ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48476

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, -0.001, 0.010, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.011
N9 A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, -0.003, 0.011, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.014
C2 A 0, -0.003, 0.016, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.019
C1' A 0, -0.005, 0.018, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.023
N2 A 0, -0.006, 0.029, 0.063, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.029 std_dev=0.034
C2' A 0, -0.041, 0.117, 0.274, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.117 std_dev=0.158
OP1 B 0, -0.029, 0.138, 0.305, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.138 std_dev=0.167
O4' A 0, -0.052, 0.136, 0.324, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.136 std_dev=0.188
O2' A 0, -0.041, 0.151, 0.343, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.151 std_dev=0.192
C4' A 0, -0.063, 0.174, 0.411, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.174 std_dev=0.237
P B 0, -0.051, 0.197, 0.444, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.197 std_dev=0.247
C3' A 0, -0.069, 0.192, 0.454, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.192 std_dev=0.262
C4' B 0, -0.079, 0.226, 0.531, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.226 std_dev=0.305
O3' A 0, -0.084, 0.240, 0.565, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.240 std_dev=0.325
OP2 B 0, -0.097, 0.286, 0.668, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.286 std_dev=0.382
C5' A 0, -0.119, 0.315, 0.748, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.315 std_dev=0.434
C5' B 0, -0.153, 0.405, 0.963, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.405 std_dev=0.558
O5' A 0, -0.191, 0.502, 1.194, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.502 std_dev=0.692
O5' B 0, -0.195, 0.526, 1.248, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.526 std_dev=0.721
O2' B 0, -0.297, 0.777, 1.850, 2.295 max_d=2.295 avg_d=0.777 std_dev=1.074
C3' B 0, -0.371, 0.939, 2.250, 2.793 max_d=2.793 avg_d=0.939 std_dev=1.310
O4' B 0, -0.376, 0.946, 2.268, 2.816 max_d=2.816 avg_d=0.946 std_dev=1.322
OP2 A 0, -0.435, 1.098, 2.632, 3.267 max_d=3.267 avg_d=1.098 std_dev=1.533
P A 0, -0.447, 1.124, 2.694, 3.344 max_d=3.344 avg_d=1.124 std_dev=1.570
C2' B 0, -0.450, 1.133, 2.716, 3.372 max_d=3.372 avg_d=1.133 std_dev=1.583
C1' B 0, -0.515, 1.287, 3.089, 3.836 max_d=3.836 avg_d=1.287 std_dev=1.802
O3' B 0, -0.603, 1.504, 3.611, 4.484 max_d=4.484 avg_d=1.504 std_dev=2.107
OP1 A 0, -0.651, 1.615, 3.881, 4.819 max_d=4.819 avg_d=1.615 std_dev=2.266
N9 B 0, -0.882, 2.175, 5.233, 6.499 max_d=6.499 avg_d=2.175 std_dev=3.057
N3 B 0, -0.977, 2.401, 5.779, 7.178 max_d=7.178 avg_d=2.401 std_dev=3.378
C4 B 0, -1.066, 2.616, 6.298, 7.822 max_d=7.822 avg_d=2.616 std_dev=3.682
C8 B 0, -1.150, 2.824, 6.798, 8.444 max_d=8.444 avg_d=2.824 std_dev=3.974
C2 B 0, -1.262, 3.091, 7.445, 9.248 max_d=9.248 avg_d=3.091 std_dev=4.353
C5 B 0, -1.409, 3.449, 8.307, 10.319 max_d=10.319 avg_d=3.449 std_dev=4.858
N7 B 0, -1.458, 3.567, 8.591, 10.672 max_d=10.672 avg_d=3.567 std_dev=5.024
N1 B 0, -1.580, 3.863, 9.307, 11.562 max_d=11.562 avg_d=3.863 std_dev=5.444
C6 B 0, -1.664, 4.068, 9.799, 12.172 max_d=12.172 avg_d=4.068 std_dev=5.731
N6 B 0, -2.002, 4.891, 11.783, 14.638 max_d=14.638 avg_d=4.891 std_dev=6.893

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.27 0.02 0.67 1.01 0.83
C2 0.04 0.00 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.14 0.48 0.00 1.46 1.38 1.31
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.07 0.56 0.33
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.33 0.05 0.32 0.15 0.08
