ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48468

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.013, 0.029, 0.044, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.013, 0.030, 0.048, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.008, 0.030, 0.051, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.030 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.012, 0.039, 0.067, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.039 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.017, 0.051, 0.085, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.051 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.024, 0.069, 0.113, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.069 std_dev=0.044
N2 A 0, 0.011, 0.056, 0.100, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.056 std_dev=0.044
N7 A 0, 0.023, 0.068, 0.113, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.068 std_dev=0.045
C8 A 0, 0.028, 0.084, 0.140, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.084 std_dev=0.056
OP1 B 0, 0.160, 0.483, 0.806, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.483 std_dev=0.323
OP2 B 0, 0.342, 0.716, 1.090, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.716 std_dev=0.374
O4' A 0, -0.140, 0.341, 0.821, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.341 std_dev=0.480
C2' A 0, -0.150, 0.339, 0.828, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.339 std_dev=0.489
P B 0, 0.100, 0.635, 1.170, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.635 std_dev=0.535
O2' A 0, -0.036, 0.627, 1.289, 2.066 max_d=2.066 avg_d=0.627 std_dev=0.663
OP2 A 0, -0.064, 0.623, 1.310, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.623 std_dev=0.687
C3' A 0, -0.211, 0.491, 1.193, 2.048 max_d=2.048 avg_d=0.491 std_dev=0.702
C4' A 0, -0.249, 0.489, 1.228, 2.129 max_d=2.129 avg_d=0.489 std_dev=0.739
O5' A 0, -0.236, 0.557, 1.349, 2.306 max_d=2.306 avg_d=0.557 std_dev=0.792
P A 0, -0.219, 0.609, 1.438, 2.409 max_d=2.409 avg_d=0.609 std_dev=0.828
OP1 A 0, -0.205, 0.686, 1.576, 2.624 max_d=2.624 avg_d=0.686 std_dev=0.891
O3' A 0, -0.265, 0.655, 1.575, 2.675 max_d=2.675 avg_d=0.655 std_dev=0.920
C5' A 0, -0.374, 0.682, 1.738, 3.026 max_d=3.026 avg_d=0.682 std_dev=1.056
O5' B 0, -0.297, 1.165, 2.627, 4.329 max_d=4.329 avg_d=1.165 std_dev=1.462
C5' B 0, -0.671, 1.474, 3.618, 6.221 max_d=6.221 avg_d=1.474 std_dev=2.145
C3' B 0, -0.942, 2.060, 5.062, 8.697 max_d=8.697 avg_d=2.060 std_dev=3.002
C4' B 0, -1.100, 1.956, 5.013, 8.741 max_d=8.741 avg_d=1.956 std_dev=3.057
O4' B 0, -1.193, 2.234, 5.661, 9.842 max_d=9.842 avg_d=2.234 std_dev=3.427
C2' B 0, -1.080, 2.393, 5.866, 10.070 max_d=10.070 avg_d=2.393 std_dev=3.473
O3' B 0, -1.112, 2.425, 5.961, 10.246 max_d=10.246 avg_d=2.425 std_dev=3.536
C1' B 0, -1.381, 2.565, 6.511, 11.314 max_d=11.314 avg_d=2.565 std_dev=3.946
C8 B 0, -0.293, 3.727, 7.748, 12.144 max_d=12.144 avg_d=3.727 std_dev=4.021
O2' B 0, -1.151, 2.927, 7.005, 11.935 max_d=11.935 avg_d=2.927 std_dev=4.078
