ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48480

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N7 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C4' A 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.000, 0.065, 0.130, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.065 std_dev=0.065
O5' A 0, 0.000, 0.068, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.068 std_dev=0.068
C3' A 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
O2' A 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
C5' A 0, 0.000, 0.085, 0.169, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.085 std_dev=0.085
O3' A 0, 0.000, 0.137, 0.273, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.137 std_dev=0.137
P A 0, 0.000, 0.170, 0.341, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.170 std_dev=0.170
O5' B 0, 0.000, 0.220, 0.439, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.220 std_dev=0.220
OP2 A 0, 0.000, 0.225, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.225 std_dev=0.225
OP1 A 0, 0.000, 0.311, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.311 std_dev=0.311
O4' B 0, 0.000, 0.429, 0.858, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.429 std_dev=0.429
N6 B 0, 0.000, 0.462, 0.923, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.462 std_dev=0.462
P B 0, 0.000, 0.486, 0.972, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.486 std_dev=0.486
C5 B 0, 0.000, 0.493, 0.987, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.493 std_dev=0.493
C6 B 0, 0.000, 0.500, 1.000, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.500 std_dev=0.500
N9 B 0, 0.000, 0.516, 1.032, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.516 std_dev=0.516
C1' B 0, 0.000, 0.527, 1.054, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.527 std_dev=0.527
C4 B 0, 0.000, 0.556, 1.112, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.556 std_dev=0.556
N7 B 0, 0.000, 0.566, 1.132, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.566 std_dev=0.566
C8 B 0, 0.000, 0.566, 1.132, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.566 std_dev=0.566
OP2 B 0, 0.000, 0.622, 1.244, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.622 std_dev=0.622
C4' B 0, 0.000, 0.655, 1.311, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.655 std_dev=0.655
N1 B 0, 0.000, 0.662, 1.323, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.662 std_dev=0.662
N3 B 0, 0.000, 0.737, 1.474, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.737 std_dev=0.737
C2' B 0, 0.000, 0.758, 1.516, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.758 std_dev=0.758
C2 B 0, 0.000, 0.795, 1.591, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.795 std_dev=0.795
C3' B 0, 0.000, 0.801, 1.601, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.801 std_dev=0.801
OP1 B 0, 0.000, 0.948, 1.896, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.948 std_dev=0.948
O2' B 0, 0.000, 0.957, 1.914, 1.914 max_d=1.914 avg_d=0.957 std_dev=0.957
O3' B 0, 0.000, 1.045, 2.090, 2.090 max_d=2.090 avg_d=1.045 std_dev=1.045
C5' B 0, 0.000, 1.064, 2.128, 2.128 max_d=2.128 avg_d=1.064 std_dev=1.064

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.10 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.12 0.07
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.14 0.08
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02
C6 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.04 0.14 0.08
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.13 0.08
N1 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.13 0.08
N2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.12 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.06 0.15 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.07
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.08 0.03
O3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.06 0.13 0.02 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.03
O5' 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
O6 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.03 0.00 0.06 0.15 0.09
OP1 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.13 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.13 0.10 0.05 0.12 0.04 0.14 0.03 0.14 0.13 0.13 0.13 0.12 0.15 0.11 0.08 0.02 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.06 0.03 0.07 0.02 0.08 0.02 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.07 0.03 0.03 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.04 0.19 0.17 0.05 0.02 0.03 0.10 0.03 0.19 0.06 0.00 0.04 0.11 0.14 0.23 0.48 0.07 0.00 0.03 0.33 0.06
C2 0.14 0.18 0.14 0.10 0.03 0.13 0.05 0.09 0.14 0.15 0.20 0.11 0.13 0.07 0.10 0.16 0.30 0.14 0.02 0.18 0.38 0.13
C2' 0.13 0.11 0.12 0.10 0.00 0.04 0.01 0.21 0.05 0.17 0.11 0.06 0.05 0.10 0.10 0.16 0.42 0.02 0.01 0.04 0.30 0.03
