ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48470

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.015, 0.037, 0.059, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.037 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.009, 0.044, 0.079, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.044 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.050, 0.108, 0.166, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.108 std_dev=0.058
C2' A 0, 0.052, 0.113, 0.174, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.113 std_dev=0.061
O2' A 0, 0.044, 0.153, 0.261, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.153 std_dev=0.108
C4' A 0, 0.079, 0.188, 0.297, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.188 std_dev=0.109
C3' A 0, 0.101, 0.215, 0.330, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.215 std_dev=0.114
C5' A 0, 0.136, 0.283, 0.431, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.283 std_dev=0.147
O3' A 0, 0.151, 0.337, 0.522, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.337 std_dev=0.186
OP2 B 0, 0.115, 0.331, 0.546, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.331 std_dev=0.216
P A 0, 0.103, 0.322, 0.541, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.322 std_dev=0.219
OP2 A 0, 0.126, 0.385, 0.644, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.385 std_dev=0.259
OP1 A 0, 0.103, 0.401, 0.699, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.401 std_dev=0.298
O5' A 0, 0.135, 0.446, 0.757, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.446 std_dev=0.311
P B 0, 0.059, 0.382, 0.704, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.382 std_dev=0.322
O5' B 0, 0.042, 0.375, 0.708, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.375 std_dev=0.333
OP1 B 0, 0.211, 0.574, 0.937, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.574 std_dev=0.363
C4' B 0, 0.151, 0.553, 0.955, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.553 std_dev=0.402
C3' B 0, 0.217, 0.663, 1.109, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.663 std_dev=0.446
O4' B 0, 0.148, 0.596, 1.044, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.596 std_dev=0.448
C5' B 0, -0.006, 0.444, 0.894, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.444 std_dev=0.450
C1' B 0, 0.220, 0.691, 1.163, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.691 std_dev=0.471
O3' B 0, 0.270, 0.745, 1.221, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.745 std_dev=0.476
C2' B 0, 0.286, 0.767, 1.249, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.767 std_dev=0.481
C8 B 0, 0.107, 0.594, 1.080, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.594 std_dev=0.487
N9 B 0, 0.187, 0.695, 1.204, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.695 std_dev=0.509
N7 B 0, 0.186, 0.696, 1.205, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.696 std_dev=0.510
O2' B 0, 0.331, 0.864, 1.396, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.864 std_dev=0.532
C4 B 0, 0.292, 0.860, 1.427, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.860 std_dev=0.568
C5 B 0, 0.264, 0.833, 1.402, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.833 std_dev=0.569
C6 B 0, 0.357, 0.985, 1.614, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.985 std_dev=0.628
N6 B 0, 0.359, 0.999, 1.639, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.999 std_dev=0.640
N3 B 0, 0.398, 1.038, 1.678, 1.734 max_d=1.734 avg_d=1.038 std_dev=0.640
N1 B 0, 0.451, 1.149, 1.847, 1.867 max_d=1.867 avg_d=1.149 std_dev=0.698
C2 B 0, 0.462, 1.167, 1.872, 1.882 max_d=1.882 avg_d=1.167 std_dev=0.705

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.06 0.08 0.07
