ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48463

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.020, 0.037, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.011, 0.028, 0.046, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.018, 0.036, 0.054, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.036 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.001, 0.022, 0.043, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.022 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.002, 0.024, 0.046, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.024 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.009, 0.032, 0.054, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.032 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.003, 0.027, 0.051, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.027 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C1' A 0, -0.005, 0.030, 0.064, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.030 std_dev=0.035
N2 A 0, 0.007, 0.044, 0.080, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.044 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.012, 0.147, 0.282, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.147 std_dev=0.135
C4' A 0, 0.057, 0.216, 0.374, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.216 std_dev=0.159
C2' A 0, 0.012, 0.180, 0.347, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.180 std_dev=0.167
P B 0, 0.125, 0.359, 0.592, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.359 std_dev=0.234
C3' A 0, 0.032, 0.269, 0.506, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.269 std_dev=0.237
O2' A 0, -0.033, 0.223, 0.479, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.223 std_dev=0.256
O3' A 0, 0.068, 0.383, 0.698, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.383 std_dev=0.315
C5' A 0, 0.017, 0.384, 0.751, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.384 std_dev=0.367
OP2 A 0, 0.057, 0.486, 0.915, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.486 std_dev=0.429
P A 0, -0.038, 0.468, 0.973, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.468 std_dev=0.506
OP1 B 0, 0.103, 0.611, 1.119, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.611 std_dev=0.508
O5' A 0, -0.085, 0.428, 0.942, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.428 std_dev=0.513
OP1 A 0, -0.152, 0.533, 1.219, 2.219 max_d=2.219 avg_d=0.533 std_dev=0.686
OP2 B 0, 0.000, 0.700, 1.401, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.700 std_dev=0.700
O5' B 0, -0.151, 0.884, 1.920, 2.794 max_d=2.794 avg_d=0.884 std_dev=1.036
C5' B 0, -0.616, 1.306, 3.228, 4.889 max_d=4.889 avg_d=1.306 std_dev=1.922
C4' B 0, -0.999, 1.809, 4.617, 6.692 max_d=6.692 avg_d=1.809 std_dev=2.808
O4' B 0, -1.020, 1.805, 4.631, 7.346 max_d=7.346 avg_d=1.805 std_dev=2.826
C8 B 0, -1.156, 2.107, 5.371, 8.384 max_d=8.384 avg_d=2.107 std_dev=3.264
C3' B 0, -1.163, 2.135, 5.433, 7.898 max_d=7.898 avg_d=2.135 std_dev=3.298
C1' B 0, -1.332, 2.339, 6.010, 9.275 max_d=9.275 avg_d=2.339 std_dev=3.671
N9 B 0, -1.326, 2.352, 6.029, 9.478 max_d=9.478 avg_d=2.352 std_dev=3.678
N7 B 0, -1.356, 2.403, 6.162, 9.297 max_d=9.297 avg_d=2.403 std_dev=3.759
O3' B 0, -1.372, 2.420, 6.213, 9.263 max_d=9.263 avg_d=2.420 std_dev=3.793
C2' B 0, -1.492, 2.616, 6.723, 9.745 max_d=9.745 avg_d=2.616 std_dev=4.108
C4 B 0, -1.595, 2.767, 7.130, 11.094 max_d=11.094 avg_d=2.767 std_dev=4.363
C5 B 0, -1.617, 2.775, 7.167, 10.917 max_d=10.917 avg_d=2.775 std_dev=4.392
O2' B 0, -1.840, 3.071, 7.982, 11.867 max_d=11.867 avg_d=3.071 std_dev=4.911
N3 B 0, -1.831, 3.169, 8.169, 12.649 max_d=12.649 avg_d=3.169 std_dev=5.000
C6 B 0, -1.911, 3.218, 8.347, 12.444 max_d=12.444 avg_d=3.218 std_dev=5.129
N6 B 0, -2.029, 3.404, 8.836, 12.950 max_d=12.950 avg_d=3.404 std_dev=5.433
C2 B 0, -2.065, 3.501, 9.067, 13.907 max_d=13.907 avg_d=3.501 std_dev=5.566
