ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48464

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.013, 0.025, 0.038, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.013, 0.027, 0.040, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.014, 0.028, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.015, 0.031, 0.047, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.016, 0.033, 0.050, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.033 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.014, 0.032, 0.050, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.018, 0.044, 0.069, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.044 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.031, 0.194, 0.358, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.194 std_dev=0.164
C2' A 0, 0.091, 0.276, 0.461, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.276 std_dev=0.185
O2' A 0, 0.189, 0.408, 0.628, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.408 std_dev=0.220
C4' A 0, 0.137, 0.371, 0.605, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.371 std_dev=0.234
C3' A 0, 0.167, 0.427, 0.686, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.427 std_dev=0.259
OP1 B 0, 0.246, 0.527, 0.808, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.527 std_dev=0.281
P B 0, 0.244, 0.578, 0.912, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.578 std_dev=0.334
O3' A 0, 0.283, 0.663, 1.043, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.663 std_dev=0.380
C5' A 0, 0.205, 0.611, 1.018, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.611 std_dev=0.406
OP2 B 0, 0.339, 0.855, 1.372, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.855 std_dev=0.517
O5' A 0, 0.338, 0.899, 1.459, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.899 std_dev=0.561
O5' B 0, 0.080, 1.114, 2.148, 2.719 max_d=2.719 avg_d=1.114 std_dev=1.034
P A 0, 0.197, 1.339, 2.480, 2.931 max_d=2.931 avg_d=1.339 std_dev=1.141
OP2 A 0, 0.087, 1.312, 2.538, 2.871 max_d=2.871 avg_d=1.312 std_dev=1.225
OP1 A 0, 0.143, 1.678, 3.212, 4.003 max_d=4.003 avg_d=1.678 std_dev=1.535
C5' B 0, -0.259, 1.705, 3.670, 4.885 max_d=4.885 avg_d=1.705 std_dev=1.965
C4' B 0, -0.494, 2.358, 5.210, 6.928 max_d=6.928 avg_d=2.358 std_dev=2.852
O4' B 0, -0.454, 2.557, 5.568, 7.359 max_d=7.359 avg_d=2.557 std_dev=3.011
C3' B 0, -0.696, 2.974, 6.645, 8.825 max_d=8.825 avg_d=2.974 std_dev=3.671
C8 B 0, -0.589, 3.384, 7.358, 9.951 max_d=9.951 avg_d=3.384 std_dev=3.973
C1' B 0, -0.722, 3.372, 7.466, 9.845 max_d=9.845 avg_d=3.372 std_dev=4.094
N9 B 0, -0.757, 3.563, 7.883, 10.468 max_d=10.468 avg_d=3.563 std_dev=4.320
O3' B 0, -0.939, 3.446, 7.832, 10.476 max_d=10.476 avg_d=3.446 std_dev=4.386
C2' B 0, -0.824, 3.693, 8.211, 10.829 max_d=10.829 avg_d=3.693 std_dev=4.517
N7 B 0, -0.657, 3.964, 8.585, 11.500 max_d=11.500 avg_d=3.964 std_dev=4.621
