ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48460

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.014, 0.025, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.012, 0.026, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.023, 0.039, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.039 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.025, 0.042, 0.059, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.042 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.030, 0.054, 0.079, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.054 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.045, 0.073, 0.101, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.073 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.052, 0.084, 0.117, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.084 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.060, 0.099, 0.138, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.099 std_dev=0.039
N2 A 0, -0.004, 0.039, 0.082, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.039 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.435, 0.703, 0.970, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.703 std_dev=0.267
O4' A 0, 0.486, 0.764, 1.042, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.764 std_dev=0.278
P B 0, 0.351, 0.630, 0.910, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.630 std_dev=0.279
O2' A 0, 0.381, 0.674, 0.966, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.674 std_dev=0.293
OP2 B 0, 0.362, 0.678, 0.994, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.678 std_dev=0.316
OP1 B 0, 0.618, 0.954, 1.289, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.954 std_dev=0.336
O5' A 0, 0.431, 0.814, 1.197, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.814 std_dev=0.383
O5' B 0, 0.659, 1.053, 1.446, 1.428 max_d=1.428 avg_d=1.053 std_dev=0.394
C4' A 0, 0.760, 1.195, 1.630, 1.707 max_d=1.707 avg_d=1.195 std_dev=0.435
C3' A 0, 0.761, 1.208, 1.654, 1.809 max_d=1.809 avg_d=1.208 std_dev=0.447
C1' B 0, 0.793, 1.314, 1.835, 1.850 max_d=1.850 avg_d=1.314 std_dev=0.521
C4' B 0, 0.783, 1.383, 1.983, 2.178 max_d=2.178 avg_d=1.383 std_dev=0.600
O4' B 0, 0.816, 1.425, 2.034, 2.468 max_d=2.468 avg_d=1.425 std_dev=0.609
O3' A 0, 1.062, 1.705, 2.349, 2.621 max_d=2.621 avg_d=1.705 std_dev=0.644
P A 0, 1.362, 2.073, 2.784, 2.545 max_d=2.545 avg_d=2.073 std_dev=0.711
C5' A 0, 1.290, 2.017, 2.745, 2.900 max_d=2.900 avg_d=2.017 std_dev=0.727
C5' B 0, 0.942, 1.722, 2.502, 2.828 max_d=2.828 avg_d=1.722 std_dev=0.780
C3' B 0, 1.318, 2.179, 3.041, 3.109 max_d=3.109 avg_d=2.179 std_dev=0.862
OP1 A 0, 1.641, 2.507, 3.374, 2.982 max_d=2.982 avg_d=2.507 std_dev=0.866
C2' B 0, 1.363, 2.243, 3.123, 3.157 max_d=3.157 avg_d=2.243 std_dev=0.880
OP2 A 0, 1.871, 2.830, 3.790, 3.380 max_d=3.380 avg_d=2.830 std_dev=0.959
N9 B 0, 2.094, 3.199, 4.305, 4.185 max_d=4.185 avg_d=3.199 std_dev=1.106
