0.01 0.48 0.54 0.57 0.62 0.49 0.55 0.33 0.27 0.22 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.34 1.15 0.60 0.46 0.68 0.22 0.54 0.33 0.72 0.45 1.00 1.04 0.64 0.47 0.38 0.21 0.45 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.41 0.52 0.29 0.52 0.22 0.90 0.33 0.87 1.14 0.61 0.31 1.12 1.28 0.58 0.49 0.16 0.43 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.58 0.59 0.34 0.30 0.04 0.36 0.02 0.37 0.62 0.46 0.53 0.44 0.63 0.23 0.34 0.23 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00