ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48458

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 2, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.013, 0.028, 0.042, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.009, 0.025, 0.042, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.010, 0.029, 0.047, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.029 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.012, 0.032, 0.052, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.032 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.008, 0.031, 0.053, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.031 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.023, 0.055, 0.086, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.055 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.020, 0.059, 0.098, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.059 std_dev=0.039
P B 0, 0.556, 0.851, 1.145, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.851 std_dev=0.294
OP2 B 0, 0.403, 0.715, 1.027, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.715 std_dev=0.312
OP1 B 0, 0.499, 0.943, 1.386, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.943 std_dev=0.444
O4' A 0, -0.008, 0.488, 0.983, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.488 std_dev=0.496
C2' A 0, -0.024, 0.529, 1.082, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.529 std_dev=0.553
P A 0, 0.476, 1.068, 1.660, 1.693 max_d=1.693 avg_d=1.068 std_dev=0.592
OP2 A 0, 0.523, 1.173, 1.823, 2.046 max_d=2.046 avg_d=1.173 std_dev=0.650
O5' A 0, 0.195, 0.891, 1.586, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.891 std_dev=0.696
C4' A 0, 0.054, 0.797, 1.540, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.797 std_dev=0.743
OP1 A 0, 0.573, 1.323, 2.072, 2.028 max_d=2.028 avg_d=1.323 std_dev=0.749
O2' A 0, -0.015, 0.780, 1.575, 2.213 max_d=2.213 avg_d=0.780 std_dev=0.795
C3' A 0, -0.022, 0.785, 1.592, 2.222 max_d=2.222 avg_d=0.785 std_dev=0.807
C5' A 0, 0.401, 1.279, 2.157, 2.807 max_d=2.807 avg_d=1.279 std_dev=0.878
O3' A 0, 0.012, 1.149, 2.286, 3.174 max_d=3.174 avg_d=1.149 std_dev=1.137
O5' B 0, 0.547, 1.727, 2.906, 3.976 max_d=3.976 avg_d=1.727 std_dev=1.180
C5' B 0, 0.823, 2.674, 4.525, 5.489 max_d=5.489 avg_d=2.674 std_dev=1.851
C3' B 0, 1.295, 3.511, 5.727, 7.273 max_d=7.273 avg_d=3.511 std_dev=2.216
C4' B 0, 0.999, 3.509, 6.020, 7.603 max_d=7.603 avg_d=3.509 std_dev=2.510
C2' B 0, 1.211, 3.834, 6.458, 8.309 max_d=8.309 avg_d=3.834 std_dev=2.623
O3' B 0, 1.709, 4.436, 7.163, 8.622 max_d=8.622 avg_d=4.436 std_dev=2.727
O4' B 0, 0.610, 3.523, 6.437, 8.594 max_d=8.594 avg_d=3.523 std_dev=2.914
O2' B 0, 2.180, 5.147, 8.114, 9.454 max_d=9.454 avg_d=5.147 std_dev=2.967
C1' B 0, 0.609, 3.984, 7.360, 9.894 max_d=9.894 avg_d=3.984 std_dev=3.375
N3 B 0, 0.831, 4.487, 8.142, 12.309 max_d=12.309 avg_d=4.487 std_dev=3.655
C2 B 0, 1.237, 5.361, 9.486, 13.670 max_d=13.670 avg_d=5.361 std_dev=4.125
