ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48499

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 7, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.019, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.034 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.021, 0.038, 0.056, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.038 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.024, 0.042, 0.061, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.042 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.033 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.005, 0.027, 0.049, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.027 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.021, 0.049, 0.077, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.049 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.017, 0.045, 0.074, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.045 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.038, 0.074, 0.111, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.074 std_dev=0.037
O6 A 0, 0.036, 0.073, 0.110, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.073 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.043, 0.090, 0.137, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.090 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.083, 0.152, 0.221, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.152 std_dev=0.069
C2' A 0, 0.100, 0.185, 0.269, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.185 std_dev=0.084
C4' A 0, 0.151, 0.250, 0.350, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.250 std_dev=0.100
C3' A 0, 0.067, 0.190, 0.313, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.190 std_dev=0.123
O2' A 0, 0.200, 0.359, 0.518, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.359 std_dev=0.159
C5' A 0, 0.283, 0.478, 0.674, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.478 std_dev=0.196
O3' A 0, 0.096, 0.308, 0.520, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.308 std_dev=0.212
P B 0, 0.383, 0.699, 1.016, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.699 std_dev=0.317
OP2 B 0, 0.554, 0.959, 1.364, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.959 std_dev=0.405
O5' A 0, 0.138, 0.545, 0.952, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.545 std_dev=0.407
OP1 B 0, 0.586, 1.208, 1.831, 2.106 max_d=2.106 avg_d=1.208 std_dev=0.623
P A 0, 0.272, 0.934, 1.596, 2.212 max_d=2.212 avg_d=0.934 std_dev=0.662
OP1 A 0, 0.288, 0.987, 1.686, 2.445 max_d=2.445 avg_d=0.987 std_dev=0.699
OP2 A 0, 0.361, 1.214, 2.066, 2.722 max_d=2.722 avg_d=1.214 std_dev=0.853
O5' B 0, -0.036, 1.446, 2.927, 4.117 max_d=4.117 avg_d=1.446 std_dev=1.482
C5' B 0, -0.253, 2.009, 4.271, 5.845 max_d=5.845 avg_d=2.009 std_dev=2.262
C5 B 0, 0.314, 2.728, 5.143, 7.258 max_d=7.258 avg_d=2.728 std_dev=2.414
C6 B 0, 0.150, 2.897, 5.645, 7.924 max_d=7.924 avg_d=2.897 std_dev=2.747
N4 B 0, 0.268, 3.030, 5.792, 8.344 max_d=8.344 avg_d=3.030 std_dev=2.762
C4 B 0, 0.136, 3.130, 6.124, 8.834 max_d=8.834 avg_d=3.130 std_dev=2.994
C4' B 0, -0.330, 2.980, 6.290, 8.657 max_d=8.657 avg_d=2.980 std_dev=3.310
O4' B 0, -0.263, 3.356, 6.975, 9.706 max_d=9.706 avg_d=3.356 std_dev=3.619
C3' B 0, -0.502, 3.184, 6.870, 9.864 max_d=9.864 avg_d=3.184 std_dev=3.686
N1 B 0, -0.230, 3.505, 7.241, 10.276 max_d=10.276 avg_d=3.505 std_dev=3.735
N3 B 0, -0.154, 3.741, 7.636, 11.044 max_d=11.044 avg_d=3.741 std_dev=3.895
O3' B 0, -0.467, 3.771, 8.009, 11.087 max_d=11.087 avg_d=3.771 std_dev=4.238
C1' B 0, -0.435, 3.814, 8.062, 11.374 max_d=11.374 avg_d=3.814 std_dev=4.248
C2 B 0, -0.391, 3.947, 8.286, 11.903 max_d=11.903 avg_d=3.947 std_dev=4.339
C2' B 0, -0.549, 3.968, 8.485, 12.012 max_d=12.012 avg_d=3.968 std_dev=4.517
O2 B 0, -0.699, 4.594, 9.887, 14.210 max_d=14.210 avg_d=4.594 std_dev=5.293
