ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48469

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.010, 0.023, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.015, 0.037, 0.058, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.037 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.039, 0.095, 0.151, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.095 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.027, 0.085, 0.142, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.085 std_dev=0.058
C4' A 0, 0.055, 0.139, 0.224, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.139 std_dev=0.084
C3' A 0, 0.045, 0.138, 0.231, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.138 std_dev=0.093
O2' A 0, 0.009, 0.117, 0.225, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.117 std_dev=0.108
O3' A 0, 0.085, 0.224, 0.362, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.224 std_dev=0.139
O5' A 0, 0.016, 0.157, 0.298, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.157 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.070, 0.219, 0.368, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.219 std_dev=0.149
OP1 A 0, 0.031, 0.182, 0.333, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.182 std_dev=0.151
P A 0, -0.014, 0.172, 0.358, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.172 std_dev=0.186
OP2 A 0, -0.026, 0.224, 0.475, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.224 std_dev=0.250
N7 B 0, -0.059, 0.260, 0.578, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.260 std_dev=0.318
OP1 B 0, 0.049, 0.396, 0.743, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.396 std_dev=0.347
N6 B 0, -0.050, 0.307, 0.664, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.307 std_dev=0.357
C5 B 0, -0.099, 0.264, 0.626, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.264 std_dev=0.362
C8 B 0, -0.106, 0.266, 0.639, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.266 std_dev=0.372
C6 B 0, -0.095, 0.290, 0.675, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.290 std_dev=0.385
P B 0, -0.062, 0.332, 0.726, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.332 std_dev=0.394
O5' B 0, -0.093, 0.329, 0.752, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.329 std_dev=0.422
C4 B 0, -0.134, 0.289, 0.712, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.289 std_dev=0.423
OP2 B 0, -0.029, 0.395, 0.818, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.395 std_dev=0.423
N9 B 0, -0.147, 0.285, 0.718, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.285 std_dev=0.433
N1 B 0, -0.119, 0.329, 0.778, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.329 std_dev=0.449
N3 B 0, -0.122, 0.334, 0.790, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.334 std_dev=0.456
O4' B 0, -0.118, 0.351, 0.820, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.351 std_dev=0.469
C2 B 0, -0.123, 0.346, 0.815, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.346 std_dev=0.469
C1' B 0, -0.143, 0.349, 0.842, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.349 std_dev=0.492
C5' B 0, -0.094, 0.411, 0.915, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.411 std_dev=0.504
C4' B 0, -0.156, 0.359, 0.873, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.359 std_dev=0.514
C2' B 0, -0.137, 0.396, 0.930, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.396 std_dev=0.534
C3' B 0, -0.170, 0.408, 0.986, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.408 std_dev=0.578
O2' B 0, -0.072, 0.523, 1.118, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.523 std_dev=0.595
O3' B 0, -0.163, 0.475, 1.113, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.475 std_dev=0.638

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04
C2 0.03 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05 0.02 0.06 0.07 0.07
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.05 0.11 0.14 0.11
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.09 0.04 0.09 0.11 0.09
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.06 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.08 0.05 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03
C5 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.06 0.02 0.08 0.08 0.09
C5' 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.07 0.05 0.03 0.03
C6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.05 0.04 0.08 0.00 0.10 0.10 0.11
C8 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.06 0.08
N1 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.04 0.06 0.02 0.08 0.09 0.09
N2 0.04 0.01 0.05 0.06 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06
N3 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.04 0.04 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05
N7 0.03 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05 0.08 0.08 0.10
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.05 0.06
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.08 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.04 0.05 0.06 0.03 0.00 0.04 0.07 0.05 0.08 0.04 0.11 0.04
O3' 0.05 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.05 0.08 0.05 0.09 0.10 0.08
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.07 0.05 0.00 0.03 0.05 0.06 0.02 0.04