N9 B 0, -0.215, 3.959, 8.133, 11.097 max_d=11.097 avg_d=3.959 std_dev=4.174
C4 B 0, 0.040, 4.262, 8.485, 12.297 max_d=12.297 avg_d=4.262 std_dev=4.223
C8 B 0, -0.123, 4.763, 9.649, 13.540 max_d=13.540 avg_d=4.763 std_dev=4.886
N1 B 0, 1.142, 6.048, 10.953, 15.061 max_d=15.061 avg_d=6.048 std_dev=4.906
C5 B 0, 0.064, 5.085, 10.105, 13.677 max_d=13.677 avg_d=5.085 std_dev=5.020
C6 B 0, 0.632, 5.971, 11.310, 15.181 max_d=15.181 avg_d=5.971 std_dev=5.339
N7 B 0, -0.102, 5.349, 10.800, 14.921 max_d=14.921 avg_d=5.349 std_dev=5.451
N6 B 0, 0.777, 6.985, 13.192, 16.784 max_d=16.784 avg_d=6.985 std_dev=6.208

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.04 0.03 0.04 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.22 0.06 0.28 0.52 0.23
C2 0.06 0.00 0.41 0.37 0.02 0.05 0.02 0.09 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.11 0.19 0.21 0.26 0.05 0.22 0.70 0.35
C2' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.20 0.02 0.09 0.21 0.16 0.23 0.31 0.49 0.41 0.13 0.02 0.01 0.03 0.03 0.54 0.10 0.70 1.03 0.69
C3' 0.02 0.37 0.01 0.00 0.33 0.01 0.39 0.02 0.42 0.30 0.42 0.36 0.32 0.38 0.24 0.03 0.01 0.02 0.26 0.44 0.39 0.44 0.29
C4 0.03 0.02 0.20 0.33 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.15 0.08 0.12 0.25 0.04 0.22 0.68 0.35
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.11 0.20 0.07 0.06 0.05 0.20 0.09 0.34 0.01 0.01 0.02 0.13 0.27 0.12 0.11
C5 0.02 0.02 0.09 0.39 0.01 0.12 0.00 0.14 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.32 0.13 0.07 0.28 0.04 0.32 0.79 0.45
C5' 0.07 0.09 0.21 0.02 0.09 0.01 0.14 0.00 0.14 0.18 0.11 0.10 0.09 0.20 0.08 0.12 0.23 0.02 0.01 0.16 0.05 0.12 0.03
C6 0.04 0.03 0.16 0.42 0.02 0.11 0.02 0.14 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.28 0.17 0.11 0.29 0.02 0.35 0.84 0.49
C8 0.03 0.03 0.23 0.30 0.01 0.20 0.01 0.18 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.46 0.17 0.13 0.27 0.06 0.32 0.73 0.43
N1 0.04 0.01 0.31 0.42 0.02 0.07 0.02 0.11 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.12 0.16 0.17 0.28 0.04 0.27 0.78 0.43
N2 0.07 0.01 0.49 0.36 0.03 0.06 0.03 0.10 0.04 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.23 0.25 0.25 0.26 0.07 0.22 0.67 0.32
N3 0.06 0.01 0.41 0.32 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.13 0.20 0.20 0.25 0.04 0.21 0.64 0.30
N7 0.02 0.03 0.13 0.38 0.02 0.20 0.01 0.20 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.47 0.22 0.08 0.30 0.07 0.40 0.83 0.51
N9 0.01 0.03 0.02 0.24 0.01 0.09 0.01 0.08 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.24 0.07 0.03 0.23 0.05 0.21 0.63 0.31
O2' 0.02 0.11 0.01 0.03 0.15 0.34 0.32 0.12 0.28 0.46 0.12 0.23 0.13 0.47 0.24 0.00 0.04 0.23 0.31 0.37 0.57 1.03 0.53
O3' 0.32 0.19 0.03 0.01 0.08 0.01 0.13 0.23 0.17 0.17 0.16 0.25 0.20 0.22 0.07 0.04 0.00 0.21 0.28 0.22 0.36 0.27 0.25
O4' 0.01 0.21 0.03 0.02 0.12 0.01 0.07 0.02 0.11 0.13 0.17 0.25 0.20 0.08 0.03 0.23 0.21 0.00 0.10 0.11 0.24 0.18 0.14
O5' 0.22 0.26 0.54 0.26 0.25 0.02 0.28 0.01 0.29 0.27 0.28 0.26 0.25 0.30 0.23 0.31 0.28 0.10 0.00 0.32 0.03 0.03 0.01
