ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48457

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 2, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.016, 0.028, 0.041, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.016, 0.029, 0.042, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.029 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.013, 0.028, 0.044, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.038 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.032, 0.054, 0.077, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.054 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.012, 0.036, 0.059, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.036 std_dev=0.024
P B 0, 0.218, 0.404, 0.591, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.404 std_dev=0.187
O5' B 0, 0.680, 1.031, 1.382, 1.457 max_d=1.457 avg_d=1.031 std_dev=0.351
OP2 B 0, 0.505, 0.862, 1.218, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.862 std_dev=0.357
OP1 B 0, 0.502, 0.866, 1.230, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.866 std_dev=0.364
C2' A 0, 0.348, 0.722, 1.095, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.722 std_dev=0.374
O4' A 0, 0.340, 0.745, 1.150, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.745 std_dev=0.405
C4' B 0, 0.745, 1.305, 1.865, 1.979 max_d=1.979 avg_d=1.305 std_dev=0.560
C5' B 0, 0.601, 1.193, 1.785, 2.241 max_d=2.241 avg_d=1.193 std_dev=0.592
O2' A 0, 0.478, 1.138, 1.798, 1.738 max_d=1.738 avg_d=1.138 std_dev=0.660
C4' A 0, 0.566, 1.240, 1.915, 1.851 max_d=1.851 avg_d=1.240 std_dev=0.674
C5' A 0, 0.821, 1.502, 2.183, 2.184 max_d=2.184 avg_d=1.502 std_dev=0.681
C3' B 0, 0.809, 1.559, 2.308, 2.825 max_d=2.825 avg_d=1.559 std_dev=0.749
C3' A 0, 0.621, 1.371, 2.121, 2.001 max_d=2.001 avg_d=1.371 std_dev=0.750
O3' B 0, 0.927, 1.719, 2.512, 2.740 max_d=2.740 avg_d=1.719 std_dev=0.793
O4' B 0, 0.678, 1.667, 2.656, 4.313 max_d=4.313 avg_d=1.667 std_dev=0.989
C2' B 0, 0.944, 2.115, 3.286, 4.720 max_d=4.720 avg_d=2.115 std_dev=1.171
O3' A 0, 0.910, 2.097, 3.285, 3.093 max_d=3.093 avg_d=2.097 std_dev=1.187
C1' B 0, 0.719, 1.994, 3.269, 5.483 max_d=5.483 avg_d=1.994 std_dev=1.275
O2' B 0, 1.303, 2.641, 3.980, 5.340 max_d=5.340 avg_d=2.641 std_dev=1.338
O5' A 0, 0.614, 2.115, 3.616, 3.482 max_d=3.482 avg_d=2.115 std_dev=1.501
N9 B 0, 0.180, 1.755, 3.330, 6.808 max_d=6.808 avg_d=1.755 std_dev=1.575
C8 B 0, -0.359, 1.222, 2.804, 6.618 max_d=6.618 avg_d=1.222 std_dev=1.581
N7 B 0, -0.415, 1.520, 3.455, 8.047 max_d=8.047 avg_d=1.520 std_dev=1.935
P A 0, 0.988, 2.993, 4.998, 4.765 max_d=4.765 avg_d=2.993 std_dev=2.005
C4 B 0, 0.178, 2.203, 4.228, 8.545 max_d=8.545 avg_d=2.203 std_dev=2.025
OP1 A 0, 1.105, 3.291, 5.477, 5.261 max_d=5.261 avg_d=3.291 std_dev=2.186
C5 B 0, -0.150, 2.064, 4.278, 9.266 max_d=9.266 avg_d=2.064 std_dev=2.214
