ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48479

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N7 A 0, 0.000, 0.039, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
N9 A 0, 0.000, 0.045, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.045 std_dev=0.045
N3 A 0, 0.000, 0.050, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.050 std_dev=0.050
N1 A 0, 0.000, 0.057, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C2 A 0, 0.000, 0.063, 0.126, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.063 std_dev=0.063
N2 A 0, 0.000, 0.064, 0.128, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C1' A 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.000, 0.108, 0.217, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.108 std_dev=0.108
O4' A 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
N7 B 0, 0.000, 0.167, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.167 std_dev=0.167
O2' A 0, 0.000, 0.185, 0.370, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.185 std_dev=0.185
O3' A 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
C5' B 0, 0.000, 0.192, 0.385, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C4' A 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
P A 0, 0.000, 0.220, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C8 B 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
C5 B 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
N6 B 0, 0.000, 0.242, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.242 std_dev=0.242
OP1 B 0, 0.000, 0.263, 0.526, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.263 std_dev=0.263
O5' A 0, 0.000, 0.265, 0.530, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.265 std_dev=0.265
C6 B 0, 0.000, 0.269, 0.539, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.269 std_dev=0.269
P B 0, 0.000, 0.284, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C4' B 0, 0.000, 0.288, 0.577, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.288 std_dev=0.288
O5' B 0, 0.000, 0.295, 0.589, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.295 std_dev=0.295
O4' B 0, 0.000, 0.312, 0.624, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.312 std_dev=0.312
N9 B 0, 0.000, 0.322, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.322 std_dev=0.322
OP2 B 0, 0.000, 0.324, 0.648, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.324 std_dev=0.324
C5' A 0, 0.000, 0.327, 0.654, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.327 std_dev=0.327
C4 B 0, 0.000, 0.333, 0.667, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.333 std_dev=0.333
C3' B 0, 0.000, 0.345, 0.691, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.345 std_dev=0.345
C1' B 0, 0.000, 0.367, 0.734, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.367 std_dev=0.367
N1 B 0, 0.000, 0.369, 0.739, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.369 std_dev=0.369
OP1 A 0, 0.000, 0.380, 0.761, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.380 std_dev=0.380
C2' B 0, 0.000, 0.385, 0.769, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.385 std_dev=0.385
O3' B 0, 0.000, 0.387, 0.774, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.387 std_dev=0.387
C2 B 0, 0.000, 0.427, 0.854, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.427 std_dev=0.427
N3 B 0, 0.000, 0.431, 0.862, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.431 std_dev=0.431
OP2 A 0, 0.000, 0.456, 0.912, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.456 std_dev=0.456
O2' B 0, 0.000, 0.513, 1.025, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.513 std_dev=0.513

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.07 0.01 0.09 0.10 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.22 0.12 0.10
C2 0.10 0.00 0.08 0.09 0.04 0.07 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.13 0.12 0.10 0.06 0.01 0.27 0.28 0.19
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.01 0.08 0.08 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.27 0.15 0.12
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.10 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.19 0.03 0.04
C4 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.00 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.04 0.04 0.02 0.04 0.24 0.25 0.15
C4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.05 0.09 0.07 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.04 0.03
C5 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.09 0.02 0.02 0.02 0.03 0.21 0.29 0.16
C5' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.10 0.13 0.05 0.01 0.01 0.15 0.07 0.02 0.03 0.01 0.01 0.11 0.10 0.03 0.03
C6 0.07 0.00 0.06 0.04 0.03 0.00 0.02 0.10 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.12 0.06 0.05 0.01 0.01 0.21 0.31 0.17
C8 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.02 0.13 0.04 0.00 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.22 0.25 0.15
N1 0.09 0.00 0.08 0.07 0.05 0.05 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.14 0.10 0.09 0.03 0.01 0.25 0.31 0.19
N2 0.10 0.00 0.08 0.10 0.03 0.09 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.12 0.14 0.11 0.07 0.02 0.28 0.27 0.19
N3 0.09 0.01 0.07 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.11 0.10 0.07 0.01 0.27 0.25 0.18
N7 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.00 0.15 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02 0.08 0.04 0.18 0.29 0.14
N9 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.05 0.00 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.24 0.22 0.15
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.00 0.09 0.02 0.12 0.04 0.14 0.12 0.10 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.13 0.29 0.16 0.12