O2' B 0, -0.607, 4.849, 10.305, 14.270 max_d=14.270 avg_d=4.849 std_dev=5.456

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03 0.11 0.13 0.10
C2 0.06 0.00 0.09 0.11 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.12 0.05 0.15 0.02 0.21 0.33 0.20
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.07 0.04 0.08 0.10 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.08 0.14 0.23 0.13
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.10 0.08 0.11 0.12 0.10 0.08 0.06 0.02 0.01 0.01 0.24 0.11 0.23 0.32 0.24
C4 0.03 0.01 0.05 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.15 0.02 0.18 0.28 0.18
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.04 0.08 0.02 0.00 0.02 0.06 0.10 0.06 0.05
C5 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.10 0.03 0.18 0.02 0.23 0.35 0.25
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.13 0.14 0.11 0.08 0.08 0.16 0.09 0.09 0.05 0.01 0.01 0.15 0.10 0.03 0.03
C6 0.03 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.12 0.03 0.20 0.00 0.26 0.41 0.29
C8 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.01 0.14 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.05 0.17 0.04 0.17 0.24 0.19
N1 0.05 0.00 0.08 0.11 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.13 0.04 0.18 0.02 0.25 0.39 0.26
N2 0.07 0.00 0.10 0.12 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.14 0.07 0.15 0.03 0.21 0.33 0.19
N3 0.06 0.01 0.08 0.10 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.10 0.05 0.13 0.01 0.17 0.27 0.16
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.04 0.19 0.04 0.23 0.35 0.27
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.12 0.03 0.14 0.20 0.13
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.08 0.05 0.09 0.07 0.03 0.09 0.10 0.08 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.09 0.08 0.11 0.13 0.06
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.09 0.02 0.10 0.05 0.12 0.10 0.13 0.14 0.10 0.11 0.05 0.04 0.00 0.02 0.31 0.14 0.33 0.41 0.31
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.07 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.16 0.04 0.19 0.21 0.20
O5' 0.07 0.15 0.13 0.24 0.15 0.02 0.18 0.01 0.20 0.17 0.18 0.15 0.13 0.19 0.12 0.09 0.31 0.16 0.00 0.22 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.08 0.11 0.02 0.06 0.02 0.15 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.08 0.14 0.04 0.22 0.00 0.30 0.47 0.34
OP1 0.11 0.21 0.14 0.23 0.18 0.10 0.23 0.10 0.26 0.17 0.25 0.21 0.17 0.23 0.14 0.11 0.33 0.19 0.01 0.30 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.33 0.23 0.32 0.28 0.06 0.35 0.03 0.41 0.24 0.39 0.33 0.27 0.35 0.20 0.13 0.41 0.21 0.02 0.47 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.20 0.13 0.24 0.18 0.05 0.25 0.03 0.29 0.19 0.26 0.19 0.16 0.27 0.13 0.06 0.31 0.20 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.00 0.89 0.72 0.60 0.82 0.84 0.84 0.73 0.90 0.92 0.84 0.79 0.91 0.96 0.68 1.08 0.36 0.36 0.21 0.16
C2 0.53 0.46 0.32 0.50 0.39 0.64 0.40 0.61 0.44 0.48 0.41 0.37 0.52 0.49 0.95 0.73 0.31 0.16 0.40 0.14
C2' 1.53 1.34 1.32 1.10 1.09 1.37 1.06 1.12 1.19 1.34 1.21 1.00 1.46 1.61 1.02 1.57 0.55 0.43 0.30 0.17
C3' 1.81 1.61 1.58 1.28 1.28 1.56 1.21 1.22 1.37 1.58 1.45 1.17 1.78 1.96 1.16 1.80 0.62 0.45 0.32 0.18
C4 0.62 0.47 0.44 0.54 0.41 0.69 0.47 0.65 0.53 0.53 0.41 0.39 0.51 0.69 0.87 0.75 0.27 0.17 0.29 0.08
C4' 1.60 1.48 1.23 0.92 1.28 1.26 1.24 0.99 1.34 1.46 1.39 1.21 1.58 1.55 0.76 1.62 0.55 0.41 0.23 0.22
C5 0.63 0.49 0.45 0.57 0.38 0.72 0.42 0.66 0.50 0.53 0.40 0.34 0.55 0.72 0.97 0.78 0.29 0.13 0.33 0.09
C5' 1.64 1.54 1.27 0.93 1.33 1.26 1.29 0.98 1.38 1.51 1.45 1.26 1.66 1.63 0.77 1.65 0.53 0.41 0.22 0.21
C6 0.66 0.58 0.43 0.58 0.43 0.73 0.43 0.66 0.49 0.57 0.50 0.40 0.67 0.67 1.06 0.84 0.33 0.15 0.41 0.13
C8 0.81 0.65 0.59 0.59 0.56 0.77 0.61 0.69 0.68 0.70 0.57 0.52 0.69 0.90 0.85 0.89 0.29 0.24 0.25 0.09