N1 B 0, -2.119, 3.544, 9.206, 13.888 max_d=13.888 avg_d=3.544 std_dev=5.662

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.08 0.27 0.18
C2 0.06 0.00 0.10 0.13 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.16 0.04 0.13 0.01 0.22 0.39 0.26
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.07 0.13 0.10 0.07 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.06 0.16 0.09
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.08 0.13 0.10 0.18 0.13 0.11 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.13 0.05 0.03
C4 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.08 0.02 0.17 0.36 0.24
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.07 0.05 0.09 0.06 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.10 0.06
C5 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.07 0.02 0.20 0.37 0.23
C5' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.07 0.07 0.11 0.08 0.05 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.13 0.04 0.01
C6 0.04 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.09 0.02 0.08 0.01 0.24 0.38 0.25
C8 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.14 0.02 0.11 0.02 0.13 0.30 0.19
N1 0.05 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.12 0.03 0.11 0.01 0.24 0.39 0.26
N2 0.07 0.00 0.13 0.18 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.22 0.06 0.16 0.01 0.23 0.40 0.28
N3 0.06 0.00 0.10 0.13 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.15 0.05 0.12 0.01 0.18 0.37 0.25
N7 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.14 0.02 0.09 0.02 0.17 0.33 0.20
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.12 0.31 0.21
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.04 0.08 0.12 0.08 0.05 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.06 0.12 0.14 0.08
O3' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.07 0.02 0.08 0.04 0.09 0.14 0.12 0.22 0.15 0.14 0.05 0.03 0.00 0.02 0.05 0.10 0.22 0.06 0.06
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.13 0.25 0.18
O5' 0.03 0.13 0.03 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.08 0.11 0.11 0.16 0.12 0.09 0.05 0.02 0.05 0.04 0.00 0.07 0.02 0.01 0.00
O6 0.04 0.01 0.06 0.08 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.10 0.03 0.07 0.00 0.26 0.36 0.24
OP1 0.08 0.22 0.06 0.13 0.17 0.11 0.20 0.13 0.24 0.13 0.24 0.23 0.18 0.17 0.12 0.12 0.22 0.13 0.02 0.26 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.39 0.16 0.05 0.36 0.10 0.37 0.04 0.38 0.30 0.39 0.40 0.37 0.33 0.31 0.14 0.06 0.25 0.01 0.36 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.26 0.09 0.03 0.24 0.06 0.23 0.01 0.25 0.19 0.26 0.28 0.25 0.20 0.21 0.08 0.06 0.18 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.39 1.67 1.28 1.11 1.50 1.22 1.60 1.04 1.79 1.30 1.80 1.55 1.93 1.46 1.37 1.37 1.05 1.34 0.56 0.31 0.13 0.18
C2 0.43 0.68 0.45 0.59 0.57 0.95 0.98 1.04 1.19 0.65 1.01 0.45 1.56 1.08 0.36 0.85 0.88 0.66 0.34 0.22 0.16 0.20
C2' 1.67 1.49 1.61 1.41 1.43 1.52 1.30 1.16 1.35 1.22 1.43 1.54 1.34 1.15 1.45 1.80 1.37 1.63 0.56 0.47 0.42 0.07
C3' 2.00 1.76 1.95 1.64 1.68 1.67 1.42 1.17 1.42 1.37 1.58 1.86 1.30 1.20 1.71 2.24 1.61 1.83 0.53 0.52 0.61 0.16
C4 0.60 0.89 0.65 0.73 0.73 1.00 1.13 1.05 1.40 0.72 1.24 0.64 1.78 1.16 0.53 0.93 0.93 0.74 0.33 0.17 0.17 0.19
C4' 1.99 2.10 1.86 1.53 1.94 1.54 1.80 1.10 1.89 1.64 2.04 2.09 1.83 1.58 1.87 2.03 1.42 1.79 0.63 0.45 0.35 0.05
C5 0.52 0.82 0.61 0.74 0.64 1.05 1.14 1.09 1.47 0.68 1.27 0.50 1.94 1.20 0.39 1.00 1.00 0.72 0.33 0.15 0.18 0.20
C5' 2.00 2.16 1.91 1.55 1.96 1.54 1.80 1.08 1.90 1.61 2.08 2.14 1.85 1.56 1.87 2.14 1.47 1.76 0.58 0.46 0.43 0.05
C6 0.46 0.73 0.54 0.70 0.55 1.07 1.10 1.12 1.42 0.64 1.19 0.38 1.92 1.20 0.25 1.02 1.04 0.71 0.35 0.20 0.18 0.21
C8 1.04 1.36 1.02 0.96 1.15 1.15 1.44 1.08 1.76 1.01 1.67 1.15 2.13 1.36 0.97 1.26 1.06 1.05 0.41 0.21 0.18 0.18
N1 0.58 0.79 0.59 0.69 0.66 1.06 1.09 1.10 1.35 0.71 1.15 0.58 1.77 1.19 0.46 1.03 1.00 0.79 0.38 0.25 0.17 0.21
