ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48462

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.003, 0.016, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.015, 0.053, 0.091, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.053 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.006, 0.084, 0.162, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.084 std_dev=0.078
C4' A 0, 0.027, 0.117, 0.208, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.117 std_dev=0.090
C5' A 0, 0.050, 0.168, 0.285, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.168 std_dev=0.117
C3' A 0, 0.009, 0.139, 0.269, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.139 std_dev=0.130
O2' A 0, -0.005, 0.126, 0.256, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.126 std_dev=0.130
O5' A 0, 0.065, 0.234, 0.402, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.234 std_dev=0.168
O5' B 0, 0.083, 0.275, 0.467, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.275 std_dev=0.192
C4' B 0, 0.201, 0.400, 0.599, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.400 std_dev=0.199
C5' B 0, 0.129, 0.330, 0.531, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.330 std_dev=0.201
O3' A 0, 0.022, 0.225, 0.427, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.225 std_dev=0.202
O4' B 0, 0.209, 0.431, 0.652, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.431 std_dev=0.222
C3' B 0, 0.208, 0.432, 0.656, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.432 std_dev=0.224
P B 0, 0.025, 0.255, 0.484, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.255 std_dev=0.230
OP1 B 0, 0.054, 0.285, 0.515, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.285 std_dev=0.231
OP1 A 0, 0.122, 0.367, 0.612, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.367 std_dev=0.245
P A 0, 0.077, 0.324, 0.572, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.324 std_dev=0.247
O3' B 0, 0.231, 0.493, 0.755, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.493 std_dev=0.262
C1' B 0, 0.218, 0.492, 0.767, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.492 std_dev=0.275
OP2 B 0, 0.029, 0.304, 0.580, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.304 std_dev=0.276
C2' B 0, 0.239, 0.522, 0.804, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.522 std_dev=0.282
OP2 A 0, 0.086, 0.405, 0.723, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.405 std_dev=0.319
O2' B 0, 0.294, 0.620, 0.947, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.620 std_dev=0.327
N9 B 0, 0.146, 0.479, 0.813, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.479 std_dev=0.333
C8 B 0, 0.110, 0.477, 0.845, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.477 std_dev=0.367
C4 B 0, 0.092, 0.521, 0.950, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.521 std_dev=0.429
N7 B 0, 0.059, 0.516, 0.972, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.516 std_dev=0.457
C5 B 0, 0.043, 0.530, 1.017, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.530 std_dev=0.487
N3 B 0, 0.101, 0.592, 1.082, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.592 std_dev=0.490
C2 B 0, 0.055, 0.648, 1.242, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.648 std_dev=0.593
C6 B 0, 0.000, 0.594, 1.188, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.594 std_dev=0.594
N1 B 0, -0.013, 0.638, 1.288, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.638 std_dev=0.650
N6 B 0, 0.008, 0.660, 1.312, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.660 std_dev=0.652

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.04 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.14 0.04 0.12 0.00 0.28 0.19 0.19
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.07 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.14 0.05 0.07
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.11 0.07 0.11 0.10 0.09 0.09 0.05 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.14 0.05 0.08
C4 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.03 0.08 0.00 0.19 0.12 0.11
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.06 0.08 0.09 0.07 0.07 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.10 0.00 0.20 0.16 0.13
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08 0.11 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.10 0.01 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.14 0.02 0.12 0.00 0.24 0.19 0.16
C8 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.10 0.00 0.14 0.15 0.12
N1 0.02 0.00 0.07 0.11 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.15 0.03 0.12 0.00 0.27 0.20 0.18
N2 0.03 0.00 0.07 0.10 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.15 0.05 0.15 0.00 0.31 0.22 0.23
N3 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.04 0.10 0.00 0.24 0.15 0.15
N7 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.18 0.18 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.13 0.09 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.11 0.03 0.05