O2' B 0, 2.025, 3.387, 4.749, 4.949 max_d=4.949 avg_d=3.387 std_dev=1.362
C4 B 0, 2.672, 4.079, 5.485, 5.376 max_d=5.376 avg_d=4.079 std_dev=1.406
O3' B 0, 2.235, 3.647, 5.059, 5.385 max_d=5.385 avg_d=3.647 std_dev=1.412
N3 B 0, 2.881, 4.399, 5.918, 5.515 max_d=5.515 avg_d=4.399 std_dev=1.518
C8 B 0, 3.393, 5.139, 6.885, 6.372 max_d=6.372 avg_d=5.139 std_dev=1.746
C5 B 0, 3.787, 5.778, 7.770, 7.506 max_d=7.506 avg_d=5.778 std_dev=1.992
C2 B 0, 3.824, 5.841, 7.857, 7.339 max_d=7.339 avg_d=5.841 std_dev=2.017
N7 B 0, 4.337, 6.569, 8.801, 8.221 max_d=8.221 avg_d=6.569 std_dev=2.232
N1 B 0, 4.415, 6.783, 9.151, 8.791 max_d=8.791 avg_d=6.783 std_dev=2.368
C6 B 0, 4.512, 6.928, 9.344, 9.063 max_d=9.063 avg_d=6.928 std_dev=2.416
N6 B 0, 5.623, 8.632, 11.641, 11.188 max_d=11.188 avg_d=8.632 std_dev=3.009

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.11 0.11 0.08
C2 0.03 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.16 0.13 0.05 0.09 0.02 0.08 0.20 0.11
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.06 0.09 0.13 0.11 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.06 0.13 0.11 0.05
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.12 0.09 0.12 0.09 0.12 0.05 0.02 0.01 0.02 0.10 0.10 0.15 0.15 0.11
C4 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.03 0.09 0.01 0.09 0.20 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.06 0.04 0.08 0.04 0.05 0.03 0.00 0.02 0.07 0.14 0.02 0.05
C5 0.01 0.02 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.03 0.11 0.01 0.11 0.24 0.15
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.11 0.11 0.09 0.08 0.07 0.12 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.13 0.09 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.07 0.09 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.11 0.00 0.11 0.26 0.15
C8 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.13 0.03 0.12 0.01 0.12 0.22 0.15
N1 0.03 0.01 0.09 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.13 0.11 0.04 0.10 0.01 0.09 0.24 0.13
N2 0.05 0.00 0.13 0.12 0.01 0.06 0.02 0.08 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.19 0.17 0.07 0.09 0.04 0.09 0.20 0.11
N3 0.03 0.00 0.11 0.09 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.12 0.05 0.09 0.01 0.09 0.18 0.11
N7 0.01 0.02 0.05 0.12 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.03 0.13 0.01 0.14 0.26 0.18
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.09 0.17 0.11
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.08 0.05 0.06 0.05 0.10 0.05 0.13 0.19 0.14 0.04 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.09 0.21 0.09 0.09
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.07 0.03 0.09 0.04 0.10 0.13 0.11 0.17 0.12 0.13 0.05 0.03 0.00 0.02 0.16 0.11 0.28 0.25 0.21
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.05 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.13 0.03 0.16 0.14 0.14
O5' 0.08 0.09 0.06 0.10 0.09 0.02 0.11 0.01 0.11 0.12 0.10 0.09 0.09 0.13 0.09 0.04 0.16 0.13 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.12 0.00 0.14 0.29 0.18
