ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48489

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 7, 6, 9, 8, 12, 14, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.013, 0.022, 0.032, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.014, 0.029, 0.043, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.029 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.021, 0.035, 0.050, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.035 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.032 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.025, 0.044, 0.062, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.044 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.027, 0.046, 0.066, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.046 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.021, 0.042, 0.063, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.042 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.029, 0.051, 0.073, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.051 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.010, 0.043, 0.076, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.043 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.094, 0.160, 0.226, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.160 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.110, 0.188, 0.266, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.188 std_dev=0.078
O2' A 0, 0.118, 0.212, 0.307, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.212 std_dev=0.095
C3' A 0, 0.159, 0.268, 0.377, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.268 std_dev=0.109
C4' A 0, 0.187, 0.299, 0.410, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.299 std_dev=0.112
O3' A 0, 0.228, 0.363, 0.499, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.363 std_dev=0.135
P B 0, 0.322, 0.532, 0.743, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.532 std_dev=0.211
OP1 B 0, 0.306, 0.521, 0.737, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.521 std_dev=0.216
C5' A 0, 0.319, 0.554, 0.788, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.554 std_dev=0.234
OP2 B 0, 0.359, 0.602, 0.844, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.602 std_dev=0.242
O5' B 0, 0.387, 0.729, 1.072, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.729 std_dev=0.343
C5' B 0, 0.422, 0.823, 1.225, 2.448 max_d=2.448 avg_d=0.823 std_dev=0.401
C5 B 0, 0.660, 1.258, 1.856, 3.811 max_d=3.811 avg_d=1.258 std_dev=0.598
O5' A 0, 1.188, 1.808, 2.427, 2.569 max_d=2.569 avg_d=1.808 std_dev=0.619
C6 B 0, 0.549, 1.194, 1.839, 4.172 max_d=4.172 avg_d=1.194 std_dev=0.645
C4' B 0, 0.416, 1.068, 1.721, 4.130 max_d=4.130 avg_d=1.068 std_dev=0.652
N4 B 0, 0.751, 1.502, 2.253, 4.917 max_d=4.917 avg_d=1.502 std_dev=0.751
C4 B 0, 0.599, 1.383, 2.168, 5.236 max_d=5.236 avg_d=1.383 std_dev=0.785
C3' B 0, 0.384, 1.189, 1.995, 4.840 max_d=4.840 avg_d=1.189 std_dev=0.806
O4' B 0, 0.334, 1.154, 1.974, 5.249 max_d=5.249 avg_d=1.154 std_dev=0.820
P A 0, 1.033, 1.866, 2.699, 3.239 max_d=3.239 avg_d=1.866 std_dev=0.833
O3' B 0, 0.397, 1.271, 2.146, 4.932 max_d=4.932 avg_d=1.271 std_dev=0.875
N1 B 0, 0.330, 1.238, 2.147, 5.885 max_d=5.885 avg_d=1.238 std_dev=0.908
OP2 A 0, 0.936, 1.885, 2.834, 3.348 max_d=3.348 avg_d=1.885 std_dev=0.949
C1' B 0, 0.261, 1.264, 2.266, 6.401 max_d=6.401 avg_d=1.264 std_dev=1.002
C2' B 0, 0.292, 1.323, 2.353, 6.436 max_d=6.436 avg_d=1.323 std_dev=1.030
N3 B 0, 0.344, 1.410, 2.475, 6.959 max_d=6.959 avg_d=1.410 std_dev=1.066
OP1 A 0, 1.145, 2.247, 3.350, 4.845 max_d=4.845 avg_d=2.247 std_dev=1.103
C2 B 0, 0.199, 1.340, 2.481, 7.317 max_d=7.317 avg_d=1.340 std_dev=1.141
