ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48472

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.011, 0.029, 0.048, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.005, 0.024, 0.042, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.009, 0.029, 0.048, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.004, 0.024, 0.045, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.005, 0.026, 0.048, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.021
C6 A 0, 0.004, 0.025, 0.047, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.014, 0.037, 0.060, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.037 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.017, 0.046, 0.075, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.046 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.009, 0.057, 0.105, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.057 std_dev=0.048
O6 A 0, 0.016, 0.075, 0.135, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.075 std_dev=0.059
P B 0, 0.245, 0.637, 1.028, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.637 std_dev=0.391
OP2 B 0, 0.113, 0.660, 1.207, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.660 std_dev=0.547
O5' B 0, 0.526, 1.317, 2.109, 2.087 max_d=2.087 avg_d=1.317 std_dev=0.791
OP1 B 0, 0.552, 1.539, 2.526, 2.752 max_d=2.752 avg_d=1.539 std_dev=0.987
O4' A 0, 0.291, 1.364, 2.438, 2.458 max_d=2.458 avg_d=1.364 std_dev=1.074
C2' A 0, 0.279, 1.491, 2.703, 2.771 max_d=2.771 avg_d=1.491 std_dev=1.212
C5' B 0, -0.064, 1.190, 2.444, 3.275 max_d=3.275 avg_d=1.190 std_dev=1.254
C4' A 0, 0.433, 1.813, 3.194, 3.195 max_d=3.195 avg_d=1.813 std_dev=1.381
C3' A 0, 0.453, 2.041, 3.628, 3.621 max_d=3.621 avg_d=2.041 std_dev=1.587
O3' A 0, 0.669, 2.453, 4.238, 4.238 max_d=4.238 avg_d=2.453 std_dev=1.784
C4' B 0, 1.040, 2.832, 4.625, 4.936 max_d=4.936 avg_d=2.832 std_dev=1.792
O2' A 0, 0.272, 2.178, 4.084, 4.228 max_d=4.228 avg_d=2.178 std_dev=1.906
O4' B 0, 1.465, 3.571, 5.677, 5.395 max_d=5.395 avg_d=3.571 std_dev=2.106
C3' B 0, 1.806, 4.465, 7.123, 6.998 max_d=6.998 avg_d=4.465 std_dev=2.658
C5' A 0, 0.707, 3.421, 6.135, 6.087 max_d=6.087 avg_d=3.421 std_dev=2.714
C1' B 0, 2.215, 5.308, 8.401, 7.680 max_d=7.680 avg_d=5.308 std_dev=3.093
C2' B 0, 2.365, 5.638, 8.910, 8.051 max_d=8.051 avg_d=5.638 std_dev=3.273
O5' A 0, 0.744, 4.101, 7.457, 7.638 max_d=7.638 avg_d=4.101 std_dev=3.357
O3' B 0, 2.417, 5.984, 9.551, 9.411 max_d=9.411 avg_d=5.984 std_dev=3.567
N9 B 0, 2.636, 6.484, 10.331, 9.599 max_d=9.599 avg_d=6.484 std_dev=3.848
C8 B 0, 2.877, 7.137, 11.398, 10.586 max_d=10.586 avg_d=7.137 std_dev=4.260
P A 0, 1.046, 5.324, 9.602, 9.696 max_d=9.696 avg_d=5.324 std_dev=4.278
O2' B 0, 3.154, 7.477, 11.801, 10.334 max_d=10.334 avg_d=7.477 std_dev=4.324
N3 B 0, 3.002, 7.394, 11.786, 10.975 max_d=10.975 avg_d=7.394 std_dev=4.392
OP2 A 0, 0.917, 5.354, 9.791, 9.984 max_d=9.984 avg_d=5.354 std_dev=4.437
OP1 A 0, 1.335, 5.808, 10.282, 10.166 max_d=10.166 avg_d=5.808 std_dev=4.473
