Doublet Group distance statistics: 48455

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 1, 1, 3, 0, 2, 2, 1, 0, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.023, 0.036, 0.049, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.036 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.015, 0.028, 0.042, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.028 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.015, 0.031, 0.047, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.031 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.021, 0.039, 0.058, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.039 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.025, 0.044, 0.063, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.044 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.017, 0.039, 0.061, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.021, 0.044, 0.067, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.044 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.021, 0.046, 0.071, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.046 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.025, 0.050, 0.075, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.050 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.019, 0.048, 0.078, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.048 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.038, 0.085, 0.132, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.085 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.071, 0.194, 0.316, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.194 std_dev=0.122
C2' A 0, 0.077, 0.217, 0.357, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.217 std_dev=0.140
C4' A 0, 0.125, 0.316, 0.508, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.316 std_dev=0.191
O2' A 0, 0.170, 0.378, 0.587, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.378 std_dev=0.208
C3' A 0, 0.170, 0.384, 0.598, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.384 std_dev=0.214
O3' A 0, 0.242, 0.565, 0.889, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.565 std_dev=0.323
C5' A 0, 0.165, 0.493, 0.822, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.493 std_dev=0.328
OP2 B 0, 0.296, 0.626, 0.956, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.626 std_dev=0.330
O5' A 0, 0.194, 0.567, 0.940, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.567 std_dev=0.373
P B 0, 0.400, 0.787, 1.175, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.787 std_dev=0.387
OP1 B 0, 0.308, 0.811, 1.314, 2.145 max_d=2.145 avg_d=0.811 std_dev=0.503
P A 0, 0.139, 0.757, 1.374, 2.700 max_d=2.700 avg_d=0.757 std_dev=0.618
O5' B 0, 0.671, 1.438, 2.205, 3.547 max_d=3.547 avg_d=1.438 std_dev=0.767
OP2 A 0, 0.184, 0.956, 1.728, 2.851 max_d=2.851 avg_d=0.956 std_dev=0.772
OP1 A 0, 0.094, 1.074, 2.054, 3.469 max_d=3.469 avg_d=1.074 std_dev=0.980
C5' B 0, 0.739, 1.973, 3.208, 5.484 max_d=5.484 avg_d=1.973 std_dev=1.234
C4' B 0, 0.927, 2.577, 4.227, 7.507 max_d=7.507 avg_d=2.577 std_dev=1.650
O4' B 0, 1.002, 2.673, 4.344, 7.511 max_d=7.511 avg_d=2.673 std_dev=1.671
