ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48500

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 2, 5, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.013, 0.032, 0.050, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.032 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.008, 0.029, 0.049, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.038, 0.202, 0.366, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.202 std_dev=0.164
O4' A 0, 0.009, 0.180, 0.350, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.180 std_dev=0.171
P B 0, 0.280, 0.486, 0.692, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.486 std_dev=0.206
OP1 B 0, 0.325, 0.535, 0.746, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.535 std_dev=0.211
OP2 B 0, 0.228, 0.483, 0.737, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.483 std_dev=0.254
O2' A 0, 0.023, 0.369, 0.716, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.369 std_dev=0.347
C5' B 0, 0.259, 0.699, 1.138, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.699 std_dev=0.439
C4' A 0, -0.114, 0.367, 0.847, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.367 std_dev=0.481
O5' A 0, 0.075, 0.577, 1.079, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.577 std_dev=0.502
P A 0, 0.169, 0.690, 1.211, 1.786 max_d=1.786 avg_d=0.690 std_dev=0.521
C5' A 0, 0.037, 0.584, 1.131, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.584 std_dev=0.547
C3' A 0, -0.232, 0.406, 1.045, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.406 std_dev=0.639
O5' B 0, 0.093, 0.740, 1.387, 2.301 max_d=2.301 avg_d=0.740 std_dev=0.647
OP1 A 0, 0.065, 0.869, 1.673, 2.755 max_d=2.755 avg_d=0.869 std_dev=0.804
O3' A 0, -0.455, 0.609, 1.674, 3.329 max_d=3.329 avg_d=0.609 std_dev=1.065
C4' B 0, -0.152, 1.003, 2.158, 3.897 max_d=3.897 avg_d=1.003 std_dev=1.155
O3' B 0, -0.184, 1.149, 2.482, 4.495 max_d=4.495 avg_d=1.149 std_dev=1.333
OP2 A 0, -0.252, 1.095, 2.441, 4.425 max_d=4.425 avg_d=1.095 std_dev=1.346
C3' B 0, -0.301, 1.239, 2.780, 5.116 max_d=5.116 avg_d=1.239 std_dev=1.540
O4' B 0, -0.422, 1.205, 2.832, 5.319 max_d=5.319 avg_d=1.205 std_dev=1.627
C6 B 0, -0.611, 1.636, 3.882, 7.308 max_d=7.308 avg_d=1.636 std_dev=2.246
C1' B 0, -0.762, 1.561, 3.885, 7.456 max_d=7.456 avg_d=1.561 std_dev=2.323
C2' B 0, -0.721, 1.606, 3.934, 7.508 max_d=7.508 avg_d=1.606 std_dev=2.328
N1 B 0, -0.826, 1.772, 4.370, 8.363 max_d=8.363 avg_d=1.772 std_dev=2.598
C5 B 0, -0.727, 1.906, 4.540, 8.559 max_d=8.559 avg_d=1.906 std_dev=2.634
O2' B 0, -0.923, 1.718, 4.359, 8.432 max_d=8.432 avg_d=1.718 std_dev=2.641
C2 B 0, -1.134, 2.175, 5.484, 10.585 max_d=10.585 avg_d=2.175 std_dev=3.309
C4 B 0, -1.047, 2.292, 5.631, 10.758 max_d=10.758 avg_d=2.292 std_dev=3.339
N3 B 0, -1.223, 2.414, 6.052, 11.658 max_d=11.658 avg_d=2.414 std_dev=3.638
O2 B 0, -1.327, 2.339, 6.004, 11.673 max_d=11.673 avg_d=2.339 std_dev=3.666
N4 B 0, -1.187, 2.584, 6.355, 12.151 max_d=12.151 avg_d=2.584 std_dev=3.771

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.26 0.00 0.09 0.02 0.49 0.10 0.17
C2 0.02 0.00 0.16 0.13 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.32 0.30 0.07 0.18 0.01 0.52 0.64 0.14
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.10 0.01 0.09 0.17 0.11 0.06 0.15 0.18 0.15 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.30 0.11 0.41 0.15 0.33
