ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48493

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 11, 11, 4, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.001, 0.014, 0.028, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.001, 0.018, 0.034, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.018 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.021 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.001, 0.018, 0.036, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.018 std_dev=0.017
C4 A 0, -0.001, 0.021, 0.044, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.021 std_dev=0.023
N9 A 0, -0.002, 0.022, 0.046, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.022 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C8 A 0, -0.003, 0.035, 0.074, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.035 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.020, 0.063, 0.106, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.063 std_dev=0.043
C4' A 0, 0.024, 0.093, 0.162, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.093 std_dev=0.069
C2' A 0, -0.002, 0.082, 0.166, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.082 std_dev=0.084
C3' A 0, 0.023, 0.113, 0.203, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.113 std_dev=0.090
C5' A 0, 0.047, 0.150, 0.253, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.150 std_dev=0.103
O5' A 0, 0.072, 0.213, 0.353, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.213 std_dev=0.141
O2' A 0, -0.024, 0.128, 0.279, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.128 std_dev=0.152
O3' A 0, 0.028, 0.191, 0.354, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.191 std_dev=0.163
OP2 B 0, 0.144, 0.353, 0.563, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.353 std_dev=0.209
OP1 A 0, 0.036, 0.247, 0.457, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.247 std_dev=0.211
P B 0, 0.048, 0.278, 0.507, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.278 std_dev=0.229
P A 0, 0.016, 0.254, 0.493, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.254 std_dev=0.238
OP2 A 0, -0.005, 0.330, 0.664, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.330 std_dev=0.334
OP1 B 0, -0.157, 0.354, 0.865, 2.162 max_d=2.162 avg_d=0.354 std_dev=0.511
O5' B 0, -0.436, 0.539, 1.513, 3.985 max_d=3.985 avg_d=0.539 std_dev=0.974
C5' B 0, -0.606, 0.586, 1.779, 4.778 max_d=4.778 avg_d=0.586 std_dev=1.193
C4' B 0, -1.118, 0.868, 2.855, 7.616 max_d=7.616 avg_d=0.868 std_dev=1.986
C5 B 0, -1.174, 1.175, 3.524, 9.231 max_d=9.231 avg_d=1.175 std_dev=2.349
C6 B 0, -1.249, 1.114, 3.477, 9.195 max_d=9.195 avg_d=1.114 std_dev=2.363
C3' B 0, -1.378, 1.007, 3.392, 8.978 max_d=8.978 avg_d=1.007 std_dev=2.385
O4' B 0, -1.371, 1.034, 3.440, 9.248 max_d=9.248 avg_d=1.034 std_dev=2.405
O3' B 0, -1.493, 1.046, 3.586, 9.435 max_d=9.435 avg_d=1.046 std_dev=2.539
N1 B 0, -1.717, 1.273, 4.263, 11.358 max_d=11.358 avg_d=1.273 std_dev=2.990
C4 B 0, -1.624, 1.380, 4.385, 11.539 max_d=11.539 avg_d=1.380 std_dev=3.004
C1' B 0, -1.753, 1.254, 4.261, 11.385 max_d=11.385 avg_d=1.254 std_dev=3.007
N4 B 0, -1.580, 1.446, 4.471, 11.687 max_d=11.687 avg_d=1.446 std_dev=3.026
C2' B 0, -1.824, 1.283, 4.389, 11.649 max_d=11.649 avg_d=1.283 std_dev=3.107
