ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48506

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C6 A 0, -0.002, 0.011, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.011 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N1 A 0, -0.001, 0.013, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.014
C5 A 0, -0.002, 0.014, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.002, 0.019, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C4 A 0, -0.001, 0.016, 0.033, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.001, 0.020, 0.039, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.019
N7 A 0, -0.003, 0.026, 0.055, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.026 std_dev=0.029
O6 A 0, -0.003, 0.029, 0.060, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.029 std_dev=0.032
N2 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C8 A 0, -0.007, 0.029, 0.065, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.029 std_dev=0.036
P B 0, 0.091, 0.367, 0.643, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.367 std_dev=0.276
O5' B 0, 0.106, 0.422, 0.737, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.422 std_dev=0.316
OP2 B 0, 0.121, 0.441, 0.762, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.441 std_dev=0.320
OP1 B 0, 0.038, 0.436, 0.834, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.436 std_dev=0.398
C4' B 0, 0.095, 0.563, 1.031, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.563 std_dev=0.468
O2' B 0, 0.161, 0.686, 1.210, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.686 std_dev=0.524
C5' B 0, 0.038, 0.587, 1.136, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.587 std_dev=0.549
O3' B 0, 0.103, 0.758, 1.412, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.758 std_dev=0.655
C3' B 0, 0.026, 0.754, 1.481, 2.182 max_d=2.182 avg_d=0.754 std_dev=0.728
C2' B 0, -0.049, 0.896, 1.840, 2.834 max_d=2.834 avg_d=0.896 std_dev=0.944
O4' A 0, -0.402, 0.618, 1.637, 2.665 max_d=2.665 avg_d=0.618 std_dev=1.020
C2' A 0, -0.447, 0.619, 1.685, 2.750 max_d=2.750 avg_d=0.619 std_dev=1.066
O4' B 0, -0.191, 0.888, 1.967, 3.026 max_d=3.026 avg_d=0.888 std_dev=1.079
C1' B 0, -0.291, 1.035, 2.361, 3.720 max_d=3.720 avg_d=1.035 std_dev=1.326
C3' A 0, -0.556, 0.849, 2.254, 3.661 max_d=3.661 avg_d=0.849 std_dev=1.405
O3' A 0, -0.507, 0.898, 2.304, 3.714 max_d=3.714 avg_d=0.898 std_dev=1.406
C4' A 0, -0.540, 0.882, 2.303, 3.756 max_d=3.756 avg_d=0.882 std_dev=1.421
O2' A 0, -0.615, 0.875, 2.365, 3.858 max_d=3.858 avg_d=0.875 std_dev=1.490
N1 B 0, -0.781, 1.467, 3.715, 6.060 max_d=6.060 avg_d=1.467 std_dev=2.248
O2 B 0, -0.784, 1.492, 3.768, 7.361 max_d=7.361 avg_d=1.492 std_dev=2.276
C5' A 0, -0.934, 1.550, 4.033, 6.525 max_d=6.525 avg_d=1.550 std_dev=2.484
