ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48459

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.011, 0.020, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.022, 0.035, 0.048, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.035 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.020, 0.037, 0.055, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.037 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.019, 0.037, 0.055, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.037 std_dev=0.018
C4' A 0, 0.036, 0.129, 0.223, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.129 std_dev=0.094
C3' A 0, 0.027, 0.126, 0.225, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.126 std_dev=0.099
O3' A 0, 0.052, 0.177, 0.302, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.177 std_dev=0.125
P B 0, 0.131, 0.274, 0.417, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.274 std_dev=0.143
OP2 B 0, 0.199, 0.343, 0.486, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.343 std_dev=0.144
P A 0, 0.103, 0.251, 0.400, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.251 std_dev=0.149
O4' A 0, -0.005, 0.152, 0.310, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.152 std_dev=0.157
C5' B 0, 0.169, 0.328, 0.487, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.328 std_dev=0.159
OP1 A 0, 0.145, 0.307, 0.469, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.307 std_dev=0.162
OP1 B 0, 0.116, 0.280, 0.444, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.280 std_dev=0.164
O5' B 0, 0.150, 0.314, 0.478, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.314 std_dev=0.164
C4' B 0, 0.169, 0.351, 0.534, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.351 std_dev=0.182
O3' B 0, 0.104, 0.288, 0.473, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.288 std_dev=0.185
O5' A 0, 0.097, 0.284, 0.471, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.284 std_dev=0.187
C3' B 0, 0.125, 0.328, 0.530, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.328 std_dev=0.202
O4' B 0, 0.224, 0.442, 0.661, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.442 std_dev=0.219
OP2 A 0, 0.160, 0.384, 0.607, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.384 std_dev=0.223
C2' A 0, -0.048, 0.208, 0.465, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.208 std_dev=0.256
C1' B 0, 0.217, 0.474, 0.732, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.474 std_dev=0.257
N9 B 0, 0.209, 0.469, 0.728, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.469 std_dev=0.260
C8 B 0, 0.168, 0.428, 0.688, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.428 std_dev=0.260
C2' B 0, 0.176, 0.436, 0.696, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.436 std_dev=0.260
O2' B 0, 0.248, 0.526, 0.804, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.526 std_dev=0.278
N7 B 0, 0.159, 0.442, 0.724, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.442 std_dev=0.282
C5' A 0, 0.034, 0.328, 0.621, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.328 std_dev=0.293
C4 B 0, 0.227, 0.521, 0.816, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.521 std_dev=0.295
C5 B 0, 0.196, 0.491, 0.786, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.491 std_dev=0.295
C6 B 0, 0.228, 0.551, 0.873, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.551 std_dev=0.323
N3 B 0, 0.277, 0.618, 0.959, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.618 std_dev=0.341
N6 B 0, 0.186, 0.534, 0.883, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.534 std_dev=0.349
N1 B 0, 0.294, 0.645, 0.996, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.645 std_dev=0.351
C2 B 0, 0.309, 0.674, 1.040, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.674 std_dev=0.365
O2' A 0, -0.081, 0.393, 0.868, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.393 std_dev=0.475

