ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48501

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 4, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.012, 0.023, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.017, 0.034, 0.050, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.034 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.015, 0.033, 0.051, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.033 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.013, 0.032, 0.052, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.032 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.021, 0.043, 0.065, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.043 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.008, 0.061, 0.113, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.061 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.078, 0.291, 0.503, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.291 std_dev=0.212
O4' A 0, 0.069, 0.295, 0.521, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.295 std_dev=0.226
P B 0, 0.145, 0.376, 0.606, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.376 std_dev=0.231
O2' A 0, 0.064, 0.374, 0.683, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.374 std_dev=0.309
C4' A 0, 0.131, 0.488, 0.844, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.488 std_dev=0.356
OP1 B 0, 0.139, 0.527, 0.915, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.527 std_dev=0.388
C3' A 0, 0.105, 0.548, 0.991, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.548 std_dev=0.443
OP2 B 0, 0.169, 0.656, 1.142, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.656 std_dev=0.487
C5' A 0, 0.213, 0.761, 1.310, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.761 std_dev=0.548
O3' A 0, 0.066, 0.843, 1.620, 3.139 max_d=3.139 avg_d=0.843 std_dev=0.777
O5' B 0, -0.164, 0.656, 1.476, 3.480 max_d=3.480 avg_d=0.656 std_dev=0.820
OP1 A 0, 0.353, 1.239, 2.125, 2.292 max_d=2.292 avg_d=1.239 std_dev=0.886
C5' B 0, 0.014, 1.414, 2.814, 5.275 max_d=5.275 avg_d=1.414 std_dev=1.400
O5' A 0, 0.205, 1.632, 3.058, 3.223 max_d=3.223 avg_d=1.632 std_dev=1.427
C6 B 0, -0.076, 1.752, 3.580, 7.021 max_d=7.021 avg_d=1.752 std_dev=1.828
C5 B 0, 0.165, 2.027, 3.889, 6.215 max_d=6.215 avg_d=2.027 std_dev=1.862
P A 0, 0.224, 2.161, 4.098, 4.358 max_d=4.358 avg_d=2.161 std_dev=1.937
C4' B 0, -0.205, 1.846, 3.897, 8.011 max_d=8.011 avg_d=1.846 std_dev=2.051
C3' B 0, -0.313, 1.921, 4.154, 8.855 max_d=8.855 avg_d=1.921 std_dev=2.233
O4' B 0, -0.303, 2.013, 4.329, 9.175 max_d=9.175 avg_d=2.013 std_dev=2.316
N1 B 0, -0.161, 2.314, 4.789, 9.497 max_d=9.497 avg_d=2.314 std_dev=2.475
C4 B 0, 0.230, 2.710, 5.191, 7.966 max_d=7.966 avg_d=2.710 std_dev=2.480
O3' B 0, -0.422, 2.168, 4.759, 10.480 max_d=10.480 avg_d=2.168 std_dev=2.591