C2 B 0, -0.964, 1.643, 4.250, 7.391 max_d=7.391 avg_d=1.643 std_dev=2.607
C6 B 0, -1.132, 1.784, 4.701, 8.310 max_d=8.310 avg_d=1.784 std_dev=2.917
O5' A 0, -1.147, 1.776, 4.699, 7.665 max_d=7.665 avg_d=1.776 std_dev=2.923
N3 B 0, -1.446, 2.041, 5.528, 9.346 max_d=9.346 avg_d=2.041 std_dev=3.487
C5 B 0, -1.615, 2.206, 6.026, 10.701 max_d=10.701 avg_d=2.206 std_dev=3.821
OP2 A 0, -1.413, 2.478, 6.369, 10.243 max_d=10.243 avg_d=2.478 std_dev=3.891
P A 0, -1.494, 2.412, 6.319, 10.242 max_d=10.242 avg_d=2.412 std_dev=3.906
C4 B 0, -1.764, 2.294, 6.352, 10.827 max_d=10.827 avg_d=2.294 std_dev=4.058
OP1 A 0, -1.698, 3.026, 7.751, 12.474 max_d=12.474 avg_d=3.026 std_dev=4.725
N4 B 0, -2.254, 2.704, 7.662, 13.179 max_d=13.179 avg_d=2.704 std_dev=4.958

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.25 0.00 0.06 0.03 0.08 0.20 0.12
C2 0.03 0.00 0.64 1.07 0.01 0.54 0.00 0.82 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.18 0.85 0.04 0.47 0.01 0.77 1.28 0.74
C2' 0.01 0.64 0.00 0.01 0.31 0.01 0.12 0.13 0.24 0.31 0.46 0.79 0.64 0.18 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.15 0.09 0.11 0.08
C3' 0.01 1.07 0.01 0.00 0.62 0.01 0.46 0.01 0.64 0.09 0.91 1.27 1.01 0.12 0.21 0.02 0.01 0.01 0.04 0.57 0.05 0.19 0.09
C4 0.02 0.01 0.31 0.62 0.00 0.31 0.01 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.34 0.03 0.30 0.01 0.48 0.80 0.49
C4' 0.01 0.54 0.01 0.01 0.31 0.00 0.23 0.01 0.33 0.09 0.47 0.65 0.50 0.08 0.10 0.25 0.04 0.00 0.03 0.29 0.04 0.09 0.03
C5 0.02 0.00 0.12 0.46 0.01 0.23 0.00 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.24 0.04 0.30 0.01 0.51 0.78 0.51
C5' 0.03 0.82 0.13 0.01 0.44 0.01 0.36 0.00 0.52 0.17 0.73 0.98 0.71 0.15 0.13 0.11 0.14 0.02 0.02 0.48 0.04 0.04 0.02
C6 0.03 0.01 0.24 0.64 0.01 0.33 0.00 0.52 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.44 0.05 0.38 0.00 0.68 1.04 0.65
C8 0.02 0.01 0.31 0.09 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.43 0.24 0.04 0.12 0.02 0.18 0.21 0.19
N1 0.03 0.00 0.46 0.91 0.01 0.47 0.00 0.73 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.71 0.05 0.45 0.01 0.79 1.26 0.75
N2 0.04 0.00 0.79 1.27 0.01 0.65 0.01 0.98 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.34 1.11 0.05 0.53 0.03 0.88 1.43 0.83
N3 0.03 0.00 0.64 1.01 0.01 0.50 0.01 0.71 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.71 0.04 0.40 0.01 0.62 1.07 0.62
N7 0.03 0.01 0.18 0.12 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.42 0.07 0.05 0.20 0.02 0.33 0.41 0.34
N9 0.01 0.02 0.01 0.21 0.00 0.10 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.20 0.04 0.02 0.16 0.03 0.24 0.39 0.27
O2' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.07 0.25 0.24 0.11 0.19 0.43 0.03 0.34 0.20 0.42 0.20 0.00 0.03 0.19 0.19 0.27 0.16 0.09 0.14
