ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48478

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.009, 0.030, 0.052, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.011, 0.036, 0.061, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.036 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.037 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.013, 0.044, 0.076, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.044 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.013, 0.045, 0.077, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.045 std_dev=0.032
N2 A 0, 0.017, 0.059, 0.100, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.059 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.017, 0.059, 0.101, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.059 std_dev=0.042
O5' A 0, 0.060, 0.206, 0.352, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.206 std_dev=0.146
O3' B 0, 0.092, 0.314, 0.536, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.314 std_dev=0.222
P B 0, 0.092, 0.316, 0.540, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.316 std_dev=0.224
O2' B 0, 0.093, 0.317, 0.541, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.317 std_dev=0.224
C4' B 0, 0.096, 0.328, 0.561, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.328 std_dev=0.232
C5' B 0, 0.098, 0.334, 0.570, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.334 std_dev=0.236
C3' B 0, 0.099, 0.337, 0.575, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.337 std_dev=0.238
OP1 B 0, 0.098, 0.336, 0.575, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.336 std_dev=0.239
O4' A 0, 0.100, 0.340, 0.580, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.340 std_dev=0.240
C2' B 0, 0.105, 0.359, 0.613, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.359 std_dev=0.254
N3 B 0, 0.107, 0.367, 0.627, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.367 std_dev=0.260
OP2 B 0, 0.107, 0.367, 0.627, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.367 std_dev=0.260
C2 B 0, 0.108, 0.370, 0.633, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.370 std_dev=0.262
C2' A 0, 0.109, 0.371, 0.634, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.371 std_dev=0.262
O4' B 0, 0.109, 0.374, 0.638, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.374 std_dev=0.265
O5' B 0, 0.110, 0.378, 0.645, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.378 std_dev=0.268
C1' B 0, 0.116, 0.398, 0.679, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.398 std_dev=0.281
P A 0, 0.123, 0.420, 0.717, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.420 std_dev=0.297
N1 B 0, 0.125, 0.428, 0.732, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.428 std_dev=0.304
C4 B 0, 0.131, 0.449, 0.767, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.449 std_dev=0.318
C4' A 0, 0.138, 0.470, 0.803, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.470 std_dev=0.332
O2' A 0, 0.140, 0.476, 0.813, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.476 std_dev=0.337
N9 B 0, 0.146, 0.498, 0.850, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.498 std_dev=0.352
OP1 A 0, 0.147, 0.502, 0.857, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.502 std_dev=0.355
C3' A 0, 0.154, 0.526, 0.897, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.526 std_dev=0.372
C6 B 0, 0.163, 0.559, 0.955, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.559 std_dev=0.396
C5 B 0, 0.170, 0.582, 0.994, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.582 std_dev=0.412
OP2 A 0, 0.177, 0.606, 1.034, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.606 std_dev=0.428
O3' A 0, 0.180, 0.614, 1.049, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.614 std_dev=0.434
C8 B 0, 0.196, 0.669, 1.142, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.669 std_dev=0.473
N6 B 0, 0.202, 0.689, 1.177, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.689 std_dev=0.488
N7 B 0, 0.215, 0.735, 1.254, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.735 std_dev=0.520
C5' A 0, 0.332, 1.134, 1.936, 1.704 max_d=1.704 avg_d=1.134 std_dev=0.802

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.09 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.03 0.00 0.07 0.02 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.02 0.01 0.08 0.04
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.07 0.12 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.03 0.06 0.12 0.12
C4 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.03 0.02
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.05 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.04 0.01
C5' 0.04 0.14 0.02 0.03 0.13 0.00 0.18 0.00 0.19 0.15 0.17 0.12 0.11 0.18 0.11 0.03 0.02 0.01 0.01 0.22 0.02 0.13 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.02
C8 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01
N1 0.02 0.00 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.03 0.02
N2 0.03 0.00 0.06 0.12 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.03 0.03 0.00 0.07 0.02 0.02
N3 0.03 0.00 0.05 0.09 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.03 0.00 0.07 0.02 0.02
N7 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.01 0.03 0.05 0.01
N9 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.02
O3' 0.02 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.05 0.11 0.07 0.06 0.02 0.03 0.00 0.00 0.16 0.00 0.07 0.12 0.12
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.03 0.13 0.06 0.08
O5' 0.05 0.03 0.06 0.15 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.16 0.10 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.03 0.02
OP1 0.09 0.07 0.01 0.06 0.06 0.08 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.07 0.07 0.03 0.05 0.08 0.07 0.13 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.02 0.08 0.12 0.03 0.05 0.04 0.13 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.12 0.06 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.02 0.04 0.12 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.06 0.04 0.05 0.02 0.05 0.08 0.07 0.06 0.15 0.02 0.06 0.11 0.16 0.07 0.01 0.06 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05
C2 0.04 0.09 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.09 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02
C2' 0.06 0.17 0.06 0.05 0.09 0.05 0.04 0.03 0.07 0.03 0.13 0.16 0.02 0.03 0.05 0.07 0.04 0.05 0.05 0.06 0.09 0.07
C3' 0.14 0.22 0.16 0.15 0.14 0.15 0.07 0.12 0.08 0.01 0.16 0.22 0.02 0.02 0.10 0.19 0.15 0.13 0.11 0.11 0.11 0.12
C4 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.05 0.09 0.04 0.08 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C4' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.10 0.17 0.01 0.07 0.17 0.20 0.06 0.07 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03
C5 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.08 0.04 0.07 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02
C5' 0.02 0.03 0.07 0.07 0.05 0.09 0.16 0.06 0.17 0.19 0.07 0.05 0.26 0.25 0.07 0.14 0.11 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01
C6 0.03 0.08 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.08 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03
C8 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.10 0.04 0.08 0.07 0.11 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00
N1 0.04 0.08 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.08 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03
N2 0.05 0.08 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.06 0.09 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03
N3 0.03 0.09 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.09 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01
N7 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.04 0.08 0.06 0.09 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
N9 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.10 0.04 0.08 0.07 0.11 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01
O2' 0.05 0.10 0.06 0.08 0.01 0.09 0.02 0.10 0.01 0.12 0.07 0.08 0.02 0.10 0.05 0.06 0.10 0.07 0.07 0.04 0.02 0.02
O3' 0.16 0.25 0.18 0.16 0.17 0.16 0.10 0.12 0.11 0.03 0.19 0.25 0.06 0.02 0.12 0.21 0.16 0.15 0.12 0.12 0.12 0.12
O4' 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.13 0.06 0.11 0.19 0.02 0.05 0.17 0.22 0.09 0.02 0.03 0.04 0.09 0.06 0.09 0.08
O5' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.02 0.06 0.15 0.02 0.08 0.13 0.17 0.06 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00
O6 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.07 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03
OP1 0.08 0.19 0.09 0.08 0.08 0.08 0.00 0.05 0.03 0.07 0.12 0.18 0.04 0.09 0.03 0.13 0.09 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06
OP2 0.02 0.13 0.04 0.03 0.02 0.02 0.06 0.02 0.04 0.13 0.06 0.12 0.11 0.15 0.03 0.09 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03
P 0.02 0.13 0.04 0.03 0.02 0.03 0.06 0.00 0.04 0.13 0.06 0.12 0.10 0.15 0.02 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01
N6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
O5' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00