C3' B 0, 0.616, 2.788, 4.961, 9.775 max_d=9.775 avg_d=2.788 std_dev=2.172
C8 B 0, 0.020, 2.268, 4.515, 9.641 max_d=9.641 avg_d=2.268 std_dev=2.248
C1' B 0, 0.773, 3.042, 5.311, 10.104 max_d=10.104 avg_d=3.042 std_dev=2.269
N9 B 0, 0.291, 2.755, 5.220, 10.649 max_d=10.649 avg_d=2.755 std_dev=2.464
O3' B 0, 0.685, 3.224, 5.764, 11.610 max_d=11.610 avg_d=3.224 std_dev=2.540
C2' B 0, 0.707, 3.295, 5.883, 11.450 max_d=11.450 avg_d=3.295 std_dev=2.588
N7 B 0, -0.515, 2.220, 4.955, 11.237 max_d=11.237 avg_d=2.220 std_dev=2.735
O2' B 0, 0.894, 3.980, 7.066, 13.615 max_d=13.615 avg_d=3.980 std_dev=3.086
C4 B 0, -0.099, 2.998, 6.094, 12.812 max_d=12.812 avg_d=2.998 std_dev=3.096
C5 B 0, -0.611, 2.655, 5.921, 13.243 max_d=13.243 avg_d=2.655 std_dev=3.266
N3 B 0, -0.036, 3.512, 7.060, 14.430 max_d=14.430 avg_d=3.512 std_dev=3.548
C6 B 0, -1.101, 2.875, 6.852, 15.702 max_d=15.702 avg_d=2.875 std_dev=3.976
C2 B 0, -0.531, 3.632, 7.795, 16.470 max_d=16.470 avg_d=3.632 std_dev=4.163
N6 B 0, -1.503, 2.767, 7.036, 16.769 max_d=16.769 avg_d=2.767 std_dev=4.270
N1 B 0, -1.061, 3.349, 7.760, 17.247 max_d=17.247 avg_d=3.349 std_dev=4.411

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.06 0.10 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.03 0.24 0.18 0.11
C2 0.07 0.00 0.16 0.14 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.20 0.08 0.12 0.02 0.43 0.41 0.18
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.09 0.08 0.13 0.20 0.16 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.08 0.13 0.16 0.09
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.08 0.12 0.11 0.18 0.13 0.10 0.04 0.02 0.01 0.02 0.07 0.08 0.15 0.13 0.10
C4 0.03 0.01 0.08 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.04 0.12 0.02 0.43 0.38 0.17
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.05 0.11 0.08 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.10 0.13 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.03 0.15 0.02 0.53 0.49 0.22
C5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.12 0.07 0.08 0.06 0.13 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.11 0.16 0.22 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.08 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.11 0.03 0.15 0.01 0.56 0.53 0.24
C8 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.13 0.06 0.16 0.02 0.50 0.40 0.19
N1 0.06 0.01 0.13 0.11 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.16 0.06 0.14 0.01 0.50 0.49 0.22
N2 0.10 0.01 0.20 0.18 0.02 0.11 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.23 0.26 0.11 0.12 0.03 0.40 0.39 0.17
N3 0.07 0.01 0.16 0.13 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.16 0.18 0.08 0.11 0.01 0.38 0.34 0.16
N7 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.05 0.17 0.02 0.58 0.51 0.24
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.12 0.02 0.38 0.31 0.15
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.08 0.04 0.07 0.04 0.10 0.06 0.15 0.23 0.16 0.06 0.03 0.00 0.06 0.04 0.06 0.09 0.13 0.12 0.07
O3' 0.02 0.20 0.03 0.01 0.09 0.02 0.08 0.04 0.11 0.13 0.16 0.26 0.18 0.11 0.04 0.06 0.00 0.02 0.11 0.11 0.32 0.20 0.16