OP1 0.11 0.08 0.13 0.15 0.09 0.14 0.11 0.09 0.11 0.12 0.09 0.09 0.09 0.14 0.09 0.21 0.28 0.16 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.20 0.11 0.15 0.20 0.02 0.24 0.02 0.26 0.22 0.24 0.20 0.18 0.26 0.17 0.09 0.25 0.14 0.02 0.29 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.11 0.05 0.11 0.12 0.05 0.15 0.01 0.15 0.15 0.13 0.11 0.11 0.18 0.11 0.09 0.21 0.14 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.55 0.83 0.61 0.44 0.65 0.31 0.73 0.51 0.77 0.85 0.83 0.71 0.84 0.88 0.65 0.94 0.68 0.37 0.39 0.18 0.26 0.13
C2 0.52 0.86 0.58 0.26 0.81 0.20 1.05 0.39 1.10 1.08 0.98 0.74 1.30 1.27 0.76 0.84 0.37 0.28 0.20 0.13 0.34 0.15
C2' 0.59 0.86 0.63 0.46 0.69 0.33 0.75 0.58 0.78 0.84 0.85 0.74 0.82 0.86 0.68 0.99 0.71 0.42 0.46 0.25 0.25 0.22
C3' 0.61 0.87 0.64 0.50 0.69 0.35 0.74 0.58 0.78 0.82 0.87 0.75 0.82 0.83 0.68 1.02 0.77 0.44 0.46 0.24 0.25 0.21
C4 0.53 0.82 0.60 0.34 0.73 0.23 0.91 0.44 0.94 0.98 0.88 0.71 1.09 1.10 0.71 0.91 0.51 0.31 0.28 0.16 0.33 0.14
C4' 0.58 0.87 0.62 0.50 0.64 0.33 0.70 0.51 0.77 0.80 0.88 0.73 0.81 0.80 0.64 0.97 0.80 0.41 0.41 0.19 0.26 0.14
C5 0.53 0.86 0.60 0.32 0.77 0.22 0.97 0.42 1.03 1.01 0.95 0.74 1.21 1.16 0.73 0.91 0.48 0.30 0.25 0.15 0.37 0.15
C5' 0.58 0.88 0.62 0.50 0.65 0.33 0.71 0.50 0.78 0.80 0.88 0.73 0.83 0.81 0.64 0.97 0.80 0.42 0.39 0.17 0.30 0.13
C6 0.53 0.91 0.60 0.28 0.83 0.19 1.08 0.38 1.16 1.07 1.04 0.78 1.38 1.27 0.77 0.88 0.40 0.28 0.20 0.13 0.40 0.17
C8 0.54 0.84 0.61 0.38 0.70 0.26 0.84 0.47 0.88 0.91 0.88 0.72 1.00 1.00 0.69 0.94 0.60 0.33 0.32 0.16 0.34 0.14
N1 0.52 0.92 0.59 0.25 0.85 0.19 1.12 0.37 1.19 1.10 1.07 0.78 1.42 1.31 0.78 0.84 0.35 0.27 0.17 0.12 0.39 0.17
N2 0.50 0.87 0.56 0.22 0.83 0.19 1.10 0.36 1.16 1.12 1.02 0.75 1.36 1.33 0.78 0.77 0.29 0.26 0.14 0.11 0.32 0.15
N3 0.52 0.81 0.60 0.31 0.74 0.22 0.93 0.44 0.95 1.02 0.87 0.70 1.10 1.14 0.72 0.88 0.46 0.30 0.27 0.16 0.31 0.14
N7 0.54 0.86 0.61 0.35 0.75 0.23 0.92 0.44 0.98 0.96 0.93 0.74 1.14 1.09 0.72 0.93 0.54 0.31 0.28 0.15 0.37 0.15
N9 0.54 0.82 0.60 0.39 0.68 0.26 0.82 0.48 0.85 0.91 0.85 0.70 0.96 0.99 0.68 0.93 0.60 0.33 0.33 0.17 0.31 0.13
O2' 0.60 0.84 0.63 0.51 0.64 0.36 0.68 0.60 0.73 0.80 0.84 0.71 0.73 0.77 0.65 1.00 0.76 0.43 0.53 0.31 0.29 0.28
O3' 0.66 0.86 0.67 0.55 0.68 0.40 0.71 0.61 0.76 0.79 0.86 0.74 0.78 0.77 0.68 1.05 0.84 0.49 0.54 0.31 0.28 0.29
O4' 0.55 0.86 0.61 0.48 0.64 0.34 0.70 0.50 0.77 0.82 0.86 0.72 0.82 0.83 0.63 0.93 0.74 0.39 0.39 0.17 0.30 0.13
O5' 0.59 0.82 0.64 0.49 0.66 0.31 0.74 0.50 0.79 0.84 0.85 0.70 0.86 0.87 0.66 0.98 0.78 0.40 0.38 0.19 0.33 0.17
O6 0.53 0.96 0.60 0.27 0.87 0.19 1.13 0.36 1.23 1.08 1.11 0.81 1.48 1.31 0.79 0.88 0.38 0.28 0.18 0.12 0.42 0.18
OP1 0.64 0.99 0.64 0.50 0.75 0.35 0.80 0.51 0.91 0.80 1.02 0.84 0.97 0.84 0.70 0.99 0.80 0.50 0.37 0.20 0.36 0.21
OP2 0.61 0.88 0.65 0.49 0.73 0.29 0.84 0.50 0.90 0.88 0.93 0.76 1.00 0.94 0.71 1.01 0.76 0.39 0.39 0.25 0.32 0.20