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.02 0.05 0.02 0.07 0.34 0.13
C2 0.02 0.00 0.24 0.11 0.01 0.10 0.00 0.37 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.13 0.13 0.25 0.01 0.17 0.29 0.18
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.16 0.04 0.11 0.23 0.15 0.03 0.20 0.28 0.24 0.03 0.06 0.01 0.04 0.02 0.15 0.14 0.18 0.38 0.24
C3' 0.04 0.11 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.08 0.02 0.09 0.13 0.10 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.08 0.10 0.33 0.16
C4 0.01 0.01 0.16 0.07 0.00 0.06 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.20 0.13 0.08 0.16 0.01 0.14 0.34 0.17
C4' 0.02 0.10 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.12 0.09 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.07 0.12 0.34 0.18
C5 0.01 0.00 0.11 0.06 0.01 0.05 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.13 0.05 0.18 0.01 0.17 0.36 0.19
C5' 0.10 0.37 0.23 0.03 0.29 0.01 0.29 0.00 0.33 0.18 0.36 0.39 0.34 0.23 0.19 0.16 0.11 0.02 0.01 0.33 0.02 0.04 0.03
C6 0.02 0.00 0.15 0.08 0.01 0.07 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.13 0.07 0.22 0.01 0.18 0.34 0.20
C8 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.02 0.09 0.02 0.13 0.37 0.17
N1 0.02 0.00 0.20 0.09 0.01 0.09 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.13 0.11 0.25 0.01 0.19 0.31 0.19
N2 0.02 0.01 0.28 0.13 0.01 0.12 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.14 0.14 0.28 0.01 0.18 0.24 0.17
N3 0.01 0.01 0.24 0.10 0.00 0.09 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.13 0.13 0.21 0.01 0.14 0.30 0.17
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.02 0.14 0.02 0.16 0.37 0.19
N9 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.13 0.03 0.09 0.02 0.11 0.36 0.16
O2' 0.01 0.32 0.01 0.02 0.20 0.05 0.16 0.16 0.22 0.06 0.29 0.38 0.29 0.05 0.07 0.00 0.12 0.03 0.08 0.21 0.10 0.27 0.15
O3' 0.14 0.13 0.04 0.01 0.13 0.03 0.13 0.11 0.13 0.11 0.13 0.14 0.13 0.11 0.13 0.12 0.00 0.14 0.08 0.13 0.11 0.32 0.14
O4' 0.02 0.13 0.02 0.02 0.08 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.11 0.14 0.13 0.02 0.03 0.03 0.14 0.00 0.08 0.06 0.07 0.38 0.13
O5' 0.05 0.25 0.15 0.03 0.16 0.02 0.18 0.01 0.22 0.09 0.25 0.28 0.21 0.14 0.09 0.08 0.08 0.08 0.00 0.22 0.01 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.14 0.08 0.01 0.07 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.13 0.06 0.22 0.00 0.19 0.34 0.20
OP1 0.07 0.17 0.18 0.10 0.14 0.12 0.17 0.02 0.18 0.13 0.19 0.18 0.14 0.16 0.11 0.10 0.11 0.07 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 0.29 0.38 0.33 0.34 0.34 0.36 0.04 0.34 0.37 0.31 0.24 0.30 0.37 0.36 0.27 0.32 0.38 0.03 0.34 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.18 0.24 0.16 0.17 0.18 0.19 0.03 0.20 0.17 0.19 0.17 0.17 0.19 0.16 0.15 0.14 0.13 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.17 0.12 0.11 0.10 0.12 0.08 0.17 0.10 0.08 0.14 0.17 0.11 0.08 0.08 0.16 0.12 0.12 0.11 0.05 0.12 0.05
C2 0.18 0.24 0.20 0.19 0.19 0.16 0.15 0.18 0.17 0.12 0.21 0.23 0.16 0.12 0.17 0.21 0.21 0.18 0.13 0.09 0.18 0.11
C2' 0.28 0.29 0.26 0.27 0.26 0.29 0.24 0.34 0.24 0.24 0.27 0.29 0.22 0.22 0.27 0.25 0.25 0.30 0.29 0.27 0.33 0.28
C3' 0.17 0.20 0.17 0.17 0.16 0.18 0.13 0.23 0.14 0.13 0.17 0.20 0.12 0.12 0.16 0.18 0.16 0.19 0.16 0.10 0.18 0.12
C4 0.15 0.22 0.17 0.16 0.16 0.14 0.12 0.18 0.14 0.09 0.19 0.21 0.13 0.09 0.13 0.19 0.18 0.15 0.12 0.06 0.16 0.08
C4' 0.18 0.20 0.18 0.18 0.16 0.19 0.13 0.24 0.14 0.15 0.18 0.21 0.12 0.13 0.16 0.19 0.17 0.19 0.17 0.09 0.17 0.11
C5 0.17 0.25 0.20 0.18 0.18 0.15 0.14 0.18 0.17 0.11 0.22 0.24 0.15 0.11 0.16 0.21 0.19 0.16 0.13 0.07 0.18 0.10
C5' 0.08 0.12 0.05 0.09 0.10 0.13 0.11 0.26 0.11 0.15 0.11 0.11 0.12 0.15 0.10 0.10 0.05 0.13 0.24 0.27 0.32 0.27
