ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48474

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O2' A 0, 0.016, 0.042, 0.068, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.042 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.008, 0.038, 0.067, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.038 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.004, 0.035, 0.066, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.035 std_dev=0.031
C4' A 0, 0.018, 0.067, 0.116, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.020, 0.077, 0.135, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.077 std_dev=0.057
C5' A 0, 0.037, 0.100, 0.163, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.100 std_dev=0.063
N7 B 0, 0.055, 0.151, 0.246, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.151 std_dev=0.095
O5' A 0, 0.055, 0.151, 0.247, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.151 std_dev=0.096
O3' A 0, 0.029, 0.136, 0.243, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.136 std_dev=0.107
OP2 B 0, 0.057, 0.167, 0.278, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.167 std_dev=0.111
P A 0, 0.017, 0.146, 0.275, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.146 std_dev=0.129
OP1 A 0, 0.026, 0.166, 0.306, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.166 std_dev=0.140
C8 B 0, 0.062, 0.206, 0.349, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.206 std_dev=0.144
O3' B 0, 0.072, 0.225, 0.378, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.225 std_dev=0.153
C5 B 0, 0.055, 0.212, 0.369, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.157
OP2 A 0, -0.002, 0.180, 0.361, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.180 std_dev=0.181
C3' B 0, 0.024, 0.207, 0.390, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.207 std_dev=0.183
P B 0, 0.045, 0.229, 0.413, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.229 std_dev=0.184
O5' B 0, 0.074, 0.263, 0.451, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.263 std_dev=0.188
N9 B 0, 0.052, 0.244, 0.436, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.244 std_dev=0.192
C2' B 0, 0.015, 0.218, 0.420, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.218 std_dev=0.202
C4 B 0, 0.050, 0.257, 0.464, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.257 std_dev=0.207
C6 B 0, 0.053, 0.281, 0.510, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.281 std_dev=0.229
N6 B 0, 0.052, 0.285, 0.517, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.285 std_dev=0.233
O2' B 0, 0.051, 0.289, 0.527, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.289 std_dev=0.238
C1' B 0, 0.042, 0.282, 0.522, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.282 std_dev=0.240
C4' B 0, 0.037, 0.279, 0.521, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.279 std_dev=0.242
O4' B 0, 0.045, 0.330, 0.615, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.330 std_dev=0.285
C5' B 0, 0.070, 0.356, 0.641, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.356 std_dev=0.285
N3 B 0, 0.042, 0.338, 0.634, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.338 std_dev=0.296
N1 B 0, 0.047, 0.376, 0.706, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.376 std_dev=0.329
OP1 B 0, 0.061, 0.393, 0.725, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.393 std_dev=0.332
C2 B 0, 0.042, 0.388, 0.734, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.388 std_dev=0.346

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.13 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.06 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.09 0.13 0.09
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.10 0.01 0.12 0.15 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.09 0.00 0.12 0.16 0.11
C8 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.12 0.03 0.12 0.15 0.12
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.08 0.00 0.11 0.15 0.11
N2 0.04 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.06 0.01 0.08 0.12 0.08
N3 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.11 0.08
N7 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.12 0.02 0.13 0.17 0.14
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.09 0.12 0.09
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.05 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04
O5' 0.05 0.07 0.02 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.09 0.12 0.08 0.06 0.06 0.12 0.09 0.03 0.04 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01
O6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.10 0.00 0.12 0.17 0.12
OP1 0.06 0.09 0.05 0.05 0.09 0.04 0.12 0.04 0.12 0.12 0.11 0.08 0.08 0.13 0.09 0.05 0.05 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.13 0.06 0.05 0.13 0.03 0.15 0.02 0.16 0.15 0.15 0.12 0.11 0.17 0.12 0.05 0.03 0.05 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.09 0.03 0.02 0.09 0.02 0.12 0.01 0.11 0.12 0.11 0.08 0.08 0.14 0.09 0.03 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.04 0.04 0.06 0.01 0.06 0.04 0.11 0.09 0.11 0.06 0.15 0.06 0.08 0.05 0.08 0.08 0.14 0.11 0.07 0.07
