ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48495

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 11, 3, 5, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.017 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.010, 0.031, 0.052, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.031 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.016, 0.061, 0.107, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.061 std_dev=0.045
C2' A 0, 0.022, 0.068, 0.113, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.068 std_dev=0.046
C3' A 0, 0.032, 0.103, 0.173, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.103 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.026, 0.099, 0.172, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.099 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.037, 0.113, 0.189, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.113 std_dev=0.076
O5' A 0, 0.046, 0.146, 0.247, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.146 std_dev=0.101
O3' A 0, 0.051, 0.160, 0.270, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.160 std_dev=0.110
C5' A 0, 0.039, 0.155, 0.271, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.155 std_dev=0.116
P A 0, 0.030, 0.155, 0.280, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.155 std_dev=0.125
OP2 A 0, 0.048, 0.187, 0.326, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.187 std_dev=0.139
OP1 A 0, 0.058, 0.199, 0.341, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.199 std_dev=0.142
P B 0, 0.154, 0.307, 0.461, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.307 std_dev=0.153
OP1 B 0, 0.120, 0.279, 0.439, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.279 std_dev=0.160
OP2 B 0, 0.226, 0.392, 0.558, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.392 std_dev=0.166
O5' B 0, 0.164, 0.352, 0.539, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.352 std_dev=0.188
C2 B 0, 0.236, 0.460, 0.684, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.460 std_dev=0.224
C5' B 0, 0.199, 0.438, 0.678, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.438 std_dev=0.239
N3 B 0, 0.235, 0.481, 0.726, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.481 std_dev=0.245
O3' B 0, 0.222, 0.477, 0.733, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.477 std_dev=0.255
C3' B 0, 0.190, 0.447, 0.704, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.447 std_dev=0.257
C4' B 0, 0.197, 0.455, 0.714, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.455 std_dev=0.258
O4' B 0, 0.193, 0.461, 0.728, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.461 std_dev=0.267
C2' B 0, 0.194, 0.489, 0.783, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.489 std_dev=0.294
C1' B 0, 0.194, 0.489, 0.784, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.489 std_dev=0.295
N1 B 0, 0.200, 0.504, 0.809, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.504 std_dev=0.305
O2' B 0, 0.225, 0.549, 0.874, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.549 std_dev=0.325
C4 B 0, 0.218, 0.548, 0.877, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.548 std_dev=0.329
N4 B 0, 0.235, 0.580, 0.924, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.580 std_dev=0.344
O2 B 0, 0.217, 0.647, 1.078, 1.766 max_d=1.766 avg_d=0.647 std_dev=0.430
C6 B 0, 0.099, 0.744, 1.390, 2.041 max_d=2.041 avg_d=0.744 std_dev=0.646
C5 B 0, 0.097, 0.766, 1.434, 2.058 max_d=2.058 avg_d=0.766 std_dev=0.668

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.07 0.00 0.09 0.07 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.00 0.07 0.06 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.08 0.01 0.10 0.08 0.09
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.09 0.00 0.11 0.09 0.10
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.08 0.00 0.11 0.09 0.09
N2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.07 0.01 0.10 0.07 0.07
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.08 0.06 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04
O5' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06 0.09 0.05 0.02 0.04 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.10 0.00 0.13 0.11 0.11
OP1 0.04 0.09 0.03 0.02 0.07 0.02 0.10 0.03 0.11 0.07 0.11 0.10 0.08 0.10 0.06 0.02 0.04 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.07 0.04 0.04 0.06 0.03 0.08 0.02 0.09 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.05 0.04 0.06 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.03 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.10 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.05 0.02 0.04 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.23 0.07 0.06 0.25 0.07 0.15 0.08 0.10 0.14 0.28 0.31 0.26 0.07 0.08 0.11 0.09 0.09 0.09 0.07