C4 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.07 0.40 0.00 1.20 1.33 1.16
C4' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.10 0.15 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.39 0.24
C5 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.39 0.00 1.25 1.31 1.13
C5' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.13 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.19 0.25 0.19 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.03 0.06 0.03
C6 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.43 0.00 1.43 1.34 1.22
C8 0.00 0.02 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.05 0.24 0.01 0.81 1.07 0.82
N1 0.03 0.00 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.10 0.48 0.00 1.52 1.39 1.31
N2 0.05 0.00 0.02 0.07 0.02 0.15 0.01 0.25 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.17 0.49 0.00 1.51 1.37 1.33
N3 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.11 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.05 0.13 0.45 0.00 1.30 1.34 1.24
N7 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.30 0.01 1.02 1.15 0.93
N9 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.32 0.01 0.91 1.19 0.97
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.08 0.07 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.09 0.02 0.01 0.53 0.31
O3' 0.02 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.03 0.00 0.01 0.59 0.05 0.85 0.20 0.47
O4' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.05 0.10 0.17 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.43 0.05 0.79 1.01 0.91
O5' 0.27 0.48 0.09 0.33 0.40 0.00 0.39 0.01 0.43 0.24 0.48 0.49 0.45 0.30 0.32 0.09 0.59 0.43 0.00 0.42 0.00 0.02 0.01
O6 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.42 0.00 1.45 1.28 1.18
OP1 0.67 1.46 0.07 0.32 1.20 0.09 1.25 0.03 1.43 0.81 1.52 1.51 1.30 1.02 0.91 0.01 0.85 0.79 0.00 1.45 0.00 0.00 0.00
OP2 1.01 1.38 0.56 0.15 1.33 0.39 1.31 0.06 1.34 1.07 1.39 1.37 1.34 1.15 1.19 0.53 0.20 1.01 0.02 1.28 0.00 0.00 0.00
P 0.83 1.31 0.33 0.08 1.16 0.24 1.13 0.03 1.22 0.82 1.31 1.33 1.24 0.93 0.97 0.31 0.47 0.91 0.01 1.18 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.68 0.38 0.74 0.09 0.17 0.08 0.16 0.32 0.33 0.60 0.42 0.30 0.17 0.22 0.25 1.22 0.77 0.15 0.01 0.19 0.04
C2 1.32 1.44 0.62 0.04 1.98 0.09 2.46 0.25 2.40 2.41 1.92 1.37 2.61 2.67 1.95 0.30 0.87 1.14 0.30 0.08 0.03 0.12
C2' 0.15 1.26 0.52 0.76 0.57 0.20 0.67 0.25 1.01 0.12 1.30 0.85 1.05 0.38 0.16 0.29 1.08 0.61 0.23 0.06 0.09 0.00
C3' 0.07 1.26 0.67 0.82 0.74 0.28 0.94 0.34 1.26 0.44 1.42 0.86 1.37 0.74 0.36 0.32 1.08 0.61 0.33 0.03 0.24 0.09
C4 1.03 1.02 0.12 0.50 1.35 0.10 1.57 0.12 1.53 1.57 1.27 1.03 1.63 1.69 1.35 0.01 1.33 1.13 0.13 0.06 0.07 0.07
C4' 0.00 1.26 0.71 0.83 0.83 0.31 1.01 0.38 1.27 0.53 1.38 0.95 1.34 0.81 0.46 0.34 1.01 0.56 0.38 0.13 0.39 0.19
C5 1.15 1.78 0.14 0.54 1.79 0.06 2.09 0.16 2.22 1.84 2.07 1.57 2.36 2.09 1.61 0.03 1.49 1.17 0.18 0.07 0.04 0.08
C5' 0.09 0.68 0.73 0.82 0.55 0.36 0.77 0.38 0.93 0.50 0.88 0.46 1.04 0.73 0.34 0.33 1.05 0.64 0.39 0.22 0.52 0.26
C6 1.35 2.37 0.38 0.36 2.31 0.04 2.80 0.23 3.07 2.36 2.88 2.00 3.31 2.77 2.01 0.11 1.36 1.21 0.27 0.08 0.02 0.11
C8 0.75 0.84 0.28 0.82 0.93 0.09 1.02 0.01 1.03 0.98 0.94 0.82 1.07 1.05 0.90 0.28 1.65 1.01 0.02 0.04 0.11 0.03
N1 1.42 2.17 0.60 0.14 2.39 0.05 2.98 0.27 3.16 2.62 2.76 1.89 3.43 3.06 2.16 0.26 1.07 1.18 0.32 0.09 0.05 0.13
N2 1.34 1.23 0.86 0.25 1.95 0.10 2.55 0.28 2.41 2.67 1.78 1.20 2.71 2.95 2.04 0.47 0.49 1.01 0.36 0.08 0.09 0.14
N3 1.10 0.79 0.37 0.22 1.38 0.12 1.66 0.17 1.52 1.81 1.11 0.86 1.66 1.90 1.48 0.17 0.97 1.11 0.19 0.07 0.05 0.09
N7 0.98 1.60 0.10 0.73 1.49 0.06 1.70 0.10 1.84 1.46 1.80 1.40 1.95 1.67 1.32 0.19 1.67 1.11 0.11 0.06 0.07 0.06