C4 B 0, 3.061, 7.558, 12.055, 11.211 max_d=11.211 avg_d=7.558 std_dev=4.497
N7 B 0, 3.492, 8.632, 13.771, 12.698 max_d=12.698 avg_d=8.632 std_dev=5.140
C2 B 0, 3.604, 8.874, 14.143, 13.100 max_d=13.100 avg_d=8.874 std_dev=5.269
C5 B 0, 3.637, 8.965, 14.293, 13.185 max_d=13.185 avg_d=8.965 std_dev=5.328
N1 B 0, 4.261, 10.439, 16.618, 15.258 max_d=15.258 avg_d=10.439 std_dev=6.178
C6 B 0, 4.296, 10.525, 16.753, 15.349 max_d=15.349 avg_d=10.525 std_dev=6.228
N6 B 0, 4.980, 12.131, 19.281, 17.526 max_d=17.526 avg_d=12.131 std_dev=7.150

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.31 0.01 0.28 0.05 0.14 0.27 0.13
C2 0.03 0.00 0.23 0.39 0.00 0.69 0.01 1.39 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.35 0.48 1.00 0.01 1.56 0.55 0.98
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.15 0.01 0.10 0.23 0.15 0.08 0.20 0.24 0.23 0.05 0.04 0.00 0.04 0.02 0.14 0.15 0.24 0.24 0.02
C3' 0.02 0.39 0.01 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.09 0.48 0.22 0.54 0.40 0.41 0.16 0.01 0.00 0.01 0.34 0.13 0.42 0.29 0.11
C4 0.01 0.00 0.15 0.10 0.00 0.30 0.01 0.63 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.19 0.21 0.25 0.20 0.03 0.57 0.21 0.08
C4' 0.01 0.69 0.01 0.00 0.30 0.00 0.10 0.01 0.24 0.44 0.50 0.88 0.68 0.30 0.06 0.27 0.02 0.00 0.01 0.17 0.19 0.70 0.23
C5 0.02 0.01 0.10 0.14 0.01 0.10 0.00 0.31 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.36 0.09 0.10 0.44 0.04 0.28 0.86 0.51
C5' 0.10 1.39 0.23 0.01 0.63 0.01 0.31 0.00 0.57 0.61 1.04 1.76 1.30 0.42 0.11 0.04 0.23 0.01 0.01 0.42 0.35 0.31 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.09 0.02 0.24 0.02 0.57 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.34 0.14 0.20 0.20 0.01 0.51 0.72 0.24
C8 0.02 0.01 0.08 0.48 0.01 0.44 0.01 0.61 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.46 0.10 0.29 1.33 0.07 0.93 1.46 1.35
N1 0.02 0.00 0.20 0.22 0.01 0.50 0.01 1.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.18 0.25 0.36 0.56 0.01 1.13 0.08 0.46
N2 0.05 0.00 0.24 0.54 0.01 0.88 0.02 1.76 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.18 0.41 0.58 1.52 0.02 2.15 1.06 1.55
N3 0.03 0.00 0.23 0.40 0.00 0.68 0.01 1.30 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.37 0.49 0.91 0.02 1.36 0.61 0.89
N7 0.02 0.01 0.05 0.41 0.01 0.30 0.00 0.42 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.49 0.09 0.17 1.17 0.07 0.81 1.63 1.31
N9 0.01 0.00 0.04 0.16 0.00 0.06 0.02 0.11 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.13 0.02 0.53 0.06 0.21 0.50 0.45
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.19 0.27 0.36 0.04 0.34 0.46 0.18 0.18 0.11 0.49 0.24 0.00 0.03 0.19 0.25 0.43 0.35 0.27 0.10
O3' 0.31 0.35 0.04 0.00 0.21 0.02 0.09 0.23 0.14 0.10 0.25 0.41 0.37 0.09 0.13 0.03 0.00 0.22 0.40 0.10 0.59 0.48 0.12
O4' 0.01 0.48 0.02 0.01 0.25 0.00 0.10 0.01 0.20 0.29 0.36 0.58 0.49 0.17 0.02 0.19 0.22 0.00 0.30 0.15 0.22 0.44 0.16
O5' 0.28 1.00 0.14 0.34 0.20 0.01 0.44 0.01 0.20 1.33 0.56 1.52 0.91 1.17 0.53 0.25 0.40 0.30 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01