C2 0.03 0.00 0.10 0.11 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.13 0.03 0.09 0.01 0.11 0.13 0.11
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.08 0.04 0.09 0.13 0.09 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.08 0.11 0.06 0.04
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.05 0.10 0.14 0.10 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.06 0.08 0.15 0.09 0.07
C4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.08 0.03 0.08 0.10 0.09
C4' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.10 0.08
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.09 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.08 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.10 0.02 0.07 0.01 0.09 0.11 0.09
C8 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.07 0.02 0.06 0.10 0.08
N1 0.03 0.00 0.09 0.10 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.12 0.02 0.09 0.01 0.11 0.13 0.11
N2 0.04 0.01 0.13 0.14 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.15 0.18 0.04 0.11 0.01 0.13 0.14 0.12
N3 0.03 0.01 0.09 0.10 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.03 0.08 0.03 0.10 0.12 0.10
N7 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.07 0.02 0.06 0.08 0.07
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.03 0.07 0.10 0.09
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.06 0.04 0.07 0.04 0.10 0.04 0.11 0.15 0.10 0.04 0.03 0.00 0.06 0.03 0.04 0.10 0.11 0.04 0.03
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.05 0.10 0.04 0.12 0.18 0.11 0.05 0.03 0.06 0.00 0.01 0.13 0.10 0.21 0.16 0.14
O4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.03 0.06 0.12 0.10
O5' 0.05 0.09 0.03 0.06 0.08 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.09 0.11 0.08 0.07 0.07 0.04 0.13 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01
O6 0.04 0.01 0.08 0.08 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.10 0.10 0.03 0.07 0.00 0.09 0.11 0.09
OP1 0.06 0.11 0.11 0.15 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06 0.11 0.13 0.10 0.06 0.07 0.11 0.21 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.13 0.06 0.09 0.10 0.03 0.10 0.02 0.11 0.10 0.13 0.14 0.12 0.08 0.10 0.04 0.16 0.12 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.11 0.04 0.07 0.09 0.02 0.08 0.01 0.09 0.08 0.11 0.12 0.10 0.07 0.09 0.03 0.14 0.10 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.18 0.11 0.10 0.12 0.12 0.08 0.24 0.10 0.05 0.14 0.19 0.10 0.08 0.09 0.18 0.12 0.09 0.08 0.17 0.07 0.04
C2 0.23 0.25 0.18 0.15 0.23 0.17 0.23 0.15 0.23 0.23 0.24 0.26 0.24 0.23 0.23 0.19 0.13 0.23 0.18 0.13 0.19 0.18
C2' 0.13 0.15 0.11 0.07 0.10 0.09 0.11 0.21 0.12 0.13 0.13 0.17 0.15 0.16 0.08 0.19 0.09 0.05 0.04 0.15 0.09 0.06
C3' 0.11 0.19 0.13 0.06 0.11 0.06 0.08 0.18 0.10 0.10 0.15 0.19 0.10 0.11 0.06 0.24 0.07 0.06 0.04 0.15 0.09 0.06
C4 0.16 0.19 0.11 0.06 0.16 0.06 0.15 0.06 0.16 0.15 0.18 0.20 0.17 0.16 0.14 0.14 0.04 0.11 0.05 0.12 0.11 0.07
C4' 0.12 0.19 0.13 0.07 0.11 0.09 0.05 0.23 0.08 0.06 0.15 0.20 0.07 0.08 0.06 0.25 0.07 0.09 0.07 0.16 0.08 0.05
C5 0.17 0.20 0.14 0.10 0.17 0.10 0.16 0.04 0.17 0.16 0.18 0.20 0.17 0.17 0.15 0.17 0.06 0.12 0.09 0.11 0.13 0.11
C5' 0.10 0.21 0.14 0.06 0.10 0.07 0.06 0.21 0.09 0.07 0.16 0.20 0.08 0.09 0.04 0.27 0.07 0.08 0.06 0.15 0.09 0.04
C6 0.21 0.23 0.19 0.16 0.21 0.17 0.20 0.13 0.21 0.20 0.22 0.24 0.21 0.20 0.20 0.20 0.12 0.19 0.16 0.13 0.18 0.17
C8 0.12 0.17 0.10 0.04 0.11 0.03 0.10 0.11 0.11 0.10 0.14 0.17 0.12 0.12 0.09 0.17 0.03 0.05 0.02 0.14 0.08 0.02
N1 0.23 0.25 0.20 0.18 0.23 0.19 0.22 0.18 0.23 0.22 0.24 0.26 0.23 0.23 0.22 0.21 0.14 0.22 0.19 0.15 0.20 0.19
N2 0.28 0.30 0.22 0.21 0.28 0.23 0.27 0.24 0.28 0.27 0.29 0.31 0.28 0.27 0.28 0.24 0.20 0.30 0.26 0.18 0.23 0.25
