Doublet Group distance statistics: 48465

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5	A	0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2	A	0, -0.003, 0.011, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.011 std_dev=0.014
N1	A	0, -0.001, 0.016, 0.032, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1'	A	0, -0.001, 0.016, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.016 std_dev=0.017
N7	A	0, 0.009, 0.028, 0.048, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.019
N3	A	0, 0.001, 0.021, 0.042, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.021 std_dev=0.020
C4	A	0, -0.001, 0.020, 0.041, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.020 std_dev=0.021
N9	A	0, 0.001, 0.022, 0.043, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.022 std_dev=0.021
O6	A	0, 0.001, 0.026, 0.051, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.026 std_dev=0.025
C8	A	0, 0.008, 0.036, 0.064, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.036 std_dev=0.028
N2	A	0, -0.008, 0.032, 0.072, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.032 std_dev=0.040
P	B	0, 0.092, 0.441, 0.789, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.441 std_dev=0.348
OP1	B	0, 0.092, 0.503, 0.915, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.503 std_dev=0.412
C2'	A	0, -0.140, 0.307, 0.753, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.307 std_dev=0.447
O4'	A	0, -0.168, 0.301, 0.769, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.301 std_dev=0.469
OP2	B	0, -0.106, 0.489, 1.085, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.489 std_dev=0.595
O2'	A	0, -0.202, 0.423, 1.048, 1.879 max_d=1.879 avg_d=0.423 std_dev=0.625
O5'	B	0, 0.003, 0.634, 1.266, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.634 std_dev=0.631
C5'	B	0, -0.039, 0.653, 1.346, 1.887 max_d=1.887 avg_d=0.653 std_dev=0.692
C4'	A	0, -0.228, 0.485, 1.198, 2.103 max_d=2.103 avg_d=0.485 std_dev=0.713
C3'	A	0, -0.243, 0.498, 1.240, 2.189 max_d=2.189 avg_d=0.498 std_dev=0.741
C5'	A	0, -0.220, 0.657, 1.533, 2.558 max_d=2.558 avg_d=0.657 std_dev=0.876
C4'	B	0, -0.108, 0.829, 1.766, 2.326 max_d=2.326 avg_d=0.829 std_dev=0.937
O3'	A	0, -0.337, 0.748, 1.832, 3.152 max_d=3.152 avg_d=0.748 std_dev=1.084
O4'	B	0, -0.264, 1.048, 2.360, 3.728 max_d=3.728 avg_d=1.048 std_dev=1.312
O5'	A	0, -0.555, 0.818, 2.190, 4.111 max_d=4.111 avg_d=0.818 std_dev=1.373
C3'	B	0, -0.337, 1.140, 2.618, 4.350 max_d=4.350 avg_d=1.140 std_dev=1.477
OP1	A	0, -0.622, 0.901, 2.424, 4.577 max_d=4.577 avg_d=0.901 std_dev=1.523
P	A	0, -0.642, 0.887, 2.415, 4.570 max_d=4.570 avg_d=0.887 std_dev=1.529
O3'	B	0, -0.460, 1.286, 3.032, 5.158 max_d=5.158 avg_d=1.286 std_dev=1.746
C1'	B	0, -0.491, 1.375, 3.241, 5.501 max_d=5.501 avg_d=1.375 std_dev=1.866
C2'	B	0, -0.554, 1.460, 3.475, 5.954 max_d=5.954 avg_d=1.460 std_dev=2.015
OP2	A	0, -0.875, 1.237, 3.348, 6.333 max_d=6.333 avg_d=1.237 std_dev=2.112
O2'	B	0, -0.642, 1.651, 3.944, 6.679 max_d=6.679 avg_d=1.651 std_dev=2.293