N9 B 0, -1.254, 2.905, 7.063, 12.108 max_d=12.108 avg_d=2.905 std_dev=4.158
N7 B 0, -0.544, 4.019, 8.582, 13.741 max_d=13.741 avg_d=4.019 std_dev=4.563
C4 B 0, -1.767, 3.024, 7.816, 13.660 max_d=13.660 avg_d=3.024 std_dev=4.791
N3 B 0, -0.845, 3.948, 8.741, 14.328 max_d=14.328 avg_d=3.948 std_dev=4.793
C5 B 0, -1.784, 3.356, 8.496, 14.757 max_d=14.757 avg_d=3.356 std_dev=5.140
C2 B 0, -0.766, 4.642, 10.050, 16.187 max_d=16.187 avg_d=4.642 std_dev=5.408
N1 B 0, -1.451, 4.495, 10.440, 17.527 max_d=17.527 avg_d=4.495 std_dev=5.945
C6 B 0, -2.353, 3.612, 9.578, 16.849 max_d=16.849 avg_d=3.612 std_dev=5.965
N6 B 0, -2.414, 4.052, 10.518, 18.400 max_d=18.400 avg_d=4.052 std_dev=6.466

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.25 0.01 0.39 0.04 0.43 0.24 0.34
C2 0.04 0.00 0.32 0.27 0.02 0.05 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.07 0.19 0.50 0.03 0.49 0.42 0.49
C2' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.16 0.01 0.06 0.17 0.12 0.18 0.23 0.40 0.33 0.11 0.01 0.01 0.03 0.02 0.64 0.08 0.75 0.58 0.66
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.25 0.01 0.27 0.02 0.29 0.19 0.29 0.26 0.24 0.24 0.18 0.05 0.01 0.03 0.30 0.30 0.46 0.06 0.28
C4 0.02 0.02 0.16 0.25 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.12 0.04 0.10 0.53 0.02 0.52 0.41 0.50
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.12 0.04 0.09 0.05 0.11 0.05 0.29 0.04 0.00 0.01 0.08 0.17 0.25 0.01
C5 0.03 0.02 0.06 0.27 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.25 0.03 0.05 0.59 0.02 0.58 0.50 0.58
C5' 0.07 0.10 0.17 0.02 0.08 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09 0.11 0.06 0.10 0.19 0.00 0.00 0.12 0.20 0.39 0.01
C6 0.03 0.01 0.12 0.29 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.22 0.04 0.09 0.60 0.00 0.59 0.53 0.59
C8 0.02 0.02 0.18 0.19 0.01 0.12 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.35 0.05 0.12 0.60 0.04 0.59 0.48 0.57
N1 0.03 0.01 0.23 0.29 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.09 0.02 0.15 0.56 0.03 0.55 0.48 0.55
N2 0.06 0.00 0.40 0.26 0.02 0.09 0.02 0.12 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.17 0.12 0.24 0.47 0.06 0.46 0.39 0.45
N3 0.04 0.01 0.33 0.24 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.10 0.18 0.47 0.02 0.47 0.37 0.44
N7 0.03 0.02 0.11 0.24 0.01 0.11 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.37 0.08 0.07 0.62 0.04 0.61 0.55 0.62
N9 0.01 0.03 0.01 0.18 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.19 0.06 0.01 0.52 0.04 0.51 0.37 0.48
O2' 0.02 0.06 0.01 0.05 0.12 0.29 0.25 0.10 0.22 0.35 0.09 0.17 0.09 0.37 0.19 0.00 0.10 0.19 0.29 0.28 0.45 0.50 0.39
O3' 0.25 0.07 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.19 0.04 0.05 0.02 0.12 0.10 0.08 0.06 0.10 0.00 0.18 0.07 0.07 0.04 0.30 0.08
O4' 0.01 0.19 0.02 0.03 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.12 0.15 0.24 0.18 0.07 0.01 0.19 0.18 0.00 0.12 0.08 0.18 0.18 0.06