O2' B 0, -2.090, 1.437, 4.965, 13.190 max_d=13.190 avg_d=1.437 std_dev=3.527
N3 B 0, -2.069, 1.545, 5.159, 13.649 max_d=13.649 avg_d=1.545 std_dev=3.614
C2 B 0, -2.107, 1.514, 5.135, 13.635 max_d=13.635 avg_d=1.514 std_dev=3.621
O2 B 0, -2.434, 1.736, 5.906, 15.624 max_d=15.624 avg_d=1.736 std_dev=4.170

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.10 0.02 0.06 0.01 0.08 0.13 0.08
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.08 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.08 0.09 0.09 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.08 0.04 0.08 0.07 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.10 0.09 0.06
C4 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.06 0.01 0.08 0.11 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.02 0.08 0.01 0.09 0.12 0.09
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.03 0.02 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.08 0.00 0.10 0.14 0.11
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.01 0.09 0.09 0.08
N1 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.01 0.07 0.00 0.09 0.14 0.10
N2 0.02 0.01 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.02 0.06 0.01 0.09 0.14 0.08
N3 0.02 0.00 0.07 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.08 0.02 0.05 0.01 0.07 0.12 0.07
N7 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.09 0.01 0.10 0.12 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.09 0.06
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.01 0.10 0.12 0.09 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.09 0.10 0.09 0.06
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.11 0.05 0.12 0.11 0.08 0.07 0.03 0.04 0.00 0.01 0.05 0.13 0.12 0.10 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04
O5' 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.09 0.06 0.06 0.05 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.02 0.09 0.00 0.11 0.15 0.12
OP1 0.05 0.08 0.09 0.10 0.08 0.06 0.09 0.05 0.10 0.09 0.09 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.12 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.13 0.09 0.09 0.11 0.03 0.12 0.02 0.14 0.09 0.14 0.14 0.12 0.12 0.09 0.09 0.10 0.06 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.06 0.06 0.07 0.01 0.09 0.01 0.11 0.08 0.10 0.08 0.07 0.10 0.06 0.06 0.08 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.25 1.23 1.00 0.68 1.02 0.95 0.92 0.63 0.99 1.16 1.16 0.97 1.34 1.19 0.45 1.25 0.39 0.46 0.16 0.09
C2 0.11 0.09 0.45 0.59 0.12 0.19 0.16 0.12 0.12 0.07 0.08 0.15 0.15 0.43 0.91 0.13 0.19 0.41 0.20 0.12
C2' 1.18 1.13 1.06 0.79 0.90 0.95 0.80 0.60 0.88 1.06 1.05 0.84 1.25 1.26 0.66 1.14 0.36 0.39 0.15 0.10
C3' 1.18 1.15 1.09 0.80 0.91 0.91 0.79 0.54 0.86 1.06 1.07 0.85 1.30 1.33 0.71 1.09 0.33 0.35 0.14 0.10
C4 0.48 0.48 0.15 0.11 0.48 0.30 0.48 0.24 0.47 0.48 0.49 0.48 0.49 0.23 0.40 0.60 0.12 0.43 0.18 0.10
C4' 1.48 1.48 1.33 0.95 1.18 1.10 1.02 0.66 1.10 1.35 1.38 1.11 1.66 1.61 0.80 1.37 0.42 0.42 0.16 0.10
C5 0.20 0.22 0.22 0.39 0.29 0.08 0.32 0.10 0.28 0.23 0.25 0.32 0.20 0.20 0.74 0.36 0.11 0.40 0.19 0.11
C5' 1.44 1.47 1.28 0.90 1.17 1.04 1.01 0.62 1.08 1.33 1.38 1.11 1.66 1.56 0.74 1.32 0.40 0.40 0.15 0.09