C3' 0.14 0.07 0.14 0.11 0.04 0.05 0.06 0.22 0.00 0.21 0.06 0.03 0.01 0.16 0.13 0.19 0.43 0.03 0.01 0.04 0.32 0.03
C4 0.21 0.06 0.21 0.17 0.07 0.10 0.07 0.01 0.02 0.28 0.07 0.00 0.03 0.20 0.19 0.26 0.42 0.13 0.02 0.12 0.36 0.10
C4' 0.16 0.02 0.18 0.17 0.06 0.02 0.05 0.16 0.00 0.18 0.03 0.02 0.01 0.12 0.14 0.23 0.50 0.04 0.01 0.01 0.33 0.04
C5 0.24 0.00 0.26 0.20 0.14 0.14 0.16 0.07 0.06 0.35 0.01 0.06 0.04 0.31 0.25 0.32 0.44 0.16 0.02 0.17 0.38 0.12
C5' 0.19 0.00 0.22 0.20 0.09 0.01 0.08 0.13 0.03 0.21 0.01 0.05 0.01 0.15 0.17 0.29 0.53 0.06 0.00 0.01 0.33 0.05
C6 0.24 0.01 0.26 0.19 0.15 0.17 0.17 0.14 0.06 0.33 0.02 0.06 0.05 0.31 0.24 0.31 0.40 0.18 0.01 0.23 0.39 0.15
C8 0.25 0.03 0.28 0.22 0.15 0.10 0.15 0.00 0.07 0.34 0.02 0.08 0.06 0.28 0.25 0.35 0.51 0.13 0.01 0.11 0.36 0.09
N1 0.19 0.10 0.20 0.14 0.07 0.17 0.07 0.15 0.05 0.24 0.13 0.02 0.06 0.20 0.17 0.24 0.33 0.17 0.01 0.24 0.39 0.15
N2 0.05 0.31 0.04 0.03 0.17 0.12 0.16 0.11 0.24 0.03 0.31 0.25 0.20 0.04 0.02 0.06 0.20 0.11 0.02 0.19 0.38 0.15
N3 0.15 0.15 0.14 0.11 0.03 0.08 0.04 0.00 0.11 0.16 0.16 0.09 0.11 0.07 0.10 0.17 0.36 0.11 0.02 0.11 0.35 0.09
N7 0.27 0.05 0.29 0.23 0.18 0.13 0.20 0.06 0.11 0.38 0.04 0.10 0.10 0.34 0.28 0.38 0.49 0.16 0.01 0.16 0.38 0.11
N9 0.21 0.03 0.23 0.19 0.09 0.07 0.08 0.03 0.01 0.28 0.04 0.03 0.01 0.19 0.20 0.29 0.47 0.11 0.01 0.08 0.35 0.08
O2' 0.05 0.16 0.05 0.05 0.06 0.12 0.06 0.31 0.10 0.08 0.15 0.12 0.09 0.03 0.02 0.07 0.36 0.05 0.01 0.12 0.24 0.03
O3' 0.06 0.12 0.05 0.02 0.02 0.15 0.02 0.34 0.03 0.15 0.10 0.09 0.01 0.12 0.07 0.08 0.32 0.05 0.02 0.13 0.27 0.02
O4' 0.18 0.00 0.21 0.20 0.08 0.03 0.05 0.08 0.01 0.18 0.01 0.04 0.01 0.11 0.15 0.27 0.52 0.06 0.00 0.04 0.34 0.06
O5' 0.24 0.04 0.27 0.22 0.15 0.03 0.17 0.11 0.10 0.32 0.05 0.09 0.10 0.27 0.24 0.36 0.54 0.09 0.00 0.02 0.34 0.05
O6 0.25 0.04 0.28 0.21 0.19 0.20 0.23 0.18 0.13 0.34 0.04 0.10 0.14 0.35 0.26 0.35 0.40 0.20 0.00 0.27 0.38 0.16
OP1 0.21 0.00 0.25 0.23 0.11 0.04 0.10 0.10 0.04 0.25 0.01 0.06 0.02 0.19 0.20 0.33 0.56 0.09 0.01 0.03 0.34 0.06
OP2 0.14 0.08 0.17 0.12 0.04 0.05 0.06 0.17 0.02 0.21 0.08 0.03 0.02 0.17 0.13 0.28 0.44 0.00 0.13 0.05 0.22 0.06
P 0.17 0.03 0.21 0.18 0.08 0.01 0.08 0.14 0.01 0.22 0.04 0.02 0.00 0.17 0.16 0.31 0.50 0.03 0.07 0.01 0.28 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.19 0.00 0.14 0.02 0.19 0.03
C2 0.02 0.00 0.12 0.02 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.06 0.01 0.38 0.04 0.19 0.22
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.08 0.03 0.06 0.13 0.08 0.01 0.11 0.12 0.08 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.18 0.07 0.08 0.09
C3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.20 0.02 0.17
C4 0.01 0.00 0.08 0.02 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.13 0.01 0.29 0.05 0.10 0.09
C4' 0.00 0.08 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.03 0.02 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.21 0.03
C5 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.14 0.00 0.24 0.11 0.17 0.03
C5' 0.06 0.21 0.13 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.19 0.09 0.21 0.19 0.19 0.12 0.10 0.10 0.03 0.01 0.00 0.04 0.19 0.00
C6 0.02 0.00 0.08 0.02 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.12 0.01 0.27 0.14 0.09 0.05
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.20 0.01 0.14 0.08 0.29 0.04
N1 0.02 0.00 0.11 0.02 0.01 0.08 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.08 0.00 0.33 0.11 0.08 0.13
N3 0.02 0.00 0.12 0.02 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.08 0.02 0.39 0.00 0.10 0.21
N6 0.02 0.00 0.08 0.02 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.13 0.02 0.23 0.18 0.14 0.00
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.18 0.01 0.17 0.12 0.28 0.04
N9 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.17 0.00 0.20 0.03 0.20 0.03
O2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.14 0.02 0.12 0.10 0.16 0.03 0.19 0.19 0.15 0.07 0.07 0.00 0.00 0.01 0.17 0.09 0.08 0.09
O3' 0.19 0.06 0.04 0.02 0.13 0.06 0.14 0.03 0.12 0.20 0.08 0.08 0.13 0.18 0.17 0.00 0.00 0.17 0.05 0.29 0.02 0.14
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.00 0.05 0.02 0.25 0.03
O5' 0.14 0.38 0.18 0.17 0.29 0.03 0.24 0.00 0.27 0.14 0.33 0.39 0.23 0.17 0.20 0.17 0.05 0.05 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.02 0.04 0.07 0.20 0.05 0.00 0.11 0.04 0.14 0.08 0.11 0.00 0.18 0.12 0.03 0.09 0.29 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.19 0.08 0.02 0.10 0.21 0.17 0.19 0.09 0.29 0.08 0.10 0.14 0.28 0.20 0.08 0.02 0.25 0.04 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.22 0.09 0.17 0.09 0.03 0.03 0.00 0.05 0.04 0.13 0.21 0.00 0.04 0.03 0.09 0.14 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00