ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48454

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 5, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.012, 0.025, 0.039, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N3 A 0, -0.001, 0.018, 0.036, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.017, 0.041, 0.064, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.041 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.018, 0.043, 0.067, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.043 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.022, 0.049, 0.077, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.049 std_dev=0.028
N2 A 0, -0.010, 0.025, 0.059, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.025 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.020, 0.061, 0.103, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.061 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.012, 0.082, 0.152, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.082 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.043, 0.117, 0.191, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.117 std_dev=0.074
C3' A 0, 0.029, 0.120, 0.210, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.120 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.026, 0.133, 0.240, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.133 std_dev=0.107
OP1 B 0, 0.129, 0.243, 0.357, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.243 std_dev=0.114
P B 0, 0.114, 0.233, 0.351, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.233 std_dev=0.119
C5' A 0, 0.073, 0.202, 0.331, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.202 std_dev=0.129
O3' A 0, 0.033, 0.171, 0.310, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.171 std_dev=0.138
O5' B 0, 0.115, 0.257, 0.399, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.257 std_dev=0.142
C5' B 0, 0.127, 0.272, 0.417, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.272 std_dev=0.145
O4' B 0, 0.123, 0.269, 0.414, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.269 std_dev=0.145
OP2 B 0, 0.121, 0.268, 0.415, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.268 std_dev=0.147
C4' B 0, 0.114, 0.262, 0.411, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.262 std_dev=0.149
C1' B 0, 0.132, 0.286, 0.439, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.286 std_dev=0.154
C3' B 0, 0.115, 0.283, 0.451, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.283 std_dev=0.168
C2' B 0, 0.143, 0.319, 0.496, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.319 std_dev=0.177
O3' B 0, 0.121, 0.301, 0.481, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.301 std_dev=0.180
N9 B 0, 0.122, 0.303, 0.484, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.303 std_dev=0.181
P A 0, 0.112, 0.310, 0.507, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.310 std_dev=0.197
O2' B 0, 0.187, 0.388, 0.590, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.388 std_dev=0.202
O5' A 0, 0.112, 0.322, 0.531, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.322 std_dev=0.209
C4 B 0, 0.139, 0.353, 0.566, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.353 std_dev=0.214
C8 B 0, 0.101, 0.315, 0.530, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.315 std_dev=0.215
N3 B 0, 0.158, 0.398, 0.639, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.398 std_dev=0.241
C5 B 0, 0.144, 0.388, 0.633, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.388 std_dev=0.245
N7 B 0, 0.124, 0.373, 0.622, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.373 std_dev=0.249
OP2 A 0, 0.168, 0.443, 0.718, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.443 std_dev=0.275
C2 B 0, 0.177, 0.462, 0.746, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.462 std_dev=0.284
C6 B 0, 0.175, 0.462, 0.749, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.462 std_dev=0.287
OP1 A 0, 0.159, 0.450, 0.742, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.450 std_dev=0.292
N1 B 0, 0.190, 0.492, 0.794, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.492 std_dev=0.302
N6 B 0, 0.204, 0.527, 0.851, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.527 std_dev=0.323

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.01 0.17 0.34 0.11
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.18 0.01 0.17 0.40 0.15
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.19 0.29 0.07
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.08 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.17 0.24 0.05
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.20 0.01 0.17 0.40 0.16
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.20 0.20 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.25 0.00 0.19 0.41 0.19
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.05 0.03 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.13 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.25 0.00 0.20 0.41 0.19
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.26 0.01 0.18 0.40 0.18
N1 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.22 0.01 0.18 0.41 0.17
N2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.11 0.03 0.15 0.01 0.16 0.40 0.14
N3 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.16 0.02 0.16 0.39 0.14
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.28 0.01 0.21 0.41 0.20