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.10 0.14 0.11 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.14 0.05 0.02
O4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.09 0.11 0.10 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.05 0.14 0.03 0.04
O5' 0.06 0.06 0.07 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.07 0.07 0.08 0.03 0.07 0.04 0.07 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02
O6 0.07 0.01 0.07 0.04 0.04 0.01 0.03 0.11 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.13 0.06 0.05 0.03 0.00 0.18 0.32 0.16
OP1 0.22 0.27 0.27 0.19 0.24 0.09 0.21 0.10 0.21 0.22 0.25 0.28 0.27 0.18 0.24 0.29 0.14 0.14 0.03 0.18 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.28 0.15 0.03 0.25 0.04 0.29 0.03 0.31 0.25 0.31 0.27 0.25 0.29 0.22 0.16 0.05 0.03 0.02 0.32 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.19 0.12 0.04 0.15 0.03 0.16 0.03 0.17 0.15 0.19 0.19 0.18 0.14 0.15 0.12 0.02 0.04 0.02 0.16 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.05 0.14 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.02 0.09 0.03 0.08 0.03 0.05 0.10 0.21 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03
C2 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.10 0.01 0.03 0.04 0.07 0.09 0.06
C2' 0.09 0.04 0.12 0.05 0.08 0.01 0.06 0.00 0.03 0.09 0.03 0.07 0.02 0.06 0.10 0.19 0.06 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02
C3' 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.04 0.02 0.03 0.00 0.08 0.01 0.03 0.12 0.01 0.05 0.03 0.07 0.03 0.02
C4 0.08 0.04 0.13 0.07 0.07 0.03 0.04 0.02 0.02 0.08 0.03 0.07 0.03 0.04 0.09 0.19 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02
C4' 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.09 0.04 0.10 0.06 0.01 0.06 0.02 0.10 0.04 0.00 0.09 0.04 0.08 0.05 0.07 0.03 0.03
C5 0.07 0.03 0.13 0.07 0.06 0.02 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.03 0.08 0.19 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01
C5' 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.02 0.09 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01
C6 0.04 0.00 0.10 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.14 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03
C8 0.11 0.05 0.17 0.10 0.09 0.05 0.06 0.03 0.03 0.10 0.04 0.09 0.02 0.06 0.12 0.24 0.10 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06
N1 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.03 0.11 0.01 0.04 0.05 0.06 0.09 0.06
N2 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01 0.07 0.02 0.05 0.07 0.11 0.13 0.10
N3 0.05 0.03 0.10 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.01 0.06 0.14 0.03 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01
N7 0.10 0.04 0.16 0.10 0.08 0.04 0.05 0.03 0.02 0.09 0.03 0.07 0.03 0.05 0.10 0.22 0.09 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04
N9 0.11 0.06 0.16 0.09 0.10 0.05 0.06 0.03 0.04 0.10 0.04 0.09 0.02 0.06 0.12 0.23 0.09 0.04 0.05 0.03 0.05 0.06
O2' 0.12 0.07 0.16 0.09 0.12 0.04 0.09 0.02 0.06 0.14 0.06 0.10 0.01 0.11 0.13 0.23 0.10 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02
O3' 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.10 0.05 0.12 0.08 0.02 0.07 0.03 0.12 0.05 0.01 0.10 0.03 0.09 0.06 0.10 0.05 0.05
O4' 0.06 0.02 0.10 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.02 0.07 0.18 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01
O5' 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.08 0.05 0.10 0.08 0.02 0.07 0.03 0.12 0.05 0.01 0.09 0.04 0.08 0.05 0.07 0.03 0.03
O6 0.02 0.02 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.08 0.01 0.03 0.13 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05
OP1 0.13 0.23 0.07 0.13 0.18 0.19 0.21 0.21 0.26 0.16 0.25 0.19 0.31 0.20 0.14 0.02 0.12 0.21 0.19 0.19 0.19 0.18
OP2 0.06 0.02 0.14 0.06 0.03 0.03 0.02 0.07 0.06 0.03 0.04 0.03 0.12 0.02 0.05 0.25 0.08 0.04 0.03 0.06 0.02 0.04
P 0.03 0.04 0.08 0.01 0.00 0.06 0.04 0.09 0.07 0.01 0.06 0.01 0.12 0.03 0.02 0.18 0.02 0.06 0.04 0.07 0.03 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.05 0.07 0.07
C2 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.12 0.14 0.14
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.08 0.08
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.06 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C5 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C5' 0.03 0.07 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.08 0.01 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00
C8 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.03
N1 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.04 0.00 0.02 0.02
N3 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.07 0.04 0.03 0.05
N6 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.09 0.05
N7 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.04 0.06 0.06
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.14 0.15 0.20 0.17
O3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.09 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.06 0.06 0.08 0.07
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.07 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
O5' 0.06 0.05 0.13 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.02 0.06 0.14 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.05 0.02 0.12 0.07 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.07 0.04 0.04 0.15 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02
OP2 0.07 0.00 0.14 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.09 0.04 0.06 0.20 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.03 0.14 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.01 0.06 0.17 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00