N9	B	0, -0.892, 1.671, 4.233, 7.695 max_d=7.695 avg_d=1.671 std_dev=2.563
C8	B	0, -1.029, 1.624, 4.278, 7.978 max_d=7.978 avg_d=1.624 std_dev=2.654
C4	B	0, -1.253, 2.084, 5.421, 9.997 max_d=9.997 avg_d=2.084 std_dev=3.337
N7	B	0, -1.445, 1.978, 5.401, 10.237 max_d=10.237 avg_d=1.978 std_dev=3.423
N3	B	0, -1.281, 2.283, 5.846, 10.648 max_d=10.648 avg_d=2.283 std_dev=3.564
C5	B	0, -1.588, 2.278, 6.144, 11.558 max_d=11.558 avg_d=2.278 std_dev=3.866
C2	B	0, -1.677, 2.706, 7.090, 13.086 max_d=13.086 avg_d=2.706 std_dev=4.383
C6	B	0, -1.988, 2.742, 7.472, 14.103 max_d=14.103 avg_d=2.742 std_dev=4.730
N1	B	0, -2.020, 2.949, 7.918, 14.822 max_d=14.822 avg_d=2.949 std_dev=4.969
N6	B	0, -2.328, 3.002, 8.332, 15.850 max_d=15.850 avg_d=3.002 std_dev=5.330

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.09	0.01	0.01	0.02	0.06	0.04	0.01	0.00	0.02	0.25	0.00	0.18	0.01	0.08	0.47	0.25
C2	0.03	0.00	0.29	0.22	0.00	0.09	0.01	0.18	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.17	0.28	0.22	0.12	0.01	0.09	0.52	0.25
C2'	0.00	0.29	0.00	0.00	0.17	0.01	0.11	0.20	0.17	0.11	0.25	0.33	0.27	0.03	0.02	0.00	0.01	0.01	0.11	0.15	0.14	0.24	0.05
C3'	0.01	0.22	0.00	0.00	0.22	0.00	0.30	0.02	0.32	0.28	0.28	0.20	0.18	0.33	0.19	0.02	0.00	0.02	0.25	0.36	0.18	0.21	0.12
C4	0.01	0.00	0.17	0.22	0.00	0.02	0.00	0.13	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.11	0.13	0.12	0.25	0.01	0.16	0.72	0.39
C4'	0.00	0.09	0.01	0.00	0.02	0.00	0.07	0.00	0.05	0.16	0.04	0.16	0.10	0.14	0.06	0.26	0.03	0.00	0.01	0.09	0.07	0.11	0.05
C5	0.00	0.01	0.11	0.30	0.00	0.07	0.00	0.13	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.19	0.12	0.06	0.39	0.01	0.28	1.01	0.58
C5'	0.09	0.18	0.20	0.02	0.13	0.00	0.13	0.00	0.14	0.13	0.15	0.22	0.17	0.15	0.10	0.07	0.16	0.01	0.00	0.15	0.08	0.03	0.01
C6	0.01	0.00	0.17	0.32	0.01	0.05	0.01	0.14	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.17	0.15	0.11	0.35	0.00	0.28	0.99	0.57
C8	0.01	0.00	0.11	0.28	0.00	0.16	0.01	0.13	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.30	0.15	0.11	0.55	0.03	0.35	1.16	0.71
N1	0.02	0.00	0.25	0.28	0.00	0.04	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.13	0.20	0.18	0.22	0.00	0.18	0.74	0.40
N2	0.06	0.00	0.33	0.20	0.01	0.16	0.01	0.22	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.24	0.39	0.28	0.07	0.01	0.09	0.34	0.13
N3	0.04	0.00	0.27	0.18	0.00	0.10	0.00	0.17	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.16	0.29	0.21	0.10	0.01	0.07	0.47	0.21
N7	0.01	0.01	0.03	0.33	0.01	0.14	0.00	0.15	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.29	0.18	0.06	0.55	0.03	0.40	1.28	0.77
N9	0.00	0.01	0.02	0.19	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.15	0.06	0.02	0.32	0.02	0.19	0.77	0.44
O2'	0.02	0.17	0.00	0.02	0.11	0.26	0.19	0.07	0.17	0.30	0.13	0.24	0.16	0.29	0.15	0.00	0.02	0.17	0.25	0.20	0.10	0.34	0.17
O3'	0.25	0.28	0.01	0.00	0.13	0.03	0.12	0.16	0.15	0.15	0.20	0.39	0.29	0.18	0.06	0.02	0.00	0.20	0.27	0.19	0.38	0.17	0.18
O4'	0.00	0.22	0.01	0.02	0.12	0.00	0.06	0.01	0.11	0.11	0.18	0.28	0.21	0.06	0.02	0.17	0.20	0.00	0.16	0.08	0.14	0.41	0.27
