ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48481

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
O4' A 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
C3' A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C4' A 0, 0.000, 0.123, 0.247, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.123 std_dev=0.123
O2' A 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C5' A 0, 0.000, 0.166, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.166 std_dev=0.166
O3' A 0, 0.000, 0.179, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.179 std_dev=0.179
O5' A 0, 0.000, 0.250, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.250 std_dev=0.250
P B 0, 0.000, 0.343, 0.686, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.343 std_dev=0.343
OP1 B 0, 0.000, 0.379, 0.758, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.379 std_dev=0.379
O5' B 0, 0.000, 0.397, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.397 std_dev=0.397
OP2 B 0, 0.000, 0.463, 0.925, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.463 std_dev=0.463
C5' B 0, 0.000, 0.481, 0.961, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.481 std_dev=0.481
O4' B 0, 0.000, 0.587, 1.174, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.587 std_dev=0.587
C4' B 0, 0.000, 0.593, 1.187, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.593 std_dev=0.593
C1' B 0, 0.000, 0.791, 1.582, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.791 std_dev=0.791
O2' B 0, 0.000, 0.851, 1.703, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.851 std_dev=0.851
C3' B 0, 0.000, 0.863, 1.726, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.863 std_dev=0.863
C2' B 0, 0.000, 0.903, 1.806, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.903 std_dev=0.903
C8 B 0, 0.000, 0.962, 1.923, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.962 std_dev=0.962
O3' B 0, 0.000, 0.973, 1.947, 1.947 max_d=1.947 avg_d=0.973 std_dev=0.973
P A 0, 0.000, 1.019, 2.039, 2.039 max_d=2.039 avg_d=1.019 std_dev=1.019
N9 B 0, 0.000, 1.066, 2.133, 2.133 max_d=2.133 avg_d=1.066 std_dev=1.066
N7 B 0, 0.000, 1.281, 2.561, 2.561 max_d=2.561 avg_d=1.281 std_dev=1.281
C4 B 0, 0.000, 1.517, 3.034, 3.034 max_d=3.034 avg_d=1.517 std_dev=1.517
C5 B 0, 0.000, 1.639, 3.279, 3.279 max_d=3.279 avg_d=1.639 std_dev=1.639
OP2 A 0, 0.000, 1.749, 3.498, 3.498 max_d=3.498 avg_d=1.749 std_dev=1.749
N3 B 0, 0.000, 1.798, 3.596, 3.596 max_d=3.596 avg_d=1.798 std_dev=1.798
OP1 A 0, 0.000, 2.044, 4.088, 4.088 max_d=4.088 avg_d=2.044 std_dev=2.044
C6 B 0, 0.000, 2.097, 4.195, 4.195 max_d=4.195 avg_d=2.097 std_dev=2.097
C2 B 0, 0.000, 2.223, 4.446, 4.446 max_d=4.446 avg_d=2.223 std_dev=2.223
N6 B 0, 0.000, 2.259, 4.519, 4.519 max_d=4.519 avg_d=2.259 std_dev=2.259
N1 B 0, 0.000, 2.386, 4.772, 4.772 max_d=4.772 avg_d=2.386 std_dev=2.386

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.46 0.56 0.01
C2 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.03 0.11 0.02 0.26 0.85 0.12
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.50 0.43 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.39 0.30 0.04
C4 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.11 0.00 0.18 0.86 0.16
