ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48503

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.015, 0.028, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.019, 0.037, 0.054, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.037 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.021, 0.039, 0.058, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.039 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.019, 0.041, 0.064, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.041 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.018, 0.044, 0.070, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.039, 0.072, 0.104, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.072 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.040, 0.076, 0.113, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.076 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.039, 0.083, 0.128, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.083 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.069, 0.145, 0.221, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.145 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.064, 0.152, 0.240, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.152 std_dev=0.088
O2' A 0, 0.125, 0.244, 0.363, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.244 std_dev=0.119
C3' A 0, 0.078, 0.199, 0.321, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.199 std_dev=0.122
O3' A 0, 0.063, 0.189, 0.315, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.189 std_dev=0.126
C4' A 0, 0.097, 0.223, 0.350, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.223 std_dev=0.126
O5' A 0, 0.237, 0.436, 0.635, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.436 std_dev=0.199
C5' A 0, 0.174, 0.374, 0.575, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.374 std_dev=0.200
C3' B 0, 0.400, 0.681, 0.961, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.681 std_dev=0.280
O3' B 0, 0.533, 0.823, 1.113, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.823 std_dev=0.290
O2' B 0, 0.468, 0.769, 1.070, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.769 std_dev=0.301
O5' B 0, 0.368, 0.672, 0.975, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.672 std_dev=0.304
P A 0, 0.316, 0.622, 0.929, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.622 std_dev=0.306
C4' B 0, 0.468, 0.777, 1.086, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.777 std_dev=0.309
C5' B 0, 0.488, 0.839, 1.190, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.839 std_dev=0.351
C2' B 0, 0.355, 0.713, 1.071, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.713 std_dev=0.358
P B 0, 0.375, 0.756, 1.137, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.756 std_dev=0.381
C1' B 0, 0.421, 0.828, 1.235, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.828 std_dev=0.407
O4' B 0, 0.504, 0.911, 1.318, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.911 std_dev=0.407
OP1 B 0, 0.344, 0.784, 1.224, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.784 std_dev=0.440
OP2 A 0, 0.659, 1.143, 1.627, 1.969 max_d=1.969 avg_d=1.143 std_dev=0.484
OP2 B 0, 0.511, 1.038, 1.564, 1.564 max_d=1.564 avg_d=1.038 std_dev=0.527
N1 B 0, 0.394, 0.926, 1.457, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.926 std_dev=0.531
C6 B 0, 0.443, 0.988, 1.533, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.988 std_dev=0.545
O2 B 0, 0.532, 1.093, 1.653, 2.184 max_d=2.184 avg_d=1.093 std_dev=0.560
C2 B 0, 0.459, 1.058, 1.658, 2.110 max_d=2.110 avg_d=1.058 std_dev=0.599
