ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48504

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 4, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.016, 0.025, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.030, 0.045, 0.060, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.045 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.026, 0.042, 0.057, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.042 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.021, 0.039, 0.058, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.039 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.009, 0.028, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.028 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.003, 0.023, 0.042, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.023 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.023, 0.043, 0.063, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.043 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.029, 0.070, 0.111, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.070 std_dev=0.041
P B 0, 0.373, 0.610, 0.847, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.610 std_dev=0.237
OP1 B 0, 0.354, 0.638, 0.922, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.638 std_dev=0.284
OP2 B 0, 0.239, 0.562, 0.886, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.562 std_dev=0.324
O4' A 0, -0.057, 0.305, 0.667, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.305 std_dev=0.362
C2' A 0, -0.052, 0.358, 0.769, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.358 std_dev=0.411
C4' A 0, -0.105, 0.515, 1.134, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.515 std_dev=0.619
C3' A 0, -0.085, 0.538, 1.162, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.538 std_dev=0.624
O2' A 0, -0.116, 0.577, 1.270, 2.034 max_d=2.034 avg_d=0.577 std_dev=0.693
C5' A 0, 0.007, 0.781, 1.556, 2.310 max_d=2.310 avg_d=0.781 std_dev=0.775
O5' A 0, 0.110, 0.905, 1.700, 2.254 max_d=2.254 avg_d=0.905 std_dev=0.795
O5' B 0, 0.514, 1.338, 2.161, 3.058 max_d=3.058 avg_d=1.338 std_dev=0.824
O3' A 0, -0.142, 0.790, 1.723, 2.725 max_d=2.725 avg_d=0.790 std_dev=0.933
OP2 A 0, 0.463, 1.432, 2.401, 3.264 max_d=3.264 avg_d=1.432 std_dev=0.969
P A 0, 0.289, 1.339, 2.389, 3.066 max_d=3.066 avg_d=1.339 std_dev=1.050
OP1 A 0, 0.328, 1.697, 3.065, 3.559 max_d=3.559 avg_d=1.697 std_dev=1.368
C5' B 0, 0.162, 1.684, 3.206, 5.102 max_d=5.102 avg_d=1.684 std_dev=1.522
C4' B 0, 0.084, 2.387, 4.689, 7.122 max_d=7.122 avg_d=2.387 std_dev=2.302
O4' B 0, 0.104, 2.568, 5.032, 7.587 max_d=7.587 avg_d=2.568 std_dev=2.464
C3' B 0, -0.024, 2.970, 5.964, 9.235 max_d=9.235 avg_d=2.970 std_dev=2.994
C1' B 0, -0.029, 3.304, 6.638, 9.974 max_d=9.974 avg_d=3.304 std_dev=3.334
C6 B 0, -0.398, 3.024, 6.445, 10.288 max_d=10.288 avg_d=3.024 std_dev=3.421
