ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48477

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, -0.001, 0.009, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.007, 0.026, 0.046, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.007, 0.029, 0.050, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.006, 0.029, 0.053, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.008, 0.037, 0.067, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.037 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.010, 0.042, 0.075, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.042 std_dev=0.033
N2 A 0, 0.019, 0.080, 0.141, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.080 std_dev=0.061
P B 0, 0.114, 0.444, 0.774, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.444 std_dev=0.330
C2' A 0, -0.022, 0.621, 1.263, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.621 std_dev=0.643
O4' A 0, -0.081, 0.610, 1.301, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.610 std_dev=0.691
OP2 B 0, 0.198, 0.892, 1.586, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.892 std_dev=0.694
OP1 B 0, 0.296, 1.011, 1.726, 1.541 max_d=1.541 avg_d=1.011 std_dev=0.715
O2' A 0, -0.037, 0.909, 1.854, 2.213 max_d=2.213 avg_d=0.909 std_dev=0.946
C3' A 0, -0.039, 0.922, 1.882, 2.247 max_d=2.247 avg_d=0.922 std_dev=0.961
C4' A 0, -0.088, 0.932, 1.952, 2.351 max_d=2.351 avg_d=0.932 std_dev=1.020
O3' A 0, -0.028, 1.207, 2.442, 2.904 max_d=2.904 avg_d=1.207 std_dev=1.235
OP1 A 0, 0.077, 1.321, 2.565, 2.988 max_d=2.988 avg_d=1.321 std_dev=1.244
O5' B 0, 0.235, 1.494, 2.752, 3.078 max_d=3.078 avg_d=1.494 std_dev=1.258
C5' A 0, -0.075, 1.333, 2.741, 3.280 max_d=3.280 avg_d=1.333 std_dev=1.408
O5' A 0, -0.110, 1.330, 2.771, 3.331 max_d=3.331 avg_d=1.330 std_dev=1.440
P A 0, -0.110, 1.383, 2.876, 3.456 max_d=3.456 avg_d=1.383 std_dev=1.493
OP2 A 0, -0.277, 1.597, 3.471, 4.227 max_d=4.227 avg_d=1.597 std_dev=1.874
C5' B 0, 0.230, 2.193, 4.155, 4.763 max_d=4.763 avg_d=2.193 std_dev=1.963
C4' B 0, 0.614, 3.373, 6.132, 6.758 max_d=6.758 avg_d=3.373 std_dev=2.759
C3' B 0, 0.755, 3.670, 6.584, 7.129 max_d=7.129 avg_d=3.670 std_dev=2.914
O4' B 0, 1.234, 4.399, 7.565, 7.316 max_d=7.316 avg_d=4.399 std_dev=3.165
C2' B 0, 1.342, 4.687, 8.032, 7.582 max_d=7.582 avg_d=4.687 std_dev=3.345
C8 B 0, 1.013, 4.387, 7.761, 8.206 max_d=8.206 avg_d=4.387 std_dev=3.374
O2' B 0, 1.383, 5.042, 8.700, 8.569 max_d=8.569 avg_d=5.042 std_dev=3.658
C1' B 0, 1.513, 5.175, 8.837, 7.931 max_d=7.931 avg_d=5.175 std_dev=3.662
O3' B 0, 0.131, 3.944, 7.756, 9.100 max_d=9.100 avg_d=3.944 std_dev=3.813
N9 B 0, 1.539, 5.442, 9.344, 8.961 max_d=8.961 avg_d=5.442 std_dev=3.903
N7 B 0, 0.898, 5.055, 9.213, 10.183 max_d=10.183 avg_d=5.055 std_dev=4.158
C4 B 0, 1.922, 6.893, 11.863, 11.534 max_d=11.534 avg_d=6.893 std_dev=4.971
C5 B 0, 1.578, 6.644, 11.710, 12.289 max_d=12.289 avg_d=6.644 std_dev=5.066