C5 B 0, 0.438, 1.103, 1.768, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.103 std_dev=0.665
N3 B 0, 0.526, 1.211, 1.896, 2.392 max_d=2.392 avg_d=1.211 std_dev=0.685
OP1 A 0, 0.731, 1.436, 2.142, 2.361 max_d=2.361 avg_d=1.436 std_dev=0.706
C4 B 0, 0.462, 1.202, 1.942, 2.376 max_d=2.376 avg_d=1.202 std_dev=0.740
N4 B 0, 0.516, 1.341, 2.165, 2.643 max_d=2.643 avg_d=1.341 std_dev=0.825

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.11 0.07 0.05
C2 0.02 0.00 0.08 0.05 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.09 0.08 0.07 0.01 0.21 0.14 0.12
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.08 0.10 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.07 0.26 0.08 0.10
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.04 0.27 0.14 0.14
C4 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.05 0.07 0.01 0.20 0.14 0.12
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.08 0.13 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.04 0.08 0.01 0.27 0.20 0.17
C5' 0.02 0.07 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.04 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.06 0.05 0.08 0.00 0.30 0.21 0.18
C8 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.09 0.03 0.23 0.19 0.16
N1 0.02 0.00 0.08 0.04 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.08 0.07 0.08 0.01 0.27 0.19 0.15
N2 0.03 0.00 0.10 0.06 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.11 0.09 0.07 0.02 0.20 0.13 0.11
N3 0.02 0.00 0.07 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.09 0.07 0.06 0.01 0.17 0.12 0.10
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.09 0.03 0.31 0.23 0.19
N9 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.02 0.16 0.13 0.11
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.11 0.05 0.14 0.18 0.13 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.10 0.12 0.33 0.08 0.12
O3' 0.03 0.09 0.01 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.08 0.11 0.09 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.09 0.06 0.26 0.16 0.13
O4' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.09 0.07 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.05 0.11 0.10 0.07
O5' 0.04 0.07 0.10 0.11 0.07 0.02 0.08 0.01 0.08 0.09 0.08 0.07 0.06 0.09 0.07 0.10 0.09 0.07 0.00 0.09 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.12 0.06 0.05 0.09 0.00 0.36 0.25 0.21
OP1 0.11 0.21 0.26 0.27 0.20 0.08 0.27 0.04 0.30 0.23 0.27 0.20 0.17 0.31 0.16 0.33 0.26 0.11 0.02 0.36 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.14 0.08 0.14 0.14 0.13 0.20 0.15 0.21 0.19 0.19 0.13 0.12 0.23 0.13 0.08 0.16 0.10 0.02 0.25 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.10 0.14 0.12 0.04 0.17 0.01 0.18 0.16 0.15 0.11 0.10 0.19 0.11 0.12 0.13 0.07 0.01 0.21 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.20 0.12 0.11 0.19 0.13 0.17 0.20 0.15 0.15 0.22 0.21 0.24 0.14 0.21 0.14 0.18 0.30 0.22 0.21
C2 0.15 0.17 0.14 0.13 0.16 0.15 0.16 0.20 0.16 0.15 0.17 0.16 0.20 0.16 0.20 0.16 0.14 0.27 0.13 0.14
C2' 0.14 0.24 0.13 0.13 0.21 0.14 0.15 0.23 0.13 0.16 0.25 0.23 0.30 0.13 0.22 0.15 0.24 0.31 0.29 0.25
C3' 0.12 0.24 0.11 0.10 0.21 0.11 0.15 0.21 0.12 0.14 0.26 0.23 0.29 0.11 0.20 0.13 0.21 0.28 0.27 0.23
C4 0.16 0.19 0.14 0.14 0.18 0.15 0.17 0.20 0.17 0.16 0.20 0.19 0.22 0.18 0.22 0.16 0.16 0.30 0.16 0.17
C4' 0.14 0.20 0.12 0.11 0.20 0.12 0.17 0.17 0.16 0.15 0.22 0.22 0.24 0.13 0.21 0.14 0.13 0.28 0.17 0.16
C5 0.18 0.21 0.17 0.17 0.20 0.17 0.19 0.21 0.19 0.19 0.22 0.21 0.24 0.23 0.24 0.18 0.15 0.30 0.15 0.16
C5' 0.14 0.21 0.13 0.13 0.19 0.13 0.17 0.18 0.15 0.15 0.23 0.21 0.26 0.15 0.22 0.14 0.12 0.30 0.14 0.15
