ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48466

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.003, 0.016, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C6 A 0, -0.001, 0.015, 0.031, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.015 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.009, 0.028, 0.046, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C2 A 0, -0.006, 0.013, 0.032, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.013 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N3 A 0, -0.001, 0.021, 0.042, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.021 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.003, 0.025, 0.048, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.025 std_dev=0.022
O6 A 0, -0.002, 0.047, 0.095, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.047 std_dev=0.049
OP2 B 0, 0.153, 0.504, 0.854, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.504 std_dev=0.351
P B 0, 0.168, 0.534, 0.900, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.534 std_dev=0.366
OP1 B 0, 0.218, 0.723, 1.229, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.723 std_dev=0.506
O4' A 0, -0.009, 0.545, 1.100, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.545 std_dev=0.555
C2' A 0, 0.007, 0.578, 1.149, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.578 std_dev=0.571
C3' A 0, -0.061, 0.798, 1.658, 2.137 max_d=2.137 avg_d=0.798 std_dev=0.859
C4' A 0, -0.057, 0.823, 1.704, 2.206 max_d=2.206 avg_d=0.823 std_dev=0.881
O2' A 0, 0.067, 0.951, 1.835, 2.213 max_d=2.213 avg_d=0.951 std_dev=0.884
O3' A 0, 0.095, 1.325, 2.555, 3.118 max_d=3.118 avg_d=1.325 std_dev=1.230
C5' A 0, -0.022, 1.246, 2.514, 2.982 max_d=2.982 avg_d=1.246 std_dev=1.268
O5' B 0, -0.257, 1.076, 2.409, 4.210 max_d=4.210 avg_d=1.076 std_dev=1.333
C5' B 0, -0.358, 1.441, 3.240, 5.581 max_d=5.581 avg_d=1.441 std_dev=1.799
O5' A 0, -0.085, 1.926, 3.937, 4.628 max_d=4.628 avg_d=1.926 std_dev=2.011
P A 0, -0.211, 2.497, 5.206, 5.704 max_d=5.704 avg_d=2.497 std_dev=2.709
C4' B 0, -0.498, 2.278, 5.055, 8.204 max_d=8.204 avg_d=2.278 std_dev=2.777
OP1 A 0, -0.187, 2.711, 5.608, 6.442 max_d=6.442 avg_d=2.711 std_dev=2.898
O4' B 0, -0.410, 2.731, 5.873, 8.784 max_d=8.784 avg_d=2.731 std_dev=3.141
OP2 A 0, -0.253, 3.053, 6.359, 8.146 max_d=8.146 avg_d=3.053 std_dev=3.306
C3' B 0, -0.516, 2.875, 6.267, 9.567 max_d=9.567 avg_d=2.875 std_dev=3.391
C8 B 0, -0.353, 3.420, 7.194, 9.120 max_d=9.120 avg_d=3.420 std_dev=3.774
C1' B 0, -0.504, 3.507, 7.518, 10.780 max_d=10.780 avg_d=3.507 std_dev=4.011
C2' B 0, -0.520, 3.544, 7.608, 10.916 max_d=10.916 avg_d=3.544 std_dev=4.064
N9 B 0, -0.518, 3.570, 7.658, 10.883 max_d=10.883 avg_d=3.570 std_dev=4.088
O3' B 0, -0.693, 3.502, 7.698, 11.848 max_d=11.848 avg_d=3.502 std_dev=4.196
N7 B 0, -0.414, 3.840, 8.094, 10.562 max_d=10.562 avg_d=3.840 std_dev=4.254
C4 B 0, -0.721, 4.068, 8.856, 13.229 max_d=13.229 avg_d=4.068 std_dev=4.789