O2' B 0, 0.130, 1.532, 2.933, 8.784 max_d=8.784 avg_d=1.532 std_dev=1.401
O2 B 0, -0.013, 1.409, 2.832, 8.878 max_d=8.878 avg_d=1.409 std_dev=1.422

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.03 0.37 0.32 0.15
C2 0.04 0.00 0.10 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.14 0.04 0.35 0.02 0.66 0.30 0.27
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.01 0.07 0.04 0.09 0.12 0.10 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.21 0.07 0.36 0.24 0.16
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.09 0.08 0.10 0.13 0.10 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.27 0.09 0.40 0.26 0.24
C4 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.36 0.02 0.64 0.29 0.27
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.07 0.19 0.34 0.08
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.44 0.01 0.76 0.36 0.34
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.12 0.10 0.08 0.07 0.14 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.14 0.25 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.12 0.03 0.45 0.01 0.80 0.40 0.37
C8 0.02 0.02 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.04 0.44 0.02 0.69 0.31 0.32
N1 0.04 0.01 0.09 0.10 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.14 0.03 0.41 0.02 0.75 0.36 0.33
N2 0.05 0.01 0.12 0.13 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.16 0.17 0.06 0.32 0.03 0.63 0.29 0.26
N3 0.04 0.01 0.10 0.10 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.12 0.04 0.31 0.02 0.59 0.28 0.24
N7 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.48 0.02 0.81 0.40 0.38
N9 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.33 0.02 0.56 0.27 0.24
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.08 0.03 0.11 0.16 0.11 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.08 0.27 0.28 0.09
O3' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.09 0.01 0.09 0.03 0.12 0.09 0.14 0.17 0.12 0.09 0.05 0.04 0.00 0.01 0.23 0.13 0.50 0.33 0.28
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.13 0.03 0.30 0.46 0.22
O5' 0.17 0.35 0.21 0.27 0.36 0.02 0.44 0.01 0.45 0.44 0.41 0.32 0.31 0.48 0.33 0.06 0.23 0.13 0.00 0.48 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.07 0.09 0.02 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.08 0.13 0.03 0.48 0.00 0.86 0.46 0.41
OP1 0.37 0.66 0.36 0.40 0.64 0.19 0.76 0.25 0.80 0.69 0.75 0.63 0.59 0.81 0.56 0.27 0.50 0.30 0.02 0.86 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.30 0.24 0.26 0.29 0.34 0.36 0.33 0.40 0.31 0.36 0.29 0.28 0.40 0.27 0.28 0.33 0.46 0.02 0.46 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.27 0.16 0.24 0.27 0.08 0.34 0.02 0.37 0.32 0.33 0.26 0.24 0.38 0.24 0.09 0.28 0.22 0.01 0.41 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.29 0.48 0.45 0.35 0.29 0.38 0.22 0.31 0.28 0.29 0.41 0.33 0.49 0.41 0.23 0.17 0.17 0.22 0.17
C2 0.29 0.30 0.23 0.23 0.33 0.28 0.35 0.28 0.33 0.30 0.32 0.34 0.31 0.27 0.28 0.36 0.19 0.17 0.17 0.15
C2' 0.38 0.35 0.59 0.52 0.39 0.34 0.40 0.26 0.34 0.33 0.35 0.45 0.40 0.63 0.49 0.27 0.22 0.21 0.22 0.17
C3' 0.40 0.38 0.62 0.54 0.41 0.35 0.41 0.26 0.35 0.35 0.37 0.47 0.43 0.68 0.51 0.28 0.23 0.22 0.23 0.19
C4 0.24 0.24 0.31 0.30 0.30 0.26 0.34 0.24 0.31 0.25 0.26 0.33 0.25 0.31 0.31 0.27 0.17 0.18 0.19 0.16
C4' 0.39 0.37 0.59 0.53 0.41 0.34 0.42 0.22 0.35 0.34 0.37 0.47 0.44 0.64 0.51 0.26 0.19 0.16 0.22 0.15
C5 0.29 0.29 0.29 0.29 0.32 0.29 0.34 0.27 0.32 0.29 0.30 0.33 0.31 0.32 0.32 0.34 0.18 0.18 0.18 0.16
C5' 0.39 0.37 0.58 0.53 0.40 0.33 0.41 0.23 0.35 0.34 0.36 0.46 0.43 0.63 0.50 0.27 0.19 0.17 0.22 0.16