C2 0.14 0.02 0.08 0.04 0.05 0.06 0.01 0.07 0.06 0.11 0.05 0.05 0.11 0.03 0.12 0.11 0.08 0.14 0.10 0.17 0.09 0.11
C2' 0.06 0.10 0.03 0.06 0.06 0.03 0.06 0.09 0.12 0.06 0.13 0.07 0.16 0.04 0.06 0.05 0.10 0.04 0.10 0.05 0.10 0.06
C3' 0.04 0.14 0.04 0.07 0.07 0.05 0.08 0.11 0.15 0.04 0.17 0.10 0.18 0.02 0.04 0.04 0.10 0.01 0.10 0.05 0.10 0.06
C4 0.12 0.06 0.06 0.02 0.05 0.04 0.04 0.05 0.09 0.11 0.10 0.05 0.14 0.05 0.10 0.08 0.06 0.12 0.13 0.18 0.08 0.11
C4' 0.03 0.15 0.04 0.07 0.07 0.04 0.08 0.08 0.15 0.04 0.18 0.10 0.20 0.02 0.04 0.04 0.10 0.01 0.12 0.06 0.09 0.06
C5 0.12 0.08 0.06 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.10 0.11 0.11 0.04 0.15 0.05 0.10 0.09 0.07 0.11 0.13 0.19 0.09 0.12
C5' 0.03 0.18 0.05 0.08 0.08 0.05 0.09 0.08 0.17 0.03 0.20 0.12 0.21 0.02 0.04 0.04 0.10 0.01 0.11 0.06 0.09 0.05
C6 0.13 0.06 0.07 0.04 0.04 0.06 0.03 0.08 0.09 0.11 0.10 0.03 0.14 0.04 0.10 0.10 0.08 0.12 0.11 0.20 0.10 0.13
C8 0.10 0.12 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04 0.13 0.10 0.15 0.07 0.18 0.06 0.09 0.07 0.06 0.10 0.15 0.17 0.08 0.11
N1 0.14 0.03 0.08 0.05 0.04 0.06 0.01 0.08 0.07 0.10 0.07 0.03 0.12 0.03 0.11 0.11 0.09 0.13 0.10 0.19 0.09 0.12
N2 0.16 0.02 0.09 0.06 0.07 0.08 0.02 0.09 0.05 0.10 0.04 0.06 0.10 0.03 0.12 0.12 0.10 0.16 0.08 0.14 0.09 0.10
N3 0.13 0.03 0.06 0.02 0.06 0.04 0.03 0.05 0.06 0.12 0.06 0.05 0.11 0.05 0.11 0.09 0.07 0.13 0.12 0.16 0.07 0.10
N7 0.10 0.11 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.06 0.13 0.10 0.15 0.06 0.18 0.05 0.08 0.07 0.07 0.10 0.13 0.19 0.09 0.12
N9 0.11 0.09 0.05 0.02 0.06 0.03 0.05 0.04 0.11 0.11 0.12 0.06 0.15 0.06 0.10 0.08 0.06 0.11 0.15 0.16 0.07 0.10
O2' 0.06 0.08 0.03 0.05 0.06 0.02 0.06 0.07 0.10 0.07 0.10 0.06 0.13 0.05 0.06 0.04 0.09 0.05 0.12 0.06 0.10 0.06
O3' 0.04 0.17 0.05 0.08 0.08 0.08 0.08 0.13 0.16 0.01 0.19 0.13 0.18 0.01 0.04 0.05 0.09 0.04 0.09 0.08 0.12 0.07
O4' 0.06 0.12 0.03 0.05 0.06 0.01 0.07 0.04 0.13 0.07 0.15 0.08 0.18 0.04 0.06 0.04 0.09 0.06 0.13 0.09 0.07 0.06
O5' 0.03 0.16 0.04 0.08 0.07 0.06 0.08 0.11 0.16 0.03 0.19 0.11 0.20 0.01 0.03 0.03 0.11 0.01 0.09 0.04 0.08 0.03
O6 0.12 0.07 0.07 0.05 0.03 0.06 0.03 0.08 0.10 0.10 0.11 0.03 0.14 0.04 0.10 0.10 0.08 0.12 0.11 0.21 0.10 0.13
OP1 0.08 0.19 0.08 0.09 0.10 0.07 0.09 0.10 0.16 0.06 0.21 0.14 0.19 0.05 0.08 0.09 0.10 0.06 0.11 0.03 0.06 0.01
OP2 0.10 0.19 0.10 0.11 0.12 0.10 0.11 0.15 0.18 0.08 0.21 0.15 0.21 0.07 0.09 0.11 0.14 0.08 0.08 0.04 0.08 0.02
P 0.06 0.18 0.06 0.09 0.09 0.07 0.09 0.11 0.17 0.04 0.20 0.13 0.20 0.03 0.06 0.06 0.12 0.04 0.09 0.04 0.08 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.12 0.10 0.03
C2 0.04 0.00 0.15 0.14 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.16 0.18 0.02 0.18 0.13 0.03 0.02
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.00 0.08 0.06 0.13 0.15 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.02 0.07
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.09 0.11 0.13 0.04 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.25 0.07 0.12
C4 0.02 0.01 0.08 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.16 0.13 0.04 0.01
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.15 0.14 0.04 0.02
C5' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.03 0.04 0.04 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00
C6 0.03 0.01 0.08 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.01 0.16 0.14 0.05 0.03
C8 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.01 0.11 0.13 0.03 0.01
N1 0.04 0.00 0.13 0.11 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.15 0.02 0.18 0.13 0.03 0.01
N3 0.04 0.00 0.15 0.13 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.15 0.17 0.02 0.18 0.12 0.05 0.03
N6 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.05 0.01 0.15 0.14 0.09 0.05
N7 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.11 0.15 0.06 0.04
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.12 0.06 0.02
O2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.09 0.05 0.13 0.15 0.07 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.21 0.04 0.06
O3' 0.00 0.18 0.01 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.11 0.15 0.17 0.05 0.08 0.01 0.02 0.00 0.00 0.16 0.31 0.13 0.19
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.04 0.14 0.09
O5' 0.10 0.18 0.01 0.06 0.16 0.00 0.15 0.00 0.16 0.11 0.18 0.18 0.15 0.11 0.14 0.03 0.16 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.12 0.13 0.22 0.25 0.13 0.12 0.14 0.06 0.14 0.13 0.13 0.12 0.14 0.15 0.12 0.21 0.31 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.03 0.02 0.07 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.09 0.06 0.06 0.04 0.13 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.07 0.12 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.06 0.19 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00