O5' 0.39 0.50 0.64 0.30 0.53 0.01 0.59 0.00 0.60 0.60 0.56 0.47 0.47 0.62 0.52 0.29 0.07 0.12 0.00 0.62 0.02 0.03 0.00
O6 0.04 0.03 0.08 0.30 0.02 0.08 0.02 0.12 0.00 0.04 0.03 0.06 0.02 0.04 0.04 0.28 0.07 0.08 0.62 0.00 0.62 0.58 0.63
OP1 0.43 0.49 0.75 0.46 0.52 0.17 0.58 0.20 0.59 0.59 0.55 0.46 0.47 0.61 0.51 0.45 0.04 0.18 0.02 0.62 0.00 0.03 0.02
OP2 0.24 0.42 0.58 0.06 0.41 0.25 0.50 0.39 0.53 0.48 0.48 0.39 0.37 0.55 0.37 0.50 0.30 0.18 0.03 0.58 0.03 0.00 0.01
P 0.34 0.49 0.66 0.28 0.50 0.01 0.58 0.01 0.59 0.57 0.55 0.45 0.44 0.62 0.48 0.39 0.08 0.06 0.00 0.63 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.48 1.10 1.18 1.28 1.32 1.42 1.36 1.19 1.26 1.53 1.13 1.18 1.27 1.49 1.43 1.50 1.48 1.52 0.89 0.12 0.32 0.53
C2 0.44 1.12 0.42 0.24 0.64 0.30 0.46 0.22 0.60 0.41 0.92 1.02 0.48 0.40 0.42 0.28 0.33 0.43 0.22 0.17 0.37 0.34
C2' 2.09 1.40 1.86 2.03 1.71 2.19 1.66 1.92 1.47 1.95 1.35 1.57 1.40 1.79 1.91 2.22 2.32 2.16 1.46 0.55 0.72 0.98
C3' 2.01 1.46 1.73 1.83 1.68 2.02 1.60 1.65 1.46 1.81 1.40 1.60 1.39 1.68 1.82 2.17 2.17 2.06 1.12 0.16 0.20 0.54
C4 0.48 0.55 0.35 0.55 0.37 0.57 0.43 0.55 0.36 0.72 0.44 0.48 0.41 0.68 0.47 0.59 0.76 0.52 0.45 0.15 0.36 0.44
C4' 1.95 1.74 1.60 1.55 1.83 1.74 1.80 1.32 1.75 1.86 1.72 1.79 1.71 1.81 1.87 2.04 1.79 1.94 0.91 0.21 0.09 0.33
C5 0.29 0.88 0.22 0.35 0.37 0.34 0.29 0.35 0.36 0.57 0.69 0.75 0.32 0.54 0.28 0.37 0.52 0.30 0.33 0.15 0.38 0.41
C5' 1.92 1.78 1.59 1.51 1.82 1.67 1.79 1.23 1.76 1.80 1.76 1.82 1.72 1.77 1.83 2.07 1.74 1.88 0.85 0.24 0.12 0.30
C6 0.53 1.41 0.49 0.31 0.77 0.37 0.59 0.24 0.75 0.61 1.17 1.25 0.63 0.61 0.54 0.35 0.33 0.51 0.23 0.16 0.39 0.35
C8 0.86 0.72 0.67 0.80 0.72 0.86 0.77 0.75 0.70 0.99 0.67 0.71 0.73 0.96 0.82 0.99 0.99 0.88 0.60 0.14 0.36 0.48
N1 0.73 1.55 0.67 0.41 0.96 0.52 0.76 0.33 0.92 0.66 1.31 1.42 0.77 0.65 0.72 0.52 0.35 0.72 0.28 0.17 0.39 0.31
N2 0.75 1.40 0.70 0.39 0.95 0.53 0.72 0.37 0.86 0.45 1.19 1.33 0.70 0.45 0.71 0.56 0.29 0.77 0.33 0.18 0.37 0.27
N3 0.35 0.53 0.24 0.47 0.27 0.47 0.32 0.49 0.28 0.62 0.40 0.45 0.32 0.58 0.35 0.42 0.70 0.39 0.39 0.15 0.36 0.42
N7 0.47 0.78 0.35 0.50 0.41 0.52 0.42 0.49 0.40 0.71 0.61 0.67 0.41 0.68 0.45 0.61 0.68 0.49 0.43 0.15 0.38 0.44
N9 0.95 0.65 0.74 0.89 0.80 0.97 0.86 0.85 0.76 1.09 0.66 0.69 0.80 1.04 0.92 1.04 1.10 0.99 0.66 0.13 0.35 0.49
O2' 2.43 1.62 2.19 2.37 1.95 2.55 1.83 2.22 1.61 2.16 1.52 1.84 1.49 1.94 2.18 2.54 2.63 2.52 1.69 0.61 0.92 1.11
O3' 1.88 1.33 1.63 1.71 1.48 1.92 1.36 1.45 1.22 1.58 1.21 1.47 1.11 1.41 1.63 2.12 2.13 1.92 0.80 0.24 0.30 0.09
O4' 1.50 1.38 1.14 1.11 1.48 1.27 1.53 0.94 1.50 1.57 1.42 1.40 1.52 1.58 1.50 1.52 1.28 1.49 0.67 0.37 0.10 0.24
O5' 1.95 1.94 1.63 1.50 1.89 1.62 1.83 1.14 1.82 1.78 1.88 1.95 1.76 1.76 1.86 2.14 1.70 1.86 0.80 0.36 0.08 0.24
O6 0.79 1.79 0.71 0.49 1.06 0.58 0.86 0.37 1.05 0.82 1.52 1.59 0.90 0.82 0.80 0.56 0.46 0.75 0.27 0.17 0.39 0.32
OP1 2.17 2.24 1.85 1.67 2.11 1.79 1.99 1.23 2.01 1.90 2.13 2.24 1.91 1.86 2.04 2.44 1.91 2.03 0.83 0.37 0.15 0.21