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.06 0.11 0.08 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.03 0.23 0.18 0.13
O5' 0.08 0.12 0.07 0.07 0.12 0.03 0.15 0.01 0.15 0.16 0.14 0.12 0.11 0.17 0.12 0.06 0.11 0.09 0.00 0.17 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.08 0.08 0.02 0.04 0.02 0.11 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.09 0.11 0.03 0.17 0.00 0.61 0.60 0.27
OP1 0.24 0.43 0.13 0.15 0.43 0.10 0.53 0.16 0.56 0.50 0.50 0.40 0.38 0.58 0.38 0.13 0.32 0.23 0.02 0.61 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.41 0.16 0.13 0.38 0.13 0.49 0.22 0.53 0.40 0.49 0.39 0.34 0.51 0.31 0.12 0.20 0.18 0.02 0.60 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.18 0.09 0.10 0.17 0.03 0.22 0.02 0.24 0.19 0.22 0.17 0.16 0.24 0.15 0.07 0.16 0.13 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.04 2.07 0.88 0.47 1.74 0.47 2.01 0.33 2.31 1.48 2.29 1.79 2.55 1.90 1.39 0.75 0.30 0.82 0.38 0.49 0.24 0.21
C2 1.04 1.96 0.78 0.47 1.64 0.49 1.74 0.33 1.94 1.24 2.04 1.77 1.97 1.52 1.31 0.79 0.57 0.87 0.46 0.33 0.27 0.25
C2' 1.08 2.00 1.04 0.62 1.70 0.57 1.96 0.45 2.23 1.48 2.20 1.75 2.47 1.88 1.39 0.96 0.42 0.83 0.35 0.64 0.24 0.23
C3' 1.14 2.17 1.11 0.69 1.80 0.61 2.07 0.48 2.40 1.52 2.40 1.88 2.69 1.94 1.45 1.06 0.49 0.86 0.35 0.64 0.26 0.25
C4 1.17 2.36 0.91 0.41 1.97 0.44 2.20 0.20 2.51 1.56 2.55 2.07 2.66 1.98 1.55 0.83 0.30 0.92 0.42 0.42 0.25 0.23
C4' 1.08 2.12 1.01 0.67 1.75 0.60 2.02 0.47 2.36 1.47 2.37 1.82 2.66 1.89 1.39 0.92 0.54 0.84 0.38 0.53 0.22 0.20
C5 1.36 2.79 1.08 0.58 2.27 0.57 2.49 0.29 2.89 1.70 3.00 2.43 3.03 2.15 1.76 1.07 0.52 1.05 0.47 0.39 0.26 0.24
C5' 1.13 2.32 1.04 0.67 1.87 0.59 2.16 0.44 2.55 1.53 2.59 1.98 2.89 1.97 1.47 0.96 0.52 0.87 0.38 0.50 0.20 0.19
C6 1.43 2.88 1.15 0.73 2.30 0.70 2.43 0.42 2.81 1.63 3.01 2.53 2.85 2.02 1.78 1.21 0.77 1.13 0.51 0.33 0.28 0.25
C8 1.32 2.77 1.08 0.52 2.24 0.50 2.55 0.24 3.00 1.76 3.06 2.38 3.30 2.26 1.75 1.02 0.28 1.00 0.43 0.44 0.24 0.22
N1 1.29 2.44 1.03 0.70 1.99 0.69 2.06 0.46 2.33 1.41 2.50 2.20 2.32 1.71 1.57 1.09 0.79 1.06 0.51 0.30 0.29 0.25
N2 0.81 1.48 0.62 0.50 1.22 0.50 1.25 0.43 1.40 0.89 1.50 1.35 1.41 1.07 0.97 0.71 0.68 0.73 0.45 0.26 0.29 0.26
N3 0.97 1.93 0.72 0.29 1.63 0.36 1.81 0.19 2.02 1.32 2.06 1.71 2.12 1.65 1.30 0.64 0.31 0.80 0.40 0.41 0.25 0.23
N7 1.43 3.02 1.16 0.61 2.41 0.57 2.68 0.27 3.18 1.81 3.30 2.59 3.43 2.31 1.86 1.15 0.48 1.08 0.46 0.41 0.25 0.23
N9 1.17 2.39 0.94 0.42 1.98 0.44 2.27 0.23 2.62 1.62 2.63 2.07 2.86 2.07 1.57 0.84 0.17 0.90 0.40 0.45 0.24 0.21
O2' 1.00 1.64 1.03 0.74 1.43 0.69 1.64 0.59 1.83 1.30 1.80 1.46 2.03 1.61 1.21 0.96 0.63 0.81 0.40 0.66 0.25 0.25
O3' 1.13 2.01 1.21 0.83 1.68 0.71 1.91 0.60 2.21 1.43 2.21 1.76 2.47 1.80 1.38 1.20 0.66 0.85 0.39 0.71 0.36 0.33
O4' 1.04 2.13 0.88 0.53 1.75 0.51 2.04 0.37 2.37 1.47 2.38 1.83 2.66 1.90 1.39 0.74 0.41 0.83 0.41 0.45 0.25 0.23
O5' 1.24 2.61 1.09 0.60 2.07 0.54 2.37 0.36 2.83 1.65 2.90 2.21 3.18 2.13 1.62 1.03 0.34 0.93 0.37 0.50 0.20 0.18