P 0.60 0.91 0.63 0.48 0.72 0.32 0.80 0.49 0.87 0.85 0.94 0.77 0.95 0.89 0.69 0.98 0.77 0.43 0.38 0.20 0.33 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.14 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.31 0.00 0.42 0.44 0.51 0.38
C2 0.04 0.00 0.36 0.27 0.01 0.15 0.02 0.31 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.59 0.56 0.22 0.53 0.75 0.56 0.56
C2' 0.00 0.36 0.00 0.00 0.19 0.04 0.11 0.20 0.18 0.19 0.29 0.37 0.14 0.12 0.04 0.00 0.10 0.03 0.39 0.50 0.42 0.42
C3' 0.02 0.27 0.00 0.00 0.11 0.01 0.07 0.02 0.11 0.21 0.20 0.26 0.10 0.16 0.06 0.02 0.02 0.02 0.09 0.11 0.38 0.16
C4 0.02 0.01 0.19 0.11 0.00 0.08 0.01 0.27 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.31 0.38 0.12 0.59 0.77 0.64 0.62
C4' 0.01 0.15 0.04 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.19 0.12 0.15 0.12 0.17 0.08 0.10 0.05 0.01 0.03 0.21 0.52 0.21
C5 0.02 0.02 0.11 0.07 0.01 0.10 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.23 0.28 0.08 0.76 1.03 0.84 0.84
C5' 0.14 0.31 0.20 0.02 0.27 0.01 0.35 0.00 0.34 0.45 0.31 0.29 0.38 0.44 0.28 0.13 0.16 0.02 0.01 0.31 0.33 0.03
C6 0.03 0.01 0.18 0.11 0.02 0.10 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.33 0.35 0.12 0.73 1.05 0.82 0.83
C8 0.02 0.02 0.19 0.21 0.01 0.19 0.01 0.45 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.23 0.12 0.10 0.94 1.11 0.99 1.00
N1 0.04 0.01 0.29 0.20 0.01 0.12 0.01 0.31 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.48 0.47 0.18 0.62 0.90 0.67 0.68
N3 0.05 0.00 0.37 0.26 0.00 0.15 0.01 0.29 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.58 0.54 0.21 0.48 0.64 0.52 0.48
N6 0.03 0.03 0.14 0.10 0.03 0.12 0.02 0.38 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.29 0.28 0.10 0.82 1.20 0.96 0.96
N7 0.01 0.02 0.12 0.16 0.01 0.17 0.00 0.44 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.19 0.14 0.05 0.94 1.25 1.05 1.07
N9 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.08 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.25 0.02 0.65 0.75 0.69 0.66
O2' 0.01 0.59 0.00 0.02 0.31 0.10 0.23 0.13 0.33 0.23 0.48 0.58 0.29 0.19 0.10 0.00 0.14 0.06 0.38 0.61 0.37 0.46
O3' 0.31 0.56 0.10 0.02 0.38 0.05 0.28 0.16 0.35 0.12 0.47 0.54 0.28 0.14 0.25 0.14 0.00 0.25 0.14 0.13 0.56 0.27
O4' 0.00 0.22 0.03 0.02 0.12 0.01 0.08 0.02 0.12 0.10 0.18 0.21 0.10 0.05 0.02 0.06 0.25 0.00 0.36 0.22 0.57 0.26
O5' 0.42 0.53 0.39 0.09 0.59 0.03 0.76 0.01 0.73 0.94 0.62 0.48 0.82 0.94 0.65 0.38 0.14 0.36 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.44 0.75 0.50 0.11 0.77 0.21 1.03 0.31 1.05 1.11 0.90 0.64 1.20 1.25 0.75 0.61 0.13 0.22 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 0.56 0.42 0.38 0.64 0.52 0.84 0.33 0.82 0.99 0.67 0.52 0.96 1.05 0.69 0.37 0.56 0.57 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.38 0.56 0.42 0.16 0.62 0.21 0.84 0.03 0.83 1.00 0.68 0.48 0.96 1.07 0.66 0.46 0.27 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00