C4 B 0, -0.944, 4.220, 9.384, 12.298 max_d=12.298 avg_d=4.220 std_dev=5.164
C5 B 0, -0.904, 4.479, 9.862, 13.006 max_d=13.006 avg_d=4.479 std_dev=5.383
O2' B 0, -1.013, 4.499, 10.011, 13.233 max_d=13.233 avg_d=4.499 std_dev=5.512
N3 B 0, -1.085, 4.676, 10.437, 13.824 max_d=13.824 avg_d=4.676 std_dev=5.761
C6 B 0, -1.087, 5.287, 11.660, 15.278 max_d=15.278 avg_d=5.287 std_dev=6.373
C2 B 0, -1.255, 5.336, 11.926, 15.883 max_d=15.883 avg_d=5.336 std_dev=6.591
N6 B 0, -1.045, 5.793, 12.631, 16.571 max_d=16.571 avg_d=5.793 std_dev=6.838
N1 B 0, -1.280, 5.673, 12.626, 16.732 max_d=16.732 avg_d=5.673 std_dev=6.953

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.09 0.25 0.20
C2 0.05 0.00 0.18 0.18 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.25 0.04 0.08 0.01 0.18 0.44 0.30
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.10 0.02 0.06 0.01 0.09 0.06 0.15 0.21 0.18 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.07 0.27 0.26 0.17
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.02 0.12 0.11 0.16 0.21 0.17 0.10 0.06 0.02 0.01 0.01 0.24 0.12 0.40 0.34 0.28
C4 0.03 0.00 0.10 0.11 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.02 0.09 0.01 0.19 0.42 0.30
C4' 0.00 0.07 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.08 0.05 0.09 0.08 0.08 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.07 0.15 0.06 0.03
C5 0.02 0.00 0.06 0.10 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.02 0.16 0.02 0.30 0.52 0.39
C5' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.09 0.00 0.09 0.13 0.05 0.04 0.03 0.14 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.14 0.10 0.03 0.01
C6 0.02 0.00 0.09 0.12 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.16 0.02 0.18 0.01 0.34 0.56 0.41
C8 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.03 0.17 0.02 0.28 0.45 0.36
N1 0.04 0.00 0.15 0.16 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.15 0.21 0.03 0.13 0.01 0.26 0.51 0.36
N2 0.05 0.00 0.21 0.21 0.01 0.09 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.30 0.05 0.06 0.01 0.14 0.42 0.28
N3 0.05 0.00 0.18 0.17 0.00 0.08 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.22 0.04 0.05 0.01 0.13 0.38 0.26
N7 0.01 0.00 0.02 0.10 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.10 0.02 0.21 0.03 0.37 0.56 0.43
N9 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.16 0.36 0.27
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.08 0.06 0.06 0.06 0.09 0.04 0.15 0.22 0.17 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.07 0.07 0.31 0.17 0.07
O3' 0.02 0.25 0.02 0.01 0.13 0.01 0.12 0.03 0.16 0.10 0.21 0.30 0.22 0.10 0.05 0.04 0.00 0.01 0.30 0.16 0.64 0.51 0.44
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.17 0.04 0.17 0.28 0.27
O5' 0.06 0.08 0.13 0.24 0.09 0.01 0.16 0.01 0.18 0.17 0.13 0.06 0.05 0.21 0.08 0.07 0.30 0.17 0.00 0.24 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.07 0.02 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.16 0.04 0.24 0.00 0.42 0.63 0.48