O6 0.05 0.01 0.15 0.13 0.03 0.17 0.04 0.42 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.07 0.06 0.43 0.10 0.15 0.37 0.00 0.36 1.10 0.54
OP1 0.14 1.56 0.24 0.42 0.57 0.19 0.28 0.35 0.51 0.93 1.13 2.15 1.36 0.81 0.21 0.35 0.59 0.22 0.00 0.36 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.55 0.24 0.29 0.21 0.70 0.86 0.31 0.72 1.46 0.08 1.06 0.61 1.63 0.50 0.27 0.48 0.44 0.01 1.10 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.98 0.02 0.11 0.08 0.23 0.51 0.01 0.24 1.35 0.46 1.55 0.89 1.31 0.45 0.10 0.12 0.16 0.01 0.54 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.65 2.20 1.26 0.67 1.96 1.00 2.08 0.59 2.28 1.78 2.34 1.98 2.37 1.94 1.79 1.73 0.62 1.66 0.50 0.65 0.08 0.12
C2 1.28 1.94 0.79 0.34 1.85 0.85 2.10 0.67 2.26 1.79 2.18 1.74 2.39 2.04 1.64 1.01 0.26 1.36 0.46 0.43 0.21 0.05
C2' 1.56 1.75 1.45 0.86 1.65 0.95 1.73 0.39 1.86 1.58 1.88 1.62 1.95 1.67 1.58 2.09 0.87 1.41 0.34 0.74 0.19 0.24
C3' 0.79 0.96 0.88 0.83 0.74 0.59 0.84 0.57 1.05 0.65 1.12 0.76 1.17 0.74 0.68 1.56 1.20 0.58 0.48 1.34 0.78 0.84
C4 1.47 2.24 0.97 0.50 1.99 1.00 2.22 0.70 2.48 1.83 2.49 1.96 2.62 2.08 1.75 1.34 0.44 1.57 0.49 0.53 0.16 0.08
C4' 0.65 1.01 0.81 1.25 0.60 0.84 0.67 1.01 0.96 0.38 1.13 0.74 1.07 0.46 0.47 1.26 1.72 0.44 0.97 1.94 1.32 1.34
C5 1.48 2.37 0.98 0.50 2.09 1.02 2.38 0.74 2.71 1.91 2.70 2.05 2.93 2.23 1.80 1.35 0.46 1.55 0.50 0.44 0.21 0.06
C5' 1.17 0.59 1.59 2.35 0.58 1.94 0.63 2.23 0.71 0.97 0.78 0.42 0.85 0.78 0.88 1.52 2.70 1.19 2.23 3.11 2.56 2.57
C6 1.42 2.31 0.92 0.44 2.08 0.97 2.43 0.75 2.75 1.95 2.66 2.00 3.02 2.31 1.79 1.23 0.41 1.46 0.48 0.34 0.25 0.03
C8 1.61 2.46 1.17 0.64 2.11 1.07 2.32 0.72 2.66 1.88 2.73 2.13 2.84 2.15 1.84 1.64 0.59 1.65 0.52 0.53 0.14 0.09
N1 1.33 2.10 0.86 0.39 1.97 0.89 2.30 0.71 2.52 1.90 2.40 1.85 2.73 2.23 1.72 1.10 0.34 1.36 0.47 0.33 0.26 0.03
N2 1.13 1.64 0.74 0.30 1.64 0.71 1.86 0.58 1.94 1.68 1.83 1.50 2.06 1.88 1.50 0.86 0.19 1.17 0.43 0.40 0.21 0.05
N3 1.36 2.01 0.84 0.39 1.86 0.91 2.06 0.65 2.24 1.75 2.21 1.79 2.34 1.96 1.65 1.13 0.33 1.48 0.47 0.57 0.15 0.09
N7 1.57 2.50 1.09 0.58 2.15 1.07 2.42 0.76 2.79 1.93 2.83 2.14 3.04 2.25 1.85 1.52 0.55 1.62 0.52 0.45 0.19 0.07
N9 1.58 2.32 1.13 0.61 2.02 1.04 2.20 0.68 2.47 1.82 2.54 2.03 2.60 2.04 1.79 1.57 0.56 1.64 0.51 0.58 0.12 0.10
O2' 2.52 2.51 2.45 1.67 2.55 1.70 2.59 1.05 2.63 2.50 2.59 2.49 2.67 2.55 2.53 3.07 1.39 2.25 1.12 0.53 0.79 0.68
O3' 1.08 1.09 1.22 0.83 1.00 0.60 1.04 0.28 1.17 0.94 1.19 1.01 1.25 0.98 0.98 1.94 1.15 0.79 0.14 1.10 0.47 0.55
O4' 0.95 1.73 0.67 0.79 1.30 0.49 1.39 0.50 1.68 0.97 1.85 1.43 1.78 1.16 1.04 1.17 1.21 0.90 0.47 1.54 0.90 0.88
O5' 1.71 1.06 2.19 2.93 1.22 2.37 1.27 2.49 1.27 1.56 1.24 1.04 1.38 1.42 1.48 1.95 3.27 1.66 2.55 3.25 2.90 2.81
O6 1.43 2.36 0.95 0.46 2.12 0.97 2.50 0.77 2.85 2.00 2.74 2.03 3.20 2.41 1.83 1.26 0.45 1.45 0.49 0.29 0.27 0.01
OP1 2.62 1.53 3.31 3.88 2.09 2.98 2.21 3.02 2.00 2.75 1.73 1.68 2.12 2.56 2.49 3.15 4.17 2.39 3.35 4.11 4.02 3.71
