ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48497

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 5, 3, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.024, 0.038, 0.052, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.038 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.015, 0.031, 0.047, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.017, 0.037, 0.058, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.037 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.006, 0.028, 0.049, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.028 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.023 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.022, 0.046, 0.069, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.046 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.022, 0.058, 0.093, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.058 std_dev=0.036
N2 A 0, 0.012, 0.057, 0.102, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.057 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.095, 0.186, 0.278, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.186 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.125, 0.238, 0.352, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.238 std_dev=0.114
C4' A 0, 0.076, 0.229, 0.382, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.229 std_dev=0.153
O2' A 0, 0.185, 0.343, 0.502, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.343 std_dev=0.158
C3' A 0, 0.165, 0.335, 0.505, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.335 std_dev=0.170
C5' A 0, 0.216, 0.453, 0.691, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.453 std_dev=0.237
O3' A 0, 0.294, 0.534, 0.774, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.534 std_dev=0.240
P B 0, 0.596, 0.870, 1.144, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.870 std_dev=0.274
OP2 B 0, 0.643, 0.980, 1.317, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.980 std_dev=0.337
O5' B 0, 0.681, 1.018, 1.355, 1.544 max_d=1.544 avg_d=1.018 std_dev=0.337
OP1 B 0, 0.520, 0.862, 1.204, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.862 std_dev=0.342
C5' B 0, 0.872, 1.491, 2.111, 2.586 max_d=2.586 avg_d=1.491 std_dev=0.620
O5' A 0, 0.544, 1.227, 1.910, 2.263 max_d=2.263 avg_d=1.227 std_dev=0.683
N1 B 0, 0.482, 1.179, 1.877, 3.495 max_d=3.495 avg_d=1.179 std_dev=0.698
N3 B 0, 0.923, 1.652, 2.382, 3.757 max_d=3.757 avg_d=1.652 std_dev=0.729
C6 B 0, 0.972, 1.737, 2.503, 2.833 max_d=2.833 avg_d=1.737 std_dev=0.766
O4' B 0, 0.641, 1.431, 2.220, 4.092 max_d=4.092 avg_d=1.431 std_dev=0.789
C4 B 0, 1.215, 2.078, 2.942, 3.139 max_d=3.139 avg_d=2.078 std_dev=0.863
C2 B 0, 0.666, 1.551, 2.435, 4.451 max_d=4.451 avg_d=1.551 std_dev=0.884
C1' B 0, 0.471, 1.357, 2.243, 4.380 max_d=4.380 avg_d=1.357 std_dev=0.886
C4' B 0, 1.065, 1.957, 2.849, 3.769 max_d=3.769 avg_d=1.957 std_dev=0.892
C2' B 0, 1.052, 1.988, 2.924, 4.498 max_d=4.498 avg_d=1.988 std_dev=0.936
OP1 A 0, 1.032, 2.040, 3.048, 3.411 max_d=3.411 avg_d=2.040 std_dev=1.008
P A 0, 0.903, 1.928, 2.952, 3.172 max_d=3.172 avg_d=1.928 std_dev=1.025
C3' B 0, 1.369, 2.480, 3.591, 3.804 max_d=3.804 avg_d=2.480 std_dev=1.111
C5 B 0, 1.100, 2.315, 3.529, 3.931 max_d=3.931 avg_d=2.315 std_dev=1.215
O2 B 0, 1.163, 2.383, 3.603, 6.044 max_d=6.044 avg_d=2.383 std_dev=1.220
N4 B 0, 1.384, 2.632, 3.881, 4.139 max_d=4.139 avg_d=2.632 std_dev=1.249
O2' B 0, 0.728, 2.087, 3.446, 5.879 max_d=5.879 avg_d=2.087 std_dev=1.359
OP2 A 0, 1.013, 2.404, 3.796, 3.938 max_d=3.938 avg_d=2.404 std_dev=1.391
O3' B 0, 1.653, 3.449, 5.246, 5.616 max_d=5.616 avg_d=3.449 std_dev=1.797

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.02 0.13 0.31 0.10