N3 0.20 0.22 0.13 0.09 0.20 0.10 0.19 0.07 0.20 0.18 0.20 0.23 0.20 0.20 0.18 0.15 0.09 0.17 0.09 0.11 0.14 0.10
N7 0.14 0.18 0.13 0.08 0.14 0.07 0.13 0.04 0.13 0.12 0.15 0.18 0.14 0.14 0.12 0.18 0.05 0.08 0.05 0.12 0.11 0.07
N9 0.12 0.16 0.08 0.04 0.12 0.04 0.10 0.15 0.11 0.10 0.14 0.17 0.13 0.12 0.09 0.14 0.05 0.04 0.03 0.15 0.08 0.02
O2' 0.22 0.17 0.20 0.19 0.13 0.23 0.09 0.29 0.11 0.07 0.13 0.20 0.14 0.13 0.12 0.28 0.21 0.22 0.10 0.13 0.10 0.06
O3' 0.11 0.20 0.17 0.10 0.11 0.08 0.07 0.15 0.10 0.09 0.15 0.20 0.09 0.10 0.05 0.30 0.13 0.09 0.06 0.11 0.12 0.07
O4' 0.15 0.19 0.13 0.10 0.12 0.12 0.05 0.25 0.08 0.04 0.14 0.20 0.06 0.05 0.09 0.22 0.10 0.11 0.10 0.18 0.10 0.08
O5' 0.07 0.14 0.10 0.03 0.08 0.06 0.10 0.20 0.10 0.14 0.12 0.13 0.11 0.15 0.08 0.20 0.03 0.13 0.05 0.16 0.07 0.03
O6 0.22 0.24 0.21 0.18 0.22 0.19 0.21 0.16 0.21 0.21 0.23 0.25 0.22 0.21 0.21 0.22 0.15 0.20 0.18 0.15 0.19 0.19
OP1 0.15 0.12 0.09 0.14 0.15 0.19 0.18 0.29 0.16 0.24 0.12 0.12 0.18 0.24 0.19 0.10 0.11 0.28 0.13 0.20 0.08 0.10
OP2 0.07 0.06 0.04 0.08 0.06 0.12 0.10 0.21 0.07 0.15 0.05 0.06 0.10 0.15 0.10 0.06 0.08 0.19 0.06 0.18 0.09 0.06
P 0.03 0.07 0.02 0.05 0.04 0.10 0.08 0.21 0.07 0.14 0.06 0.05 0.10 0.15 0.08 0.13 0.04 0.16 0.04 0.16 0.09 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.12 0.22 0.17
C2 0.04 0.00 0.12 0.07 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.20 0.11 0.03 0.14 0.13 0.16 0.14
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.06 0.05 0.09 0.12 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.10 0.06
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.03 0.04 0.14 0.04 0.09 0.07 0.13 0.05 0.03 0.01 0.03 0.07 0.07 0.12 0.08
C4 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.11 0.03 0.02 0.16 0.13 0.19 0.14
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.04 0.13 0.02 0.07 0.07 0.13 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.07 0.07 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.01 0.20 0.16 0.18 0.14
C5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.07 0.02 0.15 0.00 0.13 0.21 0.08 0.05 0.18 0.23 0.09 0.05 0.05 0.03 0.01 0.07 0.03 0.01
C6 0.03 0.01 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.04 0.02 0.20 0.16 0.17 0.15
C8 0.02 0.01 0.05 0.14 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.13 0.04 0.23 0.17 0.22 0.16
N1 0.04 0.00 0.09 0.04 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.07 0.02 0.17 0.14 0.16 0.13
N3 0.05 0.00 0.12 0.09 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.11 0.04 0.14 0.13 0.19 0.15
N6 0.03 0.01 0.05 0.07 0.02 0.07 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.05 0.01 0.24 0.19 0.18 0.17
N7 0.02 0.02 0.03 0.13 0.00 0.13 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.13 0.04 0.26 0.19 0.21 0.17
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.16 0.13 0.22 0.15
O2' 0.02 0.20 0.00 0.03 0.11 0.03 0.08 0.05 0.13 0.03 0.17 0.19 0.12 0.03 0.04 0.00 0.04 0.02 0.07 0.09 0.10 0.07
O3' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.04 0.13 0.07 0.11 0.05 0.13 0.04 0.04 0.00 0.02 0.18 0.16 0.25 0.17
O4' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.22 0.17 0.30 0.25
O5' 0.14 0.14 0.04 0.07 0.16 0.04 0.20 0.01 0.20 0.23 0.17 0.14 0.24 0.26 0.16 0.07 0.18 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.12 0.13 0.06 0.07 0.13 0.07 0.16 0.07 0.16 0.17 0.14 0.13 0.19 0.19 0.13 0.09 0.16 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.16 0.10 0.12 0.19 0.07 0.18 0.03 0.17 0.22 0.16 0.19 0.18 0.21 0.22 0.10 0.25 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.14 0.06 0.08 0.14 0.05 0.14 0.01 0.15 0.16 0.13 0.15 0.17 0.17 0.15 0.07 0.17 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00