C2' B 0, -0.278, 2.386, 5.049, 10.339 max_d=10.339 avg_d=2.386 std_dev=2.663
N4 B 0, 0.395, 3.059, 5.723, 7.191 max_d=7.191 avg_d=3.059 std_dev=2.664
C1' B 0, -0.275, 2.394, 5.063, 10.410 max_d=10.410 avg_d=2.394 std_dev=2.669
N3 B 0, 0.118, 3.142, 6.165, 10.451 max_d=10.451 avg_d=3.142 std_dev=3.024
OP2 A 0, 0.368, 3.412, 6.456, 6.732 max_d=6.732 avg_d=3.412 std_dev=3.044
C2 B 0, -0.055, 3.014, 6.083, 11.266 max_d=11.266 avg_d=3.014 std_dev=3.069
O2' B 0, -0.382, 2.895, 6.172, 12.741 max_d=12.741 avg_d=2.895 std_dev=3.277
O2 B 0, -0.099, 3.587, 7.272, 13.584 max_d=13.584 avg_d=3.587 std_dev=3.686

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.17 0.01 0.46 0.03 0.35 0.48 0.45
C2 0.07 0.00 0.16 0.21 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.18 0.23 0.08 0.48 0.03 0.45 1.02 0.62
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.10 0.02 0.06 0.12 0.10 0.07 0.13 0.17 0.17 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.31 0.09 0.33 0.25 0.34
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.19 0.01 0.23 0.02 0.25 0.22 0.23 0.20 0.18 0.24 0.14 0.02 0.01 0.01 0.06 0.27 0.10 0.07 0.05
C4 0.03 0.02 0.10 0.19 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.15 0.10 0.03 0.62 0.02 0.48 1.15 0.74
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.10 0.11 0.08 0.08 0.05 0.12 0.06 0.17 0.02 0.01 0.02 0.12 0.11 0.23 0.05
C5 0.02 0.02 0.06 0.23 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.09 0.02 0.77 0.02 0.56 1.59 0.95
C5' 0.04 0.08 0.12 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.12 0.11 0.10 0.10 0.06 0.13 0.04 0.06 0.11 0.01 0.01 0.15 0.09 0.21 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.25 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.20 0.13 0.02 0.73 0.01 0.56 1.66 0.94
C8 0.02 0.03 0.07 0.22 0.02 0.11 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.14 0.14 0.05 0.97 0.03 0.61 1.62 1.08
N1 0.05 0.01 0.13 0.23 0.02 0.08 0.02 0.10 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.20 0.17 0.05 0.60 0.02 0.50 1.36 0.78
N2 0.09 0.01 0.17 0.20 0.03 0.08 0.02 0.10 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.20 0.32 0.12 0.39 0.05 0.42 0.82 0.51
N3 0.06 0.01 0.17 0.18 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.15 0.21 0.08 0.47 0.02 0.43 0.86 0.56
N7 0.02 0.02 0.05 0.24 0.01 0.12 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.17 0.15 0.04 0.96 0.03 0.65 1.90 1.16
N9 0.01 0.04 0.02 0.14 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.11 0.03 0.01 0.70 0.03 0.48 1.08 0.76
O2' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.15 0.17 0.18 0.06 0.20 0.14 0.20 0.20 0.15 0.17 0.11 0.00 0.03 0.12 0.18 0.20 0.20 0.38 0.23
O3' 0.17 0.23 0.02 0.01 0.10 0.02 0.09 0.11 0.13 0.14 0.17 0.32 0.21 0.15 0.03 0.03 0.00 0.12 0.49 0.16 0.25 0.66 0.47