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.19 0.01 0.16 0.39 0.15
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.24 0.25 0.05
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.11 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.21 0.16 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.01 0.17 0.30 0.10
O5' 0.11 0.18 0.06 0.04 0.20 0.01 0.25 0.01 0.25 0.26 0.22 0.15 0.16 0.28 0.19 0.03 0.04 0.09 0.00 0.27 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.27 0.00 0.22 0.41 0.21
OP1 0.17 0.17 0.19 0.17 0.17 0.20 0.19 0.14 0.20 0.18 0.18 0.16 0.16 0.21 0.16 0.24 0.21 0.17 0.02 0.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.40 0.29 0.24 0.40 0.20 0.41 0.13 0.41 0.40 0.41 0.40 0.39 0.41 0.39 0.25 0.16 0.30 0.01 0.41 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.15 0.07 0.05 0.16 0.03 0.19 0.01 0.19 0.18 0.17 0.14 0.14 0.20 0.15 0.05 0.01 0.10 0.00 0.21 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.14 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.09 0.13 0.13 0.11 0.09 0.10 0.14 0.14 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08
C2 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.12 0.09 0.08 0.08 0.12 0.09 0.10
C2' 0.09 0.12 0.10 0.08 0.10 0.06 0.09 0.08 0.10 0.08 0.11 0.12 0.09 0.08 0.09 0.14 0.12 0.08 0.05 0.08 0.06 0.06
C3' 0.10 0.13 0.09 0.06 0.11 0.06 0.10 0.07 0.11 0.09 0.12 0.13 0.11 0.09 0.09 0.13 0.09 0.08 0.06 0.10 0.07 0.07
C4 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.12 0.09 0.08 0.11 0.12 0.09 0.08 0.09 0.13 0.12 0.09 0.09 0.12 0.09 0.10
C4' 0.08 0.14 0.09 0.06 0.10 0.04 0.10 0.07 0.11 0.08 0.13 0.13 0.11 0.08 0.09 0.12 0.09 0.07 0.04 0.08 0.05 0.05
C5 0.10 0.12 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.08 0.11 0.12 0.09 0.08 0.09 0.14 0.12 0.09 0.09 0.12 0.09 0.10
C5' 0.08 0.15 0.09 0.05 0.11 0.04 0.10 0.07 0.12 0.08 0.14 0.14 0.11 0.08 0.09 0.12 0.08 0.07 0.05 0.09 0.05 0.06
C6 0.09 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08 0.10 0.11 0.08 0.08 0.09 0.14 0.11 0.09 0.09 0.12 0.09 0.10
C8 0.11 0.14 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.12 0.13 0.10 0.09 0.10 0.15 0.14 0.10 0.09 0.11 0.08 0.09
N1 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.13 0.10 0.08 0.08 0.12 0.09 0.10
N2 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.12 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.09
N3 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.12 0.09 0.08 0.10 0.11 0.09 0.08 0.08 0.12 0.11 0.09 0.09 0.12 0.09 0.10
N7 0.10 0.13 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.12 0.13 0.09 0.08 0.09 0.15 0.13 0.10 0.09 0.12 0.09 0.09
N9 0.10 0.13 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.12 0.13 0.10 0.09 0.10 0.14 0.13 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09
O2' 0.09 0.12 0.11 0.09 0.10 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.11 0.12 0.10 0.08 0.09 0.15 0.14 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06
O3' 0.12 0.14 0.11 0.08 0.12 0.10 0.12 0.10 0.13 0.11 0.14 0.14 0.13 0.11 0.12 0.13 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10
O4' 0.11 0.15 0.11 0.09 0.12 0.08 0.11 0.10 0.12 0.10 0.14 0.15 0.12 0.10 0.11 0.13 0.12 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08
O5' 0.10 0.20 0.11 0.06 0.14 0.05 0.13 0.09 0.16 0.09 0.19 0.18 0.15 0.10 0.10 0.15 0.09 0.07 0.07 0.12 0.08 0.10
O6 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.11 0.08 0.08 0.09 0.15 0.11 0.09 0.08 0.12 0.09 0.09
OP1 0.35 0.48 0.34 0.29 0.41 0.26 0.40 0.23 0.43 0.34 0.47 0.45 0.43 0.36 0.36 0.35 0.28 0.30 0.24 0.21 0.24 0.22
OP2 0.17 0.18 0.17 0.20 0.16 0.24 0.17 0.30 0.16 0.20 0.17 0.17 0.16 0.18 0.17 0.18 0.20 0.21 0.29 0.36 0.30 0.32
P 0.10 0.23 0.11 0.06 0.16 0.05 0.14 0.09 0.18 0.08 0.22 0.21 0.17 0.10 0.11 0.14 0.08 0.05 0.06 0.13 0.05 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.12 0.02 0.09 0.10 0.11 0.09
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.06 0.09 0.09 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.07 0.08 0.09 0.08
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.10 0.11 0.09
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.09 0.12 0.13 0.11
C8 0.01 0.02 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.08 0.08 0.09 0.08
N1 0.02 0.00 0.07 0.09 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.11 0.02 0.10 0.11 0.12 0.11
N3 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.08 0.08 0.09 0.08
N6 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.10 0.13 0.14 0.12
N7 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.09 0.11 0.11 0.10
N9 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.06 0.07 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03
O3' 0.00 0.12 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.09 0.07 0.11 0.10 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.05 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.05 0.05
O5' 0.04 0.09 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.06 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.10 0.04 0.05 0.08 0.02 0.10 0.02 0.12 0.08 0.11 0.08 0.13 0.11 0.06 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.11 0.03 0.03 0.09 0.01 0.11 0.01 0.13 0.09 0.12 0.09 0.14 0.11 0.07 0.02 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.02 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.11 0.08 0.11 0.08 0.12 0.10 0.06 0.03 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00