OP2 1.67 1.55 1.42 1.35 1.53 1.45 1.46 1.06 1.43 1.50 1.47 1.59 1.36 1.45 1.54 1.94 1.57 1.59 0.75 0.25 0.09 0.31
P 1.93 1.99 1.62 1.47 1.89 1.58 1.83 1.11 1.84 1.75 1.92 1.98 1.78 1.74 1.84 2.16 1.67 1.82 0.78 0.35 0.07 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.06 0.02 0.01 0.02 0.30 0.01 0.08 0.10 0.22 0.10
C2 0.04 0.00 0.66 0.38 0.03 0.20 0.03 0.25 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.94 0.44 0.29 0.47 0.58 0.68 0.56
C2' 0.01 0.66 0.00 0.01 0.31 0.00 0.11 0.12 0.25 0.39 0.49 0.68 0.16 0.25 0.03 0.01 0.07 0.04 0.22 0.16 0.30 0.27
C3' 0.03 0.38 0.01 0.00 0.14 0.00 0.16 0.02 0.16 0.40 0.27 0.37 0.19 0.34 0.14 0.03 0.02 0.01 0.06 0.17 0.23 0.04
C4 0.03 0.03 0.31 0.14 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.47 0.29 0.15 0.21 0.20 0.64 0.28
C4' 0.02 0.20 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.06 0.27 0.11 0.21 0.10 0.23 0.08 0.19 0.02 0.01 0.02 0.10 0.21 0.02
C5 0.03 0.03 0.11 0.16 0.01 0.09 0.00 0.21 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.35 0.19 0.05 0.42 0.30 1.10 0.59
C5' 0.02 0.25 0.12 0.02 0.06 0.01 0.21 0.00 0.14 0.47 0.12 0.26 0.24 0.45 0.15 0.06 0.17 0.02 0.01 0.10 0.26 0.02
C6 0.04 0.03 0.25 0.16 0.02 0.06 0.02 0.14 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.48 0.24 0.10 0.35 0.26 1.07 0.52
C8 0.03 0.05 0.39 0.40 0.02 0.27 0.04 0.47 0.05 0.00 0.06 0.02 0.08 0.01 0.02 0.58 0.13 0.21 0.82 0.66 1.41 0.98
N1 0.05 0.01 0.49 0.27 0.04 0.11 0.03 0.12 0.01 0.06 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.75 0.35 0.20 0.33 0.39 0.80 0.44
N3 0.04 0.01 0.68 0.37 0.01 0.21 0.03 0.26 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.92 0.44 0.31 0.44 0.53 0.57 0.50
N6 0.06 0.03 0.16 0.19 0.03 0.10 0.03 0.24 0.01 0.08 0.02 0.04 0.00 0.07 0.06 0.42 0.20 0.07 0.48 0.38 1.37 0.72
N7 0.02 0.03 0.25 0.34 0.03 0.23 0.01 0.45 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.03 0.48 0.11 0.14 0.78 0.67 1.59 1.03
N9 0.01 0.05 0.03 0.14 0.02 0.08 0.03 0.15 0.04 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.00 0.20 0.19 0.02 0.32 0.20 0.70 0.40
O2' 0.02 0.94 0.01 0.03 0.47 0.19 0.35 0.06 0.48 0.58 0.75 0.92 0.42 0.48 0.20 0.00 0.11 0.13 0.17 0.07 0.40 0.26
O3' 0.30 0.44 0.07 0.02 0.29 0.02 0.19 0.17 0.24 0.13 0.35 0.44 0.20 0.11 0.19 0.11 0.00 0.16 0.16 0.46 0.16 0.16
O4' 0.01 0.29 0.04 0.01 0.15 0.01 0.05 0.02 0.10 0.21 0.20 0.31 0.07 0.14 0.02 0.13 0.16 0.00 0.10 0.12 0.17 0.12
O5' 0.08 0.47 0.22 0.06 0.21 0.02 0.42 0.01 0.35 0.82 0.33 0.44 0.48 0.78 0.32 0.17 0.16 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.10 0.58 0.16 0.17 0.20 0.10 0.30 0.10 0.26 0.66 0.39 0.53 0.38 0.67 0.20 0.07 0.46 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.68 0.30 0.23 0.64 0.21 1.10 0.26 1.07 1.41 0.80 0.57 1.37 1.59 0.70 0.40 0.16 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.56 0.27 0.04 0.28 0.02 0.59 0.02 0.52 0.98 0.44 0.50 0.72 1.03 0.40 0.26 0.16 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00