ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48467

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C2' A 0, 0.056, 0.124, 0.192, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.124 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.050, 0.120, 0.190, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.120 std_dev=0.070
O2' A 0, 0.044, 0.145, 0.246, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.145 std_dev=0.101
C4' A 0, 0.101, 0.224, 0.347, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.224 std_dev=0.123
C3' A 0, 0.105, 0.233, 0.361, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.233 std_dev=0.128
C5' A 0, 0.145, 0.323, 0.500, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.323 std_dev=0.177
O3' A 0, 0.152, 0.364, 0.575, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.364 std_dev=0.212
O5' A 0, 0.142, 0.399, 0.655, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.399 std_dev=0.256
P B 0, 0.251, 0.519, 0.787, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.519 std_dev=0.268
OP1 B 0, 0.307, 0.590, 0.873, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.590 std_dev=0.283
OP1 A 0, 0.224, 0.525, 0.826, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.525 std_dev=0.301
OP2 B 0, 0.276, 0.584, 0.891, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.584 std_dev=0.307
P A 0, 0.197, 0.537, 0.877, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.537 std_dev=0.340
O5' B 0, 0.348, 0.737, 1.125, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.737 std_dev=0.389
C5' B 0, 0.361, 0.799, 1.238, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.799 std_dev=0.438
OP2 A 0, 0.255, 0.705, 1.154, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.705 std_dev=0.449
C3' B 0, 0.377, 0.890, 1.404, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.890 std_dev=0.514
C4' B 0, 0.377, 0.891, 1.405, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.891 std_dev=0.514
C8 B 0, 0.391, 0.906, 1.421, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.906 std_dev=0.515
N7 B 0, 0.402, 0.936, 1.470, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.936 std_dev=0.534
O3' B 0, 0.367, 0.903, 1.439, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.903 std_dev=0.536
O4' B 0, 0.383, 0.930, 1.478, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.930 std_dev=0.548
N9 B 0, 0.400, 0.970, 1.541, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.970 std_dev=0.571
C2' B 0, 0.395, 0.988, 1.582, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.988 std_dev=0.594
C1' B 0, 0.395, 0.991, 1.588, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.991 std_dev=0.596
C5 B 0, 0.417, 1.022, 1.627, 1.796 max_d=1.796 avg_d=1.022 std_dev=0.605
C4 B 0, 0.415, 1.037, 1.659, 1.822 max_d=1.822 avg_d=1.037 std_dev=0.622
C6 B 0, 0.434, 1.108, 1.783, 1.958 max_d=1.958 avg_d=1.108 std_dev=0.674
O2' B 0, 0.396, 1.077, 1.758, 1.883 max_d=1.883 avg_d=1.077 std_dev=0.681
N3 B 0, 0.426, 1.116, 1.807, 1.963 max_d=1.963 avg_d=1.116 std_dev=0.691
N6 B 0, 0.439, 1.133, 1.828, 1.991 max_d=1.991 avg_d=1.133 std_dev=0.695
C2 B 0, 0.440, 1.181, 1.921, 2.098 max_d=2.098 avg_d=1.181 std_dev=0.740
N1 B 0, 0.446, 1.186, 1.927, 2.114 max_d=2.114 avg_d=1.186 std_dev=0.740

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.10 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.17 0.03 0.15 0.00 0.24 0.19 0.19
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.02 0.04
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.12 0.07 0.12 0.10 0.10 0.09 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.09 0.02 0.04
C4 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.02 0.14 0.00 0.24 0.20 0.18
C4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.09 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.13 0.01 0.20 0.00 0.34 0.30 0.27
C5' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.14 0.14 0.11 0.07 0.06 0.16 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.01 0.04 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.16 0.02 0.23 0.00 0.37 0.34 0.31
C8 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.16 0.00 0.27 0.25 0.22
N1 0.01 0.00 0.06 0.12 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.18 0.03 0.20 0.00 0.32 0.28 0.27
N2 0.02 0.00 0.06 0.10 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.18 0.04 0.12 0.00 0.22 0.17 0.17
N3 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.14 0.03 0.11 0.00 0.20 0.14 0.14
N7 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.35 0.33 0.28
N9 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.20 0.17 0.15
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.08 0.03 0.04
O3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.12 0.01 0.13 0.02 0.16 0.07 0.18 0.18 0.14 0.10 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.17 0.09 0.07 0.06
