ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48496

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 2, 1, 0, 7, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.014, 0.032, 0.050, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.032 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.019, 0.037, 0.055, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.037 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.011, 0.030, 0.049, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.005, 0.024, 0.043, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.014, 0.034, 0.053, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.034 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.019, 0.044, 0.069, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.044 std_dev=0.025
O6 A 0, -0.002, 0.048, 0.098, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.048 std_dev=0.050
P B 0, 0.279, 0.500, 0.721, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.500 std_dev=0.221
OP1 B 0, 0.292, 0.565, 0.839, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.565 std_dev=0.274
OP2 B 0, 0.297, 0.679, 1.062, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.679 std_dev=0.383
O5' B 0, 0.250, 0.820, 1.390, 2.046 max_d=2.046 avg_d=0.820 std_dev=0.570
O4' A 0, 0.469, 1.318, 2.167, 2.153 max_d=2.153 avg_d=1.318 std_dev=0.849
C2' A 0, 0.480, 1.347, 2.214, 2.095 max_d=2.095 avg_d=1.347 std_dev=0.867
O2' A 0, 0.528, 1.472, 2.416, 2.346 max_d=2.346 avg_d=1.472 std_dev=0.944
C5' B 0, 0.314, 1.294, 2.274, 3.110 max_d=3.110 avg_d=1.294 std_dev=0.980
C4' B 0, 0.416, 1.640, 2.864, 3.878 max_d=3.878 avg_d=1.640 std_dev=1.224
C4' A 0, 0.729, 2.008, 3.286, 3.206 max_d=3.206 avg_d=2.008 std_dev=1.278
C3' A 0, 0.780, 2.151, 3.522, 3.393 max_d=3.393 avg_d=2.151 std_dev=1.371
O4' B 0, 0.255, 1.649, 3.043, 5.146 max_d=5.146 avg_d=1.649 std_dev=1.394
C6 B 0, 0.483, 1.900, 3.318, 5.649 max_d=5.649 avg_d=1.900 std_dev=1.417
C3' B 0, 0.659, 2.241, 3.823, 5.827 max_d=5.827 avg_d=2.241 std_dev=1.582
C5 B 0, 0.713, 2.297, 3.882, 5.847 max_d=5.847 avg_d=2.297 std_dev=1.585
C2' B 0, 0.302, 2.121, 3.939, 7.380 max_d=7.380 avg_d=2.121 std_dev=1.819
C1' B 0, 0.216, 2.036, 3.857, 7.103 max_d=7.103 avg_d=2.036 std_dev=1.821
N1 B 0, 0.360, 2.206, 4.053, 7.127 max_d=7.127 avg_d=2.206 std_dev=1.847
O3' A 0, 1.111, 3.026, 4.941, 4.641 max_d=4.641 avg_d=3.026 std_dev=1.915
O3' B 0, 0.884, 2.826, 4.768, 6.641 max_d=6.641 avg_d=2.826 std_dev=1.942
O5' A 0, 1.080, 3.154, 5.229, 5.456 max_d=5.456 avg_d=3.154 std_dev=2.075
C4 B 0, 0.793, 2.902, 5.011, 7.521 max_d=7.521 avg_d=2.902 std_dev=2.109
C5' A 0, 1.159, 3.276, 5.392, 5.286 max_d=5.286 avg_d=3.276 std_dev=2.116