OP2 A 0, 1.163, 3.409, 5.656, 5.386 max_d=5.386 avg_d=3.409 std_dev=2.247
N3 B 0, 0.526, 2.807, 5.088, 9.409 max_d=9.409 avg_d=2.807 std_dev=2.281
C6 B 0, -0.030, 2.635, 5.299, 11.059 max_d=11.059 avg_d=2.635 std_dev=2.665
C2 B 0, 0.443, 3.168, 5.892, 11.099 max_d=11.099 avg_d=3.168 std_dev=2.724
N6 B 0, -0.011, 2.858, 5.726, 11.939 max_d=11.939 avg_d=2.858 std_dev=2.869
N1 B 0, 0.213, 3.128, 6.042, 11.954 max_d=11.954 avg_d=3.128 std_dev=2.915

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.34 0.00 0.32 0.01 0.35 0.21 0.24
C2 0.02 0.00 0.40 0.27 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.33 0.21 0.46 0.01 0.38 0.49 0.36
C2' 0.00 0.40 0.00 0.01 0.22 0.02 0.15 0.22 0.22 0.12 0.33 0.46 0.38 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.19 0.19 0.24 0.33 0.23
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.29 0.01 0.38 0.01 0.40 0.34 0.35 0.24 0.23 0.40 0.24 0.02 0.01 0.02 0.26 0.44 0.30 0.31 0.29
C4 0.01 0.01 0.22 0.29 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.20 0.12 0.62 0.01 0.58 0.61 0.55
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.08 0.21 0.04 0.13 0.08 0.19 0.09 0.30 0.02 0.00 0.02 0.11 0.19 0.18 0.10
C5 0.01 0.01 0.15 0.38 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.13 0.07 0.83 0.01 0.81 0.90 0.81
C5' 0.08 0.08 0.22 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.09 0.19 0.05 0.13 0.08 0.19 0.05 0.11 0.21 0.01 0.01 0.13 0.42 0.28 0.01
C6 0.01 0.01 0.22 0.40 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.16 0.11 0.81 0.00 0.79 0.92 0.79
C8 0.01 0.01 0.12 0.34 0.00 0.21 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.38 0.11 0.10 0.98 0.02 0.97 0.95 0.96
N1 0.02 0.00 0.33 0.35 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.23 0.17 0.64 0.01 0.58 0.72 0.57
N2 0.03 0.00 0.46 0.24 0.01 0.13 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.43 0.24 0.33 0.01 0.21 0.35 0.20
N3 0.02 0.00 0.38 0.23 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.36 0.19 0.41 0.01 0.34 0.40 0.31
N7 0.01 0.01 0.03 0.40 0.01 0.19 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.17 0.04 1.02 0.02 1.04 1.11 1.05
N9 0.01 0.01 0.04 0.24 0.00 0.09 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.13 0.01 0.66 0.01 0.64 0.59 0.60
O2' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.13 0.30 0.25 0.11 0.20 0.38 0.10 0.25 0.13 0.38 0.21 0.00 0.05 0.20 0.07 0.26 0.24 0.24 0.12
O3' 0.34 0.33 0.03 0.01 0.20 0.02 0.13 0.21 0.16 0.11 0.23 0.43 0.36 0.17 0.13 0.05 0.00 0.23 0.23 0.18 0.34 0.33 0.29
O4' 0.00 0.21 0.02 0.02 0.12 0.00 0.07 0.01 0.11 0.10 0.17 0.24 0.19 0.04 0.01 0.20 0.23 0.00 0.47 0.10 0.48 0.21 0.32
O5' 0.32 0.46 0.19 0.26 0.62 0.02 0.83 0.01 0.81 0.98 0.64 0.33 0.41 1.02 0.66 0.07 0.23 0.47 0.00 0.91 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.19 0.44 0.01 0.11 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.26 0.18 0.10 0.91 0.00 0.92 1.08 0.93