OP2 2.41 1.96 2.92 3.43 2.08 2.64 2.10 2.43 2.12 2.24 2.09 1.98 2.21 2.16 2.23 2.88 4.06 2.09 2.53 2.97 2.87 2.65
P 2.53 1.72 3.13 3.76 2.05 2.93 2.09 2.85 2.00 2.44 1.86 1.81 2.08 2.29 2.33 2.95 4.29 2.30 3.01 3.55 3.40 3.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.23 0.01 0.07 0.29 0.11 0.06
C2 0.05 0.00 0.27 0.16 0.02 0.28 0.02 0.36 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.20 0.15 0.38 0.24 0.40 0.35 0.31
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.15 0.02 0.08 0.09 0.13 0.16 0.21 0.27 0.09 0.07 0.01 0.00 0.05 0.02 0.23 0.64 0.50 0.39
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.23 0.01 0.33 0.01 0.32 0.35 0.24 0.12 0.37 0.39 0.22 0.01 0.01 0.02 0.01 0.60 0.26 0.24
C4 0.02 0.02 0.15 0.23 0.00 0.08 0.01 0.15 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.05 0.19 0.22 0.20 0.39 0.33
C4' 0.04 0.28 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.08 0.34 0.18 0.28 0.12 0.29 0.10 0.25 0.02 0.00 0.03 0.28 0.13 0.08
C5 0.02 0.02 0.08 0.33 0.01 0.11 0.00 0.24 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.12 0.09 0.40 0.40 0.72 0.59
C5' 0.03 0.36 0.09 0.01 0.15 0.00 0.24 0.00 0.21 0.50 0.26 0.34 0.28 0.47 0.17 0.15 0.14 0.02 0.01 0.11 0.12 0.03
C6 0.03 0.01 0.13 0.32 0.02 0.08 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.10 0.17 0.37 0.46 0.76 0.60
C8 0.01 0.03 0.16 0.35 0.01 0.34 0.00 0.50 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.45 0.19 0.20 0.59 0.48 0.70 0.69
N1 0.05 0.01 0.21 0.24 0.03 0.18 0.02 0.26 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.13 0.04 0.31 0.26 0.40 0.57 0.44
N3 0.04 0.01 0.27 0.12 0.01 0.28 0.01 0.34 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.21 0.19 0.38 0.22 0.35 0.22 0.24
N6 0.02 0.02 0.09 0.37 0.01 0.12 0.01 0.28 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.27 0.19 0.11 0.48 0.63 0.98 0.77
N7 0.01 0.02 0.07 0.39 0.01 0.29 0.00 0.47 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.42 0.24 0.10 0.62 0.61 0.94 0.82
N9 0.00 0.03 0.01 0.22 0.01 0.10 0.01 0.17 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.19 0.04 0.01 0.23 0.10 0.32 0.31
O2' 0.02 0.20 0.00 0.01 0.11 0.25 0.25 0.15 0.20 0.45 0.13 0.21 0.27 0.42 0.19 0.00 0.12 0.19 0.13 0.58 0.53 0.31
O3' 0.23 0.15 0.05 0.01 0.05 0.02 0.12 0.14 0.10 0.19 0.04 0.19 0.19 0.24 0.04 0.12 0.00 0.12 0.19 0.53 0.10 0.13
O4' 0.01 0.38 0.02 0.02 0.19 0.00 0.09 0.02 0.17 0.20 0.31 0.38 0.11 0.10 0.01 0.19 0.12 0.00 0.14 0.19 0.17 0.13
O5' 0.07 0.24 0.23 0.01 0.22 0.03 0.40 0.01 0.37 0.59 0.26 0.22 0.48 0.62 0.23 0.13 0.19 0.14 0.00 0.04 0.01 0.01
OP1 0.29 0.40 0.64 0.60 0.20 0.28 0.40 0.11 0.46 0.48 0.40 0.35 0.63 0.61 0.10 0.58 0.53 0.19 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.35 0.50 0.26 0.39 0.13 0.72 0.12 0.76 0.70 0.57 0.22 0.98 0.94 0.32 0.53 0.10 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.31 0.39 0.24 0.33 0.08 0.59 0.03 0.60 0.69 0.44 0.24 0.77 0.82 0.31 0.31 0.13 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00