O5' 0.04 0.05 0.10 0.09 0.05 0.02 0.06 0.01 0.08 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.05 0.08 0.03 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.08 0.05 0.05 0.11 0.00 0.13 0.13 0.14
OP1 0.05 0.06 0.11 0.09 0.06 0.05 0.08 0.05 0.10 0.07 0.08 0.05 0.05 0.08 0.06 0.04 0.09 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.07 0.14 0.11 0.06 0.04 0.08 0.03 0.10 0.06 0.09 0.07 0.06 0.08 0.05 0.11 0.10 0.02 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.11 0.09 0.07 0.03 0.09 0.03 0.11 0.08 0.09 0.06 0.05 0.10 0.06 0.04 0.08 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.08 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.09 0.07 0.04 0.08 0.06 0.07 0.06 0.03 0.09 0.05 0.06 0.05 0.14 0.05 0.05
C2 0.06 0.10 0.08 0.09 0.04 0.10 0.03 0.20 0.06 0.08 0.09 0.08 0.05 0.07 0.06 0.08 0.05 0.07 0.17 0.26 0.17 0.19
C2' 0.06 0.08 0.05 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.05 0.08 0.08 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.10 0.09 0.18 0.06 0.10
C3' 0.09 0.11 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.08 0.11 0.09 0.16 0.07 0.09
C4 0.09 0.10 0.12 0.10 0.10 0.09 0.10 0.17 0.09 0.11 0.10 0.09 0.08 0.12 0.11 0.14 0.08 0.07 0.12 0.19 0.07 0.11
C4' 0.05 0.11 0.05 0.05 0.08 0.05 0.09 0.07 0.11 0.05 0.12 0.09 0.12 0.07 0.06 0.09 0.05 0.08 0.06 0.11 0.09 0.07
C5 0.19 0.20 0.20 0.18 0.21 0.16 0.21 0.23 0.20 0.19 0.20 0.20 0.17 0.20 0.21 0.23 0.15 0.15 0.17 0.21 0.11 0.14
C5' 0.07 0.12 0.06 0.06 0.09 0.05 0.10 0.08 0.13 0.06 0.13 0.10 0.13 0.08 0.08 0.10 0.06 0.08 0.06 0.11 0.09 0.06
C6 0.25 0.23 0.26 0.24 0.25 0.23 0.22 0.28 0.18 0.23 0.19 0.24 0.12 0.20 0.26 0.27 0.21 0.22 0.23 0.26 0.18 0.20
C8 0.15 0.20 0.17 0.14 0.19 0.11 0.20 0.17 0.22 0.16 0.22 0.18 0.23 0.18 0.17 0.22 0.12 0.10 0.11 0.17 0.03 0.08
N1 0.19 0.11 0.20 0.20 0.15 0.20 0.11 0.28 0.06 0.18 0.08 0.13 0.04 0.14 0.19 0.20 0.15 0.18 0.24 0.28 0.21 0.23
N2 0.09 0.18 0.02 0.04 0.14 0.05 0.11 0.18 0.13 0.07 0.16 0.18 0.10 0.09 0.08 0.04 0.06 0.10 0.19 0.30 0.22 0.25
N3 0.03 0.07 0.05 0.05 0.03 0.05 0.02 0.14 0.04 0.05 0.06 0.07 0.03 0.06 0.01 0.06 0.04 0.06 0.10 0.20 0.08 0.12
N7 0.21 0.26 0.22 0.19 0.25 0.17 0.25 0.22 0.27 0.21 0.28 0.24 0.27 0.22 0.23 0.27 0.17 0.16 0.15 0.19 0.08 0.12
N9 0.09 0.13 0.11 0.09 0.11 0.07 0.12 0.14 0.13 0.11 0.14 0.11 0.14 0.13 0.11 0.15 0.07 0.06 0.09 0.16 0.03 0.07
O2' 0.21 0.21 0.20 0.18 0.22 0.17 0.22 0.10 0.20 0.22 0.20 0.22 0.18 0.23 0.22 0.19 0.20 0.22 0.11 0.16 0.09 0.10
O3' 0.11 0.11 0.08 0.10 0.11 0.11 0.11 0.08 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.11 0.11 0.09 0.09 0.15 0.12 0.17 0.15 0.14
O4' 0.03 0.12 0.06 0.05 0.08 0.04 0.09 0.09 0.12 0.05 0.13 0.09 0.13 0.07 0.05 0.10 0.05 0.05 0.06 0.10 0.08 0.06
O5' 0.07 0.12 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.08 0.12 0.05 0.13 0.10 0.12 0.06 0.08 0.10 0.06 0.09 0.08 0.15 0.09 0.08
O6 0.33 0.33 0.33 0.31 0.33 0.29 0.27 0.33 0.23 0.27 0.28 0.34 0.14 0.23 0.32 0.35 0.29 0.30 0.27 0.28 0.21 0.23
OP1 0.07 0.12 0.07 0.06 0.09 0.06 0.09 0.08 0.12 0.05 0.14 0.10 0.12 0.07 0.07 0.12 0.06 0.07 0.08 0.16 0.11 0.10
OP2 0.06 0.10 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.11 0.09 0.05 0.11 0.08 0.09 0.06 0.06 0.11 0.05 0.05 0.07 0.16 0.06 0.06
P 0.06 0.11 0.06 0.05 0.08 0.06 0.08 0.09 0.10 0.04 0.12 0.09 0.11 0.06 0.06 0.11 0.05 0.07 0.08 0.16 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02
C2 0.06 0.00 0.05 0.05 0.03 0.08 0.02 0.13 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.09 0.13 0.21 0.08 0.13
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.10 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02
C4 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.07 0.13 0.04 0.06
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01
C5 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.06 0.12 0.04 0.05
C5' 0.05 0.13 0.05 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.12 0.09 0.13 0.12 0.12 0.09 0.08 0.05 0.02 0.03 0.00 0.02 0.08 0.01
C6 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.09 0.16 0.03 0.08
C8 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.09 0.04
N1 0.05 0.00 0.04 0.04 0.03 0.07 0.02 0.13 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.07 0.12 0.20 0.07 0.12
N3 0.05 0.01 0.04 0.05 0.01 0.07 0.02 0.12 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.09 0.11 0.17 0.07 0.11
N6 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.12 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.02 0.03 0.08 0.15 0.02 0.07
N7 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.08 0.03
N9 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.07 0.06 0.03
O2' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.11 0.03
O3' 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.07 0.03
O4' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.07 0.09 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.06 0.06 0.05
O5' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.09 0.04 0.12 0.11 0.08 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.05 0.21 0.02 0.03 0.13 0.02 0.12 0.02 0.16 0.05 0.20 0.17 0.15 0.07 0.07 0.03 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.06 0.08 0.10 0.08 0.04 0.06 0.04 0.08 0.03 0.09 0.07 0.07 0.02 0.08 0.06 0.11 0.07 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.02 0.13 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.04 0.12 0.11 0.07 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00