O6 0.06 0.05 0.10 0.44 0.04 0.13 0.04 0.16 0.02 0.06 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05 0.37 0.22 0.11 0.32 0.00 0.45 0.92 0.57
OP1 0.28 0.22 0.70 0.39 0.22 0.27 0.32 0.05 0.35 0.32 0.27 0.22 0.21 0.40 0.21 0.57 0.36 0.24 0.03 0.45 0.00 0.02 0.01
OP2 0.52 0.70 1.03 0.44 0.68 0.12 0.79 0.12 0.84 0.73 0.78 0.67 0.64 0.83 0.63 1.03 0.27 0.18 0.03 0.92 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.35 0.69 0.29 0.35 0.11 0.45 0.03 0.49 0.43 0.43 0.32 0.30 0.51 0.31 0.53 0.25 0.14 0.01 0.57 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.03 3.02 1.86 1.93 1.98 2.11 2.07 1.63 2.68 1.80 3.24 2.31 2.82 1.77 1.80 2.47 2.29 2.01 1.07 0.35 0.18 0.34
C2 0.57 2.17 0.33 0.67 0.75 0.85 0.68 0.77 1.31 0.90 2.04 1.53 1.28 0.59 0.39 0.76 1.13 0.80 0.37 0.25 0.25 0.29
C2' 2.65 3.64 2.57 2.62 2.67 2.70 2.71 2.15 3.24 2.35 3.80 3.00 3.30 2.36 2.45 3.22 3.04 2.52 1.66 0.42 0.54 0.86
C3' 2.50 3.59 2.37 2.34 2.62 2.41 2.76 1.76 3.40 2.25 3.91 2.90 3.60 2.38 2.33 3.14 2.82 2.31 1.20 0.30 0.24 0.34
C4 1.03 2.38 0.96 1.23 0.92 1.40 0.92 1.17 1.67 0.87 2.42 1.61 1.73 0.50 0.65 1.54 1.69 1.16 0.69 0.31 0.19 0.31
C4' 2.47 3.51 2.26 2.12 2.61 2.24 2.84 1.53 3.52 2.30 3.95 2.82 3.83 2.48 2.34 3.01 2.50 2.27 0.98 0.52 0.46 0.13
C5 0.87 2.26 0.79 1.08 0.71 1.25 0.73 1.05 1.56 0.76 2.32 1.46 1.65 0.25 0.39 1.40 1.57 1.05 0.58 0.28 0.21 0.31
C5' 2.46 3.48 2.26 2.08 2.62 2.17 2.87 1.47 3.58 2.29 3.96 2.81 3.96 2.52 2.34 3.06 2.47 2.22 0.94 0.54 0.49 0.13
C6 0.75 2.22 0.50 0.80 0.79 1.02 0.85 0.85 1.52 0.99 2.22 1.49 1.60 0.75 0.53 1.01 1.30 0.97 0.39 0.26 0.26 0.30
C8 1.46 2.53 1.39 1.55 1.25 1.70 1.32 1.34 2.07 1.11 2.73 1.74 2.24 0.91 1.07 2.07 2.00 1.50 0.83 0.32 0.16 0.32
N1 0.76 2.24 0.41 0.62 0.96 0.87 0.99 0.73 1.51 1.15 2.16 1.60 1.54 0.97 0.72 0.74 1.09 0.96 0.30 0.25 0.28 0.29
N2 0.69 2.11 0.37 0.42 0.94 0.65 0.86 0.58 1.26 1.11 1.91 1.62 1.19 0.92 0.71 0.45 0.83 0.87 0.24 0.24 0.29 0.28
N3 0.82 2.31 0.75 1.06 0.83 1.22 0.77 1.08 1.47 0.85 2.24 1.60 1.46 0.44 0.50 1.24 1.51 0.99 0.63 0.30 0.20 0.30
N7 1.10 2.33 1.05 1.28 0.85 1.45 0.91 1.17 1.75 0.80 2.47 1.50 1.90 0.38 0.62 1.72 1.77 1.23 0.68 0.29 0.19 0.32
N9 1.51 2.63 1.41 1.58 1.38 1.75 1.44 1.39 2.12 1.24 2.79 1.87 2.24 1.07 1.19 2.03 2.01 1.55 0.87 0.33 0.16 0.32
O2' 3.00 3.82 2.90 2.93 2.94 2.99 2.97 2.35 3.44 2.64 3.97 3.22 3.45 2.63 2.76 3.52 3.29 2.83 1.84 0.43 0.76 0.97
O3' 2.27 3.43 2.17 2.11 2.46 2.12 2.68 1.36 3.36 2.04 3.82 2.73 3.62 2.27 2.12 3.06 2.69 2.01 0.74 0.71 0.77 0.36
O4' 2.11 3.08 1.86 1.82 2.11 2.02 2.31 1.45 2.98 1.92 3.46 2.35 3.24 1.99 1.91 2.53 2.17 2.03 0.86 0.66 0.48 0.21
O5' 2.15 3.15 2.01 1.94 2.21 2.06 2.46 1.45 3.21 1.89 3.63 2.43 3.61 2.07 1.94 2.81 2.38 2.00 0.86 0.56 0.45 0.18
O6 0.88 2.28 0.53 0.76 0.99 1.01 1.10 0.82 1.68 1.22 2.31 1.57 1.79 1.09 0.79 0.97 1.25 1.07 0.35 0.26 0.29 0.31
OP1 2.38 3.58 2.23 2.04 2.73 2.08 3.10 1.43 3.89 2.33 4.17 2.89 4.43 2.73 2.35 3.03 2.44 2.10 0.96 0.56 0.47 0.29