N2 0.78 0.88 0.69 0.68 0.81 1.04 1.04 1.04 1.18 0.82 1.06 0.78 1.44 1.11 0.71 1.00 0.88 0.91 0.43 0.33 0.14 0.19
N3 0.36 0.68 0.44 0.59 0.56 0.88 0.96 1.00 1.19 0.61 1.02 0.43 1.52 1.04 0.33 0.74 0.82 0.57 0.30 0.16 0.16 0.20
N7 0.76 1.07 0.81 0.85 0.86 1.11 1.29 1.10 1.64 0.81 1.48 0.79 2.12 1.28 0.65 1.15 1.06 0.86 0.35 0.16 0.19 0.20
N9 1.01 1.30 0.98 0.92 1.12 1.11 1.37 1.05 1.63 0.99 1.55 1.12 1.94 1.31 0.96 1.17 0.99 1.03 0.41 0.23 0.17 0.18
O2' 1.87 1.80 1.72 1.47 1.75 1.52 1.60 1.11 1.60 1.57 1.71 1.84 1.49 1.44 1.76 1.78 1.32 1.81 0.72 0.52 0.30 0.08
O3' 2.45 2.16 2.39 1.94 2.09 1.88 1.68 1.20 1.61 1.65 1.86 2.33 1.30 1.39 2.11 2.73 1.89 2.12 0.57 0.60 0.80 0.27
O4' 1.64 2.02 1.49 1.24 1.79 1.30 1.83 1.02 2.04 1.52 2.11 1.88 2.14 1.64 1.64 1.58 1.12 1.52 0.61 0.34 0.14 0.17
O5' 1.73 1.72 1.71 1.42 1.55 1.44 1.43 1.05 1.56 1.25 1.68 1.72 1.62 1.23 1.51 2.02 1.43 1.53 0.43 0.45 0.52 0.12
O6 0.55 0.79 0.62 0.76 0.61 1.13 1.16 1.15 1.50 0.68 1.27 0.47 2.03 1.25 0.32 1.14 1.11 0.79 0.37 0.23 0.19 0.21
OP1 1.93 1.99 1.96 1.61 1.77 1.57 1.58 1.11 1.70 1.40 1.88 2.00 1.70 1.34 1.70 2.32 1.65 1.64 0.47 0.42 0.49 0.13
OP2 1.35 1.46 1.39 1.15 1.23 1.22 1.30 0.91 1.58 0.97 1.59 1.37 1.87 1.16 1.13 1.77 1.26 1.18 0.23 0.56 0.64 0.26
P 1.64 1.80 1.63 1.34 1.56 1.35 1.52 0.98 1.73 1.24 1.83 1.73 1.88 1.31 1.46 1.95 1.37 1.42 0.38 0.51 0.55 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.25 0.10 0.13
C2 0.05 0.00 0.32 0.28 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.36 0.12 0.19 0.53 0.28 0.21
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.18 0.02 0.13 0.01 0.20 0.07 0.28 0.30 0.17 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.12 0.13
C3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.17 0.00 0.16 0.02 0.21 0.10 0.26 0.24 0.20 0.11 0.08 0.02 0.01 0.02 0.14 0.10 0.20 0.16
C4 0.03 0.01 0.18 0.17 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.21 0.07 0.21 0.54 0.31 0.21
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.11 0.05 0.07 0.04 0.10 0.04 0.07 0.02 0.00 0.01 0.15 0.10 0.02
C5 0.02 0.00 0.13 0.16 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.20 0.04 0.26 0.69 0.45 0.27
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.01 0.11 0.00 0.10 0.18 0.06 0.05 0.13 0.18 0.08 0.07 0.03 0.01 0.01 0.31 0.22 0.03
C6 0.03 0.00 0.20 0.21 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.28 0.07 0.26 0.73 0.47 0.28
C8 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.10 0.07 0.31 0.64 0.44 0.26
N1 0.04 0.00 0.28 0.26 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.35 0.10 0.22 0.65 0.38 0.25
N3 0.05 0.00 0.30 0.24 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.27 0.30 0.11 0.17 0.45 0.23 0.18
N6 0.03 0.01 0.17 0.20 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.27 0.07 0.28 0.84 0.54 0.32
N7 0.01 0.01 0.01 0.11 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.13 0.03 0.32 0.77 0.55 0.31
N9 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.22 0.47 0.27 0.19
O2' 0.01 0.29 0.01 0.02 0.14 0.07 0.11 0.07 0.17 0.08 0.25 0.27 0.15 0.06 0.04 0.00 0.03 0.05 0.06 0.08 0.11 0.07
O3' 0.01 0.36 0.01 0.01 0.21 0.02 0.20 0.03 0.28 0.10 0.35 0.30 0.27 0.13 0.08 0.03 0.00 0.02 0.27 0.32 0.31 0.24
O4' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.07 0.10 0.11 0.07 0.03 0.00 0.05 0.02 0.00 0.17 0.15 0.10 0.11
O5' 0.15 0.19 0.05 0.14 0.21 0.01 0.26 0.01 0.26 0.31 0.22 0.17 0.28 0.32 0.22 0.06 0.27 0.17 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.25 0.53 0.16 0.10 0.54 0.15 0.69 0.31 0.73 0.64 0.65 0.45 0.84 0.77 0.47 0.08 0.32 0.15 0.03 0.00 0.06 0.01
OP2 0.10 0.28 0.12 0.20 0.31 0.10 0.45 0.22 0.47 0.44 0.38 0.23 0.54 0.55 0.27 0.11 0.31 0.10 0.02 0.06 0.00 0.01
P 0.13 0.21 0.13 0.16 0.21 0.02 0.27 0.03 0.28 0.26 0.25 0.18 0.32 0.31 0.19 0.07 0.24 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00