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.19 0.00 0.31 0.01 0.31 0.36 0.22 0.10 0.09 0.39 0.21 0.02 0.00 0.01 0.07 0.36 0.15 0.12 0.09
C4 0.01 0.01 0.10 0.19 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.25 0.14 0.04 0.20 0.01 0.53 0.60 0.14
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.14 0.22 0.08 0.06 0.03 0.22 0.11 0.19 0.01 0.00 0.02 0.18 0.08 0.14 0.04
C5 0.01 0.01 0.09 0.31 0.00 0.15 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.06 0.03 0.32 0.01 0.52 0.86 0.24
C5' 0.05 0.07 0.17 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.22 0.27 0.14 0.04 0.05 0.30 0.13 0.07 0.14 0.02 0.01 0.28 0.14 0.28 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.31 0.00 0.14 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.06 0.04 0.34 0.00 0.50 0.97 0.28
C8 0.01 0.01 0.06 0.36 0.00 0.22 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.17 0.05 0.33 0.02 0.54 0.69 0.19
N1 0.02 0.00 0.15 0.22 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.17 0.05 0.27 0.01 0.51 0.84 0.22
N2 0.03 0.00 0.18 0.10 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.42 0.08 0.14 0.02 0.52 0.58 0.13
N3 0.02 0.00 0.15 0.09 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.33 0.06 0.13 0.01 0.52 0.50 0.12
N7 0.01 0.01 0.06 0.39 0.01 0.22 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.18 0.03 0.40 0.02 0.52 0.96 0.30
N9 0.01 0.01 0.04 0.21 0.00 0.11 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.08 0.01 0.17 0.01 0.53 0.44 0.12
O2' 0.02 0.32 0.00 0.02 0.25 0.19 0.26 0.07 0.30 0.17 0.32 0.33 0.29 0.22 0.16 0.00 0.06 0.14 0.24 0.30 0.32 0.17 0.29
O3' 0.26 0.30 0.02 0.00 0.14 0.01 0.06 0.14 0.06 0.17 0.17 0.42 0.33 0.18 0.08 0.06 0.00 0.17 0.14 0.10 0.35 0.19 0.21
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.08 0.06 0.03 0.01 0.14 0.17 0.00 0.09 0.04 0.45 0.10 0.16
O5' 0.09 0.18 0.30 0.07 0.20 0.02 0.32 0.01 0.34 0.33 0.27 0.14 0.13 0.40 0.17 0.24 0.14 0.09 0.00 0.41 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.11 0.36 0.01 0.18 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.30 0.10 0.04 0.41 0.00 0.46 1.13 0.36
OP1 0.49 0.52 0.41 0.15 0.53 0.08 0.52 0.14 0.50 0.54 0.51 0.52 0.52 0.52 0.53 0.32 0.35 0.45 0.01 0.46 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.64 0.15 0.12 0.60 0.14 0.86 0.28 0.97 0.69 0.84 0.58 0.50 0.96 0.44 0.17 0.19 0.10 0.01 1.13 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.14 0.33 0.09 0.14 0.04 0.24 0.01 0.28 0.19 0.22 0.13 0.12 0.30 0.12 0.29 0.21 0.16 0.00 0.36 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.78 1.46 0.84 0.72 2.05 0.28 1.91 0.17 1.48 1.26 1.83 2.36 1.28 0.49 0.49 0.49 0.26 0.27 0.28 0.18
C2 0.32 0.18 0.23 0.10 0.71 0.40 0.75 0.17 0.44 0.16 0.44 0.94 0.16 0.65 0.17 0.40 0.23 0.22 0.27 0.19
C2' 0.90 1.54 0.91 0.76 2.07 0.38 1.95 0.22 1.54 1.34 1.86 2.34 1.37 0.61 0.53 0.61 0.33 0.18 0.29 0.22
C3' 0.83 1.57 0.77 0.52 2.17 0.19 1.99 0.15 1.51 1.32 1.96 2.53 1.41 0.49 0.24 0.51 0.15 0.25 0.12 0.12
C4 0.20 0.72 0.28 0.32 1.31 0.19 1.27 0.10 0.89 0.60 1.05 1.59 0.50 0.25 0.17 0.17 0.11 0.23 0.28 0.13
C4' 1.08 1.92 1.06 0.79 2.58 0.37 2.32 0.16 1.80 1.62 2.36 2.99 1.76 0.74 0.49 0.70 0.30 0.31 0.17 0.17
C5 0.15 0.53 0.16 0.21 1.15 0.28 1.12 0.13 0.73 0.43 0.87 1.46 0.31 0.41 0.11 0.26 0.16 0.21 0.27 0.15
C5' 0.99 1.86 0.99 0.72 2.51 0.28 2.20 0.11 1.67 1.52 2.31 2.97 1.71 0.68 0.45 0.60 0.19 0.28 0.11 0.12
C6 0.38 0.21 0.27 0.12 0.79 0.45 0.80 0.19 0.44 0.17 0.49 1.08 0.22 0.72 0.19 0.46 0.26 0.20 0.26 0.19