O5'	0.18	0.12	0.11	0.25	0.25	0.01	0.39	0.00	0.35	0.55	0.22	0.07	0.10	0.55	0.32	0.25	0.27	0.16	0.00	0.43	0.01	0.04	0.00
O6	0.01	0.01	0.15	0.36	0.01	0.09	0.01	0.15	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.20	0.19	0.08	0.43	0.00	0.36	1.16	0.68
OP1	0.08	0.09	0.14	0.18	0.16	0.07	0.28	0.08	0.28	0.35	0.18	0.09	0.07	0.40	0.19	0.10	0.38	0.14	0.01	0.36	0.00	0.01	0.01
OP2	0.47	0.52	0.24	0.21	0.72	0.11	1.01	0.03	0.99	1.16	0.74	0.34	0.47	1.28	0.77	0.34	0.17	0.41	0.04	1.16	0.01	0.00	0.00
P	0.25	0.25	0.05	0.12	0.39	0.05	0.58	0.01	0.57	0.71	0.40	0.13	0.21	0.77	0.44	0.17	0.18	0.27	0.00	0.68	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	1.24	2.25	0.81	0.52	1.90	0.41	1.88	0.08	2.09	1.32	2.25	2.10	2.05	1.56	1.52	0.63	0.49	0.99	0.51	0.32	0.44	0.28
C2	1.31	1.96	1.14	0.67	1.87	0.64	2.02	0.34	2.10	1.75	2.08	1.83	2.14	1.95	1.67	0.88	0.44	1.10	0.56	0.08	0.16	0.17
C2'	0.77	1.76	0.55	0.29	1.30	0.29	1.25	0.54	1.50	0.67	1.73	1.58	1.46	0.90	0.92	0.86	0.15	0.54	0.12	0.56	0.21	0.29
C3'	1.01	2.09	0.58	0.29	1.59	0.21	1.51	0.25	1.76	0.92	2.02	1.92	1.70	1.14	1.18	0.65	0.37	0.76	0.38	0.58	0.49	0.33
C4	1.42	2.49	1.06	0.63	2.23	0.59	2.37	0.22	2.56	1.80	2.62	2.28	2.59	2.12	1.86	0.82	0.45	1.18	0.57	0.18	0.28	0.22
C4'	1.22	2.55	0.73	0.54	2.00	0.36	1.95	0.24	2.23	1.29	2.49	2.34	2.19	1.56	1.52	0.50	0.71	0.88	0.47	0.47	0.51	0.33
C5	1.47	2.80	1.11	0.64	2.44	0.61	2.69	0.27	2.99	1.99	3.02	2.49	3.10	2.43	1.99	0.90	0.44	1.20	0.58	0.14	0.25	0.22
C5'	1.26	2.99	0.74	0.54	2.24	0.36	2.27	0.22	2.65	1.48	2.98	2.63	2.65	1.84	1.67	0.48	0.69	0.91	0.49	0.45	0.51	0.34
C6	1.46	2.70	1.18	0.67	2.39	0.65	2.70	0.35	2.98	2.07	2.96	2.39	3.15	2.52	1.98	0.96	0.46	1.19	0.58	0.10	0.18	0.20
C8	1.42	2.98	0.99	0.58	2.44	0.52	2.61	0.17	2.98	1.80	3.14	2.62	3.05	2.23	1.90	0.81	0.42	1.13	0.55	0.23	0.35	0.25
N1	1.38	2.30	1.18	0.67	2.12	0.65	2.37	0.37	2.54	1.94	2.50	2.08	2.66	2.30	1.82	0.95	0.44	1.13	0.57	0.07	0.13	0.18
N2	1.14	1.50	1.12	0.68	1.47	0.62	1.55	0.41	1.58	1.45	1.56	1.43	1.58	1.54	1.38	0.88	0.44	0.95	0.51	0.10	0.09	0.12
N3	1.34	2.02	1.07	0.65	1.91	0.61	1.98	0.24	2.07	1.65	2.10	1.90	2.07	1.83	1.69	0.79	0.46	1.16	0.56	0.17	0.25	0.19
N7	1.48	3.08	1.07	0.62	2.56	0.58	2.82	0.24	3.22	1.98	3.33	2.69	3.36	2.46	2.01	0.88	0.44	1.18	0.57	0.18	0.30	0.24
N9	1.38	2.61	0.96	0.58	2.23	0.52	2.31	0.14	2.56	1.66	2.70	2.38	2.57	1.98	1.79	0.76	0.44	1.12	0.54	0.25	0.36	0.25
O2'	0.64	1.07	0.85	0.66	0.76	0.59	0.70	0.74	0.86	0.37	1.04	0.97	0.83	0.45	0.56	1.35	0.60	0.39	0.20	0.55	0.27	0.31
O3'	1.06	1.82	0.59	0.48	1.44	0.49	1.34	0.40	1.52	0.91	1.73	1.71	1.45	1.05	1.15	0.62	0.60	0.92	0.71	0.77	0.90	0.67
O4'	1.54	2.82	1.07	0.80	2.38	0.58	2.35	0.28	2.59	1.69	2.79	2.65	2.54	1.96	1.91	0.75	0.85	1.16	0.63	0.37	0.58	0.40
O5'	1.56	3.62	1.12	0.78	2.68	0.47	2.70	0.10	3.16	1.78	3.58	3.17	3.15	2.18	2.01	0.94	0.85	1.06	0.41	0.36	0.39	0.19
O6	1.48	2.85	1.21	0.68	2.48	0.67	2.84	0.38	3.19	2.13	3.16	2.49	3.45	2.65	2.02	1.01	0.48	1.19	0.59	0.11	0.15	0.21