O3' B 0, -0.214, 3.305, 6.823, 10.580 max_d=10.580 avg_d=3.305 std_dev=3.518
N1 B 0, -0.151, 3.452, 7.055, 10.736 max_d=10.736 avg_d=3.452 std_dev=3.603
C2' B 0, -0.087, 3.611, 7.309, 10.801 max_d=10.801 avg_d=3.611 std_dev=3.698
C5 B 0, -0.609, 3.349, 7.307, 11.709 max_d=11.709 avg_d=3.349 std_dev=3.958
C2 B 0, -0.067, 4.220, 8.507, 12.421 max_d=12.421 avg_d=4.220 std_dev=4.287
O2' B 0, -0.249, 4.089, 8.426, 13.109 max_d=13.109 avg_d=4.089 std_dev=4.338
O2 B 0, 0.143, 4.694, 9.244, 12.905 max_d=12.905 avg_d=4.694 std_dev=4.550
C4 B 0, -0.531, 4.105, 8.741, 13.536 max_d=13.536 avg_d=4.105 std_dev=4.636
N3 B 0, -0.250, 4.525, 9.301, 13.811 max_d=13.811 avg_d=4.525 std_dev=4.776
N4 B 0, -0.755, 4.517, 9.790, 15.285 max_d=15.285 avg_d=4.517 std_dev=5.272

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.31 0.01 0.25 0.03 0.26 0.26 0.20
C2 0.03 0.00 0.26 0.23 0.03 0.05 0.02 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.24 0.15 0.36 0.02 0.34 0.21 0.26
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.13 0.01 0.05 0.18 0.11 0.16 0.20 0.32 0.26 0.10 0.01 0.01 0.04 0.02 0.41 0.08 0.50 0.56 0.46
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.23 0.01 0.30 0.02 0.31 0.25 0.28 0.21 0.19 0.30 0.19 0.03 0.01 0.01 0.25 0.35 0.38 0.09 0.22
C4 0.02 0.03 0.13 0.23 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.16 0.14 0.09 0.37 0.02 0.32 0.18 0.25
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.09 0.15 0.06 0.08 0.05 0.15 0.07 0.27 0.04 0.00 0.01 0.13 0.16 0.21 0.02
C5 0.02 0.02 0.05 0.30 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.08 0.06 0.44 0.02 0.37 0.24 0.33
C5' 0.06 0.09 0.18 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.14 0.16 0.11 0.10 0.08 0.18 0.07 0.11 0.16 0.02 0.01 0.19 0.20 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.31 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.25 0.11 0.09 0.45 0.01 0.40 0.31 0.36
C8 0.03 0.02 0.16 0.25 0.01 0.15 0.01 0.16 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.10 0.07 0.42 0.04 0.31 0.16 0.29
N1 0.03 0.00 0.20 0.28 0.03 0.06 0.03 0.11 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.17 0.16 0.13 0.41 0.03 0.38 0.27 0.32
N2 0.03 0.00 0.32 0.21 0.02 0.08 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.32 0.17 0.33 0.03 0.33 0.21 0.24
N3 0.03 0.01 0.26 0.19 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.28 0.14 0.32 0.02 0.30 0.18 0.22
N7 0.03 0.02 0.10 0.30 0.01 0.15 0.00 0.18 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.37 0.14 0.04 0.47 0.04 0.37 0.25 0.36
N9 0.01 0.02 0.01 0.19 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.10 0.02 0.34 0.03 0.29 0.17 0.22
O2' 0.02 0.10 0.01 0.03 0.16 0.27 0.27 0.11 0.25 0.34 0.17 0.15 0.09 0.37 0.19 0.00 0.06 0.19 0.23 0.31 0.35 0.59 0.32