O2' B 0, 0.006, 2.234, 4.462, 9.340 max_d=9.340 avg_d=2.234 std_dev=2.228
N4 B 0, 1.020, 3.351, 5.683, 7.903 max_d=7.903 avg_d=3.351 std_dev=2.331
C2 B 0, 0.439, 2.852, 5.265, 8.791 max_d=8.791 avg_d=2.852 std_dev=2.413
N3 B 0, 0.642, 3.138, 5.633, 8.893 max_d=8.893 avg_d=3.138 std_dev=2.495
OP2 A 0, 1.280, 3.907, 6.534, 7.373 max_d=7.373 avg_d=3.907 std_dev=2.627
O2 B 0, 0.358, 3.233, 6.108, 10.215 max_d=10.215 avg_d=3.233 std_dev=2.875
P A 0, 1.475, 4.406, 7.336, 7.711 max_d=7.711 avg_d=4.406 std_dev=2.930
OP1 A 0, 2.068, 6.052, 10.036, 10.178 max_d=10.178 avg_d=6.052 std_dev=3.984

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.14 0.03 0.23 0.14 0.23
C2 0.04 0.00 0.48 0.23 0.01 0.31 0.01 0.67 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.54 0.38 0.49 0.69 0.04 1.25 0.80 1.15
C2' 0.01 0.48 0.00 0.00 0.26 0.02 0.14 0.05 0.24 0.21 0.38 0.57 0.46 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01 0.18 0.19 0.19 0.23 0.22
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.08 0.04 0.11 0.14 0.18 0.28 0.21 0.10 0.05 0.02 0.01 0.02 0.15 0.09 0.22 0.23 0.17
C4 0.02 0.01 0.26 0.12 0.00 0.17 0.00 0.42 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.26 0.19 0.27 0.49 0.02 0.80 0.54 0.80
C4' 0.01 0.31 0.02 0.01 0.17 0.00 0.14 0.01 0.21 0.10 0.28 0.35 0.27 0.08 0.05 0.08 0.01 0.00 0.02 0.20 0.11 0.03 0.03
C5 0.02 0.01 0.14 0.08 0.00 0.14 0.00 0.40 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.13 0.15 0.48 0.01 0.82 0.61 0.84
C5' 0.08 0.67 0.05 0.04 0.42 0.01 0.40 0.00 0.53 0.13 0.64 0.75 0.57 0.20 0.19 0.07 0.04 0.03 0.01 0.51 0.10 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.24 0.11 0.02 0.21 0.01 0.53 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.26 0.21 0.25 0.60 0.01 1.09 0.80 1.07
C8 0.02 0.02 0.21 0.14 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.19 0.17 0.23 0.16 0.02 0.21 0.23 0.25
N1 0.04 0.01 0.38 0.18 0.02 0.28 0.01 0.64 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.43 0.32 0.40 0.69 0.04 1.28 0.87 1.20
N2 0.03 0.00 0.57 0.28 0.02 0.35 0.02 0.75 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.68 0.47 0.58 0.75 0.06 1.40 0.86 1.24
N3 0.04 0.00 0.46 0.21 0.00 0.27 0.01 0.57 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.50 0.33 0.47 0.60 0.03 1.02 0.64 0.96
N7 0.01 0.02 0.09 0.10 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.09 0.11 0.09 0.29 0.02 0.46 0.41 0.52
N9 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.27 0.01 0.41 0.27 0.44
O2' 0.02 0.54 0.00 0.02 0.26 0.08 0.15 0.07 0.26 0.19 0.43 0.68 0.50 0.09 0.03 0.00 0.04 0.04 0.09 0.22 0.17 0.15 0.11
O3' 0.02 0.38 0.02 0.01 0.19 0.01 0.13 0.04 0.21 0.17 0.32 0.47 0.33 0.11 0.05 0.04 0.00 0.02 0.13 0.18 0.38 0.31 0.22