N3 B 0, 2.408, 8.304, 14.200, 13.107 max_d=13.107 avg_d=8.304 std_dev=5.896
C6 B 0, 1.840, 8.010, 14.180, 15.013 max_d=15.013 avg_d=8.010 std_dev=6.170
N6 B 0, 1.386, 7.996, 14.606, 16.188 max_d=16.188 avg_d=7.996 std_dev=6.610
C2 B 0, 2.689, 9.473, 16.258, 15.529 max_d=15.529 avg_d=9.473 std_dev=6.785
N1 B 0, 2.474, 9.433, 16.392, 16.581 max_d=16.581 avg_d=9.433 std_dev=6.959

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.08 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.27 0.00 0.20 0.01 0.59 0.14 0.22
C2 0.04 0.00 0.43 0.29 0.01 0.17 0.01 0.28 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.31 0.11 0.39 0.28 0.03 0.52 0.14 0.21
C2' 0.00 0.43 0.00 0.00 0.23 0.00 0.10 0.20 0.19 0.23 0.33 0.51 0.42 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.15 1.15 0.42 0.61
C3' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.28 0.00 0.33 0.01 0.36 0.24 0.34 0.26 0.24 0.31 0.21 0.02 0.01 0.02 0.11 0.40 0.61 0.13 0.16
C4 0.02 0.01 0.23 0.28 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.21 0.20 0.00 0.51 0.13 0.19
C4' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.19 0.11 0.24 0.17 0.15 0.06 0.29 0.02 0.00 0.01 0.03 0.15 0.05 0.03
C5 0.02 0.01 0.10 0.33 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.09 0.11 0.13 0.01 0.44 0.16 0.18
C5' 0.08 0.28 0.20 0.01 0.14 0.00 0.07 0.00 0.12 0.12 0.22 0.35 0.26 0.07 0.04 0.08 0.24 0.01 0.00 0.07 0.14 0.02 0.00
C6 0.02 0.02 0.19 0.36 0.00 0.01 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.11 0.12 0.18 0.14 0.01 0.42 0.17 0.18
C8 0.01 0.00 0.23 0.24 0.00 0.19 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.48 0.10 0.18 0.01 0.01 0.46 0.14 0.18
N1 0.04 0.01 0.33 0.34 0.02 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.13 0.07 0.31 0.23 0.02 0.47 0.15 0.18
N2 0.05 0.00 0.51 0.26 0.01 0.24 0.01 0.35 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.48 0.17 0.46 0.32 0.04 0.55 0.15 0.24
N3 0.04 0.00 0.42 0.24 0.00 0.17 0.01 0.26 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.14 0.37 0.28 0.02 0.55 0.15 0.22
N7 0.01 0.01 0.11 0.31 0.01 0.15 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.43 0.15 0.08 0.01 0.01 0.40 0.20 0.21
N9 0.01 0.01 0.01 0.21 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.05 0.02 0.15 0.01 0.53 0.12 0.18
O2' 0.02 0.31 0.00 0.02 0.05 0.29 0.19 0.08 0.11 0.48 0.13 0.48 0.32 0.43 0.18 0.00 0.01 0.20 0.24 0.19 1.17 0.48 0.57
O3' 0.27 0.11 0.01 0.01 0.04 0.02 0.09 0.24 0.12 0.10 0.07 0.17 0.14 0.15 0.05 0.01 0.00 0.19 0.34 0.18 0.34 0.39 0.17
O4' 0.00 0.39 0.01 0.02 0.21 0.00 0.11 0.01 0.18 0.18 0.31 0.46 0.37 0.08 0.02 0.20 0.19 0.00 0.08 0.14 0.17 0.10 0.16
O5' 0.20 0.28 0.36 0.11 0.20 0.01 0.13 0.00 0.14 0.01 0.23 0.32 0.28 0.01 0.15 0.24 0.34 0.08 0.00 0.10 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.03 0.15 0.40 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.19 0.18 0.14 0.10 0.00 0.36 0.21 0.20