C6 0.25 0.22 0.67 0.78 0.10 0.33 0.12 0.20 0.10 0.17 0.16 0.11 0.32 0.69 1.18 0.09 0.24 0.37 0.20 0.13
C8 0.73 0.74 0.40 0.15 0.68 0.48 0.63 0.34 0.65 0.70 0.72 0.67 0.78 0.52 0.20 0.81 0.18 0.42 0.17 0.09
N1 0.38 0.34 0.80 0.90 0.17 0.44 0.14 0.27 0.17 0.29 0.27 0.14 0.44 0.82 1.29 0.16 0.30 0.36 0.21 0.14
N2 0.31 0.27 0.64 0.76 0.16 0.37 0.15 0.24 0.16 0.24 0.22 0.14 0.34 0.62 1.03 0.13 0.30 0.39 0.22 0.14
N3 0.40 0.41 0.11 0.14 0.42 0.26 0.43 0.23 0.42 0.41 0.41 0.43 0.40 0.17 0.41 0.54 0.11 0.45 0.18 0.10
N7 0.38 0.40 0.10 0.23 0.43 0.20 0.43 0.16 0.41 0.40 0.42 0.44 0.40 0.13 0.56 0.52 0.09 0.40 0.18 0.10
N9 0.84 0.84 0.53 0.28 0.75 0.60 0.69 0.42 0.72 0.80 0.81 0.72 0.89 0.66 0.10 0.91 0.24 0.44 0.16 0.09
O2' 1.53 1.45 1.46 1.14 1.11 1.25 0.97 0.75 1.09 1.35 1.32 1.02 1.62 1.72 1.05 1.42 0.46 0.46 0.19 0.14
O3' 1.22 1.20 1.26 0.97 0.90 0.96 0.76 0.53 0.85 1.09 1.09 0.84 1.37 1.53 0.97 1.06 0.34 0.30 0.14 0.12
O4' 1.45 1.46 1.20 0.82 1.20 1.06 1.06 0.68 1.13 1.35 1.37 1.14 1.61 1.43 0.59 1.40 0.43 0.46 0.17 0.09
O5' 1.18 1.20 0.99 0.67 0.99 0.85 0.87 0.54 0.92 1.10 1.14 0.95 1.34 1.21 0.49 1.12 0.35 0.33 0.12 0.07
O6 0.47 0.44 0.93 1.00 0.23 0.52 0.17 0.31 0.22 0.37 0.36 0.18 0.58 1.00 1.43 0.22 0.33 0.34 0.21 0.15
OP1 1.25 1.29 1.12 0.78 1.05 0.90 0.91 0.56 0.96 1.16 1.22 1.00 1.45 1.36 0.65 1.14 0.38 0.27 0.11 0.08
OP2 0.90 0.92 0.67 0.42 0.80 0.64 0.73 0.44 0.75 0.85 0.89 0.78 1.00 0.82 0.22 0.90 0.30 0.22 0.11 0.10
P 1.13 1.17 0.93 0.62 0.97 0.81 0.85 0.51 0.90 1.06 1.11 0.93 1.30 1.14 0.43 1.08 0.33 0.30 0.12 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.03 0.09 0.11 0.11 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.09 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.07 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.08 0.10 0.08 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.09 0.06
C4 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.02 0.14 0.15 0.16 0.14
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.02 0.14 0.14 0.14 0.13
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.10 0.06 0.09 0.12 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.03 0.11 0.11 0.10 0.09
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.09 0.08 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.12 0.13 0.14 0.12
N4 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.02 0.15 0.17 0.18 0.16
O2 0.02 0.00 0.09 0.08 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.04 0.07 0.10 0.10 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.03 0.09 0.00 0.02 0.03 0.03 0.11 0.07 0.05
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.11 0.02 0.11 0.02 0.10 0.06 0.10 0.12 0.09 0.02 0.00 0.01 0.06 0.15 0.13 0.09
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.06 0.09 0.07
O5' 0.03 0.09 0.03 0.04 0.14 0.01 0.14 0.01 0.11 0.08 0.12 0.15 0.07 0.03 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.11 0.09 0.11 0.15 0.07 0.14 0.06 0.11 0.09 0.13 0.17 0.10 0.11 0.15 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.11 0.07 0.09 0.16 0.04 0.14 0.02 0.10 0.08 0.14 0.18 0.10 0.07 0.13 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.04 0.06 0.14 0.02 0.13 0.01 0.09 0.07 0.12 0.16 0.07 0.05 0.09 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00