C2 0.05 0.00 0.11 0.11 0.02 0.07 0.01 0.09 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.14 0.14 0.05 0.24 0.02 0.15 0.42 0.20
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04 0.10 0.13 0.10 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.18 0.07 0.20 0.29 0.12
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.08 0.06 0.09 0.13 0.10 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.28 0.08 0.28 0.32 0.23
C4 0.02 0.02 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.24 0.02 0.13 0.40 0.20
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.05 0.09 0.07 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.20 0.22 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.29 0.01 0.21 0.48 0.30
C5' 0.04 0.09 0.02 0.03 0.09 0.01 0.12 0.00 0.13 0.15 0.10 0.09 0.08 0.16 0.09 0.04 0.04 0.02 0.01 0.15 0.17 0.22 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.11 0.03 0.31 0.01 0.25 0.53 0.33
C8 0.01 0.03 0.04 0.06 0.01 0.06 0.02 0.15 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.28 0.03 0.17 0.42 0.26
N1 0.05 0.01 0.10 0.09 0.03 0.05 0.02 0.10 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.12 0.13 0.04 0.28 0.02 0.21 0.49 0.28
N2 0.07 0.01 0.13 0.13 0.02 0.09 0.02 0.09 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.17 0.18 0.06 0.22 0.03 0.15 0.40 0.18
N3 0.05 0.01 0.10 0.10 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.12 0.12 0.05 0.21 0.02 0.13 0.38 0.16
N7 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.32 0.03 0.25 0.51 0.35
N9 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.21 0.02 0.10 0.36 0.16
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.07 0.04 0.06 0.04 0.09 0.03 0.12 0.17 0.12 0.04 0.03 0.00 0.05 0.03 0.05 0.09 0.24 0.22 0.07
O3' 0.02 0.14 0.03 0.01 0.07 0.02 0.08 0.04 0.11 0.06 0.13 0.18 0.12 0.08 0.04 0.05 0.00 0.01 0.29 0.12 0.38 0.35 0.26
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.17 0.04 0.20 0.36 0.20
O5' 0.11 0.24 0.18 0.28 0.24 0.01 0.29 0.01 0.31 0.28 0.28 0.22 0.21 0.32 0.21 0.05 0.29 0.17 0.00 0.34 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.07 0.08 0.02 0.05 0.01 0.15 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.09 0.12 0.04 0.34 0.00 0.31 0.59 0.39
OP1 0.13 0.15 0.20 0.28 0.13 0.20 0.21 0.17 0.25 0.17 0.21 0.15 0.13 0.25 0.10 0.24 0.38 0.20 0.02 0.31 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.42 0.29 0.32 0.40 0.22 0.48 0.22 0.53 0.42 0.49 0.40 0.38 0.51 0.36 0.22 0.35 0.36 0.02 0.59 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.20 0.12 0.23 0.20 0.06 0.30 0.02 0.33 0.26 0.28 0.18 0.16 0.35 0.16 0.07 0.26 0.20 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.44 0.53 0.49 0.49 1.04 0.46 1.24 0.41 0.98 0.60 0.71 1.24 0.48 0.48 0.59 0.48 0.25 0.34 0.31 0.10
C2 0.18 0.39 0.33 0.09 0.73 0.19 0.79 0.23 0.61 0.38 0.54 0.86 0.26 0.27 0.43 0.33 0.21 0.20 0.51 0.20
C2' 0.29 0.39 0.43 0.53 0.98 0.39 1.20 0.34 0.95 0.51 0.61 1.17 0.31 0.41 0.70 0.35 0.14 0.34 0.31 0.10
C3' 0.30 0.41 0.43 0.59 1.03 0.41 1.26 0.35 1.00 0.53 0.63 1.24 0.32 0.44 0.82 0.36 0.14 0.34 0.32 0.11
C4 0.30 0.47 0.37 0.24 0.89 0.22 1.01 0.21 0.80 0.50 0.64 1.05 0.35 0.27 0.36 0.38 0.20 0.26 0.44 0.16
C4' 0.45 0.53 0.52 0.63 1.12 0.56 1.36 0.48 1.07 0.62 0.72 1.36 0.52 0.57 0.84 0.47 0.23 0.36 0.27 0.09
C5 0.27 0.46 0.35 0.17 0.86 0.18 0.94 0.19 0.74 0.47 0.63 1.01 0.34 0.24 0.36 0.38 0.20 0.23 0.49 0.18
C5' 0.47 0.56 0.52 0.64 1.15 0.55 1.38 0.47 1.09 0.64 0.76 1.39 0.57 0.59 0.85 0.49 0.23 0.36 0.29 0.09
C6 0.20 0.41 0.33 0.08 0.75 0.20 0.80 0.24 0.62 0.41 0.58 0.90 0.29 0.26 0.45 0.36 0.21 0.19 0.54 0.20
C8 0.38 0.54 0.41 0.34 0.99 0.30 1.13 0.26 0.90 0.57 0.71 1.18 0.46 0.34 0.42 0.44 0.22 0.29 0.42 0.15