C6 0.19 0.27 0.22 0.20 0.21 0.16 0.17 0.18 0.19 0.13 0.24 0.26 0.18 0.13 0.18 0.22 0.21 0.18 0.13 0.09 0.19 0.12
C8 0.14 0.22 0.16 0.14 0.15 0.13 0.11 0.18 0.14 0.08 0.19 0.21 0.13 0.09 0.12 0.19 0.16 0.14 0.11 0.05 0.16 0.07
N1 0.19 0.26 0.22 0.20 0.21 0.16 0.18 0.18 0.20 0.14 0.24 0.26 0.18 0.14 0.19 0.22 0.21 0.18 0.14 0.10 0.19 0.12
N2 0.19 0.23 0.21 0.20 0.19 0.17 0.16 0.18 0.17 0.13 0.20 0.23 0.16 0.13 0.18 0.21 0.21 0.19 0.14 0.10 0.17 0.12
N3 0.15 0.21 0.17 0.16 0.15 0.14 0.12 0.18 0.14 0.09 0.18 0.21 0.13 0.10 0.13 0.19 0.18 0.15 0.12 0.06 0.15 0.08
N7 0.16 0.25 0.19 0.16 0.18 0.14 0.14 0.18 0.16 0.10 0.22 0.24 0.15 0.10 0.15 0.21 0.18 0.15 0.12 0.07 0.18 0.09
N9 0.13 0.20 0.15 0.13 0.13 0.13 0.10 0.17 0.12 0.08 0.17 0.19 0.12 0.08 0.11 0.18 0.15 0.13 0.11 0.05 0.14 0.06
O2' 0.28 0.25 0.23 0.26 0.25 0.32 0.23 0.42 0.22 0.26 0.23 0.26 0.20 0.24 0.27 0.21 0.21 0.34 0.36 0.39 0.41 0.39
O3' 0.13 0.16 0.12 0.13 0.12 0.15 0.11 0.20 0.12 0.12 0.14 0.16 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.15 0.14 0.08 0.16 0.10
O4' 0.06 0.16 0.10 0.06 0.08 0.08 0.08 0.14 0.10 0.11 0.13 0.15 0.13 0.13 0.05 0.15 0.09 0.08 0.15 0.19 0.13 0.14
O5' 0.12 0.16 0.10 0.13 0.13 0.16 0.13 0.26 0.14 0.17 0.15 0.16 0.14 0.16 0.14 0.11 0.08 0.16 0.23 0.18 0.28 0.21
O6 0.19 0.29 0.22 0.20 0.22 0.16 0.19 0.18 0.21 0.14 0.26 0.27 0.20 0.14 0.19 0.23 0.21 0.18 0.14 0.10 0.20 0.13
OP1 0.07 0.14 0.09 0.05 0.07 0.05 0.09 0.07 0.11 0.13 0.12 0.13 0.14 0.14 0.06 0.14 0.02 0.06 0.13 0.20 0.17 0.14
OP2 0.18 0.26 0.20 0.11 0.21 0.08 0.20 0.08 0.22 0.17 0.25 0.24 0.22 0.18 0.18 0.25 0.07 0.13 0.08 0.13 0.14 0.07
P 0.04 0.14 0.07 0.03 0.08 0.03 0.09 0.08 0.11 0.10 0.13 0.12 0.13 0.11 0.04 0.12 0.00 0.02 0.07 0.14 0.12 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03 0.06 0.10 0.13 0.08
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.13 0.13 0.08
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.14 0.15 0.10
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.03 0.06 0.09 0.10 0.07
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.02 0.03 0.04 0.07 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.07 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.03 0.09 0.11 0.11 0.09
C5' 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.10 0.05 0.03 0.09 0.11 0.05 0.06 0.05 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.09 0.12 0.12 0.10
C8 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.04 0.09 0.11 0.07 0.08
N1 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.03 0.08 0.11 0.13 0.09
N3 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.10 0.03 0.05 0.10 0.12 0.07
N6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.07 0.03 0.11 0.14 0.14 0.12
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.11 0.13 0.11 0.11
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.08 0.07 0.05
O2' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.03 0.07 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.13 0.13 0.08
O3' 0.01 0.11 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.05 0.07 0.06 0.10 0.10 0.07 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.20 0.19 0.14
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.06 0.05
O5' 0.03 0.06 0.04 0.05 0.06 0.02 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.05 0.11 0.11 0.05 0.05 0.07 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.10 0.13 0.14 0.09 0.07 0.11 0.05 0.12 0.11 0.11 0.10 0.14 0.13 0.08 0.13 0.20 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.13 0.13 0.15 0.10 0.05 0.11 0.02 0.12 0.07 0.13 0.12 0.14 0.11 0.07 0.13 0.19 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.08 0.10 0.07 0.03 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.07 0.12 0.11 0.05 0.08 0.14 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00