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01
O5' 0.03 0.15 0.02 0.02 0.14 0.00 0.20 0.00 0.23 0.16 0.20 0.12 0.11 0.21 0.11 0.01 0.03 0.00 0.00 0.26 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.17 0.01 0.26 0.00 0.41 0.40 0.36
OP1 0.10 0.24 0.10 0.09 0.24 0.03 0.34 0.01 0.37 0.27 0.32 0.22 0.20 0.35 0.20 0.08 0.09 0.03 0.01 0.41 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.19 0.02 0.02 0.20 0.01 0.30 0.04 0.34 0.25 0.28 0.17 0.14 0.33 0.17 0.03 0.07 0.04 0.00 0.40 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.19 0.04 0.04 0.18 0.01 0.27 0.00 0.31 0.22 0.27 0.17 0.14 0.28 0.15 0.04 0.06 0.01 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.15 0.25 0.25 0.14 0.20 0.11 0.16 0.11 0.13 0.12 0.16 0.10 0.11 0.15 0.28 0.30 0.16 0.08 0.08 0.10 0.03
C2 0.25 0.28 0.27 0.27 0.27 0.25 0.28 0.24 0.29 0.26 0.29 0.28 0.30 0.27 0.26 0.28 0.28 0.23 0.23 0.25 0.29 0.24
C2' 0.17 0.14 0.22 0.23 0.14 0.18 0.12 0.15 0.11 0.13 0.12 0.16 0.10 0.11 0.15 0.24 0.27 0.15 0.08 0.05 0.10 0.03
C3' 0.13 0.13 0.17 0.17 0.12 0.11 0.10 0.07 0.10 0.11 0.11 0.13 0.09 0.10 0.12 0.18 0.19 0.09 0.02 0.07 0.05 0.01
C4 0.19 0.22 0.24 0.25 0.20 0.20 0.20 0.17 0.21 0.18 0.22 0.21 0.22 0.19 0.19 0.26 0.28 0.16 0.14 0.17 0.21 0.15
C4' 0.18 0.17 0.22 0.21 0.16 0.16 0.13 0.11 0.13 0.15 0.14 0.18 0.10 0.13 0.16 0.24 0.23 0.15 0.05 0.07 0.06 0.01
C5 0.21 0.27 0.26 0.26 0.24 0.20 0.25 0.18 0.28 0.21 0.28 0.25 0.30 0.24 0.22 0.27 0.29 0.18 0.16 0.21 0.22 0.17
C5' 0.12 0.11 0.15 0.13 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.10 0.11 0.08 0.09 0.11 0.17 0.15 0.09 0.04 0.11 0.04 0.02
C6 0.25 0.33 0.28 0.27 0.30 0.23 0.32 0.21 0.35 0.27 0.35 0.30 0.37 0.30 0.27 0.28 0.29 0.21 0.21 0.25 0.26 0.21
C8 0.19 0.20 0.25 0.25 0.18 0.19 0.17 0.15 0.19 0.15 0.20 0.20 0.21 0.16 0.17 0.28 0.30 0.15 0.09 0.15 0.15 0.09
N1 0.27 0.34 0.29 0.28 0.31 0.25 0.33 0.24 0.36 0.29 0.35 0.32 0.38 0.32 0.29 0.29 0.29 0.24 0.24 0.27 0.28 0.24
N2 0.28 0.31 0.29 0.29 0.30 0.28 0.31 0.28 0.31 0.30 0.31 0.30 0.31 0.31 0.29 0.29 0.28 0.27 0.28 0.26 0.31 0.26
N3 0.20 0.22 0.24 0.25 0.21 0.21 0.20 0.20 0.21 0.19 0.22 0.21 0.22 0.20 0.20 0.25 0.27 0.18 0.18 0.18 0.25 0.19
N7 0.20 0.25 0.25 0.25 0.22 0.20 0.23 0.16 0.25 0.19 0.26 0.23 0.28 0.21 0.20 0.28 0.29 0.16 0.13 0.19 0.19 0.14
N9 0.18 0.18 0.24 0.24 0.16 0.19 0.15 0.15 0.16 0.14 0.17 0.18 0.17 0.14 0.16 0.26 0.29 0.15 0.09 0.13 0.15 0.09
O2' 0.25 0.21 0.30 0.30 0.21 0.26 0.18 0.22 0.16 0.20 0.18 0.23 0.14 0.17 0.22 0.32 0.34 0.22 0.14 0.04 0.11 0.07
O3' 0.12 0.14 0.14 0.13 0.14 0.07 0.14 0.02 0.13 0.15 0.13 0.14 0.12 0.14 0.13 0.14 0.13 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00
O4' 0.22 0.18 0.27 0.27 0.17 0.21 0.13 0.16 0.12 0.15 0.14 0.19 0.09 0.12 0.18 0.30 0.31 0.19 0.07 0.07 0.09 0.02
O5' 0.07 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.13 0.03 0.05
O6 0.26 0.37 0.29 0.28 0.33 0.23 0.36 0.21 0.40 0.29 0.40 0.34 0.43 0.34 0.29 0.29 0.29 0.22 0.22 0.27 0.26 0.22
OP1 0.04 0.10 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.10 0.06 0.12 0.08 0.11 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.18 0.17 0.11
OP2 0.19 0.16 0.21 0.22 0.17 0.22 0.15 0.21 0.13 0.16 0.15 0.17 0.11 0.15 0.17 0.22 0.26 0.19 0.19 0.16 0.06 0.10
P 0.08 0.09 0.09 0.10 0.07 0.11 0.07 0.11 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.12 0.09 0.12 0.16 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.06 0.13 0.07 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.04 0.07
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.06 0.07
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.11 0.06 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.13 0.09 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.14 0.10 0.10
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.10 0.08 0.09
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.06 0.14 0.09 0.10
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.11 0.05 0.08
N6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.15 0.12 0.11
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.12 0.11 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.08 0.04 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.04 0.07
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.08 0.08
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
O5' 0.02 0.06 0.03 0.04 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.13 0.08 0.08 0.11 0.02 0.13 0.01 0.14 0.10 0.14 0.11 0.15 0.12 0.08 0.07 0.09 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.07 0.04 0.06 0.06 0.02 0.09 0.02 0.10 0.08 0.09 0.05 0.12 0.11 0.04 0.04 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.07 0.07 0.08 0.03 0.09 0.01 0.10 0.09 0.10 0.08 0.11 0.10 0.07 0.07 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00