O4' 0.01 0.49 0.01 0.02 0.27 0.00 0.15 0.03 0.25 0.23 0.40 0.58 0.47 0.09 0.02 0.04 0.02 0.00 0.08 0.20 0.18 0.21 0.15
O5' 0.14 0.69 0.18 0.15 0.49 0.02 0.48 0.01 0.60 0.16 0.69 0.75 0.60 0.29 0.27 0.09 0.13 0.08 0.00 0.60 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.04 0.19 0.09 0.02 0.20 0.01 0.51 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.22 0.18 0.20 0.60 0.00 1.11 0.86 1.08
OP1 0.23 1.25 0.19 0.22 0.80 0.11 0.82 0.10 1.09 0.21 1.28 1.40 1.02 0.46 0.41 0.17 0.38 0.18 0.01 1.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.80 0.23 0.23 0.54 0.03 0.61 0.02 0.80 0.23 0.87 0.86 0.64 0.41 0.27 0.15 0.31 0.21 0.02 0.86 0.01 0.00 0.01
P 0.23 1.15 0.22 0.17 0.80 0.03 0.84 0.02 1.07 0.25 1.20 1.24 0.96 0.52 0.44 0.11 0.22 0.15 0.01 1.08 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.37 0.68 0.74 0.57 0.30 0.56 0.35 0.39 0.31 0.47 0.70 0.41 0.62 0.81 0.30 0.31 0.27 0.24 0.19
C2 0.55 0.37 0.74 0.82 0.34 0.56 0.38 0.42 0.33 0.37 0.30 0.41 0.49 0.68 0.80 0.49 0.38 0.23 0.21 0.15
C2' 0.58 0.82 0.45 0.48 1.16 0.47 1.16 0.70 0.95 0.77 1.00 1.33 0.73 0.52 0.65 0.76 0.82 0.77 0.80 0.78
C3' 0.58 0.60 0.92 0.90 0.78 0.40 0.75 0.33 0.56 0.51 0.69 0.96 0.67 1.01 1.00 0.47 0.41 0.39 0.44 0.38
C4 0.40 0.26 0.67 0.77 0.36 0.38 0.41 0.29 0.30 0.25 0.25 0.47 0.37 0.56 0.77 0.33 0.28 0.23 0.23 0.16
C4' 1.07 0.92 1.53 1.50 0.68 0.91 0.57 0.57 0.62 0.85 0.81 0.69 1.09 1.59 1.53 0.73 0.47 0.47 0.39 0.37
C5 0.52 0.35 0.74 0.87 0.28 0.50 0.34 0.35 0.27 0.33 0.25 0.37 0.52 0.64 0.92 0.41 0.32 0.20 0.22 0.14
C5' 1.76 1.58 2.21 2.17 1.18 1.55 1.05 1.09 1.20 1.50 1.41 1.09 1.80 2.31 2.24 1.36 0.97 0.91 0.78 0.81
C6 0.66 0.50 0.84 0.96 0.28 0.67 0.31 0.48 0.31 0.45 0.37 0.31 0.69 0.78 1.05 0.56 0.41 0.19 0.20 0.15
C8 0.40 0.28 0.70 0.82 0.37 0.37 0.41 0.31 0.28 0.24 0.26 0.49 0.41 0.59 0.87 0.29 0.27 0.23 0.23 0.16
N1 0.68 0.51 0.85 0.96 0.31 0.72 0.33 0.54 0.33 0.47 0.38 0.33 0.68 0.82 1.01 0.60 0.44 0.21 0.20 0.16
N2 0.61 0.44 0.78 0.81 0.37 0.64 0.41 0.53 0.38 0.44 0.36 0.42 0.53 0.76 0.76 0.58 0.45 0.26 0.20 0.17
N3 0.38 0.25 0.63 0.71 0.40 0.35 0.44 0.28 0.33 0.26 0.28 0.51 0.32 0.53 0.67 0.35 0.28 0.24 0.23 0.16
N7 0.49 0.33 0.73 0.87 0.28 0.46 0.34 0.33 0.25 0.30 0.24 0.38 0.51 0.62 0.94 0.37 0.30 0.20 0.22 0.15
N9 0.35 0.26 0.66 0.77 0.43 0.32 0.46 0.30 0.32 0.23 0.31 0.56 0.35 0.57 0.80 0.27 0.27 0.25 0.24 0.17
O2' 0.90 1.21 0.60 0.68 1.53 0.85 1.49 1.05 1.29 1.13 1.39 1.69 1.11 0.62 0.93 1.11 1.13 1.07 1.05 1.06
O3' 0.64 0.79 0.86 0.80 1.05 0.41 1.00 0.48 0.77 0.68 0.93 1.25 0.81 1.02 0.94 0.63 0.60 0.58 0.67 0.61
O4' 1.04 0.90 1.48 1.49 0.68 0.94 0.60 0.67 0.67 0.85 0.80 0.67 1.04 1.42 1.46 0.73 0.59 0.64 0.64 0.59
O5' 1.72 1.54 2.14 2.16 1.12 1.56 0.99 1.11 1.15 1.46 1.37 1.03 1.78 2.18 2.26 1.36 0.93 0.85 0.72 0.76