O3' 0.31 0.24 0.04 0.01 0.14 0.04 0.08 0.16 0.11 0.10 0.16 0.32 0.28 0.14 0.10 0.06 0.00 0.22 0.29 0.15 0.53 0.24 0.35
O4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.09 0.00 0.06 0.02 0.09 0.07 0.13 0.17 0.14 0.04 0.02 0.19 0.22 0.00 0.14 0.08 0.15 0.26 0.12
O5' 0.25 0.36 0.41 0.25 0.37 0.01 0.44 0.01 0.45 0.42 0.41 0.33 0.32 0.47 0.34 0.23 0.29 0.14 0.00 0.49 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.08 0.35 0.02 0.13 0.02 0.19 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.31 0.15 0.08 0.49 0.00 0.45 0.39 0.42
OP1 0.26 0.34 0.50 0.38 0.32 0.16 0.37 0.20 0.40 0.31 0.38 0.33 0.30 0.37 0.29 0.35 0.53 0.15 0.01 0.45 0.00 0.02 0.00
OP2 0.26 0.21 0.56 0.09 0.18 0.21 0.24 0.27 0.31 0.16 0.27 0.21 0.18 0.25 0.17 0.59 0.24 0.26 0.02 0.39 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.26 0.46 0.22 0.25 0.02 0.33 0.02 0.36 0.29 0.32 0.24 0.22 0.36 0.22 0.32 0.35 0.12 0.01 0.42 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.39 0.70 0.45 0.36 0.88 0.18 0.84 0.19 0.71 0.63 0.81 0.98 0.65 0.36 0.84 0.34 0.23 0.33 0.34 0.18
C2 1.23 1.60 1.13 0.72 1.66 0.75 1.52 0.62 1.40 1.44 1.68 1.72 1.60 0.96 0.34 1.11 0.48 0.22 0.18 0.15
C2' 0.35 0.59 0.58 0.59 0.68 0.35 0.63 0.30 0.55 0.51 0.66 0.75 0.59 0.54 1.01 0.23 0.37 0.68 0.64 0.38
C3' 0.43 0.67 0.64 0.59 0.74 0.29 0.67 0.25 0.60 0.58 0.74 0.81 0.68 0.55 0.96 0.31 0.34 0.43 0.48 0.31
C4 0.99 1.39 0.89 0.45 1.61 0.48 1.53 0.43 1.35 1.27 1.53 1.73 1.32 0.70 0.18 0.87 0.35 0.17 0.25 0.14
C4' 0.39 0.68 0.60 0.64 0.79 0.32 0.70 0.22 0.59 0.57 0.78 0.87 0.70 0.59 1.16 0.28 0.31 0.35 0.42 0.26
C5 1.36 1.87 1.25 0.76 2.21 0.72 2.11 0.59 1.83 1.72 2.09 2.38 1.78 1.06 0.27 1.17 0.45 0.15 0.23 0.15
C5' 0.41 0.76 0.58 0.58 0.96 0.26 0.89 0.20 0.73 0.65 0.89 1.08 0.73 0.55 1.12 0.31 0.29 0.33 0.43 0.26
C6 1.70 2.29 1.58 1.06 2.64 0.98 2.49 0.76 2.18 2.09 2.53 2.83 2.21 1.40 0.59 1.45 0.57 0.20 0.19 0.16
C8 1.00 1.45 0.90 0.44 1.81 0.43 1.75 0.40 1.50 1.34 1.66 1.99 1.33 0.71 0.28 0.85 0.33 0.21 0.28 0.17
N1 1.64 2.16 1.53 1.04 2.36 1.00 2.20 0.78 1.97 1.96 2.33 2.48 2.13 1.35 0.62 1.44 0.59 0.25 0.17 0.16
N2 1.16 1.44 1.07 0.73 1.34 0.79 1.15 0.65 1.10 1.28 1.46 1.35 1.53 0.93 0.45 1.10 0.53 0.34 0.16 0.18
N3 0.85 1.17 0.77 0.37 1.27 0.44 1.17 0.39 1.06 1.06 1.26 1.34 1.16 0.59 0.21 0.78 0.33 0.16 0.23 0.14
N7 1.32 1.86 1.21 0.70 2.27 0.66 2.18 0.55 1.87 1.71 2.10 2.48 1.73 1.02 0.21 1.11 0.42 0.16 0.25 0.16
N9 0.76 1.14 0.69 0.28 1.40 0.29 1.35 0.30 1.16 1.05 1.29 1.53 1.06 0.50 0.42 0.67 0.28 0.24 0.29 0.16
O2' 0.55 0.75 0.78 0.75 0.73 0.46 0.65 0.34 0.62 0.65 0.78 0.76 0.80 0.76 1.11 0.37 0.41 0.68 0.60 0.33
O3' 0.77 0.95 0.94 0.81 0.93 0.58 0.82 0.58 0.80 0.85 0.99 0.97 1.02 0.84 0.95 0.67 0.68 0.51 0.68 0.67
O4' 0.38 0.73 0.45 0.45 0.94 0.23 0.88 0.21 0.72 0.63 0.87 1.06 0.68 0.43 1.02 0.35 0.28 0.29 0.35 0.24
