ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48490

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 11, 10, 7, 2, 4, 8, 5, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.032 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.004, 0.024, 0.044, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.024 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.015, 0.036, 0.056, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.036 std_dev=0.020
O2' A 0, 0.044, 0.112, 0.180, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.112 std_dev=0.068
O4' A 0, -0.002, 0.073, 0.147, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.073 std_dev=0.075
C2' A 0, 0.019, 0.095, 0.171, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.095 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.016, 0.167, 0.318, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.167 std_dev=0.151
C4' A 0, -0.027, 0.143, 0.312, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.143 std_dev=0.170
O3' A 0, 0.043, 0.249, 0.455, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.249 std_dev=0.206
P B 0, 0.154, 0.402, 0.649, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.402 std_dev=0.248
O5' B 0, 0.147, 0.421, 0.695, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.421 std_dev=0.274
OP1 B 0, 0.137, 0.422, 0.707, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.422 std_dev=0.285
C5' B 0, 0.107, 0.397, 0.686, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.397 std_dev=0.289
O5' A 0, 0.003, 0.300, 0.598, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.300 std_dev=0.297
OP2 B 0, 0.182, 0.480, 0.777, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.480 std_dev=0.298
O4' B 0, 0.098, 0.414, 0.731, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.414 std_dev=0.317
C5' A 0, -0.059, 0.261, 0.580, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.261 std_dev=0.320
C4' B 0, 0.108, 0.442, 0.775, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.442 std_dev=0.334
C6 B 0, 0.179, 0.549, 0.919, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.549 std_dev=0.370
C1' B 0, 0.121, 0.493, 0.865, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.493 std_dev=0.372
N1 B 0, 0.136, 0.520, 0.903, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.520 std_dev=0.384
C3' B 0, 0.153, 0.549, 0.945, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.549 std_dev=0.396
P A 0, -0.018, 0.387, 0.792, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.387 std_dev=0.405
C5 B 0, 0.208, 0.613, 1.019, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.613 std_dev=0.405
OP2 A 0, 0.023, 0.450, 0.877, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.450 std_dev=0.427
C2 B 0, 0.130, 0.560, 0.990, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.560 std_dev=0.430
C2' B 0, 0.166, 0.602, 1.038, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.602 std_dev=0.436
C4 B 0, 0.187, 0.628, 1.069, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.628 std_dev=0.441
N3 B 0, 0.147, 0.600, 1.052, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.600 std_dev=0.453
O2 B 0, 0.135, 0.591, 1.047, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.591 std_dev=0.456
O3' B 0, 0.139, 0.596, 1.054, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.596 std_dev=0.457
O2' B 0, 0.185, 0.656, 1.127, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.656 std_dev=0.471
N4 B 0, 0.225, 0.709, 1.194, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.709 std_dev=0.484
OP1 A 0, -0.089, 0.465, 1.019, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.465 std_dev=0.554

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02 0.08 0.12 0.06
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.02 0.18 0.01 0.20 0.27 0.19
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.07 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.05 0.11 0.08 0.07
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.02 0.12 0.08 0.12 0.10 0.09 0.10 0.06 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.14 0.07 0.09
C4 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.10 0.01 0.18 0.01 0.19 0.24 0.18
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06 0.04 0.03 0.09 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.09 0.07 0.10 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.01 0.22 0.02 0.25 0.31 0.24
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.11 0.01 0.16 0.00 0.16 0.16 0.13 0.08 0.08 0.19 0.10 0.04 0.04 0.01 0.01 0.19 0.08 0.13 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.14 0.02 0.23 0.01 0.28 0.35 0.27
C8 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.02 0.20 0.02 0.21 0.24 0.21
N1 0.02 0.00 0.06 0.12 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.02 0.21 0.01 0.25 0.32 0.24
N2 0.03 0.00 0.07 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.03 0.16 0.02 0.18 0.26 0.18
N3 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.15 0.01 0.16 0.23 0.16
N7 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.09 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.02 0.23 0.02 0.28 0.32 0.26