OP1 0.35 0.38 0.24 0.30 0.58 0.19 0.81 0.42 0.79 0.97 0.58 0.21 0.34 1.04 0.64 0.24 0.34 0.48 0.02 0.92 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.49 0.33 0.31 0.61 0.18 0.90 0.28 0.92 0.95 0.72 0.35 0.40 1.11 0.59 0.24 0.33 0.21 0.02 1.08 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.36 0.23 0.29 0.55 0.10 0.81 0.01 0.79 0.96 0.57 0.20 0.31 1.05 0.60 0.12 0.29 0.32 0.00 0.93 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.54 1.22 0.71 0.64 0.92 0.37 1.03 0.41 1.28 0.58 1.34 1.03 1.43 0.82 0.67 0.69 0.77 0.26 0.20 0.15 0.19 0.16
C2 0.56 0.95 0.79 0.70 0.78 0.49 0.79 0.55 0.90 0.46 0.96 0.87 0.89 0.62 0.60 0.81 0.82 0.40 0.09 0.40 0.14 0.11
C2' 0.83 1.29 1.07 1.01 1.05 0.75 1.06 0.71 1.23 0.74 1.33 1.17 1.27 0.86 0.87 1.07 1.17 0.60 0.50 0.52 0.46 0.42
C3' 0.48 1.26 0.78 0.72 0.87 0.27 0.92 0.24 1.20 0.45 1.35 1.04 1.31 0.65 0.59 0.76 0.93 0.15 0.21 0.25 0.29 0.33
C4 0.65 1.31 0.84 0.72 1.01 0.49 1.09 0.52 1.33 0.61 1.40 1.14 1.41 0.84 0.75 0.86 0.82 0.40 0.17 0.28 0.13 0.12
C4' 0.36 1.09 0.47 0.47 0.75 0.11 0.86 0.29 1.14 0.50 1.24 0.86 1.32 0.69 0.51 0.44 0.65 0.30 0.28 0.38 0.33 0.45
C5 0.77 1.52 0.96 0.78 1.14 0.57 1.19 0.58 1.47 0.65 1.60 1.32 1.53 0.87 0.84 1.01 0.85 0.52 0.18 0.36 0.12 0.12
C5' 0.41 1.20 0.51 0.49 0.82 0.12 0.94 0.30 1.24 0.57 1.36 0.95 1.42 0.76 0.57 0.50 0.65 0.31 0.28 0.38 0.33 0.45
C6 0.81 1.47 1.03 0.81 1.12 0.63 1.10 0.62 1.34 0.60 1.49 1.31 1.33 0.79 0.83 1.10 0.87 0.60 0.16 0.45 0.12 0.13
C8 0.73 1.57 0.90 0.75 1.15 0.51 1.23 0.52 1.57 0.68 1.71 1.33 1.73 0.93 0.84 0.93 0.83 0.44 0.21 0.24 0.14 0.13
N1 0.72 1.15 0.96 0.78 0.93 0.60 0.90 0.61 1.04 0.51 1.14 1.07 1.03 0.67 0.71 1.00 0.86 0.55 0.12 0.48 0.14 0.13
N2 0.41 0.61 0.64 0.62 0.50 0.44 0.49 0.55 0.56 0.27 0.61 0.57 0.56 0.38 0.39 0.66 0.78 0.33 0.07 0.45 0.19 0.10
N3 0.54 1.04 0.74 0.67 0.83 0.43 0.90 0.49 1.05 0.52 1.10 0.92 1.09 0.71 0.62 0.74 0.79 0.32 0.13 0.28 0.14 0.12
N7 0.80 1.67 0.99 0.79 1.21 0.58 1.26 0.57 1.61 0.69 1.79 1.42 1.72 0.92 0.88 1.04 0.85 0.53 0.21 0.32 0.12 0.12
N9 0.64 1.38 0.82 0.70 1.04 0.46 1.14 0.48 1.42 0.64 1.50 1.17 1.56 0.88 0.76 0.82 0.80 0.36 0.19 0.21 0.15 0.13
O2' 0.75 1.04 0.90 0.81 0.90 0.70 0.92 0.72 1.03 0.73 1.08 0.96 1.08 0.81 0.78 0.90 0.93 0.60 0.47 0.54 0.47 0.46
O3' 0.34 0.75 0.29 0.47 0.40 0.45 0.45 0.64 0.71 0.37 0.85 0.54 0.83 0.31 0.31 0.27 0.68 0.62 0.78 0.86 0.85 0.95
O4' 0.42 1.18 0.47 0.45 0.86 0.12 1.01 0.30 1.29 0.62 1.35 0.95 1.50 0.85 0.61 0.45 0.56 0.28 0.24 0.33 0.30 0.40
O5' 0.70 1.77 0.94 0.80 1.24 0.41 1.34 0.36 1.75 0.71 1.94 1.46 1.95 0.99 0.87 0.91 0.93 0.31 0.22 0.27 0.21 0.27
O6 0.88 1.60 1.11 0.83 1.15 0.68 1.08 0.65 1.34 0.59 1.58 1.42 1.35 0.77 0.85 1.22 0.87 0.69 0.17 0.50 0.13 0.15
OP1 0.46 1.61 0.69 0.58 1.04 0.11 1.15 0.28 1.58 0.52 1.79 1.26 1.80 0.80 0.65 0.64 0.73 0.14 0.22 0.59 0.30 0.51
OP2 0.66 1.82 0.95 0.78 1.20 0.39 1.24 0.39 1.68 0.59 1.96 1.48 1.83 0.83 0.80 0.93 0.93 0.26 0.16 0.27 0.19 0.31