C5 B 0, -0.626, 4.219, 9.064, 12.993 max_d=12.993 avg_d=4.219 std_dev=4.845
O2' B 0, -0.592, 4.473, 9.539, 13.128 max_d=13.128 avg_d=4.473 std_dev=5.066
N3 B 0, -0.990, 4.483, 9.956, 15.625 max_d=15.625 avg_d=4.483 std_dev=5.473
C6 B 0, -0.798, 4.829, 10.456, 15.406 max_d=15.406 avg_d=4.829 std_dev=5.627
N6 B 0, -0.776, 5.196, 11.169, 16.063 max_d=16.063 avg_d=5.196 std_dev=5.973
C2 B 0, -1.124, 4.978, 11.080, 17.455 max_d=17.455 avg_d=4.978 std_dev=6.102
N1 B 0, -1.040, 5.170, 11.379, 17.505 max_d=17.505 avg_d=5.170 std_dev=6.209

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.32 0.01 0.27 0.05 0.23 0.27 0.23
C2 0.03 0.00 0.45 0.34 0.01 0.18 0.02 0.28 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.33 0.40 0.33 0.73 0.02 0.65 0.98 0.76
C2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.23 0.04 0.12 0.20 0.20 0.20 0.35 0.53 0.43 0.09 0.02 0.01 0.08 0.02 0.25 0.14 0.16 0.25 0.15
C3' 0.01 0.34 0.01 0.00 0.33 0.01 0.40 0.01 0.42 0.32 0.40 0.30 0.29 0.40 0.26 0.02 0.01 0.03 0.29 0.44 0.14 0.22 0.14
C4 0.01 0.01 0.23 0.33 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.30 0.18 0.63 0.04 0.58 0.80 0.63
C4' 0.02 0.18 0.04 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.08 0.26 0.11 0.27 0.18 0.22 0.09 0.34 0.06 0.00 0.02 0.10 0.17 0.17 0.17
C5 0.01 0.02 0.12 0.40 0.01 0.10 0.00 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.32 0.09 0.82 0.04 0.85 1.15 0.90
C5' 0.08 0.28 0.20 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.05 0.35 0.17 0.42 0.26 0.30 0.09 0.18 0.21 0.02 0.01 0.07 0.36 0.30 0.01
C6 0.02 0.02 0.20 0.42 0.02 0.08 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.22 0.36 0.17 0.83 0.01 0.86 1.18 0.90
C8 0.02 0.01 0.20 0.32 0.01 0.26 0.01 0.35 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.48 0.23 0.19 1.01 0.07 0.99 1.35 1.11
N1 0.02 0.01 0.35 0.40 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.21 0.39 0.26 0.76 0.01 0.72 1.04 0.79
N2 0.02 0.01 0.53 0.30 0.01 0.27 0.01 0.42 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.47 0.44 0.41 0.84 0.02 0.78 1.21 0.95
N3 0.03 0.01 0.43 0.29 0.01 0.18 0.02 0.26 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.33 0.39 0.32 0.63 0.04 0.56 0.82 0.66
N7 0.01 0.02 0.09 0.40 0.01 0.22 0.01 0.30 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.45 0.31 0.10 1.05 0.08 1.12 1.53 1.22
N9 0.01 0.02 0.02 0.26 0.01 0.09 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.22 0.01 0.62 0.05 0.56 0.75 0.61
O2' 0.01 0.33 0.01 0.02 0.15 0.34 0.26 0.18 0.22 0.48 0.21 0.47 0.33 0.45 0.21 0.00 0.11 0.23 0.29 0.29 0.12 0.23 0.11
O3' 0.32 0.40 0.08 0.01 0.30 0.06 0.32 0.21 0.36 0.23 0.39 0.44 0.39 0.31 0.22 0.11 0.00 0.23 0.38 0.38 0.30 0.26 0.26
O4' 0.01 0.33 0.02 0.03 0.18 0.00 0.09 0.02 0.17 0.19 0.26 0.41 0.32 0.10 0.01 0.23 0.23 0.00 0.37 0.15 0.34 0.24 0.29
O5' 0.27 0.73 0.25 0.29 0.63 0.02 0.82 0.01 0.83 1.01 0.76 0.84 0.63 1.05 0.62 0.29 0.38 0.37 0.00 0.91 0.03 0.02 0.01