OP1 0.09 0.18 0.27 0.40 0.19 0.15 0.30 0.10 0.34 0.28 0.26 0.14 0.13 0.37 0.16 0.31 0.64 0.17 0.02 0.42 0.00 0.00 0.00
OP2 0.25 0.44 0.26 0.34 0.42 0.06 0.52 0.03 0.56 0.45 0.51 0.42 0.38 0.56 0.36 0.17 0.51 0.28 0.02 0.63 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.30 0.17 0.28 0.30 0.03 0.39 0.01 0.41 0.36 0.36 0.28 0.26 0.43 0.27 0.07 0.44 0.27 0.00 0.48 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.78 3.91 1.41 0.52 3.23 0.60 3.76 0.35 4.40 2.58 4.41 3.32 4.88 3.38 2.50 1.18 0.42 1.32 0.47 0.16 0.23 0.19
C2 1.72 3.60 1.36 0.69 2.94 0.73 3.06 0.39 3.49 1.97 3.74 3.20 3.47 2.47 2.24 1.09 0.48 1.38 0.60 0.13 0.16 0.11
C2' 2.00 3.88 1.75 0.78 3.31 0.80 3.84 0.50 4.40 2.78 4.34 3.36 4.87 3.55 2.67 1.61 0.38 1.48 0.47 0.37 0.42 0.21
C3' 2.11 4.18 1.86 0.84 3.51 0.84 4.06 0.51 4.74 2.91 4.71 3.59 5.32 3.72 2.81 1.76 0.41 1.53 0.47 0.37 0.45 0.22
C4 1.97 4.34 1.58 0.74 3.52 0.74 3.94 0.38 4.61 2.58 4.76 3.73 4.86 3.33 2.68 1.34 0.44 1.49 0.57 0.13 0.20 0.13
C4' 1.85 4.05 1.51 0.55 3.31 0.62 3.88 0.38 4.60 2.69 4.61 3.41 5.20 3.52 2.58 1.32 0.45 1.35 0.44 0.22 0.29 0.21
C5 2.16 4.93 1.75 0.91 3.84 0.85 4.22 0.43 5.07 2.67 5.38 4.18 5.29 3.45 2.88 1.54 0.63 1.61 0.61 0.13 0.20 0.11
C5' 1.95 4.38 1.58 0.59 3.52 0.63 4.11 0.36 4.93 2.81 4.99 3.66 5.59 3.68 2.72 1.40 0.42 1.41 0.46 0.18 0.27 0.20
C6 2.15 4.95 1.75 0.99 3.76 0.90 3.95 0.45 4.73 2.44 5.21 4.22 4.75 3.10 2.78 1.55 0.80 1.62 0.64 0.13 0.19 0.11
C8 2.17 4.94 1.77 0.83 3.91 0.79 4.45 0.41 5.38 2.91 5.54 4.15 5.91 3.80 2.96 1.57 0.49 1.58 0.57 0.13 0.22 0.14
N1 1.94 4.24 1.55 0.89 3.31 0.85 3.38 0.43 3.93 2.09 4.34 3.73 3.86 2.62 2.47 1.33 0.73 1.52 0.63 0.13 0.18 0.12
N2 1.35 2.73 1.05 0.54 2.21 0.62 2.19 0.35 2.49 1.37 2.74 2.47 2.42 1.69 1.68 0.77 0.39 1.15 0.58 0.14 0.15 0.12
N3 1.73 3.67 1.36 0.60 3.05 0.66 3.34 0.35 3.82 2.23 3.94 3.21 3.94 2.84 2.35 1.09 0.35 1.35 0.55 0.13 0.18 0.13
N7 2.26 5.24 1.85 0.95 4.05 0.87 4.52 0.43 5.51 2.88 5.83 4.39 5.93 3.74 3.03 1.67 0.64 1.65 0.61 0.12 0.21 0.12
N9 1.99 4.41 1.60 0.69 3.58 0.71 4.10 0.37 4.85 2.73 4.93 3.74 5.29 3.57 2.74 1.37 0.38 1.47 0.54 0.13 0.22 0.16
O2' 1.77 3.28 1.55 0.65 2.86 0.75 3.31 0.54 3.73 2.50 3.66 2.86 4.12 3.14 2.35 1.40 0.40 1.35 0.47 0.40 0.39 0.28
O3' 2.13 3.96 1.97 0.94 3.37 0.92 3.88 0.62 4.48 2.88 4.44 3.43 5.02 3.62 2.76 1.94 0.48 1.55 0.48 0.48 0.56 0.30
O4' 1.71 3.99 1.30 0.42 3.22 0.51 3.78 0.31 4.51 2.55 4.55 3.33 5.07 3.38 2.46 1.05 0.53 1.25 0.45 0.11 0.19 0.23
O5' 2.18 4.84 1.81 0.81 3.85 0.79 4.44 0.43 5.36 3.00 5.48 4.04 6.05 3.91 2.96 1.68 0.51 1.57 0.53 0.15 0.29 0.17
O6 2.22 5.26 1.83 1.10 3.83 0.96 3.96 0.47 4.81 2.41 5.47 4.44 4.81 3.04 2.81 1.68 0.99 1.65 0.65 0.13 0.19 0.12
OP1 2.19 5.01 1.80 0.77 3.88 0.78 4.44 0.40 5.41 2.94 5.64 4.16 6.08 3.84 2.96 1.70 0.51 1.58 0.49 0.18 0.44 0.18