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.49 0.21 0.11
C5 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.12 0.00 0.04 1.02 0.28
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.11 0.00 0.07 1.06 0.30
C8 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.13 0.01 0.06 0.98 0.28
N1 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02 0.12 0.01 0.09 0.97 0.22
N2 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.00 0.04 0.11 0.03 0.36 0.79 0.07
N3 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.03 0.10 0.01 0.34 0.77 0.07
N7 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.19 1.09 0.35
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.21 0.80 0.14
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.01 0.07 0.12 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04 0.69 0.30 0.13
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.51 0.08 0.14
O4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.44 0.46 0.04
O5' 0.06 0.11 0.02 0.01 0.11 0.01 0.12 0.01 0.11 0.13 0.12 0.11 0.10 0.13 0.11 0.06 0.04 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.11 0.00 0.21 1.13 0.37
OP1 0.46 0.26 0.50 0.39 0.18 0.49 0.04 0.11 0.07 0.06 0.09 0.36 0.34 0.19 0.21 0.69 0.51 0.44 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00
OP2 0.56 0.85 0.43 0.30 0.86 0.21 1.02 0.14 1.06 0.98 0.97 0.79 0.77 1.09 0.80 0.30 0.08 0.46 0.01 1.13 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.12 0.05 0.04 0.16 0.11 0.28 0.02 0.30 0.28 0.22 0.07 0.07 0.35 0.14 0.13 0.14 0.04 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.25 0.32 0.36 0.27 0.27 0.32 0.25 0.33 0.32 0.29 0.23 0.37 0.35 0.27 0.38 0.42 0.19 0.23 0.25 0.22 0.20
C2 0.12 0.02 0.18 0.20 0.09 0.17 0.13 0.17 0.11 0.20 0.06 0.02 0.14 0.20 0.13 0.26 0.23 0.11 0.18 0.19 0.13 0.15
C2' 0.23 0.27 0.30 0.33 0.29 0.26 0.35 0.25 0.36 0.34 0.32 0.25 0.40 0.37 0.28 0.35 0.38 0.19 0.23 0.25 0.23 0.21
C3' 0.23 0.25 0.30 0.33 0.28 0.26 0.34 0.25 0.35 0.33 0.31 0.23 0.39 0.37 0.28 0.36 0.38 0.20 0.23 0.25 0.23 0.22
C4 0.17 0.08 0.26 0.30 0.14 0.24 0.19 0.23 0.17 0.25 0.12 0.08 0.20 0.25 0.19 0.34 0.36 0.15 0.23 0.25 0.18 0.19
C4' 0.23 0.27 0.32 0.35 0.29 0.27 0.35 0.25 0.36 0.34 0.32 0.24 0.41 0.37 0.28 0.37 0.42 0.19 0.22 0.24 0.23 0.21
C5 0.11 0.05 0.22 0.26 0.04 0.21 0.08 0.20 0.04 0.18 0.02 0.03 0.07 0.16 0.11 0.32 0.34 0.11 0.21 0.23 0.15 0.17
C5' 0.23 0.23 0.33 0.36 0.26 0.28 0.32 0.27 0.33 0.33 0.28 0.21 0.37 0.36 0.27 0.39 0.44 0.20 0.24 0.26 0.23 0.22
C6 0.05 0.18 0.15 0.18 0.06 0.15 0.02 0.15 0.07 0.11 0.15 0.14 0.05 0.07 0.03 0.25 0.25 0.05 0.17 0.19 0.10 0.13
C8 0.18 0.07 0.30 0.34 0.15 0.27 0.19 0.26 0.16 0.26 0.11 0.08 0.19 0.25 0.19 0.39 0.43 0.16 0.24 0.27 0.20 0.21
N1 0.05 0.14 0.12 0.15 0.04 0.13 0.00 0.12 0.04 0.12 0.11 0.12 0.01 0.09 0.04 0.22 0.20 0.05 0.15 0.16 0.08 0.11
N2 0.12 0.06 0.14 0.14 0.11 0.13 0.16 0.13 0.14 0.21 0.10 0.05 0.17 0.21 0.14 0.21 0.13 0.11 0.16 0.12 0.10 0.12
N3 0.18 0.13 0.25 0.28 0.19 0.24 0.23 0.23 0.22 0.28 0.18 0.13 0.26 0.28 0.21 0.32 0.32 0.17 0.23 0.25 0.19 0.20
N7 0.13 0.05 0.25 0.30 0.05 0.24 0.09 0.22 0.05 0.19 0.01 0.02 0.08 0.17 0.12 0.35 0.38 0.12 0.22 0.24 0.16 0.18