C2 0.19 0.25 0.13 0.13 0.35 0.16 0.38 0.18 0.32 0.25 0.29 0.39 0.22 0.13 0.12 0.20 0.17 0.14 0.12 0.14
C2' 0.11 0.24 0.07 0.06 0.23 0.08 0.14 0.08 0.10 0.14 0.29 0.29 0.29 0.08 0.07 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08
C3' 0.09 0.21 0.07 0.06 0.20 0.07 0.12 0.07 0.09 0.12 0.26 0.26 0.26 0.07 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07
C4 0.15 0.24 0.10 0.10 0.32 0.12 0.30 0.14 0.24 0.20 0.29 0.37 0.23 0.10 0.11 0.16 0.14 0.11 0.08 0.11
C4' 0.08 0.19 0.07 0.08 0.19 0.07 0.10 0.07 0.09 0.10 0.23 0.24 0.23 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07
C5 0.18 0.23 0.13 0.14 0.34 0.16 0.37 0.17 0.30 0.23 0.28 0.39 0.20 0.13 0.14 0.18 0.17 0.13 0.09 0.13
C5' 0.08 0.16 0.09 0.10 0.17 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.20 0.23 0.18 0.09 0.12 0.10 0.10 0.09 0.11 0.08
C6 0.21 0.23 0.17 0.17 0.36 0.19 0.44 0.21 0.38 0.26 0.28 0.41 0.19 0.16 0.17 0.21 0.20 0.14 0.12 0.15
C8 0.14 0.22 0.10 0.10 0.29 0.11 0.27 0.13 0.21 0.19 0.27 0.35 0.22 0.10 0.11 0.14 0.13 0.11 0.08 0.10
N1 0.22 0.24 0.17 0.17 0.37 0.20 0.45 0.22 0.39 0.27 0.28 0.41 0.20 0.16 0.17 0.22 0.20 0.15 0.13 0.16
N2 0.20 0.26 0.14 0.13 0.35 0.17 0.40 0.19 0.34 0.26 0.30 0.39 0.23 0.13 0.12 0.21 0.18 0.15 0.14 0.16
N3 0.16 0.25 0.10 0.09 0.32 0.12 0.30 0.13 0.23 0.21 0.30 0.37 0.24 0.10 0.09 0.16 0.13 0.11 0.09 0.11
N7 0.17 0.22 0.13 0.13 0.32 0.15 0.34 0.16 0.28 0.22 0.27 0.38 0.20 0.12 0.14 0.17 0.16 0.12 0.08 0.12
N9 0.13 0.23 0.08 0.08 0.29 0.10 0.23 0.11 0.17 0.18 0.28 0.34 0.24 0.09 0.09 0.13 0.12 0.10 0.08 0.09
O2' 0.12 0.27 0.09 0.08 0.23 0.08 0.17 0.08 0.14 0.14 0.30 0.27 0.34 0.10 0.08 0.11 0.09 0.10 0.11 0.08
O3' 0.09 0.21 0.08 0.07 0.18 0.07 0.14 0.07 0.12 0.11 0.25 0.23 0.28 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.11 0.07
O4' 0.09 0.19 0.07 0.08 0.21 0.08 0.12 0.09 0.09 0.11 0.24 0.27 0.22 0.07 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08
O5' 0.09 0.17 0.08 0.09 0.21 0.08 0.16 0.09 0.12 0.12 0.21 0.27 0.17 0.08 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08
O6 0.23 0.23 0.19 0.20 0.38 0.22 0.49 0.24 0.43 0.28 0.27 0.42 0.19 0.19 0.20 0.23 0.22 0.15 0.13 0.17
OP1 0.14 0.18 0.12 0.13 0.26 0.13 0.26 0.13 0.21 0.17 0.22 0.31 0.18 0.12 0.14 0.14 0.14 0.12 0.12 0.11
OP2 0.09 0.16 0.08 0.09 0.19 0.08 0.14 0.08 0.10 0.11 0.20 0.24 0.17 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07
P 0.10 0.16 0.09 0.09 0.22 0.09 0.19 0.10 0.15 0.13 0.21 0.28 0.17 0.09 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.11 0.08
C2 0.01 0.00 0.14 0.09 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.13 0.09 0.11 0.20 0.24 0.19
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.02 0.00 0.12 0.01 0.15 0.01 0.10 0.02 0.27 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.08 0.04
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.16 0.03 0.07 0.06 0.19 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.14 0.24 0.16 0.17
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03
C5 0.00 0.00 0.12 0.14 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.17 0.06 0.13 0.21 0.22 0.14
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.07 0.07 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.15 0.16 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.18 0.09 0.11 0.17 0.24 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.15 0.13 0.12
N3 0.01 0.00 0.10 0.07 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.10 0.07 0.13 0.24 0.23 0.20
N4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.15 0.26 0.16 0.18
O2 0.01 0.00 0.27 0.19 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.28 0.26 0.14 0.10 0.20 0.33 0.22
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.11 0.02 0.12 0.03 0.28 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.09 0.04
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.05 0.01 0.17 0.01 0.18 0.03 0.10 0.06 0.26 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.04 0.05
O4' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.14 0.02 0.01 0.00 0.05 0.10 0.10 0.08
O5' 0.04 0.11 0.02 0.03 0.14 0.01 0.13 0.00 0.11 0.09 0.13 0.15 0.10 0.02 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.20 0.06 0.06 0.24 0.03 0.21 0.01 0.17 0.15 0.24 0.26 0.20 0.05 0.08 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.24 0.08 0.05 0.16 0.05 0.22 0.02 0.24 0.13 0.23 0.16 0.33 0.09 0.04 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.19 0.04 0.04 0.17 0.03 0.14 0.01 0.12 0.12 0.20 0.18 0.22 0.04 0.05 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00