OP1	1.45	3.65	1.00	0.69	2.61	0.42	2.73	0.10	3.28	1.75	3.73	3.07	3.36	2.20	1.93	0.83	0.77	0.99	0.42	0.36	0.42	0.21
OP2	1.72	3.96	1.46	1.09	2.87	0.60	2.91	0.15	3.45	1.92	3.94	3.41	3.46	2.34	2.17	1.43	1.24	1.08	0.39	0.43	0.37	0.16
P	1.54	3.65	1.17	0.89	2.65	0.51	2.69	0.14	3.20	1.76	3.64	3.14	3.21	2.17	1.98	1.03	1.04	1.02	0.44	0.33	0.44	0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.25	0.00	0.23	0.20	0.32	0.23
C2	0.01	0.00	0.18	0.16	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.12	0.21	0.08	0.39	0.24	0.89	0.49
C2'	0.00	0.18	0.00	0.00	0.10	0.01	0.06	0.14	0.09	0.07	0.15	0.17	0.08	0.03	0.01	0.00	0.02	0.01	0.20	0.28	0.13	0.13
C3'	0.00	0.16	0.00	0.00	0.21	0.00	0.29	0.01	0.29	0.31	0.24	0.12	0.34	0.34	0.20	0.02	0.01	0.02	0.31	0.50	0.12	0.24
C4	0.01	0.01	0.10	0.21	0.00	0.05	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.17	0.09	0.04	0.47	0.32	0.91	0.54
C4'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.05	0.00	0.11	0.00	0.09	0.17	0.05	0.02	0.13	0.17	0.08	0.25	0.01	0.00	0.02	0.20	0.15	0.01
C5	0.01	0.01	0.06	0.29	0.00	0.11	0.00	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.25	0.06	0.01	0.62	0.44	1.27	0.75
C5'	0.04	0.02	0.14	0.01	0.05	0.00	0.12	0.00	0.12	0.17	0.07	0.01	0.16	0.18	0.06	0.09	0.18	0.01	0.00	0.30	0.20	0.01
C6	0.01	0.01	0.09	0.29	0.00	0.09	0.01	0.12	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.25	0.04	0.03	0.61	0.43	1.35	0.77
C8	0.01	0.01	0.07	0.31	0.00	0.17	0.01	0.17	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.25	0.17	0.07	0.71	0.52	1.19	0.77
N1	0.01	0.00	0.15	0.24	0.01	0.05	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.19	0.09	0.06	0.51	0.33	1.15	0.64
N3	0.01	0.00	0.17	0.12	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.09	0.25	0.08	0.34	0.21	0.72	0.41
N6	0.01	0.01	0.08	0.34	0.01	0.13	0.01	0.16	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.28	0.12	0.01	0.70	0.51	1.57	0.90
N7	0.01	0.01	0.03	0.34	0.00	0.17	0.00	0.18	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.28	0.20	0.04	0.75	0.56	1.46	0.89
N9	0.00	0.01	0.01	0.20	0.00	0.08	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.17	0.04	0.01	0.48	0.34	0.79	0.51
O2'	0.02	0.12	0.00	0.02	0.17	0.25	0.25	0.09	0.25	0.25	0.19	0.09	0.28	0.28	0.17	0.00	0.03	0.18	0.31	0.45	0.14	0.23
O3'	0.25	0.21	0.02	0.01	0.09	0.01	0.06	0.18	0.04	0.17	0.09	0.25	0.12	0.20	0.04	0.03	0.00	0.17	0.32	0.69	0.12	0.32
O4'	0.00	0.08	0.01	0.02	0.04	0.00	0.01	0.01	0.03	0.07	0.06	0.08	0.01	0.04	0.01	0.18	0.17	0.00	0.10	0.09	0.14	0.13
O5'	0.23	0.39	0.20	0.31	0.47	0.02	0.62	0.00	0.61	0.71	0.51	0.34	0.70	0.75	0.48	0.31	0.32	0.10	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.20	0.24	0.28	0.50	0.32	0.20	0.44	0.30	0.43	0.52	0.33	0.21	0.51	0.56	0.34	0.45	0.69	0.09	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.32	0.89	0.13	0.12	0.91	0.15	1.27	0.20	1.35	1.19	1.15	0.72	1.57	1.46	0.79	0.14	0.12	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.23	0.49	0.13	0.24	0.54	0.01	0.75	0.01	0.77	0.77	0.64	0.41	0.90	0.89	0.51	0.23	0.32	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00