O4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.05 0.12 0.08 0.04 0.01 0.12 0.12 0.00 0.43 0.03 0.29 0.34 0.38
O5' 0.46 0.48 0.31 0.06 0.62 0.02 0.77 0.01 0.73 0.97 0.60 0.39 0.47 0.96 0.70 0.18 0.49 0.43 0.00 0.80 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.03 0.09 0.27 0.02 0.12 0.02 0.15 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.20 0.16 0.03 0.80 0.00 0.61 1.91 1.06
OP1 0.35 0.45 0.33 0.10 0.48 0.11 0.56 0.09 0.56 0.61 0.50 0.42 0.43 0.65 0.48 0.20 0.25 0.29 0.02 0.61 0.00 0.02 0.01
OP2 0.48 1.02 0.25 0.07 1.15 0.23 1.59 0.21 1.66 1.62 1.36 0.82 0.86 1.90 1.08 0.38 0.66 0.34 0.02 1.91 0.02 0.00 0.01
P 0.45 0.62 0.34 0.05 0.74 0.05 0.95 0.02 0.94 1.08 0.78 0.51 0.56 1.16 0.76 0.23 0.47 0.38 0.01 1.06 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.61 0.76 0.22 0.42 0.78 0.63 0.71 0.73 0.66 0.69 0.81 0.81 0.77 0.22 0.56 0.88 0.25 0.27 0.42 0.30
C2 0.39 0.33 0.88 0.89 0.50 0.36 0.46 0.23 0.29 0.26 0.42 0.64 0.40 0.93 0.95 0.14 0.19 0.35 0.30 0.25
C2' 1.02 1.13 0.45 0.31 1.11 0.80 1.04 0.78 1.02 1.07 1.15 1.11 1.13 0.55 0.38 1.18 0.59 0.36 0.63 0.59
C3' 1.05 1.13 0.52 0.30 1.02 0.77 0.92 0.66 0.94 1.06 1.12 1.00 1.19 0.66 0.33 1.16 0.52 0.47 0.65 0.55
C4 0.08 0.27 0.59 0.65 0.47 0.21 0.44 0.38 0.30 0.19 0.40 0.58 0.22 0.62 0.77 0.32 0.10 0.32 0.37 0.30
C4' 0.91 1.03 0.32 0.32 0.93 0.77 0.82 0.74 0.81 0.93 1.03 0.92 1.11 0.44 0.44 1.11 0.35 0.36 0.52 0.36
C5 0.29 0.31 0.85 0.88 0.47 0.30 0.42 0.30 0.25 0.22 0.41 0.61 0.36 0.95 1.03 0.11 0.14 0.34 0.33 0.27
C5' 0.89 1.01 0.29 0.25 0.91 0.72 0.79 0.70 0.78 0.91 1.01 0.90 1.10 0.41 0.35 1.08 0.34 0.40 0.51 0.37
C6 0.62 0.57 1.16 1.14 0.61 0.53 0.52 0.29 0.39 0.47 0.59 0.74 0.69 1.30 1.31 0.27 0.26 0.36 0.28 0.24
C8 0.15 0.35 0.50 0.61 0.50 0.29 0.45 0.48 0.34 0.28 0.46 0.58 0.33 0.54 0.76 0.46 0.10 0.32 0.41 0.31
N1 0.69 0.60 1.19 1.18 0.63 0.60 0.56 0.32 0.43 0.52 0.62 0.77 0.72 1.31 1.30 0.36 0.30 0.36 0.25 0.22
N2 0.47 0.38 0.91 0.90 0.53 0.45 0.51 0.25 0.33 0.33 0.45 0.67 0.45 0.92 0.90 0.26 0.26 0.35 0.24 0.21
N3 0.08 0.26 0.54 0.59 0.48 0.18 0.46 0.36 0.32 0.20 0.39 0.58 0.20 0.55 0.67 0.31 0.11 0.32 0.37 0.31
N7 0.18 0.28 0.76 0.81 0.45 0.26 0.40 0.36 0.24 0.17 0.39 0.57 0.30 0.85 0.97 0.21 0.10 0.33 0.36 0.28
N9 0.27 0.45 0.37 0.50 0.57 0.36 0.52 0.53 0.43 0.39 0.54 0.63 0.42 0.37 0.64 0.57 0.14 0.31 0.41 0.31
O2' 1.11 1.28 0.54 0.42 1.29 0.85 1.20 0.81 1.15 1.20 1.33 1.31 1.28 0.68 0.56 1.23 0.54 0.28 0.61 0.50
O3' 1.17 1.25 0.71 0.39 1.07 0.74 0.94 0.48 0.97 1.15 1.21 1.04 1.35 0.87 0.34 1.17 0.56 0.67 0.88 0.66
O4' 0.68 0.83 0.30 0.48 0.78 0.71 0.68 0.79 0.65 0.73 0.85 0.79 0.88 0.31 0.61 0.96 0.22 0.31 0.40 0.22
O5' 0.92 1.03 0.47 0.14 0.90 0.58 0.77 0.56 0.77 0.92 1.02 0.89 1.13 0.64 0.10 1.01 0.29 0.32 0.30 0.21