O6 1.56 3.20 1.29 0.88 2.47 0.81 2.56 0.50 3.00 1.68 3.31 2.79 3.01 2.06 1.89 1.40 0.95 1.22 0.54 0.31 0.29 0.25
OP1 1.27 2.67 1.16 0.72 2.08 0.67 2.36 0.51 2.84 1.62 2.96 2.25 3.19 2.08 1.62 1.10 0.51 0.97 0.48 0.63 0.36 0.34
OP2 1.43 3.04 1.25 0.72 2.36 0.65 2.65 0.42 3.20 1.80 3.36 2.57 3.56 2.31 1.83 1.23 0.47 1.07 0.43 0.45 0.25 0.25
P 1.31 2.80 1.15 0.64 2.19 0.59 2.48 0.39 2.98 1.70 3.10 2.36 3.34 2.19 1.70 1.09 0.37 0.99 0.41 0.46 0.21 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.00 0.12 0.12 0.14 0.09
C2 0.04 0.00 0.19 0.19 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.30 0.22 0.13 0.14 0.25 0.25 0.16
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.10 0.02 0.06 0.14 0.09 0.12 0.15 0.19 0.07 0.09 0.03 0.01 0.01 0.01 0.16 0.20 0.18 0.07
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.19 0.01 0.26 0.02 0.26 0.29 0.22 0.16 0.30 0.31 0.18 0.02 0.01 0.02 0.31 0.39 0.14 0.23
C4 0.02 0.01 0.10 0.19 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.11 0.07 0.23 0.14 0.27 0.11
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.06 0.15 0.05 0.08 0.09 0.14 0.06 0.24 0.03 0.01 0.02 0.17 0.21 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.26 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.16 0.04 0.37 0.19 0.43 0.21
C5' 0.07 0.11 0.14 0.02 0.09 0.01 0.13 0.00 0.12 0.18 0.10 0.11 0.15 0.18 0.09 0.12 0.15 0.03 0.01 0.30 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.26 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.16 0.06 0.34 0.21 0.46 0.20
C8 0.02 0.02 0.12 0.29 0.01 0.15 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.21 0.22 0.09 0.50 0.31 0.43 0.31
N1 0.03 0.00 0.15 0.22 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.29 0.17 0.10 0.23 0.22 0.36 0.15
N3 0.04 0.00 0.19 0.16 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.28 0.23 0.13 0.11 0.22 0.20 0.16
N6 0.02 0.01 0.07 0.30 0.01 0.09 0.02 0.15 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.28 0.21 0.05 0.43 0.27 0.58 0.28
N7 0.01 0.02 0.09 0.31 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.24 0.25 0.05 0.52 0.32 0.56 0.35
N9 0.01 0.02 0.03 0.18 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.08 0.02 0.28 0.14 0.23 0.12
O2' 0.02 0.30 0.01 0.02 0.22 0.24 0.24 0.12 0.27 0.21 0.29 0.28 0.28 0.24 0.15 0.00 0.05 0.16 0.22 0.32 0.12 0.13
O3' 0.18 0.22 0.01 0.01 0.11 0.03 0.16 0.15 0.16 0.22 0.17 0.23 0.21 0.25 0.08 0.05 0.00 0.13 0.36 0.58 0.27 0.37
O4' 0.00 0.13 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.03 0.06 0.09 0.10 0.13 0.05 0.05 0.02 0.16 0.13 0.00 0.14 0.18 0.22 0.18
O5' 0.12 0.14 0.16 0.31 0.23 0.02 0.37 0.01 0.34 0.50 0.23 0.11 0.43 0.52 0.28 0.22 0.36 0.14 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.12 0.25 0.20 0.39 0.14 0.17 0.19 0.30 0.21 0.31 0.22 0.22 0.27 0.32 0.14 0.32 0.58 0.18 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.25 0.18 0.14 0.27 0.21 0.43 0.33 0.46 0.43 0.36 0.20 0.58 0.56 0.23 0.12 0.27 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.16 0.07 0.23 0.11 0.06 0.21 0.02 0.20 0.31 0.15 0.16 0.28 0.35 0.12 0.13 0.37 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00