ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48492

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 5, 14, 9, 7, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.011, 0.021, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.015, 0.024, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.020, 0.030, 0.040, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.019, 0.030, 0.041, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.018, 0.030, 0.043, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.019, 0.035, 0.051, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.022, 0.044, 0.065, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.044 std_dev=0.021
N2 A 0, 0.031, 0.053, 0.076, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.053 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.038, 0.069, 0.099, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.069 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.085, 0.135, 0.185, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.135 std_dev=0.050
C4' A 0, 0.088, 0.147, 0.206, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.147 std_dev=0.059
C3' A 0, 0.110, 0.178, 0.247, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.178 std_dev=0.068
O2' A 0, 0.085, 0.157, 0.229, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.157 std_dev=0.072
C5' A 0, 0.163, 0.261, 0.360, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.261 std_dev=0.099
O5' A 0, 0.143, 0.254, 0.364, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.254 std_dev=0.110
P A 0, 0.213, 0.327, 0.441, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.327 std_dev=0.114
O3' A 0, 0.159, 0.274, 0.388, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.274 std_dev=0.114
OP2 A 0, 0.305, 0.433, 0.561, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.433 std_dev=0.128
OP1 A 0, 0.207, 0.339, 0.471, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.339 std_dev=0.132
OP2 B 0, 0.215, 0.351, 0.486, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.351 std_dev=0.136
P B 0, 0.258, 0.411, 0.564, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.411 std_dev=0.153
C5 B 0, 0.159, 0.318, 0.477, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.318 std_dev=0.159
N4 B 0, 0.171, 0.332, 0.494, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.332 std_dev=0.161
O5' B 0, 0.297, 0.464, 0.630, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.464 std_dev=0.167
C4 B 0, 0.153, 0.320, 0.487, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.320 std_dev=0.167
C6 B 0, 0.169, 0.343, 0.517, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.343 std_dev=0.174
OP1 B 0, 0.292, 0.468, 0.644, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.468 std_dev=0.176
N3 B 0, 0.157, 0.340, 0.522, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.340 std_dev=0.182
N1 B 0, 0.174, 0.365, 0.556, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.365 std_dev=0.191
C2 B 0, 0.158, 0.353, 0.549, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.353 std_dev=0.196
C2' B 0, 0.234, 0.433, 0.633, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.433 std_dev=0.200
O2' B 0, 0.279, 0.491, 0.702, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.491 std_dev=0.211
O2 B 0, 0.167, 0.379, 0.591, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.379 std_dev=0.212
C1' B 0, 0.224, 0.439, 0.654, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.439 std_dev=0.215
C5' B 0, 0.241, 0.472, 0.703, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.472 std_dev=0.231
C3' B 0, 0.252, 0.484, 0.715, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.484 std_dev=0.232
O4' B 0, 0.243, 0.478, 0.712, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.478 std_dev=0.234
C4' B 0, 0.253, 0.496, 0.739, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.496 std_dev=0.243
O3' B 0, 0.256, 0.518, 0.780, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.518 std_dev=0.262

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.06 0.01 0.05 0.10 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.08 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.06 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.01 0.05 0.10 0.05
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.09 0.01 0.06 0.10 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.03 0.03 0.09 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.08 0.05 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.09 0.01 0.06 0.10 0.06
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.06 0.10 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.08 0.01 0.06 0.10 0.05
N2 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.06 0.02 0.05 0.10 0.05
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.06 0.01 0.05 0.10 0.05
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.10 0.01 0.07 0.10 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.05 0.10 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.05 0.04 0.08 0.08 0.05
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04 0.06 0.08 0.06 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.10 0.05
O5' 0.05 0.06 0.02 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.06 0.06 0.10 0.07 0.05 0.04 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.10 0.00 0.08 0.10 0.07
OP1 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.08 0.08 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.10 0.08 0.06 0.10 0.06 0.10 0.05 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.06 0.10 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.11 0.09 0.14 0.08 0.07 0.07 0.10 0.10 0.08
C2 0.08 0.09 0.09 0.07 0.11 0.07 0.11 0.07 0.10 0.09 0.10 0.12 0.09 0.13 0.07 0.08 0.07 0.11 0.09 0.08
C2' 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.11 0.08 0.12 0.07 0.07 0.06 0.09 0.10 0.07
C3' 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.10 0.06 0.07 0.05 0.08 0.10 0.07
C4 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.11 0.09 0.14 0.08 0.07 0.06 0.11 0.10 0.07
C4' 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.11 0.06 0.07 0.05 0.09 0.09 0.07
C5 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.11 0.09 0.14 0.07 0.07 0.06 0.11 0.09 0.07
C5' 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.06 0.07 0.05 0.09 0.10 0.07
C6 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.13 0.07 0.08 0.07 0.11 0.09 0.08
C8 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.07 0.10 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.15 0.08 0.08 0.06 0.11 0.10 0.08
N1 0.08 0.09 0.09 0.07 0.11 0.08 0.11 0.08 0.10 0.09 0.10 0.12 0.09 0.13 0.07 0.09 0.07 0.11 0.09 0.08
N2 0.09 0.10 0.09 0.08 0.12 0.09 0.13 0.09 0.11 0.10 0.11 0.13 0.10 0.12 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.09
N3 0.07 0.09 0.09 0.07 0.10 0.07 0.11 0.07 0.09 0.08 0.09 0.12 0.08 0.14 0.07 0.07 0.06 0.10 0.09 0.07
N7 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.14 0.08 0.08 0.06 0.11 0.09 0.07
N9 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.11 0.09 0.14 0.08 0.07 0.06 0.11 0.10 0.08
O2' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.12 0.09 0.11 0.07 0.07 0.07 0.10 0.10 0.08
O3' 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.10 0.07
O4' 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.14 0.09 0.07 0.07 0.10 0.10 0.08
O5' 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.05 0.06 0.08 0.07 0.10 0.06 0.06 0.06 0.10 0.10 0.08
O6 0.08 0.09 0.09 0.07 0.11 0.07 0.10 0.08 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.13 0.07 0.08 0.07 0.11 0.08 0.08
OP1 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.11 0.11 0.12 0.13 0.09 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09
OP2 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08
P 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.06 0.06 0.05 0.09 0.08 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.06 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03 0.06 0.06 0.08 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.10 0.08
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02 0.07 0.08 0.11 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.08 0.08 0.12 0.08
C5' 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.08 0.08 0.10 0.07
N1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.07 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03 0.06 0.07 0.09 0.07
N4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.02 0.07 0.08 0.12 0.08
O2 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.05 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.07 0.02 0.07 0.03 0.06 0.03 0.07 0.08 0.11 0.00 0.04 0.02 0.08 0.11 0.14 0.11
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.00 0.03 0.04 0.06 0.06 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04
O5' 0.05 0.06 0.07 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.06 0.06 0.07 0.05 0.08 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.06 0.09 0.07 0.08 0.05 0.08 0.04 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.11 0.06 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.06 0.08 0.10 0.06 0.11 0.02 0.12 0.01 0.10 0.08 0.09 0.12 0.07 0.14 0.06 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.08 0.05 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.06 0.07 0.08 0.05 0.11 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00