ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48494

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 5, 4, 3, 4, 6, 2, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.005, 0.024, 0.042, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.006, 0.025, 0.045, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C2 A 0, -0.003, 0.021, 0.045, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.021 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.013, 0.039, 0.066, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.039 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.011, 0.039, 0.066, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.039 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.008, 0.036, 0.064, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.036 std_dev=0.028
C1' A 0, -0.003, 0.025, 0.053, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.025 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.014, 0.052, 0.090, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.052 std_dev=0.038
P B 0, 0.247, 0.460, 0.673, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.460 std_dev=0.213
OP1 B 0, 0.132, 0.390, 0.649, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.390 std_dev=0.259
OP2 B 0, 0.301, 0.630, 0.959, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.630 std_dev=0.329
O5' B 0, 0.301, 0.655, 1.010, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.655 std_dev=0.354
C2' A 0, -0.211, 0.183, 0.577, 2.307 max_d=2.307 avg_d=0.183 std_dev=0.394
O4' A 0, -0.197, 0.201, 0.598, 2.340 max_d=2.340 avg_d=0.201 std_dev=0.398
C5' B 0, 0.276, 0.743, 1.211, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.743 std_dev=0.467
O2' A 0, -0.220, 0.270, 0.761, 2.911 max_d=2.911 avg_d=0.270 std_dev=0.490
C4' A 0, -0.267, 0.289, 0.844, 3.286 max_d=3.286 avg_d=0.289 std_dev=0.556
C3' A 0, -0.295, 0.302, 0.899, 3.521 max_d=3.521 avg_d=0.302 std_dev=0.597
C4' B 0, 0.273, 0.928, 1.582, 2.373 max_d=2.373 avg_d=0.928 std_dev=0.655
O3' A 0, -0.307, 0.450, 1.207, 4.479 max_d=4.479 avg_d=0.450 std_dev=0.757
C3' B 0, 0.310, 1.080, 1.850, 2.751 max_d=2.751 avg_d=1.080 std_dev=0.770
O3' B 0, 0.356, 1.134, 1.911, 2.692 max_d=2.692 avg_d=1.134 std_dev=0.778
O4' B 0, 0.243, 1.033, 1.824, 2.784 max_d=2.784 avg_d=1.033 std_dev=0.790
C5' A 0, -0.458, 0.498, 1.455, 5.632 max_d=5.632 avg_d=0.498 std_dev=0.956
C6 B 0, 0.248, 1.233, 2.218, 3.325 max_d=3.325 avg_d=1.233 std_dev=0.985
O5' A 0, -0.518, 0.498, 1.513, 5.936 max_d=5.936 avg_d=0.498 std_dev=1.016
C1' B 0, 0.161, 1.239, 2.317, 3.667 max_d=3.667 avg_d=1.239 std_dev=1.078
C2' B 0, 0.220, 1.301, 2.382, 3.744 max_d=3.744 avg_d=1.301 std_dev=1.081
N1 B 0, 0.166, 1.304, 2.443, 3.844 max_d=3.844 avg_d=1.304 std_dev=1.139
C5 B 0, 0.183, 1.347, 2.511, 3.795 max_d=3.795 avg_d=1.347 std_dev=1.164
OP2 A 0, -0.503, 0.695, 1.892, 6.910 max_d=6.910 avg_d=0.695 std_dev=1.197
O2' B 0, 0.217, 1.429, 2.641, 4.190 max_d=4.190 avg_d=1.429 std_dev=1.212
P A 0, -0.614, 0.687, 1.988, 7.580 max_d=7.580 avg_d=0.687 std_dev=1.301
C2 B 0, 0.053, 1.502, 2.951, 4.740 max_d=4.740 avg_d=1.502 std_dev=1.449
C4 B 0, 0.057, 1.514, 2.971, 4.682 max_d=4.682 avg_d=1.514 std_dev=1.457
N3 B 0, 0.007, 1.588, 3.168, 5.085 max_d=5.085 avg_d=1.588 std_dev=1.581
O2 B 0, -0.003, 1.644, 3.290, 5.315 max_d=5.315 avg_d=1.644 std_dev=1.646
N4 B 0, -0.040, 1.647, 3.334, 5.262 max_d=5.262 avg_d=1.647 std_dev=1.687
OP1 A 0, -0.892, 0.854, 2.599, 10.184 max_d=10.184 avg_d=0.854 std_dev=1.745

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.03 0.10 0.19 0.15
C2 0.05 0.00 0.21 0.11 0.01 0.21 0.02 0.36 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.14 0.27 0.28 0.03 0.58 0.48 0.55