C6 0.37 0.38 0.29 0.28 0.37 0.34 0.37 0.31 0.37 0.36 0.38 0.37 0.41 0.37 0.34 0.42 0.21 0.18 0.17 0.15
C8 0.26 0.24 0.37 0.36 0.30 0.27 0.34 0.24 0.30 0.25 0.25 0.33 0.27 0.37 0.36 0.26 0.17 0.18 0.21 0.16
N1 0.38 0.39 0.27 0.27 0.38 0.35 0.38 0.32 0.38 0.37 0.39 0.37 0.42 0.36 0.33 0.44 0.21 0.17 0.16 0.15
N2 0.30 0.32 0.21 0.22 0.34 0.30 0.36 0.29 0.35 0.32 0.33 0.35 0.33 0.25 0.28 0.38 0.20 0.16 0.16 0.15
N3 0.23 0.24 0.29 0.27 0.31 0.24 0.35 0.24 0.31 0.24 0.26 0.34 0.24 0.28 0.27 0.27 0.17 0.18 0.19 0.16
N7 0.28 0.28 0.32 0.32 0.31 0.29 0.34 0.26 0.32 0.28 0.28 0.32 0.30 0.34 0.34 0.32 0.18 0.18 0.19 0.16
N9 0.25 0.24 0.39 0.37 0.31 0.26 0.35 0.23 0.30 0.25 0.25 0.35 0.26 0.38 0.35 0.24 0.17 0.18 0.21 0.17
O2' 0.45 0.41 0.67 0.59 0.43 0.40 0.42 0.28 0.36 0.38 0.41 0.50 0.48 0.75 0.57 0.32 0.22 0.19 0.20 0.15
O3' 0.48 0.45 0.72 0.61 0.46 0.40 0.45 0.29 0.39 0.42 0.45 0.53 0.52 0.81 0.59 0.32 0.27 0.26 0.26 0.21
O4' 0.33 0.31 0.50 0.47 0.37 0.30 0.39 0.22 0.33 0.30 0.32 0.43 0.37 0.52 0.44 0.24 0.18 0.18 0.24 0.17
O5' 0.33 0.29 0.52 0.48 0.30 0.29 0.32 0.21 0.28 0.28 0.27 0.34 0.36 0.54 0.46 0.24 0.17 0.16 0.21 0.17
O6 0.43 0.46 0.32 0.31 0.41 0.38 0.39 0.33 0.40 0.42 0.45 0.41 0.50 0.44 0.38 0.48 0.22 0.18 0.16 0.15
OP1 0.56 0.52 0.72 0.69 0.46 0.54 0.46 0.44 0.47 0.51 0.48 0.47 0.57 0.70 0.66 0.48 0.46 0.45 0.46 0.45
OP2 0.50 0.45 0.70 0.71 0.41 0.50 0.43 0.40 0.44 0.45 0.42 0.41 0.50 0.70 0.75 0.39 0.37 0.37 0.35 0.32
P 0.37 0.34 0.58 0.57 0.35 0.36 0.37 0.25 0.35 0.34 0.33 0.38 0.39 0.58 0.59 0.25 0.23 0.24 0.25 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.12 0.01 0.10 0.14 0.15 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.13 0.05 0.16 0.17 0.23 0.17
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.09 0.09 0.02 0.06 0.05 0.14 0.00 0.02 0.01 0.20 0.30 0.32 0.26
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.14 0.01 0.16 0.02 0.14 0.09 0.12 0.15 0.11 0.02 0.01 0.02 0.10 0.20 0.15 0.13
C4 0.02 0.01 0.04 0.14 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.10 0.03 0.24 0.28 0.36 0.29
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.05 0.09 0.05 0.13 0.02 0.00 0.02 0.09 0.06 0.03
C5 0.02 0.02 0.08 0.16 0.00 0.10 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.13 0.05 0.25 0.30 0.35 0.31
C5' 0.04 0.08 0.09 0.02 0.15 0.01 0.18 0.00 0.16 0.09 0.11 0.17 0.07 0.07 0.09 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.11 0.06 0.22 0.23 0.25 0.23
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.06 0.02 0.15 0.16 0.19 0.16
N3 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.11 0.04 0.19 0.22 0.30 0.23
N4 0.03 0.02 0.05 0.15 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.18 0.12 0.04 0.26 0.33 0.42 0.33
O2 0.04 0.01 0.14 0.11 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.13 0.23 0.08 0.13 0.16 0.21 0.14
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.16 0.13 0.17 0.07 0.14 0.09 0.14 0.18 0.13 0.00 0.04 0.09 0.15 0.27 0.37 0.24
O3' 0.12 0.13 0.02 0.01 0.10 0.02 0.13 0.09 0.11 0.06 0.11 0.12 0.23 0.04 0.00 0.08 0.15 0.16 0.18 0.14
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.04 0.04 0.08 0.09 0.08 0.00 0.09 0.08 0.11 0.09
O5' 0.10 0.16 0.20 0.10 0.24 0.02 0.25 0.01 0.22 0.15 0.19 0.26 0.13 0.15 0.15 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.17 0.30 0.20 0.28 0.09 0.30 0.07 0.23 0.16 0.22 0.33 0.16 0.27 0.16 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.23 0.32 0.15 0.36 0.06 0.35 0.05 0.25 0.19 0.30 0.42 0.21 0.37 0.18 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.17 0.26 0.13 0.29 0.03 0.31 0.02 0.23 0.16 0.23 0.33 0.14 0.24 0.14 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00