O6 0.05 0.02 0.14 0.44 0.04 0.10 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.08 0.05 0.29 0.38 0.15 0.91 0.00 1.01 1.38 1.05
OP1 0.23 0.65 0.16 0.14 0.58 0.17 0.85 0.36 0.86 0.99 0.72 0.78 0.56 1.12 0.56 0.12 0.30 0.34 0.03 1.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.98 0.25 0.22 0.80 0.17 1.15 0.30 1.18 1.35 1.04 1.21 0.82 1.53 0.75 0.23 0.26 0.24 0.02 1.38 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.76 0.15 0.14 0.63 0.17 0.90 0.01 0.90 1.11 0.79 0.95 0.66 1.22 0.61 0.11 0.26 0.29 0.01 1.05 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.35 1.57 1.90 1.78 1.37 1.31 1.69 1.00 2.00 1.24 1.83 1.43 2.48 1.73 1.18 2.54 2.05 1.08 0.79 0.37 0.27 0.25
C2 0.49 1.69 0.18 0.07 1.46 0.18 1.94 0.47 2.23 1.35 2.07 1.37 2.58 1.94 1.08 0.54 0.12 0.50 0.23 0.16 0.10 0.07
C2' 1.46 1.21 2.23 2.05 0.94 1.53 1.00 1.21 1.33 0.53 1.27 1.23 1.82 0.98 0.89 2.98 2.42 1.10 0.84 0.97 0.72 0.71
C3' 1.99 1.86 2.62 2.45 1.58 1.89 1.42 1.36 1.64 1.07 1.73 1.92 1.91 1.26 1.50 3.37 2.93 1.63 1.05 0.40 0.31 0.30
C4 0.47 1.55 0.88 0.82 1.26 0.55 1.84 0.59 2.24 1.17 2.03 1.16 2.78 1.85 0.85 1.40 0.96 0.35 0.41 0.25 0.20 0.14
C4' 2.33 2.30 2.80 2.80 2.10 2.30 2.12 1.80 2.35 1.78 2.34 2.29 2.67 2.04 2.00 3.36 3.26 2.11 1.52 0.49 0.55 0.69
C5 0.41 1.91 0.53 0.55 1.50 0.32 2.08 0.50 2.59 1.27 2.43 1.44 3.18 1.98 0.99 1.06 0.72 0.31 0.32 0.22 0.16 0.11
C5' 2.59 2.52 2.96 3.13 2.30 2.73 2.30 2.21 2.56 1.93 2.57 2.50 2.91 2.17 2.20 3.43 3.73 2.47 1.83 0.84 0.81 0.99
C6 0.65 2.28 0.12 0.20 1.82 0.12 2.34 0.46 2.87 1.47 2.77 1.81 3.38 2.14 1.28 0.47 0.37 0.57 0.25 0.16 0.11 0.07
C8 0.79 1.70 1.23 1.21 1.33 0.86 1.87 0.74 2.37 1.13 2.19 1.31 3.00 1.83 0.91 1.86 1.48 0.61 0.56 0.29 0.23 0.19
N1 0.80 2.22 0.28 0.30 1.86 0.34 2.32 0.52 2.72 1.55 2.62 1.83 3.09 2.15 1.38 0.22 0.39 0.74 0.30 0.13 0.08 0.08
N2 0.71 1.59 0.34 0.37 1.44 0.46 1.78 0.58 1.95 1.36 1.83 1.37 2.14 1.79 1.16 0.33 0.41 0.73 0.34 0.11 0.09 0.09
N3 0.33 1.35 0.74 0.64 1.16 0.42 1.70 0.53 2.01 1.17 1.78 1.02 2.45 1.79 0.80 1.19 0.70 0.26 0.35 0.24 0.18 0.13
N7 0.51 1.91 0.79 0.81 1.46 0.53 2.05 0.58 2.61 1.20 2.46 1.43 3.25 1.94 0.94 1.37 1.04 0.37 0.40 0.25 0.19 0.14
N9 0.87 1.52 1.37 1.30 1.25 0.94 1.76 0.79 2.16 1.14 1.96 1.21 2.74 1.78 0.92 1.96 1.53 0.68 0.60 0.30 0.24 0.20
O2' 1.34 1.31 2.09 1.80 0.98 1.30 1.05 1.01 1.37 0.56 1.35 1.28 1.81 1.03 0.86 2.88 2.11 0.91 0.69 1.30 0.94 0.92
O3' 2.28 2.41 2.80 2.46 2.07 1.92 1.82 1.34 1.98 1.46 2.20 2.46 2.05 1.57 1.92 3.62 2.88 1.87 1.16 0.56 0.61 0.54
O4' 1.92 2.15 2.29 2.32 1.97 1.89 2.25 1.50 2.54 1.84 2.39 2.01 2.99 2.26 1.80 2.78 2.63 1.74 1.32 0.45 0.59 0.64
O5' 2.96 2.36 3.41 3.70 2.27 3.33 2.01 2.83 2.10 1.92 2.19 2.51 2.25 1.83 2.36 3.75 4.27 2.91 2.36 1.42 1.27 1.52
O6 0.87 2.66 0.35 0.36 2.07 0.29 2.55 0.49 3.16 1.61 3.15 2.13 3.66 2.26 1.49 0.23 0.52 0.75 0.29 0.13 0.09 0.08
OP1 3.70 3.26 3.89 4.12 3.08 3.89 2.66 3.20 2.69 2.54 2.94 3.43 2.59 2.37 3.10 4.21 4.92 3.67 2.66 1.60 1.35 1.70