OP2 1.79 2.73 1.71 1.77 1.70 1.90 1.98 1.39 2.83 1.35 3.25 1.96 3.30 1.54 1.43 2.54 2.29 1.72 0.74 0.76 0.57 0.36
P 2.13 3.21 2.00 1.90 2.29 2.00 2.59 1.41 3.38 1.92 3.75 2.50 3.85 2.19 1.97 2.79 2.33 1.95 0.87 0.54 0.37 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.01 0.02 0.30 0.01 0.11 0.21 0.39 0.14
C2 0.06 0.00 0.35 0.22 0.02 0.68 0.02 1.34 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.60 0.14 0.65 1.54 1.71 1.22 1.56
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.17 0.03 0.10 0.16 0.16 0.19 0.27 0.35 0.12 0.13 0.03 0.01 0.05 0.06 0.42 0.41 0.85 0.57
C3' 0.05 0.22 0.01 0.00 0.15 0.01 0.29 0.02 0.26 0.46 0.19 0.23 0.32 0.46 0.21 0.04 0.02 0.03 0.16 0.27 0.72 0.34
C4 0.03 0.02 0.17 0.15 0.00 0.28 0.02 0.61 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.30 0.16 0.35 0.69 0.62 0.70 0.59
C4' 0.06 0.68 0.03 0.01 0.28 0.00 0.11 0.00 0.24 0.42 0.49 0.66 0.16 0.30 0.07 0.32 0.04 0.00 0.02 0.10 0.39 0.09
C5 0.03 0.02 0.10 0.29 0.02 0.11 0.00 0.38 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.29 0.22 0.16 0.47 0.24 0.96 0.45
C5' 0.07 1.34 0.16 0.02 0.61 0.00 0.38 0.00 0.62 0.61 1.05 1.24 0.50 0.46 0.17 0.15 0.21 0.02 0.01 0.10 0.29 0.02
C6 0.04 0.02 0.16 0.26 0.03 0.24 0.01 0.62 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.32 0.23 0.30 0.71 0.61 0.93 0.62
C8 0.03 0.02 0.19 0.46 0.01 0.42 0.02 0.61 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.51 0.24 0.32 0.87 0.86 1.42 1.06
N1 0.05 0.01 0.27 0.19 0.01 0.49 0.01 1.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.46 0.18 0.50 1.19 1.30 0.97 1.16
N3 0.06 0.01 0.35 0.23 0.01 0.66 0.02 1.24 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.02 0.59 0.17 0.66 1.43 1.48 1.15 1.39
N6 0.05 0.03 0.12 0.32 0.03 0.16 0.03 0.50 0.01 0.05 0.04 0.04 0.00 0.05 0.04 0.32 0.28 0.22 0.60 0.39 1.15 0.56
N7 0.03 0.02 0.13 0.46 0.02 0.30 0.01 0.46 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.44 0.28 0.16 0.74 0.71 1.54 0.97
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.07 0.02 0.17 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.22 0.18 0.02 0.26 0.16 0.65 0.29
O2' 0.02 0.60 0.01 0.04 0.30 0.32 0.29 0.15 0.32 0.51 0.46 0.59 0.32 0.44 0.22 0.00 0.06 0.20 0.28 0.27 1.00 0.53
O3' 0.30 0.14 0.05 0.02 0.16 0.04 0.22 0.21 0.23 0.24 0.18 0.17 0.28 0.28 0.18 0.06 0.00 0.14 0.20 0.46 0.73 0.31
O4' 0.01 0.65 0.06 0.03 0.35 0.00 0.16 0.02 0.30 0.32 0.50 0.66 0.22 0.16 0.02 0.20 0.14 0.00 0.17 0.29 0.26 0.16
O5' 0.11 1.54 0.42 0.16 0.69 0.02 0.47 0.01 0.71 0.87 1.19 1.43 0.60 0.74 0.26 0.28 0.20 0.17 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.21 1.71 0.41 0.27 0.62 0.10 0.24 0.10 0.61 0.86 1.30 1.48 0.39 0.71 0.16 0.27 0.46 0.29 0.02 0.00 0.03 0.02
OP2 0.39 1.22 0.85 0.72 0.70 0.39 0.96 0.29 0.93 1.42 0.97 1.15 1.15 1.54 0.65 1.00 0.73 0.26 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.14 1.56 0.57 0.34 0.59 0.09 0.45 0.02 0.62 1.06 1.16 1.39 0.56 0.97 0.29 0.53 0.31 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00