O6 0.77 0.64 0.93 1.05 0.32 0.78 0.30 0.55 0.35 0.56 0.49 0.30 0.85 0.90 1.18 0.66 0.47 0.18 0.20 0.17
OP1 3.06 2.90 3.45 3.41 2.33 2.75 2.12 2.12 2.33 2.75 2.68 2.17 3.22 3.61 3.63 2.60 1.89 1.62 1.45 1.55
OP2 2.03 1.87 2.36 2.43 1.37 1.86 1.20 1.37 1.37 1.74 1.67 1.24 2.17 2.37 2.63 1.68 1.08 0.95 0.80 0.86
P 2.47 2.30 2.82 2.85 1.79 2.27 1.62 1.74 1.81 2.18 2.09 1.64 2.58 2.87 3.02 2.09 1.50 1.32 1.16 1.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.24 0.01 0.13 0.31 0.25 0.09
C2 0.03 0.00 0.19 0.27 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.11 0.27 0.22 0.38 0.21
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.05 0.02 0.16 0.13 0.20 0.03 0.14 0.05 0.35 0.00 0.04 0.01 0.44 0.77 0.43 0.50
C3' 0.02 0.27 0.00 0.00 0.34 0.01 0.32 0.06 0.27 0.22 0.33 0.37 0.26 0.01 0.01 0.03 0.29 0.64 0.10 0.30
C4 0.01 0.01 0.05 0.34 0.00 0.12 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.21 0.02 0.37 0.32 0.57 0.39
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.07 0.13 0.06 0.28 0.03 0.00 0.02 0.26 0.29 0.07
C5 0.01 0.00 0.16 0.32 0.01 0.16 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.38 0.26 0.09 0.38 0.32 0.54 0.40
C5' 0.05 0.08 0.13 0.06 0.15 0.01 0.18 0.00 0.15 0.07 0.11 0.18 0.09 0.15 0.23 0.01 0.02 0.15 0.35 0.03
C6 0.01 0.01 0.20 0.27 0.01 0.15 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.34 0.20 0.12 0.33 0.21 0.40 0.28
N1 0.01 0.00 0.03 0.22 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.08 0.01 0.25 0.20 0.32 0.16
N3 0.02 0.01 0.14 0.33 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.16 0.08 0.33 0.26 0.50 0.31
N4 0.02 0.01 0.05 0.37 0.01 0.13 0.02 0.18 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.26 0.03 0.40 0.40 0.66 0.46
O2 0.05 0.01 0.35 0.26 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.25 0.19 0.24 0.26 0.34 0.15
O2' 0.02 0.12 0.00 0.01 0.32 0.28 0.38 0.15 0.34 0.18 0.20 0.35 0.17 0.00 0.09 0.19 0.23 0.65 0.47 0.39
O3' 0.24 0.14 0.04 0.01 0.21 0.03 0.26 0.23 0.20 0.08 0.16 0.26 0.25 0.09 0.00 0.16 0.24 0.46 0.23 0.19
O4' 0.01 0.11 0.01 0.03 0.02 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.08 0.03 0.19 0.19 0.16 0.00 0.12 0.07 0.43 0.21
O5' 0.13 0.27 0.44 0.29 0.37 0.02 0.38 0.02 0.33 0.25 0.33 0.40 0.24 0.23 0.24 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.22 0.77 0.64 0.32 0.26 0.32 0.15 0.21 0.20 0.26 0.40 0.26 0.65 0.46 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.38 0.43 0.10 0.57 0.29 0.54 0.35 0.40 0.32 0.50 0.66 0.34 0.47 0.23 0.43 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.21 0.50 0.30 0.39 0.07 0.40 0.03 0.28 0.16 0.31 0.46 0.15 0.39 0.19 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00