O3' 0.25 0.85 0.02 0.01 0.34 0.04 0.24 0.14 0.44 0.24 0.71 1.11 0.71 0.07 0.04 0.03 0.00 0.17 0.06 0.39 0.14 0.30 0.15
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.02 0.19 0.17 0.00 0.05 0.06 0.06 0.15 0.09
O5' 0.06 0.47 0.07 0.04 0.30 0.03 0.30 0.02 0.38 0.12 0.45 0.53 0.40 0.20 0.16 0.19 0.06 0.05 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.15 0.57 0.01 0.29 0.01 0.48 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.27 0.39 0.06 0.37 0.00 0.70 1.00 0.65
OP1 0.08 0.77 0.09 0.05 0.48 0.04 0.51 0.04 0.68 0.18 0.79 0.88 0.62 0.33 0.24 0.16 0.14 0.06 0.01 0.70 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 1.28 0.11 0.19 0.80 0.09 0.78 0.04 1.04 0.21 1.26 1.43 1.07 0.41 0.39 0.09 0.30 0.15 0.01 1.00 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.74 0.08 0.09 0.49 0.03 0.51 0.02 0.65 0.19 0.75 0.83 0.62 0.34 0.27 0.14 0.15 0.09 0.01 0.65 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.60 1.32 0.25 0.52 1.54 0.11 1.32 0.36 1.07 1.01 1.55 1.66 1.28 0.26 0.71 0.61 0.18 0.35 0.25 0.31
C2 0.75 1.39 0.36 0.18 2.18 0.23 2.28 0.23 1.89 1.38 1.80 2.42 1.00 0.17 0.44 0.73 0.21 0.07 0.07 0.09
C2' 1.19 1.40 0.54 0.37 1.38 0.86 1.35 0.64 1.31 1.30 1.42 1.37 1.41 0.67 0.26 1.35 1.16 1.26 1.20 1.26
C3' 0.37 0.45 0.26 0.12 0.46 0.41 0.64 0.45 0.60 0.38 0.43 0.47 0.65 0.28 0.09 0.62 1.04 1.53 1.67 1.57
C4 0.89 1.73 0.26 0.20 2.47 0.16 2.40 0.09 1.95 1.57 2.16 2.69 1.39 0.18 0.61 0.85 0.22 0.19 0.17 0.20
C4' 0.53 0.41 1.21 1.13 0.27 0.55 0.61 0.42 0.68 0.44 0.26 0.26 0.73 1.12 1.11 0.26 0.29 1.02 0.99 0.95
C5 1.05 2.04 0.38 0.13 3.06 0.22 2.98 0.09 2.34 1.85 2.62 3.41 1.63 0.20 0.57 0.94 0.23 0.17 0.14 0.18
C5' 0.92 0.87 1.64 1.37 0.63 0.69 0.96 0.37 1.04 0.87 0.68 0.53 1.22 1.67 1.37 0.49 0.36 1.31 1.34 1.19
C6 1.05 1.99 0.50 0.17 3.12 0.28 3.15 0.18 2.48 1.87 2.59 3.53 1.52 0.22 0.48 0.93 0.23 0.10 0.09 0.12
C8 1.02 2.13 0.24 0.28 2.91 0.14 2.55 0.15 1.98 1.74 2.70 3.23 1.86 0.26 0.67 0.91 0.23 0.27 0.20 0.26
N1 0.91 1.69 0.49 0.23 2.69 0.28 2.79 0.26 2.26 1.65 2.20 3.01 1.23 0.21 0.41 0.84 0.23 0.06 0.06 0.08
N2 0.58 1.10 0.36 0.25 1.82 0.23 1.96 0.34 1.62 1.14 1.45 2.04 0.72 0.20 0.33 0.59 0.21 0.05 0.04 0.05
N3 0.71 1.36 0.23 0.18 1.99 0.16 2.02 0.11 1.68 1.29 1.70 2.17 1.03 0.15 0.55 0.72 0.21 0.15 0.14 0.16
N7 1.11 2.26 0.35 0.16 3.34 0.21 3.05 0.07 2.33 1.93 2.93 3.79 1.88 0.24 0.61 0.97 0.24 0.22 0.17 0.22
N9 0.87 1.78 0.18 0.33 2.33 0.11 2.12 0.18 1.71 1.49 2.18 2.53 1.55 0.22 0.67 0.83 0.22 0.28 0.22 0.26
O2' 1.55 1.71 0.91 0.63 1.49 1.10 1.39 0.68 1.39 1.55 1.64 1.44 1.84 1.16 0.53 1.63 1.21 1.21 0.90 1.12
O3' 0.14 0.21 0.28 0.11 0.24 0.33 0.43 0.38 0.38 0.10 0.20 0.29 0.45 0.23 0.12 0.36 1.00 1.69 1.68 1.69
O4' 0.37 0.42 1.19 1.37 0.66 0.80 0.57 0.81 0.45 0.12 0.66 0.86 0.63 1.15 1.49 0.23 0.16 0.40 0.29 0.32
O5' 1.48 1.16 2.33 2.06 0.78 1.29 1.17 0.88 1.40 1.30 0.85 0.56 1.48 2.45 2.14 1.00 0.15 0.78 0.78 0.67