O3' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.09 0.02 0.11 0.04 0.14 0.07 0.15 0.15 0.11 0.10 0.05 0.01 0.00 0.01 0.08 0.15 0.15 0.07 0.10
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02
O5' 0.02 0.12 0.04 0.05 0.08 0.01 0.10 0.00 0.12 0.10 0.12 0.15 0.10 0.12 0.06 0.03 0.08 0.01 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.15 0.02 0.13 0.00 0.24 0.22 0.18
OP1 0.10 0.28 0.14 0.14 0.19 0.05 0.20 0.01 0.24 0.14 0.27 0.31 0.24 0.18 0.13 0.11 0.15 0.05 0.01 0.24 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.19 0.05 0.05 0.12 0.02 0.16 0.03 0.19 0.15 0.20 0.22 0.15 0.18 0.09 0.03 0.07 0.03 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.19 0.07 0.08 0.11 0.02 0.13 0.00 0.16 0.12 0.18 0.23 0.15 0.14 0.07 0.05 0.10 0.02 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.11 0.26 0.27 0.10 0.21 0.08 0.15 0.04 0.16 0.07 0.12 0.06 0.13 0.14 0.31 0.33 0.16 0.06 0.08 0.07 0.02
C2 0.13 0.21 0.15 0.18 0.15 0.18 0.19 0.19 0.22 0.18 0.23 0.17 0.26 0.20 0.14 0.18 0.22 0.15 0.15 0.12 0.24 0.15
C2' 0.17 0.10 0.23 0.24 0.09 0.20 0.07 0.15 0.04 0.15 0.06 0.10 0.05 0.12 0.13 0.27 0.29 0.15 0.07 0.07 0.06 0.02
C3' 0.12 0.10 0.16 0.17 0.06 0.12 0.06 0.07 0.04 0.16 0.06 0.09 0.06 0.14 0.10 0.18 0.19 0.10 0.02 0.07 0.04 0.00
C4 0.14 0.12 0.19 0.22 0.07 0.19 0.09 0.16 0.10 0.16 0.12 0.09 0.14 0.15 0.11 0.23 0.27 0.14 0.11 0.08 0.17 0.10
C4' 0.19 0.14 0.24 0.23 0.14 0.17 0.13 0.09 0.10 0.21 0.11 0.15 0.11 0.19 0.17 0.27 0.26 0.15 0.04 0.06 0.04 0.02
C5 0.14 0.12 0.20 0.22 0.08 0.19 0.10 0.17 0.11 0.17 0.12 0.10 0.15 0.16 0.12 0.24 0.28 0.14 0.12 0.09 0.18 0.12
C5' 0.13 0.16 0.18 0.16 0.10 0.11 0.09 0.06 0.07 0.17 0.11 0.15 0.08 0.16 0.12 0.20 0.17 0.10 0.05 0.09 0.05 0.04
C6 0.13 0.16 0.17 0.20 0.11 0.18 0.14 0.18 0.17 0.18 0.18 0.13 0.21 0.18 0.12 0.21 0.25 0.15 0.14 0.11 0.22 0.15
C8 0.18 0.11 0.26 0.26 0.10 0.21 0.09 0.15 0.06 0.18 0.07 0.12 0.10 0.16 0.14 0.31 0.33 0.16 0.09 0.07 0.12 0.07
N1 0.13 0.21 0.15 0.18 0.15 0.18 0.18 0.19 0.22 0.18 0.23 0.16 0.26 0.20 0.14 0.18 0.22 0.15 0.16 0.12 0.24 0.16
N2 0.16 0.27 0.15 0.17 0.22 0.18 0.25 0.20 0.30 0.21 0.30 0.23 0.33 0.25 0.18 0.17 0.20 0.17 0.17 0.15 0.25 0.17
N3 0.12 0.16 0.16 0.19 0.10 0.18 0.13 0.17 0.16 0.16 0.17 0.12 0.19 0.16 0.11 0.20 0.24 0.13 0.12 0.10 0.20 0.11
N7 0.16 0.11 0.23 0.25 0.08 0.20 0.09 0.16 0.08 0.18 0.08 0.10 0.12 0.17 0.13 0.28 0.31 0.15 0.11 0.08 0.16 0.10
N9 0.16 0.10 0.23 0.25 0.07 0.20 0.07 0.15 0.05 0.16 0.07 0.10 0.09 0.14 0.12 0.28 0.31 0.15 0.08 0.07 0.12 0.06
O2' 0.25 0.17 0.32 0.32 0.18 0.27 0.15 0.20 0.13 0.20 0.14 0.19 0.11 0.16 0.21 0.36 0.38 0.22 0.12 0.05 0.05 0.04
O3' 0.10 0.09 0.12 0.12 0.08 0.07 0.10 0.02 0.08 0.19 0.07 0.09 0.10 0.17 0.11 0.12 0.10 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
O4' 0.22 0.15 0.30 0.29 0.15 0.22 0.13 0.14 0.09 0.21 0.11 0.17 0.09 0.18 0.19 0.34 0.34 0.18 0.06 0.07 0.06 0.01
O5' 0.10 0.18 0.12 0.09 0.10 0.07 0.09 0.09 0.08 0.15 0.13 0.17 0.09 0.16 0.10 0.12 0.06 0.08 0.12 0.14 0.09 0.11
O6 0.14 0.17 0.17 0.20 0.12 0.19 0.15 0.18 0.18 0.19 0.19 0.13 0.22 0.19 0.13 0.20 0.25 0.15 0.15 0.12 0.22 0.16
OP1 0.12 0.27 0.10 0.10 0.16 0.12 0.12 0.14 0.16 0.08 0.24 0.24 0.12 0.08 0.11 0.10 0.06 0.13 0.18 0.23 0.20 0.19
OP2 0.08 0.25 0.08 0.09 0.12 0.10 0.06 0.14 0.09 0.08 0.18 0.22 0.07 0.10 0.06 0.08 0.12 0.09 0.18 0.19 0.10 0.13
P 0.09 0.24 0.08 0.07 0.13 0.09 0.07 0.13 0.10 0.08 0.19 0.22 0.06 0.09 0.08 0.07 0.05 0.10 0.17 0.20 0.13 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.01 0.13 0.17 0.13 0.12
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.09 0.05 0.09 0.03 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.08 0.09 0.09 0.06
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.07 0.08 0.04
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.06 0.07 0.08 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.10 0.10 0.06
C8 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.08 0.08 0.06 0.08
N1 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.10 0.15 0.12 0.10
N3 0.00 0.00 0.07 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.01 0.12 0.15 0.12 0.11
N6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.08 0.09 0.05
N7 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.06 0.07 0.06 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.05 0.02
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.10 0.06 0.10 0.05 0.09 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
O5' 0.02 0.13 0.04 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.07 0.08 0.10 0.12 0.06 0.06 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.17 0.03 0.02 0.09 0.01 0.07 0.00 0.10 0.08 0.15 0.15 0.08 0.07 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.13 0.02 0.04 0.09 0.01 0.08 0.02 0.10 0.06 0.12 0.12 0.09 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.12 0.03 0.03 0.06 0.02 0.04 0.00 0.06 0.08 0.10 0.11 0.05 0.07 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00