C8 0.41 1.06 0.50 0.47 1.71 0.15 1.59 0.11 1.14 0.88 1.45 2.07 0.86 0.19 0.30 0.22 0.13 0.23 0.26 0.14
N1 0.49 0.15 0.38 0.17 0.58 0.51 0.63 0.21 0.31 0.15 0.29 0.83 0.34 0.84 0.25 0.54 0.30 0.21 0.27 0.21
N2 0.49 0.17 0.41 0.19 0.43 0.50 0.50 0.22 0.25 0.17 0.19 0.62 0.37 0.83 0.28 0.52 0.31 0.24 0.26 0.23
N3 0.15 0.57 0.20 0.26 1.11 0.21 1.10 0.11 0.77 0.49 0.86 1.35 0.36 0.31 0.13 0.18 0.13 0.24 0.29 0.14
N7 0.20 0.75 0.27 0.31 1.40 0.22 1.32 0.12 0.89 0.61 1.13 1.75 0.53 0.28 0.17 0.19 0.13 0.21 0.26 0.14
N9 0.47 1.09 0.54 0.51 1.70 0.15 1.60 0.12 1.18 0.93 1.45 2.02 0.89 0.22 0.33 0.26 0.14 0.24 0.27 0.14
O2' 0.89 1.53 0.91 0.74 2.05 0.34 1.95 0.18 1.54 1.34 1.85 2.28 1.38 0.61 0.52 0.57 0.24 0.24 0.19 0.17
O3' 0.81 1.64 0.64 0.31 2.33 0.18 2.12 0.38 1.57 1.36 2.08 2.74 1.46 0.38 0.18 0.47 0.19 0.59 0.45 0.35
O4' 0.98 1.78 1.03 0.84 2.42 0.37 2.21 0.21 1.71 1.51 2.20 2.80 1.60 0.68 0.59 0.63 0.32 0.34 0.26 0.21
O5' 0.69 1.47 0.73 0.55 2.08 0.13 1.83 0.13 1.34 1.18 1.89 2.50 1.32 0.43 0.33 0.34 0.08 0.26 0.08 0.13
O6 0.52 0.18 0.40 0.18 0.65 0.53 0.68 0.23 0.32 0.18 0.35 0.95 0.37 0.88 0.26 0.58 0.31 0.20 0.26 0.21
OP1 0.63 1.55 0.64 0.41 2.30 0.10 1.97 0.25 1.39 1.20 2.06 2.83 1.38 0.31 0.15 0.26 0.17 0.54 0.18 0.33
OP2 0.77 1.47 0.81 0.65 2.04 0.26 1.81 0.16 1.37 1.21 1.86 2.44 1.33 0.51 0.45 0.47 0.23 0.28 0.26 0.23
P 0.62 1.43 0.68 0.50 2.07 0.08 1.79 0.15 1.29 1.12 1.87 2.52 1.28 0.36 0.29 0.28 0.08 0.28 0.06 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.16 0.23 0.30 0.15
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.30 0.23 0.64 0.38
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.12 0.00 0.01 0.01 0.21 0.22 0.33 0.15
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.06 0.09 0.11 0.12 0.01 0.01 0.02 0.25 0.17 0.29 0.18
C4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.03 0.43 0.45 0.94 0.65
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.06 0.09 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.27 0.05 0.12
C5 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.04 0.46 0.53 0.95 0.69
C5' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.17 0.01 0.20 0.00 0.18 0.10 0.12 0.19 0.06 0.05 0.03 0.03 0.01 0.09 0.15 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.04 0.40 0.40 0.75 0.56
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.30 0.24 0.58 0.37
N3 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.37 0.32 0.81 0.51
N4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.12 0.03 0.46 0.54 1.05 0.73
O2 0.03 0.00 0.12 0.12 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.14 0.03 0.23 0.22 0.52 0.26
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.06 0.05 0.12 0.00 0.02 0.04 0.09 0.44 0.10 0.14
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.10 0.01 0.11 0.03 0.10 0.05 0.10 0.12 0.14 0.02 0.00 0.01 0.16 0.21 0.12 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.07 0.24 0.13 0.11
O5' 0.16 0.30 0.21 0.25 0.43 0.01 0.46 0.01 0.40 0.30 0.37 0.46 0.23 0.09 0.16 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.23 0.23 0.22 0.17 0.45 0.27 0.53 0.09 0.40 0.24 0.32 0.54 0.22 0.44 0.21 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.64 0.33 0.29 0.94 0.05 0.95 0.15 0.75 0.58 0.81 1.05 0.52 0.10 0.12 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.38 0.15 0.18 0.65 0.12 0.69 0.02 0.56 0.37 0.51 0.73 0.26 0.14 0.06 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00