C6 0.19 0.21 0.19 0.19 0.20 0.19 0.20 0.21 0.19 0.19 0.21 0.21 0.23 0.24 0.23 0.20 0.14 0.29 0.14 0.15
C8 0.18 0.22 0.16 0.16 0.22 0.16 0.20 0.20 0.19 0.18 0.23 0.23 0.25 0.21 0.24 0.18 0.16 0.31 0.18 0.18
N1 0.17 0.19 0.17 0.17 0.18 0.18 0.18 0.21 0.18 0.17 0.19 0.18 0.21 0.21 0.21 0.18 0.15 0.28 0.14 0.15
N2 0.15 0.17 0.12 0.11 0.16 0.14 0.16 0.20 0.16 0.16 0.17 0.16 0.20 0.13 0.18 0.16 0.14 0.26 0.13 0.13
N3 0.14 0.17 0.12 0.12 0.16 0.13 0.15 0.19 0.15 0.14 0.17 0.16 0.21 0.15 0.21 0.14 0.16 0.29 0.16 0.16
N7 0.19 0.23 0.18 0.18 0.22 0.18 0.21 0.21 0.20 0.20 0.24 0.23 0.25 0.24 0.25 0.19 0.15 0.31 0.16 0.17
N9 0.16 0.20 0.14 0.14 0.20 0.14 0.18 0.20 0.17 0.17 0.21 0.21 0.24 0.18 0.22 0.16 0.17 0.31 0.19 0.19
O2' 0.16 0.27 0.16 0.16 0.22 0.17 0.15 0.26 0.13 0.17 0.28 0.24 0.34 0.15 0.24 0.17 0.29 0.34 0.36 0.31
O3' 0.11 0.24 0.12 0.11 0.22 0.10 0.16 0.21 0.13 0.14 0.26 0.25 0.29 0.10 0.20 0.12 0.25 0.28 0.34 0.27
O4' 0.16 0.20 0.14 0.14 0.20 0.14 0.19 0.18 0.18 0.16 0.21 0.21 0.23 0.16 0.22 0.16 0.12 0.30 0.16 0.16
O5' 0.15 0.23 0.13 0.13 0.20 0.15 0.16 0.22 0.15 0.17 0.24 0.22 0.29 0.15 0.20 0.16 0.16 0.29 0.17 0.17
O6 0.21 0.24 0.21 0.21 0.22 0.21 0.21 0.22 0.21 0.21 0.24 0.23 0.26 0.28 0.24 0.22 0.15 0.30 0.15 0.16
OP1 0.16 0.23 0.17 0.19 0.24 0.21 0.22 0.29 0.18 0.18 0.26 0.27 0.27 0.19 0.22 0.19 0.28 0.38 0.28 0.27
OP2 0.16 0.23 0.16 0.16 0.20 0.17 0.17 0.22 0.15 0.17 0.24 0.22 0.27 0.20 0.22 0.17 0.19 0.37 0.20 0.22
P 0.13 0.22 0.14 0.15 0.20 0.17 0.16 0.25 0.14 0.15 0.24 0.22 0.28 0.15 0.19 0.16 0.20 0.31 0.19 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.08 0.09 0.14 0.08
C2 0.02 0.00 0.07 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.07 0.07 0.09 0.11 0.22 0.11
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.05 0.09 0.02 0.06 0.03 0.12 0.00 0.02 0.01 0.16 0.19 0.19 0.17
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.08 0.10
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.11 0.18 0.29 0.15
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.08 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.03 0.07 0.12 0.21 0.29 0.17
C5' 0.03 0.06 0.05 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.04 0.06 0.07 0.09 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.10 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.04 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.03 0.08 0.12 0.18 0.25 0.15
N1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.09 0.12 0.20 0.11
N3 0.02 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.04 0.09 0.13 0.26 0.13
N4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02 0.12 0.20 0.32 0.17
O2 0.04 0.01 0.12 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.26 0.10 0.13 0.10 0.10 0.20 0.10
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.04 0.01 0.13 0.05 0.15 0.02 0.10 0.05 0.26 0.00 0.07 0.01 0.18 0.25 0.24 0.21
O3' 0.04 0.07 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.10 0.07 0.00 0.05 0.07 0.12 0.05 0.09
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.02 0.08 0.01 0.04 0.02 0.13 0.01 0.05 0.00 0.03 0.05 0.13 0.03
O5' 0.08 0.09 0.16 0.10 0.11 0.02 0.12 0.01 0.12 0.09 0.09 0.12 0.10 0.18 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.09 0.11 0.19 0.13 0.18 0.06 0.21 0.03 0.18 0.12 0.13 0.20 0.10 0.25 0.12 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.22 0.19 0.08 0.29 0.08 0.29 0.10 0.25 0.20 0.26 0.32 0.20 0.24 0.05 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.11 0.17 0.10 0.15 0.03 0.17 0.01 0.15 0.11 0.13 0.17 0.10 0.21 0.09 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00