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.15 0.02 0.15 0.19 0.15
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04 0.11 0.08 0.05
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.10 0.02 0.12 0.04 0.14 0.09 0.13 0.12 0.10 0.12 0.06 0.03 0.00 0.01 0.12 0.15 0.17 0.08 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.03 0.07 0.12 0.06
O5' 0.07 0.18 0.09 0.12 0.18 0.01 0.22 0.01 0.23 0.20 0.21 0.16 0.15 0.23 0.15 0.06 0.12 0.06 0.00 0.26 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.05 0.13 0.01 0.09 0.02 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.15 0.03 0.26 0.00 0.33 0.39 0.31
OP1 0.08 0.20 0.11 0.14 0.19 0.07 0.25 0.08 0.28 0.21 0.25 0.18 0.16 0.28 0.15 0.11 0.17 0.07 0.01 0.33 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.27 0.08 0.07 0.24 0.10 0.31 0.13 0.35 0.24 0.32 0.26 0.23 0.32 0.19 0.08 0.08 0.12 0.02 0.39 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.19 0.07 0.09 0.18 0.02 0.24 0.01 0.27 0.21 0.24 0.18 0.16 0.26 0.15 0.05 0.10 0.06 0.00 0.31 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.17 0.15 0.17 0.20 0.17 0.22 0.20 0.20 0.16 0.18 0.21 0.18 0.15 0.18 0.16 0.19 0.15 0.11 0.13
C2 0.14 0.15 0.17 0.20 0.16 0.18 0.17 0.22 0.16 0.15 0.16 0.17 0.15 0.16 0.24 0.14 0.22 0.25 0.18 0.21
C2' 0.16 0.22 0.16 0.16 0.23 0.16 0.23 0.16 0.21 0.19 0.23 0.24 0.22 0.16 0.17 0.17 0.15 0.12 0.09 0.09
C3' 0.19 0.27 0.18 0.17 0.30 0.16 0.27 0.15 0.24 0.23 0.30 0.32 0.28 0.19 0.17 0.19 0.14 0.12 0.09 0.09
C4 0.14 0.15 0.15 0.19 0.17 0.18 0.18 0.22 0.17 0.15 0.16 0.18 0.16 0.15 0.22 0.15 0.20 0.21 0.14 0.17
C4' 0.18 0.26 0.17 0.18 0.32 0.17 0.31 0.19 0.26 0.23 0.30 0.35 0.26 0.18 0.17 0.19 0.19 0.14 0.13 0.14
C5 0.15 0.16 0.17 0.20 0.17 0.20 0.18 0.23 0.17 0.15 0.17 0.17 0.18 0.18 0.24 0.16 0.21 0.23 0.15 0.18
C5' 0.20 0.30 0.18 0.18 0.36 0.17 0.34 0.18 0.28 0.25 0.35 0.41 0.30 0.20 0.18 0.19 0.18 0.14 0.13 0.13
C6 0.16 0.16 0.19 0.22 0.16 0.21 0.17 0.24 0.16 0.16 0.16 0.17 0.18 0.20 0.27 0.17 0.22 0.26 0.18 0.20
C8 0.16 0.18 0.17 0.19 0.19 0.19 0.20 0.22 0.19 0.16 0.19 0.20 0.20 0.18 0.21 0.17 0.19 0.19 0.12 0.15
N1 0.16 0.16 0.19 0.22 0.16 0.20 0.17 0.23 0.17 0.16 0.16 0.17 0.17 0.19 0.27 0.16 0.22 0.27 0.19 0.22
N2 0.14 0.15 0.18 0.21 0.17 0.17 0.18 0.21 0.17 0.15 0.16 0.18 0.15 0.16 0.25 0.14 0.22 0.26 0.21 0.22
N3 0.12 0.14 0.14 0.18 0.16 0.17 0.17 0.21 0.16 0.14 0.15 0.17 0.14 0.13 0.21 0.13 0.21 0.21 0.15 0.18
N7 0.16 0.17 0.17 0.20 0.18 0.20 0.19 0.23 0.18 0.16 0.18 0.18 0.20 0.19 0.23 0.17 0.20 0.22 0.14 0.17
N9 0.15 0.17 0.15 0.18 0.18 0.19 0.20 0.22 0.19 0.16 0.18 0.19 0.18 0.16 0.20 0.16 0.19 0.18 0.12 0.15
O2' 0.17 0.21 0.17 0.20 0.25 0.20 0.25 0.21 0.23 0.20 0.24 0.26 0.20 0.16 0.20 0.20 0.18 0.14 0.11 0.12
O3' 0.23 0.35 0.21 0.19 0.37 0.17 0.32 0.15 0.28 0.29 0.39 0.40 0.36 0.21 0.19 0.21 0.14 0.11 0.11 0.10
O4' 0.15 0.18 0.15 0.16 0.23 0.17 0.25 0.20 0.23 0.17 0.20 0.25 0.19 0.16 0.17 0.16 0.19 0.15 0.13 0.14
O5' 0.18 0.28 0.16 0.16 0.32 0.16 0.29 0.18 0.25 0.23 0.33 0.36 0.30 0.17 0.17 0.18 0.18 0.14 0.11 0.12
O6 0.17 0.17 0.21 0.24 0.16 0.22 0.17 0.25 0.17 0.16 0.17 0.17 0.19 0.22 0.29 0.18 0.23 0.28 0.19 0.22
OP1 0.24 0.38 0.22 0.20 0.43 0.18 0.37 0.18 0.31 0.30 0.44 0.49 0.40 0.22 0.19 0.22 0.18 0.13 0.14 0.13
OP2 0.21 0.30 0.19 0.18 0.31 0.17 0.28 0.17 0.25 0.24 0.33 0.35 0.33 0.21 0.19 0.19 0.18 0.21 0.16 0.17
P 0.19 0.30 0.17 0.16 0.34 0.15 0.30 0.16 0.25 0.24 0.35 0.38 0.32 0.18 0.16 0.18 0.17 0.14 0.10 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.08 0.08 0.11 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.09 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.07 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.05 0.07 0.07 0.02 0.01 0.01 0.05 0.10 0.07 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.10 0.12 0.16 0.13
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.04 0.10 0.13 0.15 0.13
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.04 0.09 0.10 0.11 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.08 0.09 0.08
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.09 0.10 0.14 0.11
N4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.09 0.02 0.11 0.14 0.18 0.14
O2 0.02 0.01 0.09 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.09 0.04 0.07 0.07 0.10 0.08
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.04 0.08 0.00 0.03 0.03 0.03 0.08 0.05 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.02 0.09 0.03 0.09 0.04 0.07 0.09 0.09 0.03 0.00 0.01 0.08 0.14 0.11 0.09
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.06 0.05 0.07 0.07
O5' 0.04 0.08 0.03 0.05 0.10 0.01 0.10 0.01 0.09 0.07 0.09 0.11 0.07 0.03 0.08 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.05 0.08 0.09 0.10 0.12 0.05 0.13 0.05 0.10 0.08 0.10 0.14 0.07 0.08 0.14 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.11 0.07 0.07 0.16 0.02 0.15 0.02 0.11 0.09 0.14 0.18 0.10 0.05 0.11 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.04 0.06 0.13 0.02 0.13 0.02 0.10 0.08 0.11 0.14 0.08 0.04 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00