O5' 0.66 1.06 0.64 0.40 1.36 0.28 1.31 0.32 1.10 0.96 1.24 1.52 0.97 0.49 0.76 0.58 0.38 0.36 0.48 0.37
O6 2.00 2.72 1.87 1.30 3.17 1.17 2.98 0.88 2.57 2.46 3.03 3.43 2.62 1.70 0.84 1.67 0.66 0.23 0.17 0.18
OP1 0.64 1.05 0.65 0.44 1.38 0.26 1.33 0.32 1.11 0.95 1.24 1.56 0.94 0.52 0.82 0.55 0.42 0.43 0.60 0.44
OP2 1.01 1.47 0.93 0.46 1.91 0.45 1.86 0.47 1.58 1.38 1.71 2.13 1.31 0.76 0.31 0.87 0.43 0.30 0.45 0.36
P 0.73 1.17 0.65 0.30 1.56 0.24 1.51 0.30 1.26 1.07 1.39 1.76 1.03 0.49 0.64 0.63 0.34 0.30 0.46 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.05 0.05 0.12 0.02 0.23 0.00 0.24 0.11 0.47 0.25
C2 0.07 0.00 0.17 0.17 0.02 0.09 0.03 0.11 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.09 0.21 0.18 0.43 0.19 0.88 0.49
C2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.05 0.02 0.12 0.12 0.17 0.03 0.15 0.05 0.29 0.01 0.03 0.02 0.17 0.25 0.46 0.22
C3' 0.02 0.17 0.02 0.00 0.24 0.01 0.26 0.01 0.23 0.14 0.22 0.25 0.20 0.03 0.02 0.01 0.24 0.36 0.51 0.25
C4 0.03 0.02 0.05 0.24 0.00 0.10 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.23 0.08 0.07 0.85 0.51 1.56 0.97
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.20 0.05 0.06 0.10 0.23 0.21 0.05 0.00 0.01 0.13 0.30 0.06
C5 0.02 0.03 0.12 0.26 0.01 0.20 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.34 0.14 0.14 1.01 0.66 1.72 1.12
C5' 0.04 0.11 0.12 0.01 0.16 0.01 0.26 0.00 0.23 0.06 0.10 0.18 0.25 0.09 0.14 0.02 0.01 0.18 0.20 0.02
C6 0.02 0.02 0.17 0.23 0.02 0.20 0.01 0.23 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.35 0.14 0.19 0.89 0.54 1.38 0.92
N1 0.02 0.02 0.03 0.14 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.16 0.09 0.02 0.53 0.25 0.91 0.55
N3 0.05 0.01 0.15 0.22 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.12 0.16 0.15 0.62 0.32 1.21 0.71
N4 0.05 0.04 0.05 0.25 0.01 0.10 0.02 0.18 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.25 0.10 0.08 0.91 0.58 1.76 1.08
O2 0.12 0.02 0.29 0.20 0.04 0.23 0.04 0.25 0.04 0.04 0.03 0.06 0.00 0.22 0.38 0.32 0.19 0.21 0.58 0.26
O2' 0.02 0.09 0.01 0.03 0.23 0.21 0.34 0.09 0.35 0.16 0.12 0.25 0.22 0.00 0.04 0.13 0.04 0.15 0.44 0.12
O3' 0.23 0.21 0.03 0.02 0.08 0.05 0.14 0.14 0.14 0.09 0.16 0.10 0.38 0.04 0.00 0.15 0.21 0.56 0.57 0.26
O4' 0.00 0.18 0.02 0.01 0.07 0.00 0.14 0.02 0.19 0.02 0.15 0.08 0.32 0.13 0.15 0.00 0.24 0.11 0.33 0.22
O5' 0.24 0.43 0.17 0.24 0.85 0.01 1.01 0.01 0.89 0.53 0.62 0.91 0.19 0.04 0.21 0.24 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.11 0.19 0.25 0.36 0.51 0.13 0.66 0.18 0.54 0.25 0.32 0.58 0.21 0.15 0.56 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.47 0.88 0.46 0.51 1.56 0.30 1.72 0.20 1.38 0.91 1.21 1.76 0.58 0.44 0.57 0.33 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.49 0.22 0.25 0.97 0.06 1.12 0.02 0.92 0.55 0.71 1.08 0.26 0.12 0.26 0.22 0.01 0.02 0.01 0.00