OP1 0.59 0.52 1.15 0.61 0.51 0.15 0.44 0.14 0.42 0.46 0.47 0.55 0.55 0.40 0.53 1.17 0.34 0.17 0.02 0.36 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.14 0.42 0.13 0.13 0.05 0.16 0.02 0.17 0.14 0.15 0.15 0.15 0.20 0.12 0.48 0.39 0.10 0.01 0.21 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.21 0.61 0.16 0.19 0.03 0.18 0.00 0.18 0.18 0.18 0.24 0.22 0.21 0.18 0.57 0.17 0.16 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.94 2.37 1.87 1.89 1.80 2.39 1.57 2.16 1.79 1.10 2.02 2.42 2.04 1.48 1.52 1.83 2.14 2.25 1.33 0.45 0.32 0.22
C2 1.99 2.93 1.98 1.55 2.36 1.72 1.88 1.40 2.06 1.18 2.57 2.88 1.62 1.14 1.93 1.96 1.59 1.98 1.25 0.46 0.45 0.14
C2' 1.32 2.13 1.15 1.13 1.73 1.60 2.09 1.44 2.35 1.70 2.21 2.00 2.84 2.29 1.40 1.07 1.36 1.47 0.63 0.99 0.92 0.38
C3' 1.71 2.42 1.62 1.77 1.97 2.21 2.30 2.05 2.70 1.67 2.59 2.26 3.25 2.31 1.61 1.56 2.11 1.91 1.15 0.31 0.39 0.20
C4 2.15 3.04 2.04 1.82 2.26 2.18 1.65 1.86 1.82 1.02 2.48 3.03 1.41 0.98 1.85 2.02 1.99 2.33 1.36 0.50 0.44 0.18
C4' 2.32 2.61 2.27 2.47 2.11 2.90 2.07 2.54 2.45 1.44 2.51 2.62 2.94 1.91 1.84 2.28 2.91 2.58 1.57 0.13 0.09 0.55
C5 2.23 3.59 2.10 1.82 2.57 2.13 1.97 1.76 2.25 1.18 3.04 3.42 1.73 1.13 2.04 2.11 2.03 2.33 1.34 0.51 0.46 0.16
C5' 2.60 2.94 2.51 2.70 2.35 3.07 2.14 2.62 2.50 1.51 2.71 2.97 2.89 1.85 2.08 2.59 3.26 2.81 1.66 0.16 0.14 0.61
C6 2.20 3.90 2.09 1.70 2.80 1.89 2.34 1.51 2.74 1.38 3.52 3.58 2.26 1.43 2.17 2.12 1.86 2.17 1.26 0.50 0.47 0.14
C8 2.21 3.19 2.05 1.95 2.27 2.37 1.68 2.03 1.90 1.05 2.59 3.13 1.62 1.11 1.85 2.07 2.25 2.42 1.37 0.49 0.42 0.19
N1 2.08 3.57 2.03 1.57 2.73 1.69 2.36 1.32 2.69 1.42 3.29 3.33 2.27 1.51 2.14 2.05 1.65 1.99 1.21 0.47 0.46 0.13
N2 1.73 2.46 1.85 1.31 2.10 1.33 1.78 1.04 1.91 1.17 2.25 2.42 1.60 1.19 1.76 1.82 1.26 1.58 1.11 0.41 0.44 0.12
N3 2.02 2.64 1.97 1.69 2.08 2.02 1.50 1.74 1.62 0.95 2.16 2.70 1.22 0.88 1.74 1.92 1.77 2.18 1.35 0.49 0.44 0.17
N7 2.27 3.60 2.11 1.91 2.52 2.27 1.89 1.89 2.17 1.14 3.00 3.42 1.68 1.10 2.01 2.14 2.19 2.41 1.36 0.50 0.45 0.18
N9 2.12 2.83 1.99 1.90 2.08 2.35 1.54 2.04 1.72 1.00 2.28 2.86 1.57 1.12 1.73 1.98 2.15 2.37 1.37 0.49 0.40 0.20
O2' 1.12 2.13 0.91 0.62 1.94 0.97 2.59 0.93 2.83 2.23 2.47 1.88 3.40 2.92 1.64 0.77 0.57 1.00 0.27 1.41 1.11 0.70
O3' 1.80 2.77 1.72 1.88 2.31 2.32 2.77 2.33 3.30 1.94 3.16 2.46 3.92 2.65 1.86 1.61 2.13 1.95 1.45 0.25 0.11 0.68
O4' 2.65 2.78 2.57 2.66 2.26 3.14 1.83 2.72 2.05 1.33 2.36 2.93 2.23 1.51 2.05 2.59 3.03 2.95 1.80 0.15 0.26 0.66
O5' 2.64 3.19 2.49 2.60 2.49 2.99 2.11 2.54 2.41 1.51 2.78 3.21 2.58 1.72 2.17 2.57 3.13 2.84 1.66 0.11 0.08 0.54
O6 2.20 4.19 2.09 1.67 2.94 1.82 2.58 1.41 3.11 1.51 3.94 3.71 2.71 1.65 2.25 2.15 1.85 2.11 1.22 0.50 0.48 0.14
OP1 2.64 3.27 2.48 2.63 2.52 3.09 2.19 2.77 2.53 1.55 2.91 3.24 2.75 1.79 2.18 2.51 3.11 2.90 1.88 0.24 0.28 0.80