O6 1.11 2.13 0.57 0.22 3.40 0.31 3.40 0.21 2.63 1.98 2.80 3.91 1.63 0.25 0.44 0.96 0.24 0.09 0.07 0.11
OP1 2.02 1.99 2.80 2.25 1.67 1.46 1.92 0.84 2.04 1.99 1.78 1.46 2.29 3.15 2.39 1.34 0.16 0.97 1.04 0.84
OP2 0.85 0.69 1.68 1.35 0.35 0.61 0.73 0.17 0.78 0.63 0.43 0.48 1.22 2.04 1.55 0.35 0.47 1.35 1.53 1.27
P 1.53 1.26 2.41 2.03 0.79 1.23 1.16 0.72 1.38 1.33 0.93 0.57 1.65 2.73 2.22 0.97 0.06 0.93 1.00 0.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.11 0.01 0.16 0.01 0.06 0.18 0.03 0.03
C2 0.04 0.00 0.20 0.09 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.33 0.18 0.06 0.14 0.26 0.29 0.19
C2' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.04 0.01 0.18 0.07 0.22 0.01 0.13 0.05 0.36 0.00 0.02 0.03 0.05 0.10 0.13 0.07
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.24 0.00 0.41 0.02 0.42 0.15 0.10 0.27 0.26 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.17 0.10
C4 0.02 0.01 0.04 0.24 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.23 0.16 0.03 0.10 0.18 0.63 0.30
C4' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.17 0.05 0.02 0.10 0.12 0.18 0.03 0.01 0.03 0.08 0.18 0.10
C5 0.05 0.01 0.18 0.41 0.00 0.16 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.29 0.09 0.15 0.26 0.70 0.35
C5' 0.02 0.05 0.07 0.02 0.17 0.01 0.28 0.00 0.26 0.09 0.07 0.19 0.16 0.11 0.09 0.01 0.02 0.05 0.06 0.02
C6 0.05 0.01 0.22 0.42 0.01 0.17 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.27 0.09 0.14 0.24 0.54 0.28
N1 0.01 0.00 0.01 0.15 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.07 0.01 0.08 0.16 0.29 0.15
N3 0.03 0.00 0.13 0.10 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.32 0.12 0.03 0.12 0.23 0.46 0.24
N4 0.02 0.01 0.05 0.27 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.24 0.19 0.03 0.11 0.19 0.74 0.35
O2 0.11 0.00 0.36 0.26 0.02 0.12 0.01 0.16 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.42 0.34 0.16 0.24 0.46 0.22 0.26
O2' 0.01 0.33 0.00 0.02 0.23 0.18 0.12 0.11 0.07 0.15 0.32 0.24 0.42 0.00 0.05 0.11 0.19 0.20 0.22 0.13
O3' 0.16 0.18 0.02 0.00 0.16 0.03 0.29 0.09 0.27 0.07 0.12 0.19 0.34 0.05 0.00 0.08 0.09 0.09 0.36 0.18
O4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.03 0.03 0.16 0.11 0.08 0.00 0.07 0.15 0.04 0.04
O5' 0.06 0.14 0.05 0.03 0.10 0.03 0.15 0.02 0.14 0.08 0.12 0.11 0.24 0.19 0.09 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.18 0.26 0.10 0.04 0.18 0.08 0.26 0.05 0.24 0.16 0.23 0.19 0.46 0.20 0.09 0.15 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.29 0.13 0.17 0.63 0.18 0.70 0.06 0.54 0.29 0.46 0.74 0.22 0.22 0.36 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.19 0.07 0.10 0.30 0.10 0.35 0.02 0.28 0.15 0.24 0.35 0.26 0.13 0.18 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00