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.02 0.06 0.02 0.11 0.09 0.17 0.24 0.20 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.10 0.12 0.26 0.17
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.02 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.07 0.02 0.01 0.02 0.06 0.12 0.13 0.16 0.10
C4 0.02 0.01 0.11 0.09 0.00 0.10 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.14 0.19 0.02 0.37 0.37 0.38
C4' 0.01 0.21 0.02 0.00 0.10 0.00 0.07 0.01 0.10 0.13 0.16 0.26 0.19 0.10 0.04 0.10 0.02 0.00 0.01 0.09 0.09 0.08 0.04
C5 0.02 0.02 0.06 0.10 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.07 0.21 0.02 0.38 0.39 0.38
C5' 0.03 0.36 0.02 0.02 0.19 0.01 0.17 0.00 0.22 0.21 0.31 0.44 0.32 0.18 0.10 0.09 0.04 0.01 0.01 0.21 0.09 0.02 0.02
C6 0.03 0.02 0.11 0.11 0.02 0.10 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.12 0.15 0.12 0.23 0.01 0.49 0.45 0.46
C8 0.01 0.02 0.09 0.11 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.15 0.11 0.13 0.30 0.03 0.24 0.27 0.24
N1 0.04 0.01 0.17 0.11 0.02 0.16 0.01 0.31 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.15 0.21 0.26 0.02 0.58 0.48 0.54
N2 0.06 0.01 0.24 0.11 0.02 0.26 0.02 0.44 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.35 0.16 0.32 0.34 0.04 0.67 0.52 0.61
N3 0.05 0.01 0.20 0.10 0.01 0.19 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.26 0.12 0.27 0.25 0.02 0.48 0.42 0.48
N7 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.13 0.06 0.28 0.03 0.30 0.35 0.31
N9 0.00 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.16 0.03 0.20 0.26 0.23
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.12 0.10 0.06 0.09 0.12 0.15 0.21 0.35 0.26 0.10 0.03 0.00 0.04 0.07 0.04 0.10 0.13 0.23 0.11
O3' 0.03 0.14 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.04 0.15 0.11 0.15 0.16 0.12 0.13 0.06 0.04 0.00 0.03 0.06 0.16 0.24 0.13 0.09
O4' 0.01 0.27 0.01 0.02 0.14 0.00 0.07 0.01 0.12 0.13 0.21 0.32 0.27 0.06 0.01 0.07 0.03 0.00 0.08 0.09 0.06 0.10 0.08
O5' 0.08 0.28 0.07 0.06 0.19 0.01 0.21 0.01 0.23 0.30 0.26 0.34 0.25 0.28 0.16 0.04 0.06 0.08 0.00 0.24 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.03 0.10 0.12 0.02 0.09 0.02 0.21 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.10 0.16 0.09 0.24 0.00 0.49 0.45 0.45
OP1 0.10 0.58 0.12 0.13 0.37 0.09 0.38 0.09 0.49 0.24 0.58 0.67 0.48 0.30 0.20 0.13 0.24 0.06 0.01 0.49 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.48 0.26 0.16 0.37 0.08 0.39 0.02 0.45 0.27 0.48 0.52 0.42 0.35 0.26 0.23 0.13 0.10 0.02 0.45 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.55 0.17 0.10 0.38 0.04 0.38 0.02 0.46 0.24 0.54 0.61 0.48 0.31 0.23 0.11 0.09 0.08 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.22 0.43 0.45 0.49 0.42 0.52 0.37 0.34 0.22 0.32 0.64 0.27 0.57 0.61 0.34 0.25 0.18 0.26 0.15
C2 0.45 0.31 0.51 0.50 0.34 0.50 0.39 0.49 0.32 0.31 0.27 0.42 0.40 0.62 0.61 0.45 0.31 0.15 0.12 0.13
C2' 0.28 0.38 0.33 0.38 0.74 0.36 0.77 0.37 0.56 0.37 0.56 0.92 0.27 0.44 0.53 0.32 0.30 0.33 0.47 0.34
C3' 0.27 0.31 0.42 0.46 0.67 0.39 0.68 0.34 0.44 0.27 0.49 0.87 0.25 0.54 0.66 0.28 0.24 0.23 0.35 0.20
C4 0.44 0.27 0.51 0.50 0.37 0.50 0.42 0.47 0.31 0.28 0.26 0.50 0.38 0.65 0.64 0.43 0.28 0.17 0.17 0.13
C4' 0.54 0.48 0.68 0.70 0.65 0.61 0.65 0.53 0.50 0.46 0.54 0.80 0.52 0.77 0.86 0.51 0.45 0.35 0.38 0.31
C5 0.52 0.35 0.58 0.55 0.35 0.55 0.40 0.51 0.33 0.35 0.28 0.45 0.48 0.74 0.68 0.50 0.31 0.17 0.15 0.13
C5' 0.85 0.77 1.01 1.02 0.81 0.90 0.79 0.78 0.71 0.74 0.77 0.92 0.84 1.10 1.19 0.78 0.67 0.51 0.51 0.48
C6 0.59 0.43 0.63 0.58 0.34 0.59 0.39 0.53 0.37 0.43 0.34 0.40 0.57 0.78 0.69 0.55 0.34 0.16 0.12 0.14