N1 0.18 0.38 0.33 0.11 0.69 0.25 0.73 0.29 0.56 0.37 0.54 0.82 0.27 0.30 0.51 0.35 0.23 0.18 0.56 0.22
N2 0.16 0.35 0.34 0.15 0.63 0.27 0.67 0.32 0.51 0.33 0.49 0.75 0.26 0.33 0.53 0.33 0.24 0.18 0.54 0.23
N3 0.25 0.43 0.36 0.20 0.84 0.19 0.95 0.19 0.75 0.46 0.60 0.98 0.29 0.26 0.35 0.35 0.20 0.25 0.43 0.16
N7 0.32 0.50 0.37 0.24 0.92 0.22 1.03 0.21 0.81 0.52 0.68 1.10 0.40 0.27 0.36 0.41 0.21 0.25 0.47 0.17
N9 0.38 0.52 0.43 0.37 0.98 0.33 1.13 0.29 0.90 0.56 0.69 1.16 0.43 0.36 0.44 0.44 0.23 0.30 0.39 0.14
O2' 0.33 0.38 0.47 0.61 1.03 0.52 1.28 0.48 1.02 0.52 0.61 1.23 0.31 0.50 0.83 0.37 0.18 0.36 0.25 0.12
O3' 0.26 0.36 0.44 0.69 1.05 0.45 1.30 0.39 1.03 0.52 0.61 1.26 0.25 0.48 1.01 0.33 0.15 0.34 0.30 0.14
O4' 0.52 0.61 0.55 0.57 1.12 0.56 1.33 0.49 1.05 0.66 0.78 1.35 0.60 0.57 0.69 0.54 0.28 0.35 0.29 0.10
O5' 0.42 0.50 0.43 0.49 1.02 0.42 1.25 0.35 1.01 0.59 0.65 1.22 0.51 0.49 0.63 0.44 0.21 0.37 0.39 0.15
O6 0.19 0.41 0.33 0.10 0.72 0.24 0.75 0.28 0.57 0.38 0.56 0.86 0.30 0.29 0.51 0.37 0.22 0.18 0.56 0.21
OP1 0.43 0.49 0.57 0.67 0.92 0.57 1.18 0.48 0.93 0.52 0.58 1.13 0.66 0.54 0.78 0.43 0.28 0.39 0.36 0.20
OP2 0.47 0.51 0.42 0.44 0.93 0.43 1.17 0.39 0.97 0.60 0.62 1.09 0.55 0.50 0.58 0.50 0.36 0.42 0.48 0.30
P 0.40 0.44 0.50 0.56 0.86 0.49 1.11 0.42 0.88 0.48 0.53 1.06 0.60 0.50 0.68 0.41 0.22 0.33 0.31 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.36 0.01 0.12 0.07 0.30 0.12
C2 0.02 0.00 0.30 0.32 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.38 0.20 0.11 0.27 0.28 0.13
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.07 0.03 0.18 0.20 0.25 0.03 0.24 0.08 0.53 0.00 0.09 0.03 0.42 0.48 0.55 0.46
C3' 0.02 0.32 0.00 0.00 0.40 0.01 0.38 0.02 0.31 0.23 0.39 0.44 0.33 0.03 0.01 0.02 0.05 0.30 0.17 0.10
C4 0.03 0.01 0.07 0.40 0.00 0.20 0.01 0.26 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.35 0.32 0.04 0.37 0.67 0.47 0.42
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.20 0.00 0.32 0.01 0.32 0.11 0.09 0.22 0.17 0.30 0.06 0.01 0.02 0.10 0.16 0.03
C5 0.03 0.01 0.18 0.38 0.01 0.32 0.00 0.40 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.56 0.27 0.21 0.45 0.78 0.56 0.49
C5' 0.04 0.08 0.20 0.02 0.26 0.01 0.40 0.00 0.36 0.10 0.12 0.29 0.20 0.10 0.20 0.03 0.01 0.08 0.25 0.01
C6 0.03 0.01 0.25 0.31 0.01 0.32 0.00 0.36 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.55 0.22 0.27 0.35 0.59 0.50 0.34
N1 0.01 0.01 0.03 0.23 0.02 0.11 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.25 0.02 0.12 0.29 0.35 0.13
N3 0.02 0.00 0.24 0.39 0.00 0.09 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.37 0.14 0.23 0.45 0.35 0.26
N4 0.03 0.02 0.08 0.44 0.01 0.22 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.38 0.35 0.05 0.43 0.79 0.52 0.51
O2 0.04 0.01 0.53 0.33 0.01 0.17 0.02 0.20 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.45 0.51 0.36 0.07 0.13 0.20 0.06
O2' 0.04 0.12 0.00 0.03 0.35 0.30 0.56 0.10 0.55 0.20 0.13 0.38 0.45 0.00 0.10 0.22 0.33 0.41 0.60 0.43
O3' 0.36 0.38 0.09 0.01 0.32 0.06 0.27 0.20 0.22 0.25 0.37 0.35 0.51 0.10 0.00 0.25 0.22 0.46 0.59 0.34
O4' 0.01 0.20 0.03 0.02 0.04 0.01 0.21 0.03 0.27 0.02 0.14 0.05 0.36 0.22 0.25 0.00 0.12 0.20 0.16 0.11
O5' 0.12 0.11 0.42 0.05 0.37 0.02 0.45 0.01 0.35 0.12 0.23 0.43 0.07 0.33 0.22 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.27 0.48 0.30 0.67 0.10 0.78 0.08 0.59 0.29 0.45 0.79 0.13 0.41 0.46 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.28 0.55 0.17 0.47 0.16 0.56 0.25 0.50 0.35 0.35 0.52 0.20 0.60 0.59 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.13 0.46 0.10 0.42 0.03 0.49 0.01 0.34 0.13 0.26 0.51 0.06 0.43 0.34 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00