OP2 3.68 2.82 3.94 4.37 2.84 4.35 2.43 3.87 2.39 2.54 2.55 3.05 2.34 2.23 3.02 4.06 4.91 3.87 3.23 2.48 2.00 2.39
P 3.65 3.03 3.91 4.26 2.96 4.02 2.60 3.40 2.62 2.56 2.78 3.21 2.60 2.37 3.04 4.14 4.96 3.67 2.86 1.90 1.60 1.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.10 0.05 0.04 0.08 0.10 0.04 0.02 0.01 0.03 0.21 0.00 0.38 0.38 0.36 0.16
C2 0.09 0.00 0.63 0.55 0.01 0.27 0.01 0.50 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.61 0.53 0.45 0.20 0.31 0.53 0.28
C2' 0.01 0.63 0.00 0.01 0.33 0.04 0.15 0.19 0.28 0.30 0.49 0.63 0.18 0.16 0.03 0.01 0.04 0.02 0.43 0.79 0.76 0.44
C3' 0.03 0.55 0.01 0.00 0.42 0.01 0.42 0.01 0.50 0.21 0.56 0.49 0.49 0.31 0.26 0.03 0.03 0.03 0.13 0.87 0.70 0.43
C4 0.05 0.01 0.33 0.42 0.00 0.11 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.34 0.23 0.50 0.44 0.55 0.49
C4' 0.01 0.27 0.04 0.01 0.11 0.00 0.08 0.01 0.08 0.29 0.19 0.27 0.08 0.24 0.08 0.34 0.05 0.00 0.01 0.42 0.46 0.20
C5 0.03 0.01 0.15 0.42 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.17 0.36 0.08 0.78 0.73 0.83 0.83
C5' 0.10 0.50 0.19 0.01 0.24 0.01 0.14 0.00 0.21 0.38 0.38 0.48 0.16 0.31 0.11 0.16 0.23 0.03 0.01 0.27 0.34 0.01
C6 0.05 0.02 0.28 0.50 0.02 0.08 0.01 0.21 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.14 0.46 0.18 0.67 0.71 0.87 0.78
C8 0.04 0.01 0.30 0.21 0.00 0.29 0.02 0.38 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.59 0.11 0.32 1.12 0.89 0.83 1.05
N1 0.08 0.01 0.49 0.56 0.02 0.19 0.01 0.38 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.38 0.54 0.34 0.41 0.47 0.71 0.52
N3 0.10 0.00 0.63 0.49 0.01 0.27 0.02 0.48 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.62 0.44 0.47 0.17 0.30 0.46 0.21
N6 0.04 0.02 0.18 0.49 0.02 0.08 0.02 0.16 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.18 0.47 0.11 0.82 0.91 1.06 0.98
N7 0.02 0.01 0.16 0.31 0.01 0.24 0.00 0.31 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.50 0.24 0.21 1.12 1.04 1.05 1.17
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.16 0.15 0.02 0.65 0.46 0.48 0.54
O2' 0.03 0.61 0.01 0.03 0.21 0.34 0.17 0.16 0.14 0.59 0.38 0.62 0.18 0.50 0.16 0.00 0.04 0.23 0.41 0.79 0.83 0.41
O3' 0.21 0.53 0.04 0.03 0.34 0.05 0.36 0.23 0.46 0.11 0.54 0.44 0.47 0.24 0.15 0.04 0.00 0.17 0.21 1.17 0.75 0.62
O4' 0.00 0.45 0.02 0.03 0.23 0.00 0.08 0.03 0.18 0.32 0.34 0.47 0.11 0.21 0.02 0.23 0.17 0.00 0.29 0.30 0.33 0.29
O5' 0.38 0.20 0.43 0.13 0.50 0.01 0.78 0.01 0.67 1.12 0.41 0.17 0.82 1.12 0.65 0.41 0.21 0.29 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.38 0.31 0.79 0.87 0.44 0.42 0.73 0.27 0.71 0.89 0.47 0.30 0.91 1.04 0.46 0.79 1.17 0.30 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.36 0.53 0.76 0.70 0.55 0.46 0.83 0.34 0.87 0.83 0.71 0.46 1.06 1.05 0.48 0.83 0.75 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.28 0.44 0.43 0.49 0.20 0.83 0.01 0.78 1.05 0.52 0.21 0.98 1.17 0.54 0.41 0.62 0.29 0.00 0.00 0.01 0.00