C8 0.46 0.28 0.54 0.52 0.39 0.52 0.44 0.47 0.31 0.29 0.26 0.54 0.41 0.71 0.67 0.45 0.28 0.18 0.21 0.13
N1 0.56 0.41 0.60 0.56 0.34 0.57 0.39 0.53 0.37 0.41 0.33 0.39 0.53 0.72 0.66 0.53 0.35 0.15 0.11 0.14
N2 0.41 0.29 0.46 0.47 0.33 0.47 0.38 0.48 0.32 0.30 0.27 0.40 0.36 0.55 0.56 0.41 0.32 0.14 0.13 0.14
N3 0.39 0.25 0.46 0.47 0.38 0.47 0.43 0.45 0.31 0.26 0.26 0.49 0.33 0.58 0.60 0.40 0.28 0.17 0.16 0.13
N7 0.52 0.34 0.59 0.55 0.36 0.56 0.41 0.50 0.32 0.35 0.27 0.47 0.49 0.76 0.70 0.51 0.30 0.18 0.17 0.13
N9 0.40 0.24 0.49 0.49 0.42 0.48 0.46 0.44 0.31 0.25 0.27 0.56 0.34 0.64 0.64 0.41 0.27 0.18 0.21 0.13
O2' 0.44 0.60 0.43 0.46 0.94 0.44 0.95 0.48 0.75 0.58 0.77 1.10 0.48 0.47 0.55 0.46 0.46 0.48 0.64 0.50
O3' 0.23 0.42 0.36 0.41 0.83 0.33 0.81 0.29 0.55 0.36 0.64 1.04 0.31 0.44 0.60 0.23 0.24 0.26 0.43 0.25
O4' 0.57 0.45 0.68 0.70 0.54 0.64 0.56 0.56 0.45 0.45 0.46 0.66 0.53 0.79 0.84 0.54 0.50 0.41 0.42 0.38
O5' 0.78 0.65 0.97 0.98 0.65 0.85 0.63 0.71 0.55 0.62 0.62 0.77 0.77 1.11 1.19 0.70 0.57 0.40 0.37 0.36
O6 0.66 0.52 0.70 0.62 0.37 0.62 0.41 0.55 0.42 0.51 0.41 0.40 0.67 0.85 0.72 0.61 0.37 0.15 0.12 0.15
OP1 1.29 1.20 1.51 1.47 1.08 1.29 1.00 1.08 1.00 1.14 1.14 1.13 1.34 1.66 1.70 1.16 0.94 0.67 0.61 0.65
OP2 0.98 0.82 1.17 1.16 0.67 1.03 0.63 0.88 0.63 0.78 0.73 0.74 0.99 1.35 1.38 0.89 0.73 0.52 0.42 0.48
P 1.10 0.98 1.29 1.28 0.87 1.13 0.82 0.96 0.81 0.94 0.91 0.93 1.12 1.44 1.49 0.99 0.84 0.61 0.55 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.12 0.11 0.18 0.14
C2 0.01 0.00 0.10 0.13 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.04 0.27 0.27 0.42 0.34
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.09 0.06 0.17 0.01 0.02 0.01 0.16 0.11 0.17 0.14
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.11 0.01 0.11 0.02 0.12 0.07 0.13 0.13 0.17 0.02 0.01 0.02 0.23 0.16 0.17 0.19
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.05 0.41 0.48 0.64 0.54
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.11 0.05 0.07 0.11 0.06 0.06 0.02 0.01 0.02 0.09 0.08 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.11 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.13 0.05 0.44 0.51 0.63 0.56
C5' 0.04 0.12 0.02 0.02 0.21 0.01 0.24 0.00 0.21 0.12 0.17 0.24 0.09 0.07 0.03 0.02 0.01 0.08 0.16 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.13 0.05 0.38 0.39 0.46 0.44
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.26 0.25 0.35 0.31
N3 0.01 0.00 0.09 0.13 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.15 0.04 0.34 0.38 0.54 0.44
N4 0.03 0.01 0.06 0.13 0.01 0.11 0.02 0.24 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.15 0.05 0.44 0.56 0.72 0.60
O2 0.03 0.01 0.17 0.17 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.20 0.06 0.20 0.19 0.35 0.26
O2' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.03 0.09 0.07 0.15 0.00 0.05 0.06 0.09 0.13 0.10 0.08
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.13 0.02 0.13 0.03 0.13 0.06 0.15 0.15 0.20 0.05 0.00 0.01 0.24 0.23 0.20 0.21
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.06 0.06 0.01 0.00 0.11 0.13 0.13 0.10
O5' 0.12 0.27 0.16 0.23 0.41 0.02 0.44 0.01 0.38 0.26 0.34 0.44 0.20 0.09 0.24 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.11 0.27 0.11 0.16 0.48 0.09 0.51 0.08 0.39 0.25 0.38 0.56 0.19 0.13 0.23 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.42 0.17 0.17 0.64 0.08 0.63 0.16 0.46 0.35 0.54 0.72 0.35 0.10 0.20 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.34 0.14 0.19 0.54 0.03 0.56 0.02 0.44 0.31 0.44 0.60 0.26 0.08 0.21 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00