P 0.56 1.70 0.79 0.66 1.13 0.18 1.24 0.22 1.67 0.61 1.88 1.36 1.88 0.89 0.75 0.75 0.79 0.17 0.23 0.51 0.31 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.00 0.12 0.35 0.16 0.06
C2 0.03 0.00 0.24 0.24 0.01 0.05 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.18 0.11 0.27 0.50 0.44 0.20
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.13 0.02 0.06 0.16 0.11 0.10 0.18 0.24 0.08 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.72 0.24 0.28
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.20 0.01 0.22 0.02 0.25 0.18 0.25 0.22 0.26 0.22 0.14 0.01 0.01 0.02 0.04 0.61 0.23 0.24
C4 0.02 0.01 0.13 0.20 0.00 0.02 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.10 0.06 0.27 0.46 0.38 0.18
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.11 0.03 0.05 0.09 0.10 0.03 0.20 0.02 0.00 0.01 0.22 0.09 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.22 0.01 0.06 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.15 0.05 0.36 0.50 0.49 0.26
C5' 0.11 0.15 0.16 0.02 0.17 0.00 0.23 0.00 0.23 0.26 0.19 0.14 0.27 0.27 0.18 0.06 0.13 0.02 0.01 0.07 0.19 0.01
C6 0.01 0.00 0.11 0.25 0.01 0.06 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.17 0.07 0.37 0.54 0.55 0.29
C8 0.01 0.01 0.10 0.18 0.00 0.11 0.01 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.15 0.16 0.06 0.36 0.44 0.37 0.19
N1 0.02 0.00 0.18 0.25 0.01 0.03 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.18 0.10 0.32 0.53 0.52 0.26
N3 0.03 0.00 0.24 0.22 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.16 0.11 0.23 0.46 0.36 0.16
N6 0.02 0.01 0.08 0.26 0.02 0.09 0.02 0.27 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.13 0.22 0.07 0.42 0.57 0.62 0.35
N7 0.01 0.01 0.05 0.22 0.01 0.10 0.00 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.16 0.19 0.03 0.40 0.49 0.50 0.27
N9 0.01 0.01 0.01 0.14 0.00 0.03 0.01 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.25 0.42 0.29 0.13
O2' 0.02 0.17 0.00 0.01 0.10 0.20 0.11 0.06 0.12 0.15 0.13 0.17 0.13 0.16 0.08 0.00 0.03 0.14 0.04 0.65 0.20 0.22
O3' 0.15 0.18 0.02 0.01 0.10 0.02 0.15 0.13 0.17 0.16 0.18 0.16 0.22 0.19 0.03 0.03 0.00 0.15 0.08 0.78 0.35 0.36
O4' 0.00 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.02 0.07 0.06 0.10 0.11 0.07 0.03 0.01 0.14 0.15 0.00 0.19 0.05 0.15 0.24
O5' 0.12 0.27 0.10 0.04 0.27 0.01 0.36 0.01 0.37 0.36 0.32 0.23 0.42 0.40 0.25 0.04 0.08 0.19 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.35 0.50 0.72 0.61 0.46 0.22 0.50 0.07 0.54 0.44 0.53 0.46 0.57 0.49 0.42 0.65 0.78 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.44 0.24 0.23 0.38 0.09 0.49 0.19 0.55 0.37 0.52 0.36 0.62 0.50 0.29 0.20 0.35 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.20 0.28 0.24 0.18 0.04 0.26 0.01 0.29 0.19 0.26 0.16 0.35 0.27 0.13 0.22 0.36 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00