OP2 2.64 3.53 2.45 2.48 2.63 2.82 2.12 2.33 2.39 1.50 3.00 3.47 2.30 1.60 2.23 2.56 3.04 2.77 1.52 0.25 0.25 0.33
P 2.64 3.32 2.48 2.58 2.53 2.95 2.12 2.50 2.41 1.51 2.86 3.30 2.52 1.71 2.18 2.57 3.12 2.82 1.62 0.20 0.08 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.00 0.15 0.33 0.27 0.17
C2 0.04 0.00 0.51 0.33 0.01 0.23 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.49 0.06 0.45 0.32 0.81 0.23 0.28
C2' 0.00 0.51 0.00 0.00 0.28 0.00 0.16 0.18 0.26 0.23 0.42 0.49 0.18 0.10 0.04 0.00 0.03 0.02 0.35 0.71 0.65 0.58
C3' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.32 0.01 0.42 0.01 0.45 0.34 0.41 0.26 0.48 0.43 0.26 0.03 0.01 0.03 0.09 0.52 0.15 0.20
C4 0.02 0.01 0.28 0.32 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.06 0.22 0.13 0.85 0.23 0.32
C4' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.07 0.39 0.11 0.25 0.13 0.35 0.13 0.27 0.01 0.00 0.00 0.33 0.31 0.05
C5 0.01 0.01 0.16 0.42 0.00 0.13 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.21 0.16 0.07 0.21 1.27 0.25 0.54
C5' 0.06 0.38 0.18 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.08 0.50 0.22 0.37 0.16 0.45 0.11 0.09 0.23 0.01 0.00 0.36 0.37 0.02
C6 0.01 0.00 0.26 0.45 0.00 0.07 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.20 0.18 0.16 1.33 0.19 0.51
C8 0.01 0.01 0.23 0.34 0.00 0.39 0.01 0.50 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.68 0.11 0.31 0.50 1.22 0.43 0.72
N1 0.03 0.00 0.42 0.41 0.00 0.11 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.25 0.14 0.34 0.19 1.10 0.18 0.36
N3 0.04 0.00 0.49 0.26 0.00 0.25 0.00 0.37 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.50 0.08 0.46 0.34 0.65 0.25 0.26
N6 0.01 0.00 0.18 0.48 0.01 0.13 0.02 0.16 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.23 0.27 0.12 0.26 1.58 0.20 0.65
N7 0.00 0.01 0.10 0.43 0.01 0.35 0.00 0.45 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.58 0.21 0.19 0.50 1.56 0.40 0.82
N9 0.00 0.01 0.04 0.26 0.00 0.13 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.07 0.02 0.10 0.72 0.27 0.33
O2' 0.01 0.49 0.00 0.03 0.08 0.27 0.21 0.09 0.07 0.68 0.25 0.50 0.23 0.58 0.21 0.00 0.07 0.19 0.23 0.81 0.70 0.57
O3' 0.31 0.06 0.03 0.01 0.06 0.01 0.16 0.23 0.20 0.11 0.14 0.08 0.27 0.21 0.07 0.07 0.00 0.17 0.36 0.38 0.09 0.09
O4' 0.00 0.45 0.02 0.03 0.22 0.00 0.07 0.01 0.18 0.31 0.34 0.46 0.12 0.19 0.02 0.19 0.17 0.00 0.10 0.20 0.48 0.16
O5' 0.15 0.32 0.35 0.09 0.13 0.00 0.21 0.00 0.16 0.50 0.19 0.34 0.26 0.50 0.10 0.23 0.36 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.33 0.81 0.71 0.52 0.85 0.33 1.27 0.36 1.33 1.22 1.10 0.65 1.58 1.56 0.72 0.81 0.38 0.20 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.23 0.65 0.15 0.23 0.31 0.25 0.37 0.19 0.43 0.18 0.25 0.20 0.40 0.27 0.70 0.09 0.48 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.28 0.58 0.20 0.32 0.05 0.54 0.02 0.51 0.72 0.36 0.26 0.65 0.82 0.33 0.57 0.09 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00