N1 0.66 0.62 0.39 0.55 0.49 0.71 0.47 0.65 0.52 0.60 0.55 0.46 0.70 0.59 1.05 0.86 0.35 0.20 0.45 0.16
N2 0.56 0.55 0.32 0.46 0.47 0.61 0.47 0.57 0.49 0.54 0.51 0.46 0.60 0.43 0.92 0.78 0.35 0.29 0.46 0.17
N3 0.51 0.39 0.36 0.49 0.36 0.63 0.42 0.61 0.46 0.45 0.34 0.35 0.42 0.55 0.84 0.67 0.26 0.15 0.30 0.09
N7 0.71 0.54 0.52 0.59 0.43 0.75 0.48 0.68 0.57 0.60 0.45 0.39 0.61 0.83 0.95 0.82 0.29 0.17 0.30 0.08
N9 0.79 0.64 0.57 0.56 0.58 0.75 0.62 0.68 0.69 0.70 0.58 0.55 0.67 0.84 0.80 0.88 0.29 0.27 0.24 0.09
O2' 1.68 1.51 1.36 1.08 1.26 1.43 1.22 1.16 1.36 1.50 1.39 1.17 1.62 1.62 0.86 1.75 0.62 0.51 0.30 0.20
O3' 2.28 2.04 2.05 1.64 1.55 1.95 1.43 1.46 1.64 1.97 1.82 1.40 2.29 2.52 1.48 2.22 0.77 0.51 0.38 0.19
O4' 1.09 1.00 0.73 0.56 0.95 0.83 0.96 0.70 1.02 1.03 0.97 0.92 1.02 1.00 0.63 1.16 0.38 0.39 0.22 0.21
O5' 1.49 1.34 1.22 0.94 1.10 1.19 1.07 0.91 1.19 1.32 1.23 1.02 1.47 1.62 0.93 1.47 0.45 0.42 0.29 0.14
O6 0.74 0.69 0.47 0.60 0.52 0.77 0.48 0.68 0.54 0.66 0.61 0.48 0.80 0.72 1.13 0.92 0.36 0.18 0.45 0.16
OP1 1.76 1.64 1.48 1.09 1.31 1.36 1.22 1.00 1.35 1.56 1.50 1.21 1.83 1.95 0.98 1.68 0.49 0.48 0.37 0.18
OP2 1.31 1.10 1.12 0.90 0.85 1.08 0.85 0.81 0.98 1.11 0.97 0.77 1.24 1.60 1.05 1.27 0.39 0.45 0.42 0.22
P 1.44 1.29 1.17 0.88 1.04 1.12 1.00 0.84 1.12 1.26 1.17 0.96 1.43 1.60 0.86 1.40 0.39 0.44 0.32 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.06 0.03 0.02 0.04 0.05 0.07 0.02 0.31 0.01 0.12 0.11 0.17 0.12
C2 0.04 0.00 0.23 0.22 0.02 0.04 0.02 0.12 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.15 0.15 0.20 0.19 0.28 0.21
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.06 0.02 0.16 0.20 0.22 0.03 0.17 0.06 0.41 0.01 0.04 0.02 0.44 0.44 0.51 0.44
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.28 0.01 0.27 0.04 0.23 0.17 0.26 0.30 0.22 0.02 0.01 0.02 0.20 0.24 0.12 0.16
C4 0.05 0.02 0.06 0.28 0.00 0.09 0.01 0.12 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.26 0.11 0.05 0.31 0.35 0.47 0.35
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.18 0.06 0.03 0.10 0.10 0.22 0.04 0.01 0.02 0.09 0.14 0.04
C5 0.04 0.02 0.16 0.27 0.01 0.17 0.00 0.17 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.44 0.17 0.15 0.34 0.38 0.45 0.38
C5' 0.06 0.12 0.20 0.04 0.12 0.01 0.17 0.00 0.16 0.07 0.12 0.12 0.17 0.05 0.18 0.02 0.01 0.09 0.22 0.02
C6 0.03 0.02 0.22 0.23 0.02 0.18 0.00 0.16 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.44 0.16 0.20 0.29 0.28 0.30 0.30
N1 0.02 0.01 0.03 0.17 0.03 0.06 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.15 0.13 0.02 0.19 0.17 0.23 0.19
N3 0.04 0.01 0.17 0.26 0.01 0.03 0.02 0.12 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.10 0.11 0.25 0.26 0.39 0.27
N4 0.05 0.02 0.06 0.30 0.01 0.10 0.02 0.12 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.28 0.15 0.05 0.34 0.41 0.55 0.40
O2 0.07 0.00 0.41 0.22 0.02 0.10 0.02 0.17 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.39 0.25 0.25 0.17 0.16 0.24 0.17
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.26 0.22 0.44 0.05 0.44 0.15 0.09 0.28 0.39 0.00 0.05 0.15 0.36 0.39 0.65 0.42
O3' 0.31 0.15 0.04 0.01 0.11 0.04 0.17 0.18 0.16 0.13 0.10 0.15 0.25 0.05 0.00 0.24 0.19 0.31 0.21 0.21
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.05 0.01 0.15 0.02 0.20 0.02 0.11 0.05 0.25 0.15 0.24 0.00 0.13 0.10 0.27 0.20
O5' 0.12 0.20 0.44 0.20 0.31 0.02 0.34 0.01 0.29 0.19 0.25 0.34 0.17 0.36 0.19 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.19 0.44 0.24 0.35 0.09 0.38 0.09 0.28 0.17 0.26 0.41 0.16 0.39 0.31 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.28 0.51 0.12 0.47 0.14 0.45 0.22 0.30 0.23 0.39 0.55 0.24 0.65 0.21 0.27 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.21 0.44 0.16 0.35 0.04 0.38 0.02 0.30 0.19 0.27 0.40 0.17 0.42 0.21 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00