N9 0.20 0.14 0.30 0.34 0.20 0.27 0.25 0.26 0.23 0.29 0.19 0.14 0.27 0.29 0.23 0.38 0.42 0.18 0.24 0.26 0.21 0.21
O2' 0.20 0.32 0.26 0.28 0.30 0.20 0.37 0.18 0.40 0.31 0.38 0.28 0.45 0.37 0.27 0.30 0.33 0.15 0.15 0.16 0.17 0.13
O3' 0.22 0.29 0.28 0.30 0.30 0.24 0.37 0.23 0.39 0.34 0.35 0.26 0.44 0.39 0.29 0.33 0.34 0.19 0.21 0.22 0.23 0.21
O4' 0.23 0.25 0.33 0.37 0.27 0.28 0.33 0.26 0.34 0.33 0.30 0.23 0.38 0.36 0.27 0.39 0.44 0.19 0.23 0.25 0.22 0.20
O5' 0.14 0.15 0.26 0.31 0.18 0.20 0.25 0.19 0.25 0.25 0.21 0.13 0.30 0.29 0.19 0.31 0.40 0.10 0.17 0.20 0.19 0.16
O6 0.01 0.31 0.10 0.14 0.16 0.11 0.12 0.11 0.19 0.04 0.28 0.26 0.17 0.01 0.05 0.21 0.22 0.00 0.14 0.17 0.07 0.10
OP1 0.27 0.25 0.24 0.25 0.24 0.26 0.19 0.29 0.18 0.20 0.21 0.26 0.15 0.17 0.24 0.15 0.23 0.27 0.37 0.40 0.39 0.38
OP2 1.01 0.97 1.07 1.07 1.00 1.03 1.02 0.98 1.02 1.04 1.00 0.97 1.04 1.04 1.02 1.17 1.10 0.99 0.90 0.82 0.79 0.83
P 0.25 0.25 0.33 0.34 0.28 0.29 0.32 0.25 0.33 0.33 0.30 0.24 0.36 0.35 0.29 0.41 0.39 0.23 0.20 0.18 0.17 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.10 0.07 0.07
C2 0.01 0.00 0.12 0.17 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.04 0.21 0.23 0.24 0.18
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.08 0.12 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.10 0.00 0.08 0.01 0.11 0.04 0.15 0.15 0.09 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.06 0.04 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.20 0.21 0.20 0.17
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.23 0.25 0.26 0.22
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.12 0.08 0.10 0.06 0.13 0.10 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.13 0.01 0.25 0.28 0.30 0.24
C8 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.03 0.20 0.20 0.18 0.18
N1 0.01 0.00 0.08 0.15 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.19 0.03 0.24 0.27 0.28 0.22
N3 0.01 0.00 0.12 0.15 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.05 0.19 0.19 0.19 0.15
N6 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.26 0.31 0.33 0.27
N7 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.02 0.22 0.25 0.25 0.22
N9 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.17 0.17 0.15 0.14
O2' 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.03 0.01 0.06 0.08 0.04 0.00 0.01 0.06 0.04 0.10 0.01 0.04
O3' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.11 0.01 0.08 0.01 0.13 0.05 0.19 0.18 0.11 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.12 0.00 0.10 0.08
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.10 0.09 0.04 0.05
O5' 0.10 0.21 0.01 0.06 0.20 0.01 0.23 0.01 0.25 0.20 0.24 0.19 0.26 0.22 0.17 0.04 0.12 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.10 0.23 0.06 0.04 0.21 0.06 0.25 0.06 0.28 0.20 0.27 0.19 0.31 0.25 0.17 0.10 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.24 0.02 0.05 0.20 0.02 0.26 0.00 0.30 0.18 0.28 0.19 0.33 0.25 0.15 0.01 0.10 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.18 0.00 0.04 0.17 0.00 0.22 0.00 0.24 0.18 0.22 0.15 0.27 0.22 0.14 0.04 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00