OP2 2.61 5.65 2.20 1.19 4.39 1.13 4.92 0.65 5.97 3.31 6.29 4.73 6.61 4.22 3.39 2.09 0.80 1.96 0.84 0.27 0.32 0.39
P 2.37 5.22 1.96 0.97 4.09 0.96 4.65 0.56 5.63 3.13 5.86 4.36 6.29 4.04 3.15 1.83 0.64 1.77 0.72 0.19 0.22 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.23 0.00 0.14 0.10 0.27 0.08
C2 0.05 0.00 0.38 0.33 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.22 0.26 0.14 0.83 0.45 0.23
C2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.19 0.03 0.09 0.19 0.16 0.21 0.29 0.38 0.11 0.12 0.02 0.00 0.03 0.01 0.18 0.18 0.18 0.07
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.28 0.01 0.34 0.04 0.36 0.31 0.35 0.28 0.38 0.36 0.23 0.03 0.01 0.03 0.41 0.59 0.29 0.34
C4 0.02 0.01 0.19 0.28 0.00 0.03 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.09 0.12 0.15 0.13 0.49 0.60 0.08
C4' 0.01 0.12 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.02 0.05 0.20 0.07 0.11 0.08 0.16 0.07 0.33 0.02 0.00 0.03 0.22 0.18 0.04
C5 0.01 0.01 0.09 0.34 0.00 0.07 0.00 0.22 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.20 0.21 0.08 0.28 0.47 0.90 0.20
C5' 0.10 0.25 0.19 0.04 0.20 0.02 0.22 0.00 0.24 0.26 0.25 0.23 0.26 0.26 0.16 0.15 0.21 0.02 0.01 0.37 0.27 0.03
C6 0.01 0.00 0.16 0.36 0.01 0.05 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.14 0.22 0.14 0.19 0.66 0.88 0.15
C8 0.02 0.02 0.21 0.31 0.01 0.20 0.00 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.39 0.24 0.15 0.60 0.17 1.05 0.48
N1 0.03 0.01 0.29 0.35 0.00 0.07 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.21 0.22 0.10 0.83 0.66 0.17
N3 0.05 0.00 0.38 0.28 0.00 0.11 0.01 0.23 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.26 0.21 0.26 0.12 0.69 0.37 0.19
N6 0.03 0.01 0.11 0.38 0.02 0.08 0.03 0.26 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.22 0.28 0.12 0.27 0.65 1.06 0.23
N7 0.01 0.01 0.12 0.36 0.00 0.16 0.00 0.26 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.37 0.29 0.07 0.53 0.24 1.20 0.45
N9 0.01 0.02 0.02 0.23 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.18 0.08 0.01 0.28 0.19 0.63 0.18
O2' 0.03 0.25 0.00 0.03 0.09 0.33 0.20 0.15 0.14 0.39 0.13 0.26 0.22 0.37 0.18 0.00 0.07 0.22 0.35 0.43 0.25 0.24
O3' 0.23 0.22 0.03 0.01 0.12 0.02 0.21 0.21 0.22 0.24 0.21 0.21 0.28 0.29 0.08 0.07 0.00 0.18 0.45 0.91 0.38 0.51
O4' 0.00 0.26 0.01 0.03 0.15 0.00 0.08 0.02 0.14 0.15 0.22 0.26 0.12 0.07 0.01 0.22 0.18 0.00 0.05 0.15 0.08 0.06
O5' 0.14 0.14 0.18 0.41 0.13 0.03 0.28 0.01 0.19 0.60 0.10 0.12 0.27 0.53 0.28 0.35 0.45 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.10 0.83 0.18 0.59 0.49 0.22 0.47 0.37 0.66 0.17 0.83 0.69 0.65 0.24 0.19 0.43 0.91 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.45 0.18 0.29 0.60 0.18 0.90 0.27 0.88 1.05 0.66 0.37 1.06 1.20 0.63 0.25 0.38 0.08 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.23 0.07 0.34 0.08 0.04 0.20 0.03 0.15 0.48 0.17 0.19 0.23 0.45 0.18 0.24 0.51 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00