N9 0.72 0.38 0.20 0.72 0.72 0.11 0.82 0.00 0.72 0.95 0.51 0.48 0.77 0.95 0.82 0.19 1.45 0.99 0.00 0.04 0.12 0.02
O2' 0.12 2.11 0.57 0.66 1.13 0.17 1.28 0.27 1.77 0.49 2.18 1.51 1.82 0.87 0.56 0.30 0.79 0.35 0.27 0.13 0.01 0.05
O3' 0.19 1.89 0.78 0.78 1.28 0.30 1.62 0.41 2.06 0.94 2.21 1.35 2.26 1.38 0.79 0.36 0.84 0.41 0.42 0.03 0.23 0.10
O4' 0.30 0.71 0.49 0.82 0.25 0.27 0.29 0.28 0.50 0.09 0.68 0.49 0.50 0.09 0.05 0.28 1.22 0.77 0.27 0.13 0.40 0.18
O5' 0.90 1.15 1.74 1.72 1.30 0.54 1.46 0.35 1.47 1.38 1.32 1.11 1.55 1.51 1.24 1.35 1.88 0.34 0.32 0.42 0.19 0.40
O6 1.40 2.78 0.40 0.38 2.51 0.02 3.09 0.25 3.53 2.51 3.41 2.25 3.88 3.02 2.13 0.10 1.41 1.21 0.29 0.09 0.04 0.12
OP1 1.53 1.05 2.38 2.32 1.46 1.36 1.57 1.11 1.42 1.79 1.18 1.16 1.49 1.76 1.62 2.31 2.70 1.10 1.07 1.08 1.02 1.10
OP2 0.59 0.36 1.54 1.98 0.59 0.98 0.65 1.05 0.58 0.76 0.44 0.43 0.61 0.75 0.67 1.25 2.61 0.37 1.02 1.06 0.97 1.10
P 1.09 0.90 1.97 2.20 1.16 1.16 1.24 1.07 1.17 1.33 1.00 0.97 1.21 1.34 1.23 1.67 2.67 0.76 1.02 1.04 0.93 1.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.13 0.00 1.03 0.24
C2 0.03 0.00 0.43 1.04 0.00 0.71 0.00 1.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 1.07 0.17 1.40 1.62 0.29 1.31
C2' 0.00 0.43 0.00 0.00 0.22 0.01 0.10 0.00 0.19 0.24 0.34 0.43 0.13 0.13 0.00 0.00 0.04 0.00 0.24 0.64 1.19 0.60
C3' 0.01 1.04 0.00 0.00 0.55 0.00 0.34 0.00 0.55 0.28 0.85 0.99 0.44 0.07 0.10 0.01 0.01 0.01 0.47 0.85 1.02 0.69
C4 0.02 0.00 0.22 0.55 0.00 0.37 0.00 0.57 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.50 0.09 0.74 0.72 0.70 0.38
C4' 0.01 0.71 0.01 0.00 0.37 0.00 0.24 0.00 0.38 0.16 0.58 0.67 0.31 0.03 0.06 0.05 0.03 0.00 0.00 0.11 0.48 0.16
C5 0.01 0.00 0.10 0.34 0.00 0.24 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.32 0.05 0.56 0.55 1.03 0.16
C5' 0.01 1.17 0.00 0.00 0.57 0.00 0.40 0.00 0.65 0.19 0.98 1.05 0.55 0.01 0.12 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.13 0.01
C6 0.01 0.00 0.19 0.55 0.00 0.38 0.00 0.65 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.56 0.09 0.85 0.98 0.63 0.56
C8 0.00 0.01 0.24 0.28 0.00 0.16 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.31 0.06 0.15 0.39 1.83 0.71
N1 0.02 0.00 0.34 0.85 0.00 0.58 0.00 0.98 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.89 0.14 1.22 1.48 0.02 1.09
N3 0.03 0.00 0.43 0.99 0.00 0.67 0.00 1.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.96 0.17 1.23 1.30 0.05 1.03
N6 0.01 0.00 0.13 0.44 0.00 0.31 0.00 0.55 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.45 0.07 0.73 0.86 0.81 0.41
N7 0.00 0.00 0.13 0.07 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.11 0.02 0.08 0.10 1.67 0.46
N9 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.24 0.10 1.24 0.21
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.08 0.04 0.06 0.14 0.01 0.05 0.09 0.14 0.06 0.00 0.09 0.06 0.13 0.49 0.88 0.43
O3' 0.03 1.07 0.04 0.01 0.50 0.03 0.32 0.06 0.56 0.31 0.89 0.96 0.45 0.11 0.06 0.09 0.00 0.01 0.56 1.04 0.70 0.66
O4' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.09 0.00 0.05 0.01 0.09 0.06 0.14 0.17 0.07 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.33 0.31 0.70 0.00
O5' 0.13 1.40 0.24 0.47 0.74 0.00 0.56 0.01 0.85 0.15 1.22 1.23 0.73 0.08 0.24 0.13 0.56 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 1.62 0.64 0.85 0.72 0.11 0.55 0.01 0.98 0.39 1.48 1.30 0.86 0.10 0.10 0.49 1.04 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 1.03 0.29 1.19 1.02 0.70 0.48 1.03 0.13 0.63 1.83 0.02 0.05 0.81 1.67 1.24 0.88 0.70 0.70 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.24 1.31 0.60 0.69 0.38 0.16 0.16 0.01 0.56 0.71 1.09 1.03 0.41 0.46 0.21 0.43 0.66 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00