ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48473

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.013, 0.035, 0.057, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.035 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.016, 0.040, 0.064, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.040 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.007, 0.033, 0.058, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.033 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.012, 0.045, 0.079, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.045 std_dev=0.034
C4' A 0, 0.023, 0.061, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.061 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.028, 0.082, 0.136, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.082 std_dev=0.054
N7 A 0, 0.008, 0.063, 0.117, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.063 std_dev=0.054
C8 A 0, 0.011, 0.068, 0.124, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.068 std_dev=0.056
C3' A 0, 0.039, 0.101, 0.163, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.101 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.052, 0.135, 0.218, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.135 std_dev=0.083
C5' A 0, 0.020, 0.107, 0.195, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.107 std_dev=0.087
O3' A 0, 0.053, 0.152, 0.251, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.152 std_dev=0.099
O5' A 0, 0.060, 0.180, 0.300, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.180 std_dev=0.120
OP1 A 0, 0.066, 0.256, 0.445, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.256 std_dev=0.189
OP2 B 0, 0.032, 0.232, 0.431, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.232 std_dev=0.199
P B 0, 0.028, 0.239, 0.450, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.239 std_dev=0.211
P A 0, 0.073, 0.288, 0.503, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.288 std_dev=0.215
O3' B 0, 0.019, 0.237, 0.455, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.237 std_dev=0.218
C5' B 0, 0.011, 0.243, 0.474, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.243 std_dev=0.231
O5' B 0, 0.017, 0.252, 0.486, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.252 std_dev=0.235
C4' B 0, 0.016, 0.252, 0.489, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.252 std_dev=0.236
OP1 B 0, 0.045, 0.283, 0.522, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.283 std_dev=0.238
O2' B 0, 0.009, 0.249, 0.490, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.249 std_dev=0.241
C3' B 0, 0.021, 0.268, 0.514, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.268 std_dev=0.247
O4' B 0, 0.017, 0.284, 0.550, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.284 std_dev=0.266
C2' B 0, 0.006, 0.276, 0.546, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.276 std_dev=0.270
C1' B 0, 0.010, 0.310, 0.609, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.310 std_dev=0.299
OP2 A 0, 0.088, 0.404, 0.719, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.404 std_dev=0.316
C8 B 0, 0.025, 0.355, 0.685, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.355 std_dev=0.330
N9 B 0, 0.023, 0.371, 0.719, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.371 std_dev=0.348
N7 B 0, 0.032, 0.412, 0.791, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.412 std_dev=0.380
C4 B 0, 0.037, 0.453, 0.869, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.453 std_dev=0.416
C5 B 0, 0.041, 0.469, 0.897, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.469 std_dev=0.428
N3 B 0, 0.045, 0.504, 0.964, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.504 std_dev=0.459
C6 B 0, 0.052, 0.542, 1.031, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.542 std_dev=0.489
N6 B 0, 0.050, 0.560, 1.070, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.560 std_dev=0.510
C2 B 0, 0.058, 0.574, 1.090, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.574 std_dev=0.516
N1 B 0, 0.063, 0.596, 1.129, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.596 std_dev=0.533

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.06 0.00 0.05 0.06 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01
C4 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.04 0.05 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.07 0.06
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.07 0.00 0.07 0.08 0.07
C8 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.05 0.04 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.00 0.06 0.08 0.06
N2 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.00 0.05 0.07 0.05
N3 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.04 0.05 0.04
N7 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.03 0.01
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.05 0.07 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03
O5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.02 0.00
O6 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.02 0.08 0.00 0.08 0.10 0.09
OP1 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.05 0.04 0.07 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01
OP2 0.01 0.06 0.03 0.04 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.04 0.08 0.07 0.05 0.07 0.03 0.03 0.07 0.02 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.05 0.06 0.05 0.04 0.07 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.09 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.07 0.09 0.02 0.02 0.05 0.08 0.03 0.05 0.01 0.10 0.03 0.03
C2 0.08 0.10 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06
C2' 0.07 0.10 0.07 0.06 0.08 0.06 0.05 0.05 0.06 0.03 0.08 0.10 0.03 0.03 0.06 0.08 0.05 0.06 0.03 0.07 0.02 0.02
C3' 0.05 0.09 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.07 0.09 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.08 0.03 0.02
C4 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05 0.05 0.06 0.08 0.04 0.07 0.04 0.08 0.04 0.04
C4' 0.02 0.07 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.07 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.10 0.05 0.04
C5 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.08 0.04 0.04
C5' 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.11 0.05 0.06
C6 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.08 0.06 0.06
C8 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.07 0.02 0.02 0.04 0.07 0.03 0.05 0.02 0.09 0.03 0.03
N1 0.04 0.07 0.04 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.08 0.06 0.06
N2 0.10 0.13 0.08 0.08 0.12 0.10 0.11 0.11 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11 0.08 0.06 0.11 0.10 0.07 0.08 0.08
N3 0.09 0.11 0.08 0.08 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.07 0.10 0.11 0.07 0.08 0.09 0.09 0.06 0.10 0.07 0.07 0.05 0.04
N7 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.08 0.04 0.04
N9 0.06 0.08 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.03 0.07 0.08 0.03 0.03 0.05 0.08 0.03 0.06 0.03 0.09 0.03 0.03
O2' 0.07 0.11 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.04 0.09 0.11 0.04 0.04 0.06 0.09 0.06 0.06 0.04 0.07 0.05 0.04
O3' 0.04 0.10 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.06 0.03 0.08 0.09 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.02 0.02
O4' 0.03 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.12 0.05 0.06
O5' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.11 0.04 0.05
O6 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.03 0.01 0.07 0.07 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.09 0.06 0.07
OP1 0.03 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.10 0.03 0.04
OP2 0.04 0.07 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.07 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.11 0.02 0.03
P 0.03 0.07 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.10 0.02 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04
C5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.05 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.04
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.07 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03
O5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.06 0.07 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05 0.03 0.02 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00