O6 0.84 0.78 1.36 1.32 0.74 0.70 0.62 0.36 0.52 0.67 0.78 0.87 0.94 1.56 1.53 0.45 0.33 0.37 0.26 0.22
OP1 0.60 0.74 0.35 0.33 0.65 0.30 0.53 0.40 0.52 0.64 0.75 0.66 0.82 0.39 0.44 0.71 0.24 0.53 0.60 0.36
OP2 1.46 1.62 1.09 0.61 1.36 0.86 1.16 0.64 1.17 1.43 1.57 1.34 1.81 1.35 0.50 1.36 0.50 0.16 0.18 0.28
P 0.91 1.04 0.55 0.23 0.88 0.51 0.74 0.48 0.74 0.91 1.02 0.88 1.15 0.73 0.22 0.96 0.26 0.35 0.30 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.17 0.01 0.06 0.10 0.15 0.05
C2 0.02 0.00 0.15 0.16 0.01 0.04 0.02 0.13 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.18 0.13 0.09 0.18 0.20 0.45 0.28
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.05 0.01 0.13 0.10 0.16 0.02 0.12 0.06 0.26 0.01 0.03 0.02 0.31 0.32 0.45 0.33
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.24 0.01 0.30 0.02 0.29 0.15 0.20 0.26 0.18 0.01 0.01 0.01 0.29 0.28 0.34 0.30
C4 0.02 0.01 0.05 0.24 0.00 0.15 0.01 0.26 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.15 0.05 0.35 0.50 0.72 0.53
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.20 0.08 0.08 0.16 0.07 0.18 0.03 0.01 0.02 0.11 0.04 0.03
C5 0.02 0.02 0.13 0.30 0.01 0.21 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.28 0.07 0.39 0.53 0.70 0.55
C5' 0.06 0.13 0.10 0.02 0.26 0.01 0.32 0.00 0.28 0.14 0.19 0.29 0.12 0.07 0.11 0.02 0.01 0.12 0.05 0.02
C6 0.02 0.02 0.16 0.29 0.02 0.20 0.00 0.28 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.24 0.27 0.08 0.30 0.35 0.46 0.37
N1 0.01 0.01 0.02 0.15 0.02 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.13 0.08 0.03 0.16 0.16 0.34 0.21
N3 0.02 0.01 0.12 0.20 0.01 0.08 0.01 0.19 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.21 0.11 0.07 0.27 0.36 0.61 0.42
N4 0.03 0.02 0.06 0.26 0.01 0.16 0.02 0.29 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.27 0.19 0.05 0.39 0.61 0.84 0.63
O2 0.05 0.01 0.26 0.18 0.02 0.07 0.02 0.12 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.24 0.29 0.16 0.13 0.12 0.38 0.20
O2' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.24 0.18 0.27 0.07 0.24 0.13 0.21 0.27 0.24 0.00 0.04 0.13 0.20 0.22 0.40 0.22
O3' 0.17 0.13 0.03 0.01 0.15 0.03 0.28 0.11 0.27 0.08 0.11 0.19 0.29 0.04 0.00 0.11 0.35 0.32 0.39 0.35
O4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.07 0.05 0.16 0.13 0.11 0.00 0.20 0.25 0.12 0.20
O5' 0.06 0.18 0.31 0.29 0.35 0.02 0.39 0.01 0.30 0.16 0.27 0.39 0.13 0.20 0.35 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.10 0.20 0.32 0.28 0.50 0.11 0.53 0.12 0.35 0.16 0.36 0.61 0.12 0.22 0.32 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.45 0.45 0.34 0.72 0.04 0.70 0.05 0.46 0.34 0.61 0.84 0.38 0.40 0.39 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.28 0.33 0.30 0.53 0.03 0.55 0.